More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Mbar_A3183 on replicon NC_007355
Organism: Methanosarcina barkeri str. Fusaro



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007355  Mbar_A3183  shikimate kinase  100 
 
 		 169 aa  341  2.9999999999999997e-93  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.020728  hitchhiker  0.00306949 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0827  shikimate kinase  50.3 
 
 		 173 aa  175  3e-43  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2014  shikimate kinase  44.72 
 
 		 169 aa  139  1.9999999999999998e-32  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0183  shikimate kinase  46.58 
 
 		 201 aa  137  4.999999999999999e-32  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000000422214 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0200  shikimate kinase  45.89 
 
 		 174 aa  137  7e-32  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.495734  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3880  shikimate kinase  48.45 
 
 		 170 aa  137  7e-32  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_2255  shikimate kinase  45.34 
 
 		 166 aa  137  7.999999999999999e-32  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1256  shikimate kinase  43.4 
 
 		 166 aa  134  7.000000000000001e-31  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_12700  shikimate kinase  43.02 
 
 		 179 aa  132  1.9999999999999998e-30  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  0.947256  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0517  Shikimate kinase  42.57 
 
 		 173 aa  128  4.0000000000000003e-29  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.0103494  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_1850  shikimate kinase  42.5 
 
 		 174 aa  126  1.0000000000000001e-28  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  1  normal  0.620898 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0372  shikimate kinase  41.61 
 
 		 167 aa  125  2.0000000000000002e-28  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.0374428  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1973  shikimate kinase  38.75 
 
 		 192 aa  121  4e-27  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.0334894  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0096  Shikimate kinase  42.57 
 
 		 171 aa  120  9.999999999999999e-27  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.650156  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1230  shikimate kinase  39.58 
 
 		 171 aa  118  3.9999999999999996e-26  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0731  shikimate kinase  39.1 
 
 		 170 aa  118  3.9999999999999996e-26  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  decreased coverage  0.000355155  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0683  shikimate kinase  41.67 
 
 		 196 aa  114  6e-25  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.47245  normal  0.517024 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2426  shikimate kinase  40.97 
 
 		 167 aa  113  2.0000000000000002e-24  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.00106596  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2437  shikimate kinase  40.94 
 
 		 169 aa  112  3e-24  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.00281475  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3097  shikimate kinase  36.42 
 
 		 177 aa  111  5e-24  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0723  shikimate kinase  36.36 
 
 		 180 aa  108  3e-23  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2609  shikimate kinase  34.15 
 
 		 182 aa  107  1e-22  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.0706478  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0912  shikimate kinase  37.5 
 
 		 173 aa  106  1e-22  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0971  shikimate kinase  35.66 
 
 		 185 aa  104  8e-22  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.488424 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1018  shikimate kinase  32.72 
 
 		 170 aa  102  3e-21  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2925  shikimate kinase  34.36 
 
 		 179 aa  97.8  7e-20  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0528  Shikimate kinase  32.72 
 
 		 166 aa  97.1  1e-19  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  0.276227  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1002  shikimate kinase  34.15 
 
 		 183 aa  96.3  2e-19  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0786  shikimate kinase  31.29 
 
 		 174 aa  94.7  5e-19  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.549744  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0207  shikimate kinase  34.25 
 
 		 183 aa  91.7  5e-18  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.807253  normal  0.16478 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3401  shikimate kinase  32.69 
 
 		 182 aa  90.1  1e-17  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0979  Shikimate kinase  34.76 
 
 		 187 aa  90.1  1e-17  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  0.0506883 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3108  shikimate kinase  29.45 
 
 		 184 aa  90.5  1e-17  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.0973333 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0952  Shikimate kinase  34.15 
 
 		 187 aa  89.4  2e-17  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0678  shikimate kinase  31.06 
 
 		 182 aa  89.4  2e-17  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.211914 
 
