More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Cphy_3880 on replicon NC_010001
Organism: Clostridium phytofermentans ISDg



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010001  Cphy_3880  shikimate kinase  100 
 
 		 170 aa  342  1e-93  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_2255  shikimate kinase  54.09 
 
 		 166 aa  186  9e-47  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_1850  shikimate kinase  54.22 
 
 		 174 aa  185  3e-46  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  1  normal  0.620898 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_12700  shikimate kinase  51.52 
 
 		 179 aa  178  2.9999999999999997e-44  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  0.947256  normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0372  shikimate kinase  51.22 
 
 		 167 aa  172  1.9999999999999998e-42  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.0374428  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0096  Shikimate kinase  48.17 
 
 		 171 aa  171  2.9999999999999996e-42  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.650156  normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2437  shikimate kinase  50 
 
 		 169 aa  167  4e-41  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.00281475  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1256  shikimate kinase  46.63 
 
 		 166 aa  160  6e-39  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2014  shikimate kinase  44.72 
 
 		 169 aa  152  2e-36  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0731  shikimate kinase  45.96 
 
 		 170 aa  149  1e-35  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  decreased coverage  0.000355155  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1018  shikimate kinase  42.77 
 
 		 170 aa  148  4e-35  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0517  Shikimate kinase  40.49 
 
 		 173 aa  138  3.9999999999999997e-32  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.0103494  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3183  shikimate kinase  48.45 
 
 		 169 aa  137  7e-32  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.020728  hitchhiker  0.00306949 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2426  shikimate kinase  41.82 
 
 		 167 aa  134  8e-31  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.00106596  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3097  shikimate kinase  42.17 
 
 		 177 aa  132  1.9999999999999998e-30  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1230  shikimate kinase  38.69 
 
 		 171 aa  132  1.9999999999999998e-30  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1973  shikimate kinase  36.88 
 
 		 192 aa  123  2e-27  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.0334894  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0912  shikimate kinase  40.52 
 
 		 173 aa  122  3e-27  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2609  shikimate kinase  38.46 
 
 		 182 aa  121  4e-27  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.0706478  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0683  shikimate kinase  38.89 
 
 		 196 aa  116  9.999999999999999e-26  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.47245  normal  0.517024 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0183  shikimate kinase  42.95 
 
 		 201 aa  117  9.999999999999999e-26  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000000422214 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0200  shikimate kinase  43.75 
 
 		 174 aa  114  5e-25  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.495734  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0827  shikimate kinase  42.59 
 
 		 173 aa  112  3e-24  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0723  shikimate kinase  35.19 
 
 		 180 aa  108  2.0000000000000002e-23  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0971  shikimate kinase  36.94 
 
 		 185 aa  106  2e-22  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.488424 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_2137  shikimate kinase  35.71 
 
 		 174 aa  95.9  2e-19  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.628527  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2922  shikimate kinase  37.42 
 
 		 165 aa  95.9  3e-19  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1556  shikimate kinase  33.33 
 
 		 173 aa  94.4  7e-19  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  0.367363 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2368  Shikimate kinase  35.33 
 
 		 165 aa  92.4  2e-18  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.0733676  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0994  shikimate kinase I  36.84 
 
 		 175 aa  92.4  2e-18  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0963  shikimate kinase I  36.84 
 
 		 175 aa  92.4  2e-18  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0894  shikimate kinase  35.29 
 
 		 190 aa  92.8  2e-18  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  hitchhiker  0.00120765  hitchhiker  0.000836884 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1220  shikimate kinase  32.57 
 
 		 190 aa  91.7  4e-18  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.455019  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2209  shikimate kinase  36.48 
 
 		 165 aa  90.1  1e-17  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.218962  normal  0.751084 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2532  shikimate kinase  33.93 
 
 		 173 aa  89.4  2e-17  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.884272  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2952  Shikimate kinase  34.88 
 
 		 171 aa  89.4  2e-17  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.0000140842  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1754  Shikimate kinase  31.61 
 
 		 184 aa  88.6  4e-17  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1840  Shikimate kinase  34.27 
 
 		 188 aa  87.8  7e-17  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.0636308  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2394  shikimate kinase  34.76 
 
 		 235 aa  87.4  8e-17  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.0537211  normal  0.130016 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2353  shikimate kinase  34.76 
 
 		 235 aa  87.4  8e-17  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2400  shikimate kinase  34.76 
 
 		 235 aa  87.4  8e-17  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.0971022 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1563  shikimate 5-dehydrogenase  33.56 
 
 		 462 aa  87.4  9e-17  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3282  shikimate kinase II  39.45 
 
 		 174 aa  86.3  2e-16  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.970543  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3113  shikimate kinase II  30.2 
 
 		 173 aa  86.3  2e-16  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.907983  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0528  Shikimate kinase  34.15 
 
 		 166 aa  85.9  2e-16  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  0.276227  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3143  shikimate kinase II  39.45 
 
 		 174 aa  86.3  2e-16  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.770724  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2922  shikimate kinase II  32.89 
 
 		 173 aa  86.3  2e-16  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.55352  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3293  shikimate kinase II  38.53 
 
 		 174 aa  85.9  3e-16  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.431512  normal  0.133035 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1804  Shikimate kinase  33.13 
 
 		 172 aa  85.5  3e-16  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_1506  shikimate kinase  33.54 
 
 		 184 aa  85.1  4e-16  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  0.494789 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1091  shikimate kinase  33.33 
 
 		 172 aa  84.7  5e-16  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.393566  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3757  shikimate kinase  33.95 
 
