More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Glov_3097 on replicon NC_010814
Organism: Geobacter lovleyi SZ



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010814  Glov_3097  shikimate kinase  100 
 
 
177 aa  358  2e-98  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2014  shikimate kinase  56.88 
 
 
169 aa  183  1.0000000000000001e-45  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_2255  shikimate kinase  51.27 
 
 
166 aa  156  1e-37  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_1850  shikimate kinase  46.63 
 
 
174 aa  156  2e-37  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  normal  0.620898 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1230  shikimate kinase  49.32 
 
 
171 aa  150  1e-35  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2437  shikimate kinase  46.25 
 
 
169 aa  149  2e-35  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.00281475  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1256  shikimate kinase  44.71 
 
 
166 aa  147  8e-35  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0372  shikimate kinase  50.35 
 
 
167 aa  145  3e-34  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.0374428  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3880  shikimate kinase  42.17 
 
 
170 aa  132  1.9999999999999998e-30  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1018  shikimate kinase  43.4 
 
 
170 aa  132  1.9999999999999998e-30  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0517  Shikimate kinase  42.41 
 
 
173 aa  128  5.0000000000000004e-29  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.0103494  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0731  shikimate kinase  40.76 
 
 
170 aa  127  9.000000000000001e-29  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  decreased coverage  0.000355155  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_12700  shikimate kinase  45.33 
 
 
179 aa  127  1.0000000000000001e-28  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  0.947256  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0912  shikimate kinase  45.06 
 
 
173 aa  124  5e-28  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0096  Shikimate kinase  42.86 
 
 
171 aa  122  3e-27  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.650156  normal 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1973  shikimate kinase  41.21 
 
 
192 aa  120  9.999999999999999e-27  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.0334894  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3183  shikimate kinase  36.42 
 
 
169 aa  111  5e-24  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.020728  hitchhiker  0.00306949 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0183  shikimate kinase  37.42 
 
 
201 aa  109  2.0000000000000002e-23  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000000422214 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2609  shikimate kinase  41.1 
 
 
182 aa  105  2e-22  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.0706478  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2426  shikimate kinase  32.35 
 
 
167 aa  106  2e-22  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.00106596  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0200  shikimate kinase  37.42 
 
 
174 aa  105  3e-22  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.495734  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0723  shikimate kinase  38.27 
 
 
180 aa  105  4e-22  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0827  shikimate kinase  37.21 
 
 
173 aa  102  4e-21  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0683  shikimate kinase  38.1 
 
 
196 aa  100  1e-20  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.47245  normal  0.517024 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0971  shikimate kinase  35.37 
 
 
185 aa  94  1e-18  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.488424 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_1506  shikimate kinase  39.46 
 
 
184 aa  92.8  2e-18  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal  0.494789 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1002  shikimate kinase  39.22 
 
 
183 aa  92.4  3e-18  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0952  Shikimate kinase  39.73 
 
 
187 aa  90.9  9e-18  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_1855  shikimate kinase  39.1 
 
 
181 aa  90.1  1e-17  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0979  Shikimate kinase  39.04 
 
 
187 aa  89.4  2e-17  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal  0.0506883 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2258  shikimate kinase  37.66 
 
 
177 aa  87.8  8e-17  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0252  shikimate kinase  32.76 
 
 
190 aa  87.8  8e-17  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0859  shikimate kinase II  31.33 
 
 
174 aa  87.4  9e-17  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal  0.386804 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0528  Shikimate kinase  32.34 
 
 
166 aa  87  1e-16  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  0.276227  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3759  shikimate kinase I  34.57 
 
 
173 aa  86.3  2e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  hitchhiker  0.00136839  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3686  shikimate kinase I  34.57 
 
 
173 aa  86.3  2e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  unclonable  0.00000000000028278  n/a   
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_01791  shikimate kinase  37.41 
 
 
198 aa  86.3  2e-16  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  0.0539701  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3855  shikimate kinase I  34.57 
 
 
173 aa  86.3  2e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  decreased coverage  0.0000716125  normal 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_1476  shikimate kinase  37.41 
 
 
198 aa  86.7  2e-16  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4605  shikimate kinase I  34.57 
 
 
173 aa  86.7  2e-16  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  unclonable  0.000000000116276  normal 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3966  shikimate kinase I  34.57 
 
 
173 aa  86.7  2e-16  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  decreased coverage  1.60057e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1220  shikimate kinase  35.62 
 
 
190 aa  86.3  2e-16  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.455019  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0225  shikimate kinase I  34.57 
 
 
173 aa  86.7  2e-16  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  decreased coverage  0.000000000752096  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3793  shikimate kinase I  34.57 
 
 
173 aa  86.3  2e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.013782  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0294  shikimate kinase  35.58 
 
 
204 aa  85.9  2e-16  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.638845 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3727  shikimate kinase I  34.57 
 
 
173 aa  86.7  2e-16  Yersinia pestis Angola  Bacteria  decreased coverage  0.00000000014395  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3684  shikimate kinase I  34.57 
 
 
173 aa  86.3  2e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  decreased coverage  0.0000504262  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03242  shikimate kinase I  35.19 
 
 
173 aa  85.9  3e-16  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  decreased coverage  0.00034661  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0323  shikimate kinase I  35.19 
 
 
173 aa  85.9  3e-16  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.000129228  normal  0.10404 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03194  hypothetical protein  35.19 
 
 
173 aa  85.9  3e-16  Escherichia coli BL21  Bacteria  decreased coverage  0.000404125  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3860  shikimate kinase I  35.19 
 
 
173 aa  85.9  3e-16  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00000000504187  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3767  shikimate kinase I  35.19 
 