 
-
 
NC_006368  lpp0994  shikimate kinase I  35.12 
 
 		 175 aa  89  3e-17  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0963  shikimate kinase I  35.12 
 
 		 175 aa  89  3e-17  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2209  shikimate kinase  33.33 
 
 		 165 aa  87.8  7e-17  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.218962  normal  0.751084 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_2137  shikimate kinase  34.01 
 
 		 174 aa  87  1e-16  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.628527  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2686  shikimate kinase  33.94 
 
 		 169 aa  86.7  1e-16  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.536815  normal  0.0662498 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1145  shikimate kinase  31.9 
 
 		 182 aa  85.9  2e-16  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0215  shikimate kinase  31.18 
 
 		 172 aa  86.3  2e-16  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.365544  normal  1 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_1506  shikimate kinase  28.99 
 
 		 184 aa  85.1  4e-16  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  0.494789 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3489  shikimate kinase  30.25 
 
 		 184 aa  84.7  5e-16  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1556  shikimate kinase  30.46 
 
 		 173 aa  84.7  6e-16  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  0.367363 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0692  shikimate kinase  30.3 
 
 		 180 aa  84.7  6e-16  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0894  shikimate kinase  27.88 
 
 		 190 aa  84  9e-16  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  hitchhiker  0.00120765  hitchhiker  0.000836884 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0261  shikimate kinase I  33.13 
 
 		 171 aa  84  9e-16  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  decreased coverage  0.000000154257  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0611  shikimate kinase  30.3 
 
 		 180 aa  84  9e-16  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.78726  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0392  shikimate kinase  30.25 
 
 		 184 aa  84  9e-16  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00028  shikimate kinase I  31.95 
 
 		 172 aa  83.2  0.000000000000001  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3014  Shikimate kinase  30.97 
 
 		 203 aa  84  0.000000000000001  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  0.0650528 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2206  shikimate kinase I  34.01 
 
 		 174 aa  82.8  0.000000000000002  Vibrio cholerae O395  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000184461  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3267  shikimate kinase  29.63 
 
 		 229 aa  82.8  0.000000000000002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0311  shikimate kinase  30.86 
 
 		 184 aa  83.2  0.000000000000002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0977  shikimate kinase  31.29 
 
 		 168 aa  82  0.000000000000003  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.937224  normal  0.13223 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0882  Shikimate kinase  34.69 
 
 		 179 aa  81.6  0.000000000000004  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.314525  normal  1 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0165  Shikimate kinase  31.91 
 
 		 172 aa  82  0.000000000000004  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1220  shikimate kinase  32.5 
 
 		 190 aa  82  0.000000000000004  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.455019  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0734  shikimate kinase  34.69 
 
 		 179 aa  81.6  0.000000000000004  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1020  shikimate kinase  33.73 
 
 		 177 aa  81.3  0.000000000000006  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2722  shikimate kinase I  33.33 
 
 		 172 aa  80.9  0.000000000000008  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4003  shikimate kinase I  34.01 
 
 		 171 aa  80.1  0.00000000000001  Shewanella baltica OS223  Bacteria  decreased coverage  0.00000000558194  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4113  shikimate kinase I  34.01 
 
 		 171 aa  80.1  0.00000000000001  Shewanella baltica OS155  Bacteria  unclonable  0.00000000040137  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0286  shikimate kinase I  32.52 
 
 		 171 aa  80.1  0.00000000000001  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4084  shikimate kinase I  34.01 
 
 		 171 aa  80.1  0.00000000000001  Shewanella baltica OS185  Bacteria  unclonable  0.00000000000358948  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4202  shikimate kinase I  34.01 
 
 		 171 aa  80.1  0.00000000000001  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  0.0000000383652  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0266  shikimate kinase., 3-dehydroquinate synthase  31.58 
 
 		 539 aa  79.3  0.00000000000002  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2797  shikimate kinase  29.45 
 
