More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ccel_2426 on replicon NC_011898
Organism: Clostridium cellulolyticum H10



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011898  Ccel_2426  shikimate kinase  100 
 
 		 167 aa  336  9.999999999999999e-92  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.00106596  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0731  shikimate kinase  46.94 
 
 		 170 aa  144  5e-34  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  decreased coverage  0.000355155  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3880  shikimate kinase  41.82 
 
 		 170 aa  134  8e-31  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_2255  shikimate kinase  40.12 
 
 		 166 aa  129  3e-29  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2437  shikimate kinase  38.71 
 
 		 169 aa  127  6e-29  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.00281475  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_1850  shikimate kinase  39.87 
 
 		 174 aa  127  8.000000000000001e-29  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  1  normal  0.620898 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0372  shikimate kinase  41.77 
 
 		 167 aa  122  2e-27  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.0374428  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2014  shikimate kinase  36.59 
 
 		 169 aa  118  3.9999999999999996e-26  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0200  shikimate kinase  38.75 
 
 		 174 aa  117  7.999999999999999e-26  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.495734  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0183  shikimate kinase  38.75 
 
 		 201 aa  117  9e-26  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000000422214 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0096  Shikimate kinase  40 
 
 		 171 aa  117  9.999999999999999e-26  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.650156  normal  1 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1256  shikimate kinase  35.4 
 
 		 166 aa  115  3.9999999999999997e-25  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0517  Shikimate kinase  35.98 
 
 		 173 aa  114  5e-25  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.0103494  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1230  shikimate kinase  38.22 
 
 		 171 aa  113  1.0000000000000001e-24  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3183  shikimate kinase  40.97 
 
 		 169 aa  113  2.0000000000000002e-24  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.020728  hitchhiker  0.00306949 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0912  shikimate kinase  32.34 
 
 		 173 aa  109  2.0000000000000002e-23  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_12700  shikimate kinase  36.18 
 
 		 179 aa  108  3e-23  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  0.947256  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3097  shikimate kinase  32.35 
 
 		 177 aa  106  1e-22  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0683  shikimate kinase  37.65 
 
 		 196 aa  105  3e-22  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.47245  normal  0.517024 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1973  shikimate kinase  34.42 
 
 		 192 aa  105  4e-22  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.0334894  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1018  shikimate kinase  28.48 
 
 		 170 aa  99.8  1e-20  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0971  shikimate kinase  34.34 
 
 		 185 aa  99.4  2e-20  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.488424 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2361  shikimate kinase II  32.08 
 
 		 175 aa  95.9  2e-19  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.314592  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2609  shikimate kinase  35.42 
 
 		 182 aa  95.1  4e-19  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.0706478  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0827  shikimate kinase  37.93 
 
 		 173 aa  94.4  7e-19  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0997  shikimate kinase II  31.61 
 
 		 173 aa  94  8e-19  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.287041  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0652  shikimate kinase  37.27 
 
 		 195 aa  92.8  2e-18  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0723  shikimate kinase  34.15 
 
 		 180 aa  93.2  2e-18  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2368  Shikimate kinase  35.19 
 
 		 165 aa  91.7  4e-18  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.0733676  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3313  shikimate kinase II  31.25 
 
 		 173 aa  91.7  4e-18  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2686  shikimate kinase  32.92 
 
 		 169 aa  91.7  4e-18  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.536815  normal  0.0662498 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1002  shikimate kinase  33.76 
 
 		 183 aa  90.9  7e-18  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_1506  shikimate kinase  34.87 
 
 		 184 aa  90.9  8e-18  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  0.494789 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0553  shikimate kinase  33.53 
 
 		 181 aa  90.1  1e-17  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.387005  normal  0.100064 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_0792  Shikimate kinase  33.33 
 
 		 180 aa  90.1  1e-17  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  hitchhiker  3.5919e-21  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2209  shikimate kinase  33.33 
 
 		 165 aa  90.1  1e-17  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.218962  normal  0.751084 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_2345  shikimate kinase  33.74 
 
 		 199 aa  89.4  2e-17  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0894  shikimate kinase  34.73 
 
 		 190 aa  89  3e-17  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  hitchhiker  0.00120765  hitchhiker  0.000836884 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3142  3-dehydroquinate synthase  33.76 
 
 		 519 aa  89  3e-17  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.953836  hitchhiker  0.00997966 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1381  Shikimate kinase  32.08 
 
 		 188 aa  88.6  4e-17  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_2137  shikimate kinase  32.54 
 
 		 174 aa  88.6  4e-17  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.628527  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1556  shikimate kinase  33.33 
 
 		 173 aa  87.4  7e-17  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  0.367363 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1609  shikimate kinase  30.64 
 
 		 185 aa  87.8  7e-17  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.451303 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1018  shikimate kinase II  28.82 
 
 		 174 aa  87.4  8e-17  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.891294 
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_0153  shikimate kinase  31.85 
 
 		 166 aa  87.4  9e-17  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0786  shikimate kinase  33.33 
 
 		 174 aa  86.7  1e-16  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.549744  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4117  shikimate kinase  31.93 
 
 		 182 aa  87  1e-16  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.944295  hitchhiker  0.000000685723 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0528  Shikimate kinase  33.13 
 
 		 166 aa  86.3  2e-16  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  0.276227  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0472  shikimate kinase  34.76 
 
 		 172 aa  86.3  2e-16  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.0810879  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_1030  shikimate 5-dehydrogenase  33.12 
 
 		 454 aa  85.9  2e-16  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6534  Shikimate kinase  35.19 
 
 		 167 aa  86.3  2e-16  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0818749  normal  0.0132303 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1410  Shikimate kinase  31.58 
 