 
173 aa  85.9  3e-16  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  decreased coverage  0.000000000000106668  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3883  shikimate kinase I  34.57 
 
 
173 aa  85.9  3e-16  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  decreased coverage  0.000719849  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3586  shikimate kinase I  35.19 
 
 
173 aa  85.9  3e-16  Escherichia coli HS  Bacteria  decreased coverage  2.9305899999999995e-20  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3803  shikimate kinase I  35.19 
 
 
173 aa  85.5  4e-16  Enterobacter sp. 638  Bacteria  decreased coverage  0.00268813  normal  0.803666 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1381  Shikimate kinase  31.76 
 
 
188 aa  85.5  4e-16  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0323  Shikimate kinase  35.19 
 
 
225 aa  85.1  5e-16  Escherichia coli DH1  Bacteria  decreased coverage  0.00000000263169  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1018  shikimate kinase II  31.1 
 
 
174 aa  85.1  5e-16  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal  0.891294 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4694  shikimate kinase I  35.19 
 
 
225 aa  84.7  5e-16  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  unclonable  0.00000000528588  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3666  shikimate kinase I  35.19 
 
 
225 aa  85.1  5e-16  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  unclonable  0.000000000538429  normal  0.0827574 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2209  shikimate kinase  35.8 
 
 
165 aa  85.1  5e-16  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.218962  normal  0.751084 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0505  shikimate kinase  36.02 
 
 
200 aa  84.7  7e-16  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_0346  shikimate kinase  39.46 
 
 
191 aa  84.3  9e-16  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0553  shikimate kinase  35.8 
 
 
181 aa  83.6  0.000000000000001  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.387005  normal  0.100064 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00028  shikimate kinase I  32.93 
 
 
172 aa  84  0.000000000000001  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3534  Shikimate kinase  35.19 
 
 
207 aa  82.8  0.000000000000002  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2206  shikimate kinase I  32.3 
 
 
174 aa  83.2  0.000000000000002  Vibrio cholerae O395  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000184461  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0305  shikimate kinase II  31.14 
 
 
174 aa  82.8  0.000000000000002  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00335  shikimate kinase II  31.14 
 
 
174 aa  82.4  0.000000000000003  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3220  Shikimate kinase  31.14 
 
 
174 aa  82.4  0.000000000000003  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00339  hypothetical protein  31.14 
 
 
174 aa  82.4  0.000000000000003  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0462  shikimate kinase II  31.14 
 
 
174 aa  82.4  0.000000000000003  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0418  shikimate kinase II  31.14 
 
 
174 aa  82.4  0.000000000000003  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3244  shikimate kinase II  31.14 
 
 
174 aa  82.4  0.000000000000003  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal  0.0812303 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0456  shikimate kinase II  31.14 
 
 
174 aa  82.4  0.000000000000003  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0415  shikimate kinase II  31.14 
 
 
174 aa  82.4  0.000000000000003  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0894  shikimate kinase  34.15 
 
 
190 aa  82  0.000000000000004  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  hitchhiker  0.00120765  hitchhiker  0.000836884 
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0024  shikimate kinase I  36.05 
 
 
173 aa  82  0.000000000000004  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2565  shikimate kinase  31.71 
 
 
192 aa  81.6  0.000000000000005  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.412267 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1431  shikimate kinase  33.14 
 
 
196 aa  81.6  0.000000000000005  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.373345  normal  0.0895571 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1529  shikimate kinase  32.89 
 
 
180 aa  81.3  0.000000000000006  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.140024  normal  0.642585 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1308  shikimate kinase  35.12 
 
 
172 aa  81.3  0.000000000000006  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  normal  0.0211808 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0354  shikimate kinase., 3-dehydroquinate synthase  31.68 
 
 
593 aa  81.3  0.000000000000006  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0692  shikimate kinase  33.54 
 
 
180 aa  80.9  0.000000000000009  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2313  Shikimate kinase  36.08 
 
 
168 aa  80.1  0.00000000000001  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.0915782  hitchhiker  0.00353016 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_2345  shikimate kinase  38.1 
 
 
199 aa  80.9  0.00000000000001  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0611  shikimate kinase  33.54 
 
 
180 aa  80.9  0.00000000000001  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.78726  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0678  shikimate kinase  34.93 
 
 
182 aa  80.5  0.00000000000001  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.211914 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4053  shikimate kinase  31.71 
 
 
197 aa  79.7  0.00000000000002  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.477248  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1589  Shikimate kinase, 3-dehydroquinate synthase  34.16 
 
 
579 aa  79.3  0.00000000000002  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.025257  normal 
 
 
-
 
NC_008309  HS_1113  shikimate kinase  32.9 
 
 
163 aa  79.7  0.00000000000002  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  decreased coverage  0.0015491  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1834  Shikimate kinase  33.53 
 
 
187 aa  79.3  0.00000000000003  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.252132  normal  0.208051 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0535  shikimate kinase  34.16 
 
 
205 aa  79.3  0.00000000000003  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.74412  normal 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1282  shikimate kinase  35.93 
 
 
178 aa  79.3  0.00000000000003  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.410778  normal 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0441  shikimate kinase  30.95 
 
 
176 aa  79  0.00000000000004  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  0.567872  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4089  shikimate kinase  28.22 
 
 
165 aa  78.6  0.00000000000004  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3987  shikimate kinase  28.22 
 
 
165 aa  78.6  0.00000000000004  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.585593  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0207  shikimate kinase  34.67 
 
 
183 aa  79  0.00000000000004  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.807253  normal  0.16478 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1878  shikimate kinase  34 
 
 
186 aa  78.2  0.00000000000005  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.190429  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1609  shikimate kinase  30.12 
 
 
185 aa  78.2  0.00000000000005  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal  0.451303 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>