More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dvul_0723 on replicon NC_008751
Organism: Desulfovibrio vulgaris DP4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008751  Dvul_0723  shikimate kinase  100 
 
 		 180 aa  367  1e-101  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0971  shikimate kinase  74.57 
 
 		 185 aa  258  3e-68  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.488424 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2609  shikimate kinase  68.15 
 
 		 182 aa  223  9e-58  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.0706478  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1973  shikimate kinase  55.28 
 
 		 192 aa  188  2.9999999999999997e-47  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.0334894  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0683  shikimate kinase  50.61 
 
 		 196 aa  165  2.9999999999999998e-40  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.47245  normal  0.517024 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0517  Shikimate kinase  46.25 
 
 		 173 aa  149  2e-35  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.0103494  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_1850  shikimate kinase  39.16 
 
 		 174 aa  116  1.9999999999999998e-25  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  1  normal  0.620898 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_12700  shikimate kinase  35.26 
 
 		 179 aa  114  7.999999999999999e-25  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  0.947256  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1230  shikimate kinase  39.75 
 
 		 171 aa  114  1.0000000000000001e-24  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0827  shikimate kinase  39.86 
 
 		 173 aa  114  1.0000000000000001e-24  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0096  Shikimate kinase  33.94 
 
 		 171 aa  112  2.0000000000000002e-24  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.650156  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0183  shikimate kinase  39.88 
 
 		 201 aa  112  3e-24  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000000422214 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0200  shikimate kinase  39.88 
 
 		 174 aa  111  6e-24  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.495734  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0912  shikimate kinase  39.51 
 
 		 173 aa  110  1.0000000000000001e-23  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_2255  shikimate kinase  40.85 
 
 		 166 aa  110  1.0000000000000001e-23  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1256  shikimate kinase  34.36 
 
 		 166 aa  109  2.0000000000000002e-23  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3880  shikimate kinase  35.19 
 
 		 170 aa  108  3e-23  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3183  shikimate kinase  36.36 
 
 		 169 aa  108  3e-23  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.020728  hitchhiker  0.00306949 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2014  shikimate kinase  37.5 
 
 		 169 aa  108  3e-23  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0372  shikimate kinase  36.62 
 
 		 167 aa  107  9.000000000000001e-23  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.0374428  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2437  shikimate kinase  38.46 
 
 		 169 aa  106  2e-22  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.00281475  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3097  shikimate kinase  38.27 
 
 		 177 aa  105  4e-22  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0731  shikimate kinase  35.92 
 
 		 170 aa  97.1  1e-19  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  decreased coverage  0.000355155  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1018  shikimate kinase  35.21 
 
 		 170 aa  95.9  3e-19  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2426  shikimate kinase  34.15 
 
 		 167 aa  93.2  2e-18  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.00106596  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_1030  shikimate 5-dehydrogenase  30.86 
 
 		 454 aa  90.9  8e-18  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03242  shikimate kinase I  34.12 
 
 		 173 aa  90.1  1e-17  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  decreased coverage  0.00034661  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0323  Shikimate kinase  33.53 
 
 		 225 aa  90.1  1e-17  Escherichia coli DH1  Bacteria  decreased coverage  0.00000000263169  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3586  shikimate kinase I  34.12 
 
 		 173 aa  90.1  1e-17  Escherichia coli HS  Bacteria  decreased coverage  2.9305899999999995e-20  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03194  hypothetical protein  34.12 
 
 		 173 aa  90.1  1e-17  Escherichia coli BL21  Bacteria  decreased coverage  0.000404125  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4694  shikimate kinase I  33.53 
 
 		 225 aa  90.1  1e-17  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  unclonable  0.00000000528588  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3767  shikimate kinase I  34.12 
 
 		 173 aa  90.1  1e-17  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  decreased coverage  0.000000000000106668  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3666  shikimate kinase I  33.53 
 
 		 225 aa  90.1  1e-17  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  unclonable  0.000000000538429  normal  0.0827574 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0323  shikimate kinase I  34.12 
 