 		 177 aa  85.9  2e-16  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.702119 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2174  shikimate kinase II  29.01 
 
 		 172 aa  85.5  3e-16  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0215  shikimate kinase  34.23 
 
 		 172 aa  84.3  6e-16  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.365544  normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0400  shikimate kinase  31.93 
 
 		 180 aa  84.7  6e-16  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00240866 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1776  shikimate kinase II  31.08 
 
 		 170 aa  84.7  6e-16  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.769228  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00028  shikimate kinase I  32.35 
 
 		 172 aa  84.3  7e-16  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_0346  shikimate kinase  34.97 
 
 		 191 aa  84  8e-16  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1563  shikimate 5-dehydrogenase  29.38 
 
 		 462 aa  84  8e-16  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0692  shikimate kinase  27.88 
 
 		 180 aa  83.6  0.000000000000001  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2313  Shikimate kinase  29.63 
 
 		 168 aa  84  0.000000000000001  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.0915782  hitchhiker  0.00353016 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0013  shikimate kinase  32.19 
 
 		 175 aa  83.6  0.000000000000001  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.668155  normal  1 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1700  Shikimate kinase  32.72 
 
 		 172 aa  83.2  0.000000000000001  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0938  shikimate kinase  27.95 
 
 		 172 aa  83.6  0.000000000000001  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.108411  normal  0.830566 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2817  shikimate kinase  31.82 
 
 		 181 aa  82.8  0.000000000000002  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.248239  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2206  shikimate kinase I  32.93 
 
 		 174 aa  83.2  0.000000000000002  Vibrio cholerae O395  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000184461  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_1855  shikimate kinase  30.49 
 
 		 181 aa  82.4  0.000000000000002  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3014  Shikimate kinase  30.06 
 
 		 203 aa  83.2  0.000000000000002  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  0.0650528 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3267  shikimate kinase  34.23 
 
 		 229 aa  82.8  0.000000000000002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0694  shikimate kinase  33.33 
 
 		 167 aa  83.2  0.000000000000002  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  hitchhiker  0.00295001  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0694  shikimate kinase  33.33 
 
 		 167 aa  83.2  0.000000000000002  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.233345  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3368  shikimate kinase I  31.9 
 
 		 171 aa  82.4  0.000000000000002  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.0000011554  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0091  shikimate kinase  28.66 
 
 		 173 aa  82  0.000000000000003  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  0.10625 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1479  shikimate kinase  31.61 
 
 		 193 aa  82.4  0.000000000000003  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.298287  normal  0.404477 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1529  shikimate kinase  31.17 
 
 		 180 aa  82  0.000000000000003  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.140024  normal  0.642585 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3143  shikimate kinase II  29.88 
 
 		 174 aa  81.6  0.000000000000004  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.770724  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1878  shikimate kinase  29.52 
 
 		 186 aa  82  0.000000000000004  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.190429  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2565  shikimate kinase  29.94 
 
 		 192 aa  81.6  0.000000000000004  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.412267 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0611  shikimate kinase  27.27 
 
 		 180 aa  81.6  0.000000000000004  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.78726  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3282  shikimate kinase II  29.88 
 
 		 174 aa  81.6  0.000000000000004  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.970543  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4543  shikimate kinase  27.91 
 
 		 176 aa  81.6  0.000000000000005  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.715983  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_2168  shikimate kinase  30.12 
 
 		 186 aa  81.6  0.000000000000005  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.157663  normal  0.699838 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0392  shikimate kinase  34.67 
 
 		 184 aa  81.6  0.000000000000005  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2026  shikimate kinase  32.08 
 
 		 175 aa  81.3  0.000000000000006  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0286  shikimate kinase I  31.9 
 
 		 171 aa  80.9  0.000000000000007  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0952  Shikimate kinase  33.13 
 
 		 187 aa  80.9  0.000000000000008  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0678  shikimate kinase  32.65 
 
 		 182 aa  80.9  0.000000000000008  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.211914 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0859  shikimate kinase II  30.36 
 
 		 174 aa  80.5  0.000000000000009  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.386804 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4089  shikimate kinase  34.42 
 
 		 165 aa  80.5  0.000000000000009  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3293  shikimate kinase II  29.27 
 
 		 174 aa  80.9  0.000000000000009  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.431512  normal  0.133035 
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_1340  shikimate kinase  35.53 
 
 		 177 aa  80.5  0.000000000000009  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3855  shikimate kinase I  30.18 
 
 		 173 aa  80.1  0.00000000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  decreased coverage  0.0000716125  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0323  shikimate kinase I  30.77 
 
 		 173 aa  80.1  0.00000000000001  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.000129228  normal  0.10404 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0305  shikimate kinase II  30.12 
 
 		 174 aa  80.1  0.00000000000001  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03194  hypothetical protein  30.77 
 
 		 173 aa  80.1  0.00000000000001  Escherichia coli BL21  Bacteria  decreased coverage  0.000404125  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3130  shikimate kinase  33.77 
 
 		 192 aa  80.1  0.00000000000001  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3860  shikimate kinase I  30.77 
 
 		 173 aa  80.1  0.00000000000001  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00000000504187  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3698  shikimate kinase I  31.29 
 
 		 171 aa  80.1  0.00000000000001  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  unclonable  0.00000000225658  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0247  shikimate kinase I  31.29 
 
 		 171 aa  80.1  0.00000000000001  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.000000294714  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3894  shikimate kinase I  31.29 
 
 		 171 aa  80.1  0.00000000000001  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  unclonable  0.00000000513438  normal  0.331881 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>