 		 177 aa  79.3  0.00000000000002  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.135069  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3758  shikimate kinase  29.45 
 
 		 177 aa  79.3  0.00000000000002  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.485321  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2747  shikimate kinase  29.45 
 
 		 177 aa  79.3  0.00000000000002  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1757  shikimate kinase  29.45 
 
 		 177 aa  79.3  0.00000000000002  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1563  shikimate 5-dehydrogenase  30.86 
 
 		 462 aa  79.7  0.00000000000002  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4020  shikimate kinase  30.5 
 
 		 181 aa  79.7  0.00000000000002  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.263055  normal  0.623088 
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0024  shikimate kinase I  36.49 
 
 		 173 aa  79.7  0.00000000000002  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1018  shikimate kinase II  30.3 
 
 		 174 aa  79.3  0.00000000000002  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.891294 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3698  shikimate kinase I  34.01 
 
 		 171 aa  79.7  0.00000000000002  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  unclonable  0.00000000225658  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0247  shikimate kinase I  34.01 
 
 		 171 aa  79.7  0.00000000000002  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.000000294714  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0375  shikimate kinase I  32.52 
 
 		 171 aa  79.3  0.00000000000002  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  decreased coverage  0.00773873  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3706  shikimate kinase I  34.01 
 
 		 171 aa  79.7  0.00000000000002  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  unclonable  0.000000000103243  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3700  shikimate kinase  29.45 
 
 		 177 aa  79.3  0.00000000000002  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.049823  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3894  shikimate kinase I  34.01 
 
 		 171 aa  79.7  0.00000000000002  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  unclonable  0.00000000513438  normal  0.331881 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3803  shikimate kinase I  33.78 
 
 		 173 aa  79.7  0.00000000000002  Enterobacter sp. 638  Bacteria  decreased coverage  0.00268813  normal  0.803666 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2761  shikimate kinase  31.95 
 
 		 179 aa  79.3  0.00000000000003  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0400  shikimate kinase  31.94 
 
 		 180 aa  79  0.00000000000003  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00240866 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2026  shikimate kinase  30.54 
 
 		 175 aa  78.6  0.00000000000004  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3727  shikimate kinase I  33.56 
 
 		 173 aa  78.6  0.00000000000004  Yersinia pestis Angola  Bacteria  decreased coverage  0.00000000014395  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3966  shikimate kinase I  33.56 
 
 		 173 aa  78.6  0.00000000000004  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  decreased coverage  1.60057e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0225  shikimate kinase I  33.56 
 
 		 173 aa  78.6  0.00000000000004  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  decreased coverage  0.000000000752096  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3024  shikimate kinase  29.45 
 
 		 199 aa  78.6  0.00000000000004  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0613  shikimate kinase  31.79 
 
 		 180 aa  78.6  0.00000000000004  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0472  shikimate kinase  33.78 
 
 		 172 aa  78.2  0.00000000000005  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.0810879  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4605  shikimate kinase I  33.56 
 
 		 173 aa  78.2  0.00000000000005  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  unclonable  0.000000000116276  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3855  shikimate kinase I  33.11 
 
 		 173 aa  77.8  0.00000000000007  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  decreased coverage  0.0000716125  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3883  shikimate kinase I  33.11 
 
 		 173 aa  77.8  0.00000000000007  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  decreased coverage  0.000719849  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_1855  shikimate kinase  28.05 
 
 		 181 aa  77.8  0.00000000000007  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3793  shikimate kinase I  33.11 
 
 		 173 aa  77.8  0.00000000000007  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.013782  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3684  shikimate kinase I  33.11 
 
 		 173 aa  77.8  0.00000000000007  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  decreased coverage  0.0000504262  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2794  shikimate kinase  29.01 
 
 		 183 aa  77.8  0.00000000000007  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3686  shikimate kinase I  33.11 
 
 		 173 aa  77.8  0.00000000000007  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  unclonable  0.00000000000028278  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>