More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Cthe_2437 on replicon NC_009012
Organism: Clostridium thermocellum ATCC 27405



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009012  Cthe_2437  shikimate kinase  100 
 
 
169 aa  341  2.9999999999999997e-93  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.00281475  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0731  shikimate kinase  51.81 
 
 
170 aa  187  5.999999999999999e-47  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  decreased coverage  0.000355155  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_2255  shikimate kinase  56.05 
 
 
166 aa  182  1.0000000000000001e-45  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1256  shikimate kinase  52.44 
 
 
166 aa  179  1e-44  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_1850  shikimate kinase  49.69 
 
 
174 aa  178  4e-44  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  normal  0.620898 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3880  shikimate kinase  50 
 
 
170 aa  167  4e-41  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1018  shikimate kinase  45 
 
 
170 aa  166  2e-40  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0372  shikimate kinase  46.3 
 
 
167 aa  157  7e-38  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.0374428  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0096  Shikimate kinase  44.38 
 
 
171 aa  154  7e-37  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.650156  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2014  shikimate kinase  46.41 
 
 
169 aa  150  7e-36  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3097  shikimate kinase  46.25 
 
 
177 aa  149  1e-35  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1230  shikimate kinase  44.44 
 
 
171 aa  145  3e-34  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_12700  shikimate kinase  47.71 
 
 
179 aa  142  2e-33  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  0.947256  normal 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0517  Shikimate kinase  40.99 
 
 
173 aa  135  3.0000000000000003e-31  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.0103494  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2609  shikimate kinase  41.98 
 
 
182 aa  133  9.999999999999999e-31  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.0706478  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2426  shikimate kinase  38.71 
 
 
167 aa  127  6e-29  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.00106596  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0183  shikimate kinase  40.61 
 
 
201 aa  123  1e-27  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000000422214 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0912  shikimate kinase  36.71 
 
 
173 aa  122  2e-27  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0200  shikimate kinase  40 
 
 
174 aa  121  5e-27  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.495734  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1973  shikimate kinase  39.1 
 
 
192 aa  119  1.9999999999999998e-26  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.0334894  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0827  shikimate kinase  43.4 
 
 
173 aa  112  2.0000000000000002e-24  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3183  shikimate kinase  40.94 
 
 
169 aa  112  3e-24  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.020728  hitchhiker  0.00306949 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0723  shikimate kinase  38.46 
 
 
180 aa  106  1e-22  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0683  shikimate kinase  37.11 
 
 
196 aa  106  2e-22  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.47245  normal  0.517024 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0971  shikimate kinase  35.37 
 
 
185 aa  103  1e-21  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.488424 
 
 
-
 
NC_003912  CJE0436  shikimate kinase  35.76 
 
 
165 aa  97.8  6e-20  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_0410  shikimate kinase  35.15 
 
 
165 aa  97.1  1e-19  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_1571  shikimate kinase  34.55 
 
 
165 aa  93.2  1e-18  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1002  shikimate kinase  33.91 
 
 
183 aa  89.4  2e-17  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_0776  shikimate kinase  36.09 
 
 
173 aa  85.9  2e-16  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0694  shikimate kinase  34.81 
 
 
167 aa  86.3  2e-16  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  hitchhiker  0.00295001  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0694  shikimate kinase  34.81 
 
 
167 aa  86.3  2e-16  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.233345  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2368  Shikimate kinase  36.48 
 
 
165 aa  85.5  3e-16  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.0733676  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0660  shikimate kinase  34.87 
 
 
436 aa  85.1  4e-16  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  0.737166  normal 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0441  shikimate kinase  31.29 
 
 
176 aa  84.7  5e-16  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  0.567872  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3757  shikimate kinase  34.36 
 
 
220 aa  84.7  6e-16  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal  0.28547 
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0535  shikimate kinase  34.15 
 
 
165 aa  84.7  6e-16  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2209  shikimate kinase  34.18 
 
 
165 aa  83.2  0.000000000000001  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.218962  normal  0.751084 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2646  shikimate kinase  32.52 
 
 
220 aa  83.2  0.000000000000002  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.323516  normal 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1754  Shikimate kinase  33.53 
 
 
184 aa  82.4  0.000000000000002  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3889  shikimate kinase  31.87 
 
 
196 aa  82.8  0.000000000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.090563  decreased coverage  0.00239824 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1563  shikimate 5-dehydrogenase  31.1 
 
 
462 aa  82.8  0.000000000000002  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1381  Shikimate kinase  30.26 
 
 
188 aa  82  0.000000000000003  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0611  shikimate kinase  35.81 
 
 
180 aa  81.6  0.000000000000005  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.78726  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3534  Shikimate kinase  34.94 
 
 
207 aa  81.6  0.000000000000005  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2549  Shikimate kinase  28.83 
 
 
189 aa  81.3  0.000000000000006  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4089  shikimate kinase  32.32 
 
 
165 aa  81.3  0.000000000000007  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1187  shikimate kinase  34.52 
 
 
174 aa  81.3  0.000000000000007  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2925  shikimate kinase  31.45 
 
 
179 aa  80.9  0.000000000000008  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3987  shikimate kinase  32.32 
 
 
165 aa  80.1  0.00000000000001  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.585593  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4605  shikimate kinase I  33.73 
 
 
173 aa  80.1  0.00000000000001  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  unclonable  0.000000000116276  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3883  shikimate kinase I  33.73 
 
 
173 aa  80.1  0.00000000000001  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  decreased coverage  0.000719849  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0692  shikimate kinase  35.81 
 
 
180 aa  80.5  0.00000000000001  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_0052  shikimate kinase  34.1 
 
 
170 aa  80.5  0.00000000000001  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3727  shikimate kinase I  33.73 
 