 		 173 aa  90.1  1e-17  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.000129228  normal  0.10404 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3860  shikimate kinase I  34.12 
 
 		 173 aa  90.1  1e-17  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00000000504187  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3883  shikimate kinase I  33.53 
 
 		 173 aa  89  3e-17  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  decreased coverage  0.000719849  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0528  Shikimate kinase  32.1 
 
 		 166 aa  89.4  3e-17  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  0.276227  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4605  shikimate kinase I  33.53 
 
 		 173 aa  88.2  6e-17  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  unclonable  0.000000000116276  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2722  shikimate kinase I  33.33 
 
 		 172 aa  88.2  6e-17  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3966  shikimate kinase I  33.53 
 
 		 173 aa  87.8  7e-17  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  decreased coverage  1.60057e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3727  shikimate kinase I  33.53 
 
 		 173 aa  87.8  7e-17  Yersinia pestis Angola  Bacteria  decreased coverage  0.00000000014395  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0225  shikimate kinase I  33.53 
 
 		 173 aa  87.8  7e-17  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  decreased coverage  0.000000000752096  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3759  shikimate kinase I  32.56 
 
 		 173 aa  87.4  1e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  hitchhiker  0.00136839  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3855  shikimate kinase I  32.56 
 
 		 173 aa  87.4  1e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  decreased coverage  0.0000716125  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3803  shikimate kinase I  33.14 
 
 		 173 aa  87.4  1e-16  Enterobacter sp. 638  Bacteria  decreased coverage  0.00268813  normal  0.803666 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3793  shikimate kinase I  32.56 
 
 		 173 aa  87.4  1e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.013782  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3684  shikimate kinase I  32.56 
 
 		 173 aa  87.4  1e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  decreased coverage  0.0000504262  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3686  shikimate kinase I  32.56 
 
 		 173 aa  87.4  1e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  unclonable  0.00000000000028278  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00028  shikimate kinase I  32.35 
 
 		 172 aa  85.1  5e-16  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0024  shikimate kinase I  32.75 
 
 		 173 aa  84.7  7e-16  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0894  shikimate kinase  33.1 
 
 		 190 aa  84  0.000000000000001  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  hitchhiker  0.00120765  hitchhiker  0.000836884 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2206  shikimate kinase I  31.76 
 
 		 174 aa  83.6  0.000000000000001  Vibrio cholerae O395  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000184461  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0979  Shikimate kinase  28.9 
 
 		 187 aa  82.4  0.000000000000003  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  0.0506883 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0952  Shikimate kinase  28.9 
 
 		 187 aa  82.4  0.000000000000003  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2925  shikimate kinase  33.79 
 
 		 179 aa  81.6  0.000000000000006  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0994  shikimate kinase I  33.53 
 
 		 175 aa  81.3  0.000000000000008  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0963  shikimate kinase I  33.53 
 
 		 175 aa  81.3  0.000000000000008  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0678  shikimate kinase  32.32 
 
 		 182 aa  80.5  0.00000000000001  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.211914 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3130  shikimate kinase  34.15 
 
 		 192 aa  79.7  0.00000000000002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_45250  shikimate kinase  33.94 
 
 		 172 aa  79.7  0.00000000000002  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0260  Shikimate kinase  32.95 
 
 		 189 aa  80.1  0.00000000000002  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.0179047  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0330  shikimate kinase  33.13 
 
 		 179 aa  79.3  0.00000000000003  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.15338  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0338  Shikimate kinase  33.53 
 
 		 189 aa  79.3  0.00000000000003  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0163  shikimate kinase  31.55 
 
 		 171 aa  78.2  0.00000000000006  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.919882  normal  1 
 
 
-
 
NC_008309  HS_1113  shikimate kinase  31.45 
 
 		 163 aa  77.8  0.00000000000007  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  decreased coverage  0.0015491  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1002  shikimate kinase  32.24 
 
 		 183 aa  77.8  0.00000000000007  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2794  shikimate kinase  34.34 
 
 		 183 aa  77  0.0000000000001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1700  Shikimate kinase  30.25 
 
