More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Hoch_3732 on replicon NC_013440
Organism: Haliangium ochraceum DSM 14365



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013440  Hoch_3732  diguanylate phosphodiesterase  100 
 
 
271 aa  543  1e-153  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.731065  normal  0.388082 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_51660  EAL/GGDEF domain-containing protein  36.02 
 
 
592 aa  120  3e-26  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1820  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  31.25 
 
 
599 aa  115  6e-25  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.322861  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2411  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  35.4 
 
 
632 aa  115  6e-25  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00893826 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1320  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  36.64 
 
 
584 aa  114  1.0000000000000001e-24  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  hitchhiker  0.00692574  normal 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1194  hypothetical protein  36.4 
 
 
284 aa  114  2.0000000000000002e-24  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.603137  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2663  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  31.58 
 
 
753 aa  113  4.0000000000000004e-24  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2103  cyclic-di-GMP regulatory protein  33.33 
 
 
409 aa  112  5e-24  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.444099  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0555  hypothetical protein  34.07 
 
 
584 aa  111  1.0000000000000001e-23  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1678  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  34.96 
 
 
596 aa  111  1.0000000000000001e-23  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.684126  normal  0.910388 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3475  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  34.07 
 
 
583 aa  111  1.0000000000000001e-23  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3319  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  34.07 
 
 
584 aa  111  2.0000000000000002e-23  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.777593  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0735  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with extracellular sensor  36.4 
 
 
997 aa  110  3e-23  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.166586  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4001  diguanylate phosphodiesterase  34.38 
 
 
357 aa  110  3e-23  Pseudomonas putida F1  Bacteria  hitchhiker  0.00838727  normal  0.748991 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0894  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  35.96 
 
 
605 aa  110  3e-23  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.396651  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0555  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  33.63 
 
 
583 aa  110  3e-23  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1718  diguanylate phosphodiesterase  33.48 
 
 
379 aa  109  4.0000000000000004e-23  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0187822  normal  0.029577 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0514  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  34.38 
 
 
585 aa  109  4.0000000000000004e-23  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00136052  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3754  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  34.38 
 
 
585 aa  109  4.0000000000000004e-23  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00000868734  normal  0.0557959 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3936  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  34.38 
 
 
585 aa  109  5e-23  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.573208  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3810  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  34.38 
 
 
585 aa  109  5e-23  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.0000137032  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_21870  EAL domain/GGDEF domain-containing protein  35.53 
 
 
601 aa  109  6e-23  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.220571  hitchhiker  0.00056029 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0554  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  33.33 
 
 
584 aa  108  7.000000000000001e-23  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0111263  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1867  hypothetical protein  35.09 
 
 
582 aa  107  1e-22  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.145916  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0541  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  32.95 
 
 
454 aa  107  2e-22  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.965104  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1310  diguanylate phosphodiesterase  33.93 
 
 
306 aa  106  3e-22  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.016111  normal  0.292811 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0498  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  32.95 
 
 
454 aa  106  4e-22  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.617113  normal  0.576496 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3242  EAL domain-containing protein  34.65 
 
 
283 aa  106  4e-22  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.526711  normal  0.0750539 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1033  diguanylate phosphodiesterase  30.57 
 
 
413 aa  105  5e-22  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3153  putative diguanylate phosphodiesterase  33.33 
 
 
584 aa  105  6e-22  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.920716  normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2810  diguanylate phosphodiesterase  33.88 
 
 
257 aa  105  7e-22  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3438  diguanylate phosphodiesterase  34.65 
 
 
265 aa  105  8e-22  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3886  EAL domain/GGDEF domain protein  34.93 
 
 
590 aa  104  2e-21  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  hitchhiker  0.00288669  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0705  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  32.81 
 
 
590 aa  103  2e-21  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3527  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  32.3 
 
 
581 aa  103  2e-21  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0638  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  31.98 
 
 
514 aa  103  3e-21  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.8536  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0567  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  36.49 
 
 
599 aa  103  4e-21  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.75252  normal  0.598217 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0436  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  32.59 
 
 
590 aa  102  5e-21  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3566  diguanylate phosphodiesterase  34.25 
 
 
265 aa  102  6e-21  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.333064  normal  0.483567 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2042  diguanylate phosphodiesterase  33.48 
 
 
352 aa  102  6e-21  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.281797  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3724  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  33.33 
 
 
580 aa  102  8e-21  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0883602  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0430  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  32.14 
 
 
449 aa  102  8e-21  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.97576 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_2099  response regulator receiver modulated diguanylate phosphodiesterase  31.76 
 
 
402 aa  102  8e-21  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  normal  0.316821 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1598  GGDEF:CBS:EAL  34.05 
 
 
590 aa  102  9e-21  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.29213  normal  0.0431902 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0828  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with GAF sensor  33.61 
 
 
734 aa  101  1e-20  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.84548  normal  0.140102 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0617  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  32.76 
 
 
883 aa  100  2e-20  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00427205 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0891  GGDEF family protein  31.62 
 
 
433 aa  100  2e-20  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.331841  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0058  diguanylate phosphodiesterase  34.78 
 