 
173 aa  79.7  0.00000000000002  Yersinia pestis Angola  Bacteria  decreased coverage  0.00000000014395  normal 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_407  shikimate kinase  29.7 
 
 
176 aa  79.7  0.00000000000002  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0225  shikimate kinase I  33.73 
 
 
173 aa  79.7  0.00000000000002  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  decreased coverage  0.000000000752096  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4053  shikimate kinase  31.48 
 
 
197 aa  79.7  0.00000000000002  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.477248  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3401  shikimate kinase  31.79 
 
 
182 aa  79.7  0.00000000000002  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3966  shikimate kinase I  33.73 
 
 
173 aa  79.7  0.00000000000002  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  decreased coverage  1.60057e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1556  shikimate kinase  32.5 
 
 
173 aa  78.6  0.00000000000004  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal  0.367363 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2565  shikimate kinase  32.1 
 
 
192 aa  78.6  0.00000000000004  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.412267 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03242  shikimate kinase I  33.54 
 
 
173 aa  78.2  0.00000000000005  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  decreased coverage  0.00034661  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3684  shikimate kinase I  33.54 
 
 
173 aa  78.2  0.00000000000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  decreased coverage  0.0000504262  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3767  shikimate kinase I  33.54 
 
 
173 aa  78.2  0.00000000000005  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  decreased coverage  0.000000000000106668  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0323  shikimate kinase I  33.54 
 
 
173 aa  78.2  0.00000000000005  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.000129228  normal  0.10404 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3793  shikimate kinase I  33.54 
 
 
173 aa  78.2  0.00000000000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.013782  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3686  shikimate kinase I  33.54 
 
 
173 aa  78.2  0.00000000000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  unclonable  0.00000000000028278  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3855  shikimate kinase I  33.54 
 
 
173 aa  78.2  0.00000000000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  decreased coverage  0.0000716125  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3759  shikimate kinase I  33.54 
 
 
173 aa  78.2  0.00000000000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  hitchhiker  0.00136839  normal 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00028  shikimate kinase I  33.14 
 
 
172 aa  78.2  0.00000000000005  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3586  shikimate kinase I  33.54 
 
 
173 aa  78.2  0.00000000000005  Escherichia coli HS  Bacteria  decreased coverage  2.9305899999999995e-20  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03194  hypothetical protein  33.54 
 
 
173 aa  78.2  0.00000000000005  Escherichia coli BL21  Bacteria  decreased coverage  0.000404125  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3860  shikimate kinase I  33.54 
 
 
173 aa  78.2  0.00000000000005  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00000000504187  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0678  shikimate kinase  29.41 
 
 
182 aa  77.8  0.00000000000007  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.211914 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0528  Shikimate kinase  31.52 
 
 
166 aa  77.4  0.00000000000008  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  0.276227  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2617  Shikimate kinase  30.54 
 
 
206 aa  77.4  0.00000000000008  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1220  shikimate kinase  33.53 
 
 
190 aa  77.4  0.00000000000009  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.455019  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3803  shikimate kinase I  33.54 
 
 
173 aa  77.4  0.00000000000009  Enterobacter sp. 638  Bacteria  decreased coverage  0.00268813  normal  0.803666 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0323  Shikimate kinase  33.54 
 
 
225 aa  77  0.0000000000001  Escherichia coli DH1  Bacteria  decreased coverage  0.00000000263169  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0472  shikimate kinase  34.12 
 
 
172 aa  77  0.0000000000001  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.0810879  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5127  shikimate kinase  31.93 
 
 
172 aa  77  0.0000000000001  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4694  shikimate kinase I  33.54 
 
 
225 aa  77  0.0000000000001  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  unclonable  0.00000000528588  normal 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2400  shikimate kinase  31.93 
 
 
235 aa  77  0.0000000000001  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal  0.0971022 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3666  shikimate kinase I  33.54 
 
 
225 aa  77  0.0000000000001  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  unclonable  0.000000000538429  normal  0.0827574 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2353  shikimate kinase  31.93 
 
 
235 aa  77  0.0000000000001  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2394  shikimate kinase  31.93 
 
 
235 aa  77  0.0000000000001  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.0537211  normal  0.130016 
 
 
-
 
NC_002936  DET0464  shikimate kinase  27.54 
 
 
176 aa  76.3  0.0000000000002  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4313  shikimate kinase  32.32 
 
 
170 aa  76.6  0.0000000000002  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4366  shikimate kinase  31.9 
 
 
165 aa  76.3  0.0000000000002  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS4137  shikimate kinase  30.49 
 
 
165 aa  76.3  0.0000000000002  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.151576  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0408  shikimate kinase  31.93 
 
 
172 aa  75.9  0.0000000000002  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2206  shikimate kinase I  32.54 
 
 
174 aa  76.3  0.0000000000002  Vibrio cholerae O395  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000184461  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0207  shikimate kinase  31.06 
 
 
183 aa  76.3  0.0000000000002  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.807253  normal  0.16478 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4457  shikimate kinase  30.49 
 
 
165 aa  76.3  0.0000000000002  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.745283  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12559  shikimate kinase  31.71 
 
 
176 aa  75.9  0.0000000000002  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  hitchhiker  0.0000000121488  normal  0.108726 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2486  Shikimate kinase  32.95 
 
 
192 aa  75.9  0.0000000000002  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0877  Shikimate kinase  33.33 
 
 
176 aa  75.9  0.0000000000002  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal  0.317471 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0547  shikimate kinase  32.91 
 
 
163 aa  75.5  0.0000000000003  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0786  shikimate kinase  29.27 
 
 
174 aa  75.9  0.0000000000003  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.549744  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>