More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene GM21_0183 on replicon NC_012918
Organism: Geobacter sp. M21



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012918  GM21_0183  shikimate kinase  100 
 
 		 201 aa  407  1e-113  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000000422214 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0200  shikimate kinase  89.66 
 
 		 174 aa  316  2e-85  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.495734  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2014  shikimate kinase  48.75 
 
 		 169 aa  143  2e-33  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3183  shikimate kinase  46.58 
 
 		 169 aa  137  7.999999999999999e-32  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.020728  hitchhiker  0.00306949 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_2255  shikimate kinase  46.21 
 
 		 166 aa  127  2.0000000000000002e-28  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0912  shikimate kinase  43.12 
 
 		 173 aa  125  5e-28  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0096  Shikimate kinase  40.24 
 
 		 171 aa  124  9e-28  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.650156  normal  1 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_1850  shikimate kinase  39.05 
 
 		 174 aa  123  2e-27  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  1  normal  0.620898 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0827  shikimate kinase  38.6 
 
 		 173 aa  123  2e-27  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2437  shikimate kinase  40.61 
 
 		 169 aa  123  2e-27  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.00281475  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_12700  shikimate kinase  39.75 
 
 		 179 aa  120  9.999999999999999e-27  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  0.947256  normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0731  shikimate kinase  39.62 
 
 		 170 aa  119  3e-26  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  decreased coverage  0.000355155  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1256  shikimate kinase  40 
 
 		 166 aa  118  4.9999999999999996e-26  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0372  shikimate kinase  41.45 
 
 		 167 aa  117  9e-26  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.0374428  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2426  shikimate kinase  38.75 
 
 		 167 aa  117  9.999999999999999e-26  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.00106596  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3880  shikimate kinase  42.95 
 
 		 170 aa  117  9.999999999999999e-26  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0517  Shikimate kinase  39.1 
 
 		 173 aa  116  1.9999999999999998e-25  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.0103494  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0971  shikimate kinase  38.36 
 
 		 185 aa  113  2.0000000000000002e-24  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.488424 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0723  shikimate kinase  39.88 
 
 		 180 aa  112  4.0000000000000004e-24  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1973  shikimate kinase  36.9 
 
 		 192 aa  112  5e-24  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.0334894  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2609  shikimate kinase  41.89 
 
 		 182 aa  109  2.0000000000000002e-23  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.0706478  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3097  shikimate kinase  37.42 
 
 		 177 aa  109  2.0000000000000002e-23  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1018  shikimate kinase  37.66 
 
 		 170 aa  108  4.0000000000000004e-23  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1230  shikimate kinase  33.54 
 
 		 171 aa  100  1e-20  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0683  shikimate kinase  40.28 
 
 		 196 aa  99.8  2e-20  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.47245  normal  0.517024 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1002  shikimate kinase  39.86 
 
 		 183 aa  93.6  2e-18  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0528  Shikimate kinase  30.3 
 
 		 166 aa  88.2  7e-17  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  0.276227  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3108  shikimate kinase  31.71 
 
 		 184 aa  87  2e-16  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.0973333 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0472  shikimate kinase  34.52 
 
 		 172 aa  85.5  5e-16  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.0810879  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2206  shikimate kinase I  31.98 
 
 		 174 aa  85.1  7e-16  Vibrio cholerae O395  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000184461  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0330  shikimate kinase  31.74 
 
 		 179 aa  84  0.000000000000001  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.15338  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2925  shikimate kinase  33.79 
 
 		 179 aa  84  0.000000000000001  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0678  shikimate kinase  34.93 
 
 		 182 aa  84  0.000000000000001  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.211914 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4020  shikimate kinase  28.99 
 
 		 181 aa  84  0.000000000000002  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.263055  normal  0.623088 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3894  shikimate kinase I  33.53 
 
 		 171 aa  83.6  0.000000000000002  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  unclonable  0.00000000513438  normal  0.331881 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4003  shikimate kinase I  33.53 
 