 		 220 aa  84.7  5e-16  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  0.28547 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0207  shikimate kinase  34.39 
 
 		 183 aa  84.3  7e-16  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.807253  normal  0.16478 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_0346  shikimate kinase  33.53 
 
 		 191 aa  84  8e-16  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3534  Shikimate kinase  37.74 
 
 		 207 aa  83.6  0.000000000000001  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0859  shikimate kinase II  37.72 
 
 		 174 aa  83.6  0.000000000000001  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.386804 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2925  shikimate kinase  33.75 
 
 		 179 aa  83.6  0.000000000000001  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0330  shikimate kinase  34.97 
 
 		 179 aa  82.4  0.000000000000002  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.15338  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2313  Shikimate kinase  33.93 
 
 		 168 aa  83.2  0.000000000000002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.0915782  hitchhiker  0.00353016 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3108  shikimate kinase  31.61 
 
 		 184 aa  82.8  0.000000000000002  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.0973333 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12559  shikimate kinase  32.12 
 
 		 176 aa  83.2  0.000000000000002  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  hitchhiker  0.0000000121488  normal  0.108726 
 
 
-
 
NC_005945  BAS4137  shikimate kinase  31.9 
 
 		 165 aa  82.4  0.000000000000003  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.151576  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4457  shikimate kinase  31.9 
 
 		 165 aa  82.4  0.000000000000003  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.745283  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2486  Shikimate kinase  29.94 
 
 		 192 aa  82  0.000000000000003  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4089  shikimate kinase  30.67 
 
 		 165 aa  82  0.000000000000004  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_0410  shikimate kinase  34.15 
 
 		 165 aa  81.6  0.000000000000004  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1819  shikimate kinase  35.71 
 
 		 169 aa  81.6  0.000000000000005  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0692  shikimate kinase  31.68 
 
 		 180 aa  81.3  0.000000000000006  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1381  Shikimate kinase  29.41 
 
 		 188 aa  81.3  0.000000000000006  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_1476  shikimate kinase  33.14 
 
 		 198 aa  81.3  0.000000000000006  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1406  shikimate kinase  28.57 
 
 		 202 aa  81.3  0.000000000000006  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.812389  normal  0.370393 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0441  shikimate kinase  31.68 
 
 		 176 aa  81.3  0.000000000000006  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  0.567872  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1018  shikimate kinase II  38.53 
 
 		 174 aa  81.3  0.000000000000006  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.891294 
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_01791  shikimate kinase  33.14 
 
 		 198 aa  81.3  0.000000000000007  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  0.0539701  normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4313  shikimate kinase  32.53 
 
 		 170 aa  80.9  0.000000000000008  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0666  shikimate kinase I  32.74 
 
 		 171 aa  80.9  0.000000000000008  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  unclonable  0.0000000317623  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0877  Shikimate kinase  31.71 
 
 		 176 aa  80.9  0.000000000000008  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.317471 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1457  Shikimate kinase  30.77 
 
 		 172 aa  80.9  0.000000000000009  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0611  shikimate kinase  31.68 
 
 		 180 aa  80.1  0.00000000000001  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.78726  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4366  shikimate kinase  32.52 
 
 		 165 aa  80.1  0.00000000000001  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1308  shikimate kinase  37.14 
 
 		 172 aa  80.5  0.00000000000001  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  0.0211808 
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_1571  shikimate kinase  33.54 
 
 		 165 aa  80.5  0.00000000000001  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_15450  shikimate kinase  31.71 
 
 		 180 aa  80.5  0.00000000000001  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.801598  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2646  shikimate kinase  33.13 
 
 		 220 aa  80.1  0.00000000000001  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.323516  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3401  shikimate kinase  35.57 
 
 		 182 aa  79.3  0.00000000000002  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0472  shikimate kinase  32.14 
 
 		 172 aa  79.3  0.00000000000002  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.0810879  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0977  shikimate kinase  31.06 
 
 		 168 aa  79.3  0.00000000000002  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.937224  normal  0.13223 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0893  shikimate kinase  31.29 
 
 		 165 aa  79.7  0.00000000000002  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2549  Shikimate kinase  29.59 
 
 		 189 aa  79  0.00000000000003  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1020  shikimate kinase  33.12 
 
 		 177 aa  79  0.00000000000003  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0660  shikimate kinase  31.52 
 
 		 436 aa  79  0.00000000000003  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  0.737166  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1002  shikimate kinase  36.6 
 
 		 183 aa  78.6  0.00000000000004  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3977  shikimate kinase  31.29 
 
 		 165 aa  78.2  0.00000000000004  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.537604  n/a   
 
 
-
 
NC_008817  P9515_01201  shikimate kinase  33.14 
 
 		 185 aa  78.6  0.00000000000004  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0952  Shikimate kinase  34.12 
 
 		 187 aa  78.6  0.00000000000004  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2456  shikimate kinase  32.34 
 
 		 170 aa  78.6  0.00000000000004  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.209695  normal  0.679915 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2206  shikimate kinase I  32.73 
 
 		 174 aa  78.6  0.00000000000004  Vibrio cholerae O395  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000184461  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0946  shikimate kinase  33.93 
 
 		 199 aa  78.6  0.00000000000004  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.133424  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3226  shikimate kinase  32.87 
 
 		 172 aa  78.2  0.00000000000005  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0694  shikimate kinase  33.33 
 
 		 167 aa  78.2  0.00000000000005  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  hitchhiker  0.00295001  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>