More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sde_1230 on replicon NC_007912
Organism: Saccharophagus degradans 2-40



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007912  Sde_1230  shikimate kinase  100 
 
 		 171 aa  347  4e-95  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_2255  shikimate kinase  43.98 
 
 		 166 aa  155  3e-37  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3097  shikimate kinase  49.32 
 
 		 177 aa  150  1e-35  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1256  shikimate kinase  43.31 
 
 		 166 aa  148  5e-35  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_1850  shikimate kinase  41.77 
 
 		 174 aa  146  2.0000000000000003e-34  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  1  normal  0.620898 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2437  shikimate kinase  44.44 
 
 		 169 aa  145  3e-34  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.00281475  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0912  shikimate kinase  40.12 
 
 		 173 aa  143  1e-33  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2014  shikimate kinase  44.3 
 
 		 169 aa  140  9.999999999999999e-33  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0517  Shikimate kinase  45.45 
 
 		 173 aa  137  4.999999999999999e-32  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.0103494  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0372  shikimate kinase  42.24 
 
 		 167 aa  137  7.999999999999999e-32  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.0374428  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0096  Shikimate kinase  39.29 
 
 		 171 aa  136  1e-31  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.650156  normal  1 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3880  shikimate kinase  38.69 
 
 		 170 aa  132  1.9999999999999998e-30  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_12700  shikimate kinase  41.07 
 
 		 179 aa  131  5e-30  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  0.947256  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1018  shikimate kinase  42.67 
 
 		 170 aa  129  2.0000000000000002e-29  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0731  shikimate kinase  38.18 
 
 		 170 aa  125  3e-28  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  decreased coverage  0.000355155  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2609  shikimate kinase  40 
 
 		 182 aa  124  5e-28  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.0706478  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0683  shikimate kinase  41.21 
 
 		 196 aa  122  2e-27  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.47245  normal  0.517024 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1973  shikimate kinase  40 
 
 		 192 aa  120  7e-27  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.0334894  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3183  shikimate kinase  39.58 
 
 		 169 aa  118  3.9999999999999996e-26  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.020728  hitchhiker  0.00306949 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0971  shikimate kinase  39.16 
 
 		 185 aa  118  3.9999999999999996e-26  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.488424 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0723  shikimate kinase  39.75 
 
 		 180 aa  114  8.999999999999998e-25  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2426  shikimate kinase  38.22 
 
 		 167 aa  113  2.0000000000000002e-24  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.00106596  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0827  shikimate kinase  36.09 
 
 		 173 aa  108  5e-23  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0183  shikimate kinase  33.54 
 
 		 201 aa  100  7e-21  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000000422214 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1002  shikimate kinase  35.98 
 
 		 183 aa  99  3e-20  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0200  shikimate kinase  34.15 
 
 		 174 aa  97.4  7e-20  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.495734  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0678  shikimate kinase  34.38 
 
 		 182 aa  97.1  1e-19  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.211914 
 
 
-
 
NC_003912  CJE0436  shikimate kinase  34.32 
 
 		 165 aa  95.1  4e-19  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_0410  shikimate kinase  34.32 
 
 		 165 aa  94.7  6e-19  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0660  shikimate kinase  35.37 
 
 		 436 aa  92.4  3e-18  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  0.737166  normal  1 
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_1571  shikimate kinase  33.14 
 
 		 165 aa  90.9  8e-18  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1145  shikimate kinase  35.62 
 
 		 182 aa  90.5  1e-17  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0528  Shikimate kinase  34.81 
 
 		 166 aa  89  3e-17  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  0.276227  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00028  shikimate kinase I  33.33 
 
 		 172 aa  89  3e-17  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2313  Shikimate kinase  34.3 
 
 		 168 aa  88.2  5e-17  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.0915782  hitchhiker  0.00353016 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2925  shikimate kinase  35.4 
 
 		 179 aa  87.4  9e-17  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0150  shikimate kinase  38.62 
 
