More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene DvMF_0971 on replicon NC_011769
Organism: Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011769  DvMF_0971  shikimate kinase  100 
 
 		 185 aa  370  1e-102  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.488424 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0723  shikimate kinase  74.57 
 
 		 180 aa  258  3e-68  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2609  shikimate kinase  64.12 
 
 		 182 aa  221  4e-57  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.0706478  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1973  shikimate kinase  57.32 
 
 		 192 aa  191  4e-48  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.0334894  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0683  shikimate kinase  49.4 
 
 		 196 aa  158  4e-38  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.47245  normal  0.517024 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0517  Shikimate kinase  45.34 
 
 		 173 aa  145  5e-34  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.0103494  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1230  shikimate kinase  39.16 
 
 		 171 aa  118  6e-26  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0200  shikimate kinase  39.62 
 
 		 174 aa  117  9.999999999999999e-26  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.495734  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_1850  shikimate kinase  40.85 
 
 		 174 aa  113  2.0000000000000002e-24  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  1  normal  0.620898 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0183  shikimate kinase  38.36 
 
 		 201 aa  113  2.0000000000000002e-24  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000000422214 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_12700  shikimate kinase  39.52 
 
 		 179 aa  112  4.0000000000000004e-24  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  0.947256  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0912  shikimate kinase  41.07 
 
 		 173 aa  112  4.0000000000000004e-24  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0096  Shikimate kinase  35.37 
 
 		 171 aa  112  4.0000000000000004e-24  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.650156  normal  1 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_2255  shikimate kinase  42.36 
 
 		 166 aa  110  8.000000000000001e-24  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3880  shikimate kinase  36.94 
 
 		 170 aa  106  2e-22  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2014  shikimate kinase  40.41 
 
 		 169 aa  105  3e-22  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1256  shikimate kinase  36.2 
 
 		 166 aa  105  5e-22  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1018  shikimate kinase  36.65 
 
 		 170 aa  104  7e-22  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3183  shikimate kinase  35.66 
 
 		 169 aa  104  9e-22  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.020728  hitchhiker  0.00306949 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2437  shikimate kinase  35.37 
 
 		 169 aa  103  2e-21  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.00281475  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0827  shikimate kinase  39.29 
 
 		 173 aa  102  3e-21  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0372  shikimate kinase  37.14 
 
 		 167 aa  101  5e-21  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.0374428  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2426  shikimate kinase  34.34 
 
 		 167 aa  99.4  3e-20  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.00106596  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0731  shikimate kinase  35.92 
 
 		 170 aa  93.6  1e-18  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  decreased coverage  0.000355155  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3097  shikimate kinase  35.37 
 
 		 177 aa  94  1e-18  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03242  shikimate kinase I  34.12 
 
 		 173 aa  85.1  6e-16  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  decreased coverage  0.00034661  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0323  Shikimate kinase  33.92 
 
 		 225 aa  84.7  6e-16  Escherichia coli DH1  Bacteria  decreased coverage  0.00000000263169  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3860  shikimate kinase I  34.12 
 
 		 173 aa  85.1  6e-16  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00000000504187  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3767  shikimate kinase I  34.12 
 
 		 173 aa  85.1  6e-16  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  decreased coverage  0.000000000000106668  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03194  hypothetical protein  34.12 
 
 		 173 aa  85.1  6e-16  Escherichia coli BL21  Bacteria  decreased coverage  0.000404125  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3666  shikimate kinase I  33.92 
 
 		 225 aa  84.7  6e-16  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  unclonable  0.000000000538429  normal  0.0827574 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3586  shikimate kinase I  34.12 
 
 		 173 aa  85.1  6e-16  Escherichia coli HS  Bacteria  decreased coverage  2.9305899999999995e-20  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2925  shikimate kinase  34.36 
 
 		 179 aa  84.7  6e-16  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4694  shikimate kinase I  33.92 
 