 		 172 aa  77.4  0.0000000000001  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0547  shikimate kinase  32.48 
 
 		 163 aa  76.6  0.0000000000002  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0215  shikimate kinase  37.96 
 
 		 172 aa  76.6  0.0000000000002  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.365544  normal  1 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_0346  shikimate kinase  30.99 
 
 		 191 aa  76.3  0.0000000000002  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_1855  shikimate kinase  30.18 
 
 		 181 aa  76.3  0.0000000000002  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0294  shikimate kinase  33.73 
 
 		 204 aa  76.3  0.0000000000002  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.638845 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3267  shikimate kinase  33.13 
 
 		 229 aa  76.6  0.0000000000002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1639  shikimate kinase  31.36 
 
 		 187 aa  76.6  0.0000000000002  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  hitchhiker  0.00313687  normal  0.0402231 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1899  Shikimate kinase  27.59 
 
 		 184 aa  75.9  0.0000000000003  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000000000431404 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3894  shikimate kinase I  31.14 
 
 		 171 aa  75.5  0.0000000000003  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  unclonable  0.00000000513438  normal  0.331881 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0270  Shikimate kinase  32.72 
 
 		 184 aa  75.5  0.0000000000003  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  decreased coverage  0.000000287272  normal  0.701055 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4202  shikimate kinase I  31.14 
 
 		 171 aa  75.5  0.0000000000004  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  0.0000000383652  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4003  shikimate kinase I  31.14 
 
 		 171 aa  75.5  0.0000000000004  Shewanella baltica OS223  Bacteria  decreased coverage  0.00000000558194  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0261  shikimate kinase I  31.14 
 
 		 171 aa  75.5  0.0000000000004  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  decreased coverage  0.000000154257  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4084  shikimate kinase I  31.14 
 
 		 171 aa  75.5  0.0000000000004  Shewanella baltica OS185  Bacteria  unclonable  0.00000000000358948  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3698  shikimate kinase I  31.14 
 
 		 171 aa  75.1  0.0000000000004  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  unclonable  0.00000000225658  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0247  shikimate kinase I  31.14 
 
 		 171 aa  75.1  0.0000000000004  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.000000294714  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4113  shikimate kinase I  31.14 
 
 		 171 aa  75.5  0.0000000000004  Shewanella baltica OS155  Bacteria  unclonable  0.00000000040137  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_0776  shikimate kinase  27.44 
 
 		 173 aa  75.5  0.0000000000004  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0472  shikimate kinase  31.36 
 
 		 172 aa  75.1  0.0000000000005  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.0810879  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0613  shikimate kinase  32.68 
 
 		 180 aa  75.1  0.0000000000005  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2092  shikimate kinase II  31.48 
 
 		 175 aa  75.1  0.0000000000005  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.300334  normal  0.0606791 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0532  shikimate kinase  32.93 
 
 		 206 aa  74.7  0.0000000000006  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.398364 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0286  shikimate kinase I  31.14 
 
 		 171 aa  74.7  0.0000000000007  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3014  Shikimate kinase  31.06 
 
 		 203 aa  74.3  0.0000000000008  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  0.0650528 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1718  shikimate kinase  33.33 
 
 		 208 aa  74.3  0.0000000000008  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.825758  normal  0.851225 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0786  shikimate kinase  31.33 
 
 		 174 aa  74.3  0.0000000000009  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.549744  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3706  shikimate kinase I  31.14 
 
 		 171 aa  73.9  0.000000000001  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  unclonable  0.000000000103243  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_2345  shikimate kinase  31.58 
 
 		 199 aa  73.9  0.000000000001  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_2137  shikimate kinase  29.88 
 
 		 174 aa  73.9  0.000000000001  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.628527  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0359  shikimate kinase  34.48 
 
 		 183 aa  73.9  0.000000000001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.0471264 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_1506  shikimate kinase  29.05 
 
 		 184 aa  73.6  0.000000000001  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  0.494789 
 
 
-
 
NC_005945  BAS4137  shikimate kinase  33.04 
 
 		 165 aa  72.8  0.000000000002  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.151576  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>