 		 178 aa  86.3  2e-16  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.999623  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0168  shikimate kinase  38.62 
 
 		 178 aa  86.3  2e-16  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  decreased coverage  0.00656319  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1282  shikimate kinase  33.14 
 
 		 178 aa  85.5  3e-16  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.410778  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3757  shikimate kinase  34.76 
 
 		 220 aa  85.1  4e-16  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  0.28547 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0786  shikimate kinase  33.33 
 
 		 174 aa  85.5  4e-16  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.549744  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3401  shikimate kinase  33.12 
 
 		 182 aa  85.1  4e-16  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_0776  shikimate kinase  32 
 
 		 173 aa  84.7  5e-16  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2456  shikimate kinase  32.73 
 
 		 170 aa  84.3  8e-16  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.209695  normal  0.679915 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1020  shikimate kinase  36.09 
 
 		 177 aa  84  9e-16  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1609  shikimate kinase  31.82 
 
 		 185 aa  84  9e-16  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.451303 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2206  shikimate kinase I  31.58 
 
 		 174 aa  83.6  0.000000000000001  Vibrio cholerae O395  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000184461  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0611  shikimate kinase  31.21 
 
 		 180 aa  84  0.000000000000001  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.78726  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0013  shikimate kinase  35.9 
 
 		 175 aa  83.6  0.000000000000001  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.668155  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2646  shikimate kinase  33.54 
 
 		 220 aa  83.6  0.000000000000001  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.323516  normal  1 
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1187  shikimate kinase  29.76 
 
 		 174 aa  82.8  0.000000000000002  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0666  shikimate kinase I  34.68 
 
 		 171 aa  82.8  0.000000000000002  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  unclonable  0.0000000317623  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1091  shikimate kinase  35.9 
 
 		 172 aa  82.4  0.000000000000003  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.393566  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3883  shikimate kinase I  32.35 
 
 		 173 aa  82.4  0.000000000000003  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  decreased coverage  0.000719849  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0215  shikimate kinase  32.93 
 
 		 172 aa  82  0.000000000000004  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.365544  normal  1 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0692  shikimate kinase  31.21 
 
 		 180 aa  82  0.000000000000004  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0613  shikimate kinase  32.53 
 
 		 180 aa  81.6  0.000000000000005  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0652  shikimate kinase  33.54 
 
 		 195 aa  81.3  0.000000000000006  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1308  shikimate kinase  35.37 
 
 		 172 aa  81.3  0.000000000000007  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  0.0211808 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03242  shikimate kinase I  31.76 
 
 		 173 aa  80.9  0.000000000000008  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  decreased coverage  0.00034661  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3855  shikimate kinase I  31.76 
 
 		 173 aa  80.9  0.000000000000008  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  decreased coverage  0.0000716125  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3759  shikimate kinase I  31.76 
 
 		 173 aa  80.9  0.000000000000008  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  hitchhiker  0.00136839  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3586  shikimate kinase I  31.76 
 
 		 173 aa  80.9  0.000000000000008  Escherichia coli HS  Bacteria  decreased coverage  2.9305899999999995e-20  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3686  shikimate kinase I  31.76 
 
 		 173 aa  80.9  0.000000000000008  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  unclonable  0.00000000000028278  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0323  shikimate kinase I  31.76 
 
 		 173 aa  80.9  0.000000000000008  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.000129228  normal  0.10404 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3803  shikimate kinase I  31.76 
 
 		 173 aa  80.9  0.000000000000008  Enterobacter sp. 638  Bacteria  decreased coverage  0.00268813  normal  0.803666 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3767  shikimate kinase I  31.76 
 
 		 173 aa  80.9  0.000000000000008  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  decreased coverage  0.000000000000106668  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0490  shikimate kinase  37.09 
 
 		 224 aa  80.9  0.000000000000008  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03194  hypothetical protein  31.76 
 
