More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PC1_2200 on replicon NC_012917
Organism: Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013421  Pecwa_2526  EAL domain protein  82.86 
 
 
526 aa  874    Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2200  EAL domain protein  100 
 
 
529 aa  1092    Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0608  putative signaling membrane protein  34.71 
 
 
516 aa  330  4e-89  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.201434  normal  0.689714 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3097  cyclic diguanylate phosphodiesterase domain-containing protein  32.57 
 
 
533 aa  271  2e-71  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.230012  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_36260  putative signal transduction protein  30.98 
 
 
531 aa  255  1.0000000000000001e-66  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.104592  hitchhiker  0.00880546 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1789  EAL domain protein  26.97 
 
 
524 aa  209  8e-53  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.302029  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0518  cyclic diguanylate phosphodiesterase (EAL) domain protein  29.18 
 
 
516 aa  195  1e-48  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  unclonable  0.00021587  normal 
 
 
-
 
NC_004310  BR0487  EAL domain-containing protein  26.59 
 
 
544 aa  194  4e-48  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.606097  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0509  cyclic diguanylate phosphodiesterase (EAL) domain protein  29.39 
 
 
516 aa  193  6e-48  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  decreased coverage  0.000000000640721  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0528  cyclic diguanylate phosphodiesterase (EAL) domain protein  29.39 
 
 
516 aa  193  6e-48  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  decreased coverage  0.000439808  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0571  cyclic diguanylate phosphodiesterase (EAL) domain-containing protein  29.18 
 
 
516 aa  191  4e-47  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.0177316  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0512  cyclic diguanylate phosphodiesterase (EAL) domain-containing protein  29.18 
 
 
516 aa  191  4e-47  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.491599  normal 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3153  EAL domain protein  29.69 
 
 
516 aa  188  2e-46  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.516748  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3159  EAL domain-containing protein  29.69 
 
 
516 aa  188  2e-46  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0547  cyclic diguanylate phosphodiesterase (EAL) domain protein  30.02 
 
 
516 aa  188  2e-46  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.29688  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0492  cyclic diguanylate phosphodiesterase domain-containing protein  30.02 
 
 
518 aa  188  3e-46  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0533  cyclic diguanylate phosphodiesterase domain-containing protein  29.69 
 
 
518 aa  187  4e-46  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0500  cyclic diguanylate phosphodiesterase domain-containing protein  29.28 
 
 
516 aa  187  5e-46  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00408  conserved inner membrane protein  29.81 
 
 
516 aa  186  1.0000000000000001e-45  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0386  cyclic diguanylate phosphodiesterase (EAL) domain protein  29.61 
 
 
498 aa  184  4.0000000000000006e-45  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5276  putative signal transduction protein  26.09 
 
 
529 aa  178  3e-43  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.134868  normal  0.223865 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0930  EAL domain-containing protein  27.85 
 
 
520 aa  177  4e-43  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.010678  normal 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0344  EAL domain-containing protein  26.96 
 
 
530 aa  177  5e-43  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1090  EAL-containing signal transduction protein  26.09 
 
 
530 aa  172  2e-41  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0487419  hitchhiker  0.00477361 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1677  EAL  26.35 
 
 
523 aa  166  6.9999999999999995e-40  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03877  Putative signal protein with EAL domain  36.53 
 
 
374 aa  166  1.0000000000000001e-39  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3724  EAL-containing signal transduction protein  29.64 
 
 
536 aa  166  1.0000000000000001e-39  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.549123  normal 
 
 
-
 
NC_006368  lpp1425  hypothetical protein  29.23 
 
 
532 aa  165  2.0000000000000002e-39  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2578  EAL domain protein  24.32 
 
 
514 aa  163  6e-39  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.0787436  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1559  hypothetical protein  32.71 
 
 
532 aa  162  1e-38  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0404  EAL domain protein  28.35 
 
 
538 aa  160  4e-38  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.0754229  normal  0.162888 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0265  EAL domain-containing protein  34.8 
 