 		 171 aa  83.2  0.000000000000003  Shewanella baltica OS223  Bacteria  decreased coverage  0.00000000558194  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4202  shikimate kinase I  33.53 
 
 		 171 aa  83.2  0.000000000000003  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  0.0000000383652  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4113  shikimate kinase I  33.53 
 
 		 171 aa  83.2  0.000000000000003  Shewanella baltica OS155  Bacteria  unclonable  0.00000000040137  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4084  shikimate kinase I  33.53 
 
 		 171 aa  83.2  0.000000000000003  Shewanella baltica OS185  Bacteria  unclonable  0.00000000000358948  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_1030  shikimate 5-dehydrogenase  32.91 
 
 		 454 aa  82.4  0.000000000000004  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_1855  shikimate kinase  29.38 
 
 		 181 aa  82.4  0.000000000000004  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0261  shikimate kinase I  32.93 
 
 		 171 aa  81.6  0.000000000000006  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  decreased coverage  0.000000154257  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3698  shikimate kinase I  32.93 
 
 		 171 aa  81.6  0.000000000000006  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  unclonable  0.00000000225658  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0247  shikimate kinase I  32.93 
 
 		 171 aa  81.6  0.000000000000006  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.000000294714  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0286  shikimate kinase I  33.53 
 
 		 171 aa  81.6  0.000000000000007  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3727  shikimate kinase I  31.74 
 
 		 173 aa  81.6  0.000000000000008  Yersinia pestis Angola  Bacteria  decreased coverage  0.00000000014395  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0225  shikimate kinase I  31.74 
 
 		 173 aa  81.6  0.000000000000008  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  decreased coverage  0.000000000752096  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3966  shikimate kinase I  31.74 
 
 		 173 aa  81.6  0.000000000000008  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  decreased coverage  1.60057e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3401  shikimate kinase  37.14 
 
 		 182 aa  81.3  0.000000000000009  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1556  shikimate kinase  33.12 
 
 		 173 aa  81.3  0.000000000000009  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  0.367363 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1091  shikimate kinase  35.29 
 
 		 172 aa  80.9  0.00000000000001  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.393566  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3706  shikimate kinase I  32.93 
 
 		 171 aa  80.9  0.00000000000001  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  unclonable  0.000000000103243  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0553  shikimate kinase  29.19 
 
 		 181 aa  79.7  0.00000000000002  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.387005  normal  0.100064 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0952  Shikimate kinase  32.91 
 
 		 187 aa  80.1  0.00000000000002  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3368  shikimate kinase I  32.93 
 
 		 171 aa  80.1  0.00000000000002  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.0000011554  normal  1 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0979  Shikimate kinase  32.3 
 
 		 187 aa  79.7  0.00000000000003  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  0.0506883 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4605  shikimate kinase I  31.14 
 
 		 173 aa  79  0.00000000000004  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  unclonable  0.000000000116276  normal  1 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0694  shikimate kinase  32.12 
 
 		 167 aa  79  0.00000000000004  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  hitchhiker  0.00295001  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2313  Shikimate kinase  30.59 
 
 		 168 aa  79  0.00000000000005  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.0915782  hitchhiker  0.00353016 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0694  shikimate kinase  32.12 
 
 		 167 aa  79  0.00000000000005  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.233345  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2092  shikimate kinase II  33.77 
 
 		 175 aa  78.6  0.00000000000006  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.300334  normal  0.0606791 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0786  shikimate kinase  33.79 
 
 		 174 aa  77.8  0.00000000000009  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.549744  normal  1 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1563  shikimate 5-dehydrogenase  33.13 
 
 		 462 aa  77.8  0.0000000000001  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0215  shikimate kinase  33.33 
 
 		 172 aa  77.4  0.0000000000001  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.365544  normal  1 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_2345  shikimate kinase  30.68 
 
 		 199 aa  77.8  0.0000000000001  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1700  Shikimate kinase  29.27 
 
 		 172 aa  77.4  0.0000000000001  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2722  shikimate kinase I  33.33 
 
 		 172 aa  77.4  0.0000000000001  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00028  shikimate kinase I  31.18 
 
