More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Gbem_0200 on replicon NC_011146
Organism: Geobacter bemidjiensis Bem



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011146  Gbem_0200  shikimate kinase  100 
 
 		 174 aa  353  7.999999999999999e-97  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.495734  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0183  shikimate kinase  89.66 
 
 		 201 aa  316  1e-85  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000000422214 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2014  shikimate kinase  47.5 
 
 		 169 aa  138  3e-32  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3183  shikimate kinase  45.89 
 
 		 169 aa  137  7e-32  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.020728  hitchhiker  0.00306949 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_12700  shikimate kinase  40.37 
 
 		 179 aa  126  1.0000000000000001e-28  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  0.947256  normal  1 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0827  shikimate kinase  39.18 
 
 		 173 aa  125  3e-28  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0096  Shikimate kinase  38.55 
 
 		 171 aa  122  2e-27  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.650156  normal  1 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_2255  shikimate kinase  43.51 
 
 		 166 aa  122  3e-27  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2437  shikimate kinase  40 
 
 		 169 aa  121  5e-27  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.00281475  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0912  shikimate kinase  42.5 
 
 		 173 aa  121  6e-27  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0372  shikimate kinase  43.15 
 
 		 167 aa  120  9.999999999999999e-27  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.0374428  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_1850  shikimate kinase  39.64 
 
 		 174 aa  118  3.9999999999999996e-26  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  1  normal  0.620898 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2426  shikimate kinase  38.75 
 
 		 167 aa  117  9e-26  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.00106596  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0971  shikimate kinase  39.62 
 
 		 185 aa  117  9.999999999999999e-26  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.488424 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3880  shikimate kinase  43.75 
 
 		 170 aa  114  5e-25  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1973  shikimate kinase  43.17 
 
 		 192 aa  114  6e-25  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.0334894  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0517  Shikimate kinase  38.75 
 
 		 173 aa  112  2.0000000000000002e-24  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.0103494  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0731  shikimate kinase  35.33 
 
 		 170 aa  112  3e-24  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  decreased coverage  0.000355155  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1256  shikimate kinase  39.38 
 
 		 166 aa  111  4.0000000000000004e-24  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0723  shikimate kinase  39.88 
 
 		 180 aa  111  5e-24  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3097  shikimate kinase  37.42 
 
 		 177 aa  105  3e-22  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2609  shikimate kinase  38.04 
 
 		 182 aa  103  9e-22  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.0706478  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1018  shikimate kinase  37.01 
 
 		 170 aa  99.8  2e-20  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1230  shikimate kinase  34.15 
 
 		 171 aa  97.4  8e-20  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0683  shikimate kinase  39.31 
 
 		 196 aa  92.4  3e-18  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.47245  normal  0.517024 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1002  shikimate kinase  39.86 
 
 		 183 aa  91.7  5e-18  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0528  Shikimate kinase  29.09 
 
 		 166 aa  87.8  7e-17  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  0.276227  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3108  shikimate kinase  31.71 
 
 		 184 aa  86.7  2e-16  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.0973333 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4020  shikimate kinase  29.59 
 
 		 181 aa  84.7  6e-16  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.263055  normal  0.623088 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0472  shikimate kinase  33.94 
 
 		 172 aa  84  9e-16  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.0810879  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4084  shikimate kinase I  32.93 
 
 		 171 aa  83.6  0.000000000000001  Shewanella baltica OS185  Bacteria  unclonable  0.00000000000358948  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4113  shikimate kinase I  32.93 
 
 		 171 aa  83.6  0.000000000000001  Shewanella baltica OS155  Bacteria  unclonable  0.00000000040137  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4202  shikimate kinase I  32.93 
 
 		 171 aa  83.6  0.000000000000001  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  0.0000000383652  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0261  shikimate kinase I  32.93 
 
 		 171 aa  83.6  0.000000000000001  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  decreased coverage  0.000000154257  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3894  shikimate kinase I  32.93 
 
 		 171 aa  84  0.000000000000001  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  unclonable  0.00000000513438  normal  0.331881 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4003  shikimate kinase I  32.93 
 