 
528 aa  160  4e-38  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1709  EAL domain-containing protein  26.84 
 
 
530 aa  160  6e-38  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1616  diguanylate phosphodiesterase  27.01 
 
 
500 aa  160  8e-38  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.59158  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1771  hypothetical protein  36.4 
 
 
522 aa  160  8e-38  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_6367  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with GAF sensor  37.7 
 
 
840 aa  159  1e-37  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00412  hypothetical protein  30.24 
 
 
406 aa  158  2e-37  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0122  EAL  28.1 
 
 
525 aa  158  2e-37  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2617  EAL domain-containing protein  28.48 
 
 
517 aa  158  2e-37  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.802408  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0048  EAL  32.96 
 
 
538 aa  154  2.9999999999999998e-36  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.215998 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4608  cyclic diguanylate phosphodiesterase (EAL) domain-containing protein  35.29 
 
 
533 aa  154  2.9999999999999998e-36  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal  0.342789 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4523  cyclic diguanylate phosphodiesterase (EAL) domain protein  35.29 
 
 
516 aa  154  2.9999999999999998e-36  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4515  cyclic diguanylate phosphodiesterase (EAL) domain protein  35.29 
 
 
533 aa  154  2.9999999999999998e-36  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1385  signal transduction protein containing sensor and EAL domains-like protein  32.4 
 
 
522 aa  154  4e-36  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.41583  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4609  cyclic diguanylate phosphodiesterase (EAL) domain protein  34.87 
 
 
533 aa  153  5.9999999999999996e-36  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.18383  normal  0.98216 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0409  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor  33.94 
 
 
925 aa  152  2e-35  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.231334  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4659  cyclic diguanylate phosphodiesterase (EAL) domain-containing protein  34.87 
 
 
533 aa  152  2e-35  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5564  cyclic diguanylate phosphodiesterase (EAL) domain protein  34.73 
 
 
528 aa  150  4e-35  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.718753  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2681  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  35.74 
 
 
862 aa  150  4e-35  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03933  hypothetical protein  34.73 
 
 
528 aa  150  5e-35  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.123718  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3931  EAL domain protein  34.73 
 
 
528 aa  150  5e-35  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03893  hypothetical protein  34.73 
 
 
528 aa  150  5e-35  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.117065  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3966  EAL domain-containing protein  34.73 
 
 
528 aa  150  5e-35  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal  0.0738656 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4303  cyclic diguanylate phosphodiesterase domain-containing protein  34.73 
 
 
528 aa  150  7e-35  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4523  cyclic diguanylate phosphodiesterase domain-containing protein  34.73 
 
 
528 aa  150  7e-35  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4614  cyclic diguanylate phosphodiesterase domain-containing protein  34.73 
 
 
528 aa  150  7e-35  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0131  EAL domain containing protein  34.22 
 
 
535 aa  149  1.0000000000000001e-34  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0148  EAL domain-containing protein  34.22 
 
 
535 aa  149  1.0000000000000001e-34  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1646  diguanylate phosphodiesterase  27.43 
 
 
501 aa  149  1.0000000000000001e-34  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2710  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  32.21 
 
 
704 aa  148  2.0000000000000003e-34  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00325078 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0146  EAL domain-containing protein  33.84 
 
 
532 aa  149  2.0000000000000003e-34  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.85827  normal  0.927101 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2925  EAL domain-containing protein  35.37 
 
 
537 aa  148  3e-34  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.341771 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0376  cyclic diguanylate phosphodiesterase (EAL) domain protein  34.38 
 
 
516 aa  148  3e-34  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.000844741  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2389  hypothetical protein  34.72 
 
 
741 aa  148  3e-34  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0436  cyclic diguanylate phosphodiesterase  34.38 
 
 
516 aa  147  3e-34  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.0237258  hitchhiker  0.0000188077 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0396  cyclic diguanylate phosphodiesterase (EAL) domain protein  34.38 
 