 		 172 aa  77.8  0.0000000000001  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0213  shikimate kinase I  31.74 
 
 		 171 aa  76.6  0.0000000000002  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  unclonable  0.0000000106831  hitchhiker  0.00783685 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0207  shikimate kinase  32.19 
 
 		 183 aa  76.6  0.0000000000002  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.807253  normal  0.16478 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2456  shikimate kinase  30.14 
 
 		 170 aa  76.6  0.0000000000002  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.209695  normal  0.679915 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0375  shikimate kinase I  32.34 
 
 		 171 aa  77  0.0000000000002  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  decreased coverage  0.00773873  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00510  shikimate kinase I  31.14 
 
 		 171 aa  77  0.0000000000002  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  unclonable  0.000000702686  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1517  shikimate kinase  28.14 
 
 		 171 aa  75.9  0.0000000000003  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1145  shikimate kinase  33.1 
 
 		 182 aa  76.6  0.0000000000003  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0666  shikimate kinase I  31.74 
 
 		 171 aa  76.3  0.0000000000003  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  unclonable  0.0000000317623  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2761  shikimate kinase  31.76 
 
 		 179 aa  76.3  0.0000000000003  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0692  shikimate kinase  28.24 
 
 		 180 aa  75.5  0.0000000000004  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3142  3-dehydroquinate synthase  31.61 
 
 		 519 aa  75.5  0.0000000000005  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.953836  hitchhiker  0.00997966 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3883  shikimate kinase I  29.94 
 
 		 173 aa  75.5  0.0000000000005  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  decreased coverage  0.000719849  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0994  shikimate kinase I  29.88 
 
 		 175 aa  75.1  0.0000000000007  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0963  shikimate kinase I  29.88 
 
 		 175 aa  75.1  0.0000000000007  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0611  shikimate kinase  28.24 
 
 		 180 aa  75.1  0.0000000000007  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.78726  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4543  shikimate kinase  31.52 
 
 		 176 aa  75.1  0.0000000000007  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.715983  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03242  shikimate kinase I  30.12 
 
 		 173 aa  74.3  0.000000000001  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  decreased coverage  0.00034661  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3767  shikimate kinase I  30.12 
 
 		 173 aa  74.3  0.000000000001  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  decreased coverage  0.000000000000106668  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2952  Shikimate kinase  33.77 
 
 		 171 aa  74.3  0.000000000001  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.0000140842  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3860  shikimate kinase I  30.12 
 
 		 173 aa  74.3  0.000000000001  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00000000504187  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1878  shikimate kinase  26.95 
 
 		 186 aa  73.9  0.000000000001  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.190429  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03194  hypothetical protein  30.12 
 
 		 173 aa  74.3  0.000000000001  Escherichia coli BL21  Bacteria  decreased coverage  0.000404125  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1220  shikimate kinase  30.54 
 
 		 190 aa  74.7  0.000000000001  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.455019  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0323  shikimate kinase I  30.12 
 
 		 173 aa  74.3  0.000000000001  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.000129228  normal  0.10404 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_1506  shikimate kinase  30.28 
 
 		 184 aa  74.3  0.000000000001  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  0.494789 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3586  shikimate kinase I  30.12 
 
 		 173 aa  74.3  0.000000000001  Escherichia coli HS  Bacteria  decreased coverage  2.9305899999999995e-20  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0323  Shikimate kinase  30.12 
 
 		 225 aa  73.2  0.000000000002  Escherichia coli DH1  Bacteria  decreased coverage  0.00000000263169  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3759  shikimate kinase I  29.52 
 
 		 173 aa  73.6  0.000000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  hitchhiker  0.00136839  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3686  shikimate kinase I  29.52 
 
 		 173 aa  73.6  0.000000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  unclonable  0.00000000000028278  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1819  shikimate kinase  34.51 
 
 		 169 aa  73.2  0.000000000002  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0252  shikimate kinase  29.31 
 
 		 190 aa  73.2  0.000000000002  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_2137  shikimate kinase  27.71 
 
 		 174 aa  73.6  0.000000000002  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.628527  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>