 		 225 aa  85.1  6e-16  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  unclonable  0.00000000528588  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0323  shikimate kinase I  34.12 
 
 		 173 aa  85.1  6e-16  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.000129228  normal  0.10404 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0528  Shikimate kinase  32.08 
 
 		 166 aa  84.3  8e-16  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  0.276227  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3883  shikimate kinase I  33.53 
 
 		 173 aa  83.6  0.000000000000001  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  decreased coverage  0.000719849  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0894  shikimate kinase  35.88 
 
 		 190 aa  83.2  0.000000000000002  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  hitchhiker  0.00120765  hitchhiker  0.000836884 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0225  shikimate kinase I  33.53 
 
 		 173 aa  82.4  0.000000000000003  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  decreased coverage  0.000000000752096  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4605  shikimate kinase I  33.53 
 
 		 173 aa  82.4  0.000000000000003  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  unclonable  0.000000000116276  normal  1 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3727  shikimate kinase I  33.53 
 
 		 173 aa  82.4  0.000000000000003  Yersinia pestis Angola  Bacteria  decreased coverage  0.00000000014395  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3966  shikimate kinase I  33.53 
 
 		 173 aa  82.4  0.000000000000003  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  decreased coverage  1.60057e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3803  shikimate kinase I  33.53 
 
 		 173 aa  82.4  0.000000000000004  Enterobacter sp. 638  Bacteria  decreased coverage  0.00268813  normal  0.803666 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00028  shikimate kinase I  34.32 
 
 		 172 aa  82  0.000000000000004  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2722  shikimate kinase I  33.73 
 
 		 172 aa  81.6  0.000000000000005  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3686  shikimate kinase I  32.94 
 
 		 173 aa  81.6  0.000000000000006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  unclonable  0.00000000000028278  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3793  shikimate kinase I  32.94 
 
 		 173 aa  81.6  0.000000000000006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.013782  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3759  shikimate kinase I  32.94 
 
 		 173 aa  81.6  0.000000000000006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  hitchhiker  0.00136839  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3684  shikimate kinase I  32.94 
 
 		 173 aa  81.6  0.000000000000006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  decreased coverage  0.0000504262  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3855  shikimate kinase I  32.94 
 
 		 173 aa  81.6  0.000000000000006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  decreased coverage  0.0000716125  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2206  shikimate kinase I  33.73 
 
 		 174 aa  80.5  0.00000000000001  Vibrio cholerae O395  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000184461  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3130  shikimate kinase  34.78 
 
 		 192 aa  80.1  0.00000000000002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4010  shikimate kinase I  38.51 
 
 		 196 aa  79.7  0.00000000000002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1002  shikimate kinase  33.77 
 
 		 183 aa  80.1  0.00000000000002  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_1030  shikimate 5-dehydrogenase  29.01 
 
 		 454 aa  78.6  0.00000000000004  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2092  shikimate kinase II  34.18 
 
 		 175 aa  78.6  0.00000000000005  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.300334  normal  0.0606791 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0678  shikimate kinase  34.93 
 
 		 182 aa  78.6  0.00000000000005  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.211914 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0786  shikimate kinase  35.37 
 
 		 174 aa  78.2  0.00000000000006  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.549744  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1609  shikimate kinase  33.13 
 
 		 185 aa  78.2  0.00000000000007  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.451303 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3267  shikimate kinase  37.24 
 
 		 229 aa  77.8  0.00000000000008  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0294  shikimate kinase  35.93 
 
 		 204 aa  77.8  0.00000000000009  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.638845 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0613  shikimate kinase  32.3 
 
 		 180 aa  77  0.0000000000001  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0024  shikimate kinase I  32.93 
 
 		 173 aa  77  0.0000000000002  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1308  shikimate kinase  33.54 
 
 		 172 aa  76.6  0.0000000000002  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  0.0211808 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0091  shikimate kinase  31.74 
 
 		 173 aa  75.9  0.0000000000003  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  0.10625 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2209  shikimate kinase  35.58 
 