 		 171 aa  83.6  0.000000000000001  Shewanella baltica OS223  Bacteria  decreased coverage  0.00000000558194  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0286  shikimate kinase I  32.93 
 
 		 171 aa  82.8  0.000000000000002  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1556  shikimate kinase  34.39 
 
 		 173 aa  82.8  0.000000000000002  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  0.367363 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2925  shikimate kinase  33.79 
 
 		 179 aa  82.8  0.000000000000002  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0694  shikimate kinase  34.9 
 
 		 167 aa  83.2  0.000000000000002  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  hitchhiker  0.00295001  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0694  shikimate kinase  34.9 
 
 		 167 aa  82.8  0.000000000000002  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.233345  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2761  shikimate kinase  32.94 
 
 		 179 aa  82.8  0.000000000000002  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3698  shikimate kinase I  32.32 
 
 		 171 aa  82.4  0.000000000000003  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  unclonable  0.00000000225658  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0247  shikimate kinase I  32.32 
 
 		 171 aa  82.4  0.000000000000003  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.000000294714  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2206  shikimate kinase I  31.52 
 
 		 174 aa  82  0.000000000000004  Vibrio cholerae O395  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000184461  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3706  shikimate kinase I  32.32 
 
 		 171 aa  82  0.000000000000004  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  unclonable  0.000000000103243  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0678  shikimate kinase  33.78 
 
 		 182 aa  81.6  0.000000000000004  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.211914 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2313  Shikimate kinase  31.06 
 
 		 168 aa  81.6  0.000000000000005  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.0915782  hitchhiker  0.00353016 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1091  shikimate kinase  34.64 
 
 		 172 aa  81.3  0.000000000000006  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.393566  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4543  shikimate kinase  32.34 
 
 		 176 aa  81.3  0.000000000000007  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.715983  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0375  shikimate kinase I  32.93 
 
 		 171 aa  81.3  0.000000000000007  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  decreased coverage  0.00773873  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3368  shikimate kinase I  31.71 
 
 		 171 aa  80.5  0.00000000000001  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.0000011554  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3142  3-dehydroquinate synthase  32.9 
 
 		 519 aa  79.7  0.00000000000002  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.953836  hitchhiker  0.00997966 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0330  shikimate kinase  29.94 
 
 		 179 aa  80.1  0.00000000000002  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.15338  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0225  shikimate kinase I  30.63 
 
 		 173 aa  79.7  0.00000000000002  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  decreased coverage  0.000000000752096  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0666  shikimate kinase I  31.71 
 
 		 171 aa  79.7  0.00000000000002  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  unclonable  0.0000000317623  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3966  shikimate kinase I  30.63 
 
 		 173 aa  79.7  0.00000000000002  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  decreased coverage  1.60057e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3727  shikimate kinase I  30.63 
 
 		 173 aa  79.7  0.00000000000002  Yersinia pestis Angola  Bacteria  decreased coverage  0.00000000014395  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2092  shikimate kinase II  33.12 
 
 		 175 aa  79.7  0.00000000000002  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.300334  normal  0.0606791 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0786  shikimate kinase  33.79 
 
 		 174 aa  79.3  0.00000000000003  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.549744  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3401  shikimate kinase  36.43 
 
 		 182 aa  79  0.00000000000004  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2952  Shikimate kinase  35.76 
 
 		 171 aa  78.2  0.00000000000005  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.0000140842  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0213  shikimate kinase I  31.58 
 
 		 171 aa  78.2  0.00000000000005  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  unclonable  0.0000000106831  hitchhiker  0.00783685 
 
 
-
 
NC_006368  lpp0994  shikimate kinase I  29.27 
 
 		 175 aa  78.2  0.00000000000005  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0963  shikimate kinase I  29.27 
 
 		 175 aa  78.2  0.00000000000005  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1563  shikimate 5-dehydrogenase  33.73 
 
 		 462 aa  78.6  0.00000000000005  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_2137  shikimate kinase  28.14 
 