 
357 aa  100  3e-20  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2581  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  31.73 
 
 
1066 aa  100  3e-20  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0010376 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5153  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  30.17 
 
 
729 aa  99.8  4e-20  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0699  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  27.27 
 
 
633 aa  99  7e-20  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1156  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  29.89 
 
 
859 aa  99  8e-20  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.0136706  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0902  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  28.79 
 
 
472 aa  98.2  1e-19  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.716519  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6290  diguanylate phosphodiesterase  35.11 
 
 
428 aa  98.2  1e-19  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1210  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  32.79 
 
 
797 aa  98.2  1e-19  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal  0.489928 
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0320  putative membrane associated signaling protein  31.72 
 
 
531 aa  98.2  1e-19  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.938948  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2324  diguanylate phosphodiesterase  34.73 
 
 
428 aa  97.8  2e-19  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  decreased coverage  0.00890506  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3586  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  32.68 
 
 
442 aa  97.1  2e-19  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2938  diguanylate phosphodiesterase  34.73 
 
 
428 aa  97.8  2e-19  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.200549  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2960  diguanylate phosphodiesterase  34.73 
 
 
428 aa  97.8  2e-19  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.735556  normal  0.776936 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0525  diguanylate phosphodiesterase  32.17 
 
 
251 aa  97.1  3e-19  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1628  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  31.23 
 
 
766 aa  97.1  3e-19  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1411  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  31.36 
 
 
667 aa  97.1  3e-19  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.000118993  normal  0.446718 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4345  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  31.25 
 
 
572 aa  97.1  3e-19  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1491  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  32.8 
 
 
641 aa  97.1  3e-19  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7110  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  34.25 
 
 
780 aa  96.7  4e-19  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.494922 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2479  diguanylate phosphodiesterase  34.89 
 
 
416 aa  96.7  4e-19  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0184  PAS/GGDEF domain-containing protein  28.29 
 
 
684 aa  96.7  4e-19  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1560  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  30.47 
 
 
800 aa  96.3  5e-19  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  0.0426061  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2327  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  30.83 
 
 
1158 aa  95.9  6e-19  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0264  diguanylate phosphodiesterase  30.28 
 
 
259 aa  95.9  6e-19  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.317431 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002619  C-di-GMP phosphodiesterase A-related protein  27.73 
 
 
679 aa  95.9  6e-19  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3442  diguanylate phosphodiesterase  31.03 
 
 
254 aa  95.9  6e-19  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1247  hypothetical protein  29.96 
 
 
257 aa  95.9  6e-19  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000000126257  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1163  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  28.43 
 
 
731 aa  95.9  6e-19  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2788  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase  30.17 
 
 
715 aa  95.9  7e-19  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.941936  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1933  sensory box protein  28.57 
 
 
692 aa  95.5  8e-19  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.0364295  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0346  diguanylate phosphodiesterase  32.88 
 
 
250 aa  95.5  8e-19  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.160431  normal  0.561605 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4747  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with GAF sensor  29.58 
 
 
623 aa  95.5  8e-19  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.311394  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0698  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  30.87 
 
 
574 aa  95.5  8e-19  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.247316  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4833  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with GAF sensor  29.58 
 
 
623 aa  95.5  8e-19  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1073  diguanylate phosphodiesterase  31.74 
 
 
367 aa  95.5  9e-19  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1510  diguanylate phosphodiesterase  32.65 
 
 
475 aa  94.7  1e-18  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0363  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  30 
 
 
677 aa  94.7  1e-18  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.327078  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1918  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  30.53 
 
 
520 aa  94.7  1e-18  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.23924  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0403  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  30.24 
 
 
863 aa  95.1  1e-18  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5133  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with GAF sensor  29.58 
 
 
623 aa  94.7  1e-18  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.582913  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1571  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  33.03 
 
 
583 aa  94.7  1e-18  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.260448  normal  0.637098 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1949  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  27.93 
 
 
773 aa  94  2e-18  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0637  hypothetical protein  30.57 
 
 
257 aa  94  2e-18  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  hitchhiker  0.00815017  normal 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2444  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  34.12 
 
 
683 aa  94  2e-18  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0359  diguanylate phosphodiesterase  34.68 
 
 
423 aa  94.7  2e-18  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.834381  normal 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2848  diguanylate phosphodiesterase  33.97 
 
 
428 aa  94.4  2e-18  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.423911  normal  0.493577 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1788  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  32.64 
 
 
760 aa  94.4  2e-18  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0914788  normal  0.266006 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0380  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  30 
 
 
656 aa  94.4  2e-18  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.574957  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0617  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  29.8 
 
 
830 aa  94.7  2e-18  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0171  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  31.38 
 
 
808 aa  94  2e-18  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  unclonable  0.0000289521  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03387  hypothetical protein  27.73 
 
 
679 aa  94.4  2e-18  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0635  diguanylate phosphodiesterase  33.84 
 
 
340 aa  94.4  2e-18  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2985  diguanylate phosphodiesterase  35.5 
 
 
428 aa  94.4  2e-18  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>