 		 165 aa  76.3  0.0000000000003  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.218962  normal  0.751084 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0163  shikimate kinase  33.14 
 
 		 171 aa  75.9  0.0000000000003  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.919882  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0505  shikimate kinase  36.67 
 
 		 200 aa  75.5  0.0000000000004  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1639  shikimate kinase  30.95 
 
 		 187 aa  75.5  0.0000000000005  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  hitchhiker  0.00313687  normal  0.0402231 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0330  shikimate kinase  35.62 
 
 		 179 aa  74.7  0.0000000000006  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.15338  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2794  shikimate kinase  34.97 
 
 		 183 aa  74.7  0.0000000000006  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3757  shikimate kinase  33.73 
 
 		 220 aa  74.7  0.0000000000006  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  0.28547 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0392  shikimate kinase  33.53 
 
 		 184 aa  74.7  0.0000000000006  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0260  Shikimate kinase  31.64 
 
 		 189 aa  74.7  0.0000000000007  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.0179047  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0535  shikimate kinase  36.91 
 
 		 205 aa  74.7  0.0000000000007  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.74412  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3024  shikimate kinase  33.15 
 
 		 199 aa  74.3  0.0000000000009  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0359  shikimate kinase  33.74 
 
 		 183 aa  73.9  0.000000000001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.0471264 
 
 
-
 
NC_008309  HS_1113  shikimate kinase  31.82 
 
 		 163 aa  73.6  0.000000000001  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  decreased coverage  0.0015491  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3206  shikimate kinase  33.15 
 
 		 209 aa  73.9  0.000000000001  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.289523  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0994  shikimate kinase I  32.12 
 
 		 175 aa  73.6  0.000000000002  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0963  shikimate kinase I  32.12 
 
 		 175 aa  73.6  0.000000000002  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0338  Shikimate kinase  31.07 
 
 		 189 aa  73.2  0.000000000002  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3729  shikimate kinase  32.93 
 
 		 184 aa  73.2  0.000000000002  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.427035  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3489  shikimate kinase  33.53 
 
 		 184 aa  73.6  0.000000000002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0311  shikimate kinase  32.93 
 
 		 184 aa  73.6  0.000000000002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4543  shikimate kinase  29.17 
 
 		 176 aa  72  0.000000000004  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.715983  normal  1 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3758  shikimate kinase  33.13 
 
 		 177 aa  72  0.000000000005  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.485321  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1757  shikimate kinase  33.13 
 
 		 177 aa  72  0.000000000005  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2747  shikimate kinase  33.13 
 
 		 177 aa  72  0.000000000005  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2797  shikimate kinase  33.13 
 
 		 177 aa  72  0.000000000005  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.135069  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0694  shikimate kinase  31.29 
 
 		 167 aa  72  0.000000000005  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.233345  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3700  shikimate kinase  33.13 
 
 		 177 aa  72  0.000000000005  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.049823  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3014  Shikimate kinase  33.56 
 
 		 203 aa  71.6  0.000000000006  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  0.0650528 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0261  shikimate kinase I  31.95 
 
 		 171 aa  71.6  0.000000000006  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  decreased coverage  0.000000154257  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_45250  shikimate kinase  33.74 
 
 		 172 aa  71.2  0.000000000007  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2970  shikimate kinase  34.48 
 
 		 190 aa  71.2  0.000000000008  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3598  shikimate kinase  32.52 
 
 		 183 aa  71.2  0.000000000008  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.000887516  hitchhiker  0.0000000252706 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_1855  shikimate kinase  30.38 
 
 		 181 aa  71.2  0.000000000008  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2686  shikimate kinase  31.71 
 
 		 169 aa  71.2  0.000000000008  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.536815  normal  0.0662498 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3894  shikimate kinase I  31.95 
 
 		 171 aa  70.9  0.000000000009  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  unclonable  0.00000000513438  normal  0.331881 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>