 
516 aa  148  3e-34  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.0476649  hitchhiker  0.000376911 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01143  conserved inner membrane protein  36.8 
 
 
507 aa  147  4.0000000000000006e-34  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2480  diguanylate phosphodiesterase  36.8 
 
 
521 aa  147  4.0000000000000006e-34  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0186873  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0383  hypothetical protein  34.38 
 
 
516 aa  147  4.0000000000000006e-34  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.0298247  normal  0.0200463 
 
 
-
 
NC_012892  B21_01151  hypothetical protein  36.8 
 
 
507 aa  147  4.0000000000000006e-34  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1264  cyclic diguanylate phosphodiesterase domain-containing protein  36.8 
 
 
521 aa  147  4.0000000000000006e-34  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.0322571  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2458  diguanylate phosphodiesterase  36.8 
 
 
521 aa  147  5e-34  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.577985  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_5097  EAL domain-containing protein  33.59 
 
 
542 aa  147  6e-34  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.217688 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1983  cyclic diguanylate phosphodiesterase domain-containing protein  37.05 
 
 
486 aa  146  8.000000000000001e-34  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.123377  normal 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4876  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  36.59 
 
 
730 aa  146  9e-34  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.735464 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1506  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  31.88 
 
 
704 aa  146  9e-34  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1307  cyclic diguanylate phosphodiesterase domain-containing protein  36.8 
 
 
521 aa  146  1e-33  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.654083  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1680  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  35.36 
 
 
1524 aa  146  1e-33  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.482461  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0805  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with GAF sensor  33.98 
 
 
706 aa  145  1e-33  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01785  predicted phosphodiesterase  26.79 
 
 
532 aa  145  2e-33  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1828  diguanylate phosphodiesterase  26.79 
 
 
532 aa  145  2e-33  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.566972  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2620  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and MHYT sensor(s)  32.82 
 
 
799 aa  145  2e-33  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_4145  hypothetical protein  27.27 
 
 
500 aa  145  2e-33  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1818  diguanylate phosphodiesterase  26.79 
 
 
532 aa  145  2e-33  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0704068  normal  0.546752 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0975  EAL domain protein  26.46 
 
 
538 aa  145  2e-33  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1905  cyclic diguanylate phosphodiesterase domain-containing protein  26.79 
 
 
532 aa  145  2e-33  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.184783  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2544  cyclic diguanylate phosphodiesterase (EAL) domain protein  26.69 
 
 
532 aa  145  2e-33  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0252853  normal 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_2003  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  33.71 
 
 
770 aa  145  2e-33  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  hitchhiker  0.0000215856  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1373  cyclic diguanylate phosphodiesterase domain-containing protein  26.5 
 
 
532 aa  145  2e-33  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.295034  normal  0.0183228 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2428  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  37.14 
 
 
954 aa  144  3e-33  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.993227  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1752  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  33.21 
 
 
659 aa  144  3e-33  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2022  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase  35.85 
 
 
589 aa  145  3e-33  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0374  cyclic diguanylate phosphodiesterase (EAL) domain-containing protein  33.98 
 
 
516 aa  145  3e-33  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal  0.0285785 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2339  aminoglycoside response regulator  33.71 
 
 
526 aa  144  5e-33  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  unclonable  0.000320511  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2811  EAL domain-containing protein  35.1 
 
 
538 aa  143  6e-33  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal  0.0278286 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_5136  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  35 
 
 
897 aa  144  6e-33  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000208588 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0254  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  35.58 
 
 
557 aa  142  9.999999999999999e-33  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0926  sensory box protein  33.21 
 
 
1063 aa  142  9.999999999999999e-33  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1268  cyclic diguanylate phosphodiesterase (EAL) domain protein  31.85 
 
 
504 aa  142  9.999999999999999e-33  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal  0.585411 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2772  hypothetical protein  28.22 
 
 
518 aa  142  9.999999999999999e-33  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>