 		 174 aa  78.2  0.00000000000006  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.628527  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0553  shikimate kinase  29.45 
 
 		 181 aa  77.4  0.00000000000008  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.387005  normal  0.100064 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4605  shikimate kinase I  30 
 
 		 173 aa  77.4  0.00000000000009  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  unclonable  0.000000000116276  normal  1 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_1855  shikimate kinase  28.25 
 
 		 181 aa  76.6  0.0000000000001  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2022  shikimate kinase  32.12 
 
 		 192 aa  76.6  0.0000000000001  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1145  shikimate kinase  36.3 
 
 		 182 aa  77.4  0.0000000000001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2209  shikimate kinase  33.54 
 
 		 165 aa  77  0.0000000000001  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.218962  normal  0.751084 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_1030  shikimate 5-dehydrogenase  31.65 
 
 		 454 aa  77  0.0000000000001  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2368  Shikimate kinase  27.98 
 
 		 165 aa  77  0.0000000000001  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.0733676  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00510  shikimate kinase I  30.49 
 
 		 171 aa  77.4  0.0000000000001  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  unclonable  0.000000702686  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0091  shikimate kinase  31.74 
 
 		 173 aa  76.6  0.0000000000002  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  0.10625 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_1506  shikimate kinase  30.28 
 
 		 184 aa  76.6  0.0000000000002  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  0.494789 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02182  shikimate kinase  28.4 
 
 		 180 aa  76.3  0.0000000000002  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2722  shikimate kinase I  32.93 
 
 		 172 aa  76.3  0.0000000000002  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3684  shikimate kinase I  30.91 
 
 		 173 aa  75.9  0.0000000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  decreased coverage  0.0000504262  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3883  shikimate kinase I  30.72 
 
 		 173 aa  75.9  0.0000000000003  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  decreased coverage  0.000719849  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3855  shikimate kinase I  30.91 
 
 		 173 aa  75.9  0.0000000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  decreased coverage  0.0000716125  normal  1 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1220  shikimate kinase  33.33 
 
 		 190 aa  75.9  0.0000000000003  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.455019  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00028  shikimate kinase I  30.67 
 
 		 172 aa  75.5  0.0000000000003  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3759  shikimate kinase I  30.91 
 
 		 173 aa  75.9  0.0000000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  hitchhiker  0.00136839  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0952  Shikimate kinase  30.43 
 
 		 187 aa  75.5  0.0000000000003  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3793  shikimate kinase I  30.91 
 
 		 173 aa  75.9  0.0000000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.013782  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3686  shikimate kinase I  30.91 
 
 		 173 aa  75.9  0.0000000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  unclonable  0.00000000000028278  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1113  shikimate kinase  31.68 
 
 		 163 aa  75.5  0.0000000000003  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  decreased coverage  0.0015491  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4265  shikimate kinase I  31.1 
 
 		 171 aa  75.5  0.0000000000003  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.00401521  normal  0.220429 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0207  shikimate kinase  32.19 
 
 		 183 aa  75.5  0.0000000000004  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.807253  normal  0.16478 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0238  shikimate kinase I  31.1 
 
 		 171 aa  75.5  0.0000000000004  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  unclonable  0.000000000334252  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1700  Shikimate kinase  27.44 
 
 		 172 aa  75.5  0.0000000000004  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0215  shikimate kinase  32.65 
 
 		 172 aa  75.1  0.0000000000005  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.365544  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0252  shikimate kinase  28.74 
 
 		 190 aa  74.7  0.0000000000006  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0168  shikimate kinase  34.64 
 
 		 178 aa  74.7  0.0000000000006  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  decreased coverage  0.00656319  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0979  Shikimate kinase  30.43 
 
 		 187 aa  74.7  0.0000000000007  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  0.0506883 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1457  Shikimate kinase  28.82 
 
 		 172 aa  74.3  0.0000000000008  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3860  shikimate kinase I  30.91 
 
 		 173 aa  73.9  0.000000000001  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00000000504187  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>