 		 173 aa  80.9  0.000000000000008  Escherichia coli BL21  Bacteria  decreased coverage  0.000404125  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3860  shikimate kinase I  31.76 
 
 		 173 aa  80.9  0.000000000000008  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00000000504187  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3684  shikimate kinase I  31.76 
 
 		 173 aa  80.9  0.000000000000008  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  decreased coverage  0.0000504262  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3793  shikimate kinase I  31.76 
 
 		 173 aa  80.9  0.000000000000008  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.013782  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3029  Shikimate kinase  34.13 
 
 		 190 aa  80.9  0.000000000000009  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.194702  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0323  Shikimate kinase  31.76 
 
 		 225 aa  80.5  0.00000000000001  Escherichia coli DH1  Bacteria  decreased coverage  0.00000000263169  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3282  shikimate kinase II  30.95 
 
 		 174 aa  80.1  0.00000000000001  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.970543  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0207  shikimate kinase  33.54 
 
 		 183 aa  80.1  0.00000000000001  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.807253  normal  0.16478 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3108  shikimate kinase  34.46 
 
 		 184 aa  80.5  0.00000000000001  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.0973333 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4605  shikimate kinase I  31.18 
 
 		 173 aa  80.5  0.00000000000001  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  unclonable  0.000000000116276  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3666  shikimate kinase I  31.76 
 
 		 225 aa  80.5  0.00000000000001  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  unclonable  0.000000000538429  normal  0.0827574 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3293  shikimate kinase II  31.55 
 
 		 174 aa  80.5  0.00000000000001  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.431512  normal  0.133035 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4694  shikimate kinase I  31.76 
 
 		 225 aa  80.5  0.00000000000001  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  unclonable  0.00000000528588  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3143  shikimate kinase II  30.95 
 
 		 174 aa  80.1  0.00000000000001  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.770724  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0994  shikimate kinase I  32.74 
 
 		 175 aa  79.3  0.00000000000002  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0963  shikimate kinase I  32.74 
 
 		 175 aa  79.3  0.00000000000002  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0225  shikimate kinase I  32.35 
 
 		 173 aa  79.7  0.00000000000002  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  decreased coverage  0.000000000752096  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3966  shikimate kinase I  32.35 
 
 		 173 aa  79.7  0.00000000000002  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  decreased coverage  1.60057e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2209  shikimate kinase  34.81 
 
 		 165 aa  79.3  0.00000000000002  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.218962  normal  0.751084 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3727  shikimate kinase I  32.35 
 
 		 173 aa  79.7  0.00000000000002  Yersinia pestis Angola  Bacteria  decreased coverage  0.00000000014395  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00510  shikimate kinase I  32.34 
 
 		 171 aa  79  0.00000000000003  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  unclonable  0.000000702686  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1431  shikimate kinase  35 
 
 		 196 aa  79  0.00000000000003  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.373345  normal  0.0895571 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3534  Shikimate kinase  28.66 
 
 		 207 aa  79  0.00000000000003  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2686  shikimate kinase  33.33 
 
 		 169 aa  78.6  0.00000000000004  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.536815  normal  0.0662498 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1018  shikimate kinase II  29.65 
 
 		 174 aa  78.6  0.00000000000004  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.891294 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1718  shikimate kinase  33.93 
 
 		 208 aa  78.2  0.00000000000005  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.825758  normal  0.851225 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0089  shikimate kinase  33.79 
 
 		 161 aa  78.2  0.00000000000005  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.506122  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1220  shikimate kinase  34.97 
 
 		 190 aa  78.2  0.00000000000005  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.455019  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0441  shikimate kinase  30.77 
 
 		 176 aa  78.2  0.00000000000005  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  0.567872  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5776  shikimate kinase  33.75 
 
 		 172 aa  77.8  0.00000000000006  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_45250  shikimate kinase  31.87 
 
 		 172 aa  77.8  0.00000000000006  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_66610  shikimate kinase  33.12 
 
 		 172 aa  77.8  0.00000000000006  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>