More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Mbur_0827 on replicon NC_007955
Organism: Methanococcoides burtonii DSM 6242



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007955  Mbur_0827  shikimate kinase  100 
 
 		 173 aa  343  8.999999999999999e-94  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3183  shikimate kinase  50.3 
 
 		 169 aa  175  3e-43  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.020728  hitchhiker  0.00306949 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1973  shikimate kinase  39.52 
 
 		 192 aa  126  2.0000000000000002e-28  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.0334894  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0200  shikimate kinase  39.18 
 
 		 174 aa  125  3e-28  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.495734  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0183  shikimate kinase  38.6 
 
 		 201 aa  123  1e-27  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000000422214 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_2255  shikimate kinase  42.5 
 
 		 166 aa  119  1.9999999999999998e-26  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0517  Shikimate kinase  42.07 
 
 		 173 aa  115  3e-25  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.0103494  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0096  Shikimate kinase  45.64 
 
 		 171 aa  115  3e-25  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.650156  normal  1 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_1850  shikimate kinase  40.62 
 
 		 174 aa  115  3.9999999999999997e-25  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  1  normal  0.620898 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0723  shikimate kinase  39.86 
 
 		 180 aa  114  8.999999999999998e-25  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1256  shikimate kinase  40.62 
 
 		 166 aa  113  2.0000000000000002e-24  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2437  shikimate kinase  43.4 
 
 		 169 aa  112  2.0000000000000002e-24  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.00281475  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3880  shikimate kinase  42.59 
 
 		 170 aa  112  3e-24  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_12700  shikimate kinase  42.33 
 
 		 179 aa  111  5e-24  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  0.947256  normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0731  shikimate kinase  41.96 
 
 		 170 aa  110  8.000000000000001e-24  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  decreased coverage  0.000355155  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0683  shikimate kinase  42.36 
 
 		 196 aa  108  4.0000000000000004e-23  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.47245  normal  0.517024 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1230  shikimate kinase  36.09 
 
 		 171 aa  108  5e-23  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0912  shikimate kinase  36.88 
 
 		 173 aa  107  8.000000000000001e-23  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2014  shikimate kinase  41.38 
 
 		 169 aa  107  1e-22  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2609  shikimate kinase  39.19 
 
 		 182 aa  103  1e-21  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.0706478  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0372  shikimate kinase  43.06 
 
 		 167 aa  102  3e-21  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.0374428  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0971  shikimate kinase  39.29 
 
 		 185 aa  102  3e-21  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.488424 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3097  shikimate kinase  37.21 
 
 		 177 aa  102  3e-21  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1018  shikimate kinase  36.02 
 
 		 170 aa  99.8  2e-20  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2426  shikimate kinase  37.93 
 
 		 167 aa  94.4  8e-19  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.00106596  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_06110  Shikimate kinase  38.55 
 
 		 171 aa  93.6  1e-18  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3401  shikimate kinase  39.39 
 
 		 182 aa  91.3  7e-18  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1002  shikimate kinase  34.15 
 
 		 183 aa  89  3e-17  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3108  shikimate kinase  31.52 
 
 		 184 aa  84.7  5e-16  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.0973333 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1899  Shikimate kinase  32 
 
 		 184 aa  84.7  6e-16  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000000000431404 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2925  shikimate kinase  32.37 
 
 		 179 aa  83.2  0.000000000000002  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0786  shikimate kinase  34.53 
 
 		 174 aa  83.2  0.000000000000002  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.549744  normal  1 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0894  shikimate kinase  30.06 
 
 		 190 aa  81.6  0.000000000000004  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  hitchhiker  0.00120765  hitchhiker  0.000836884 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3524  Shikimate kinase  28.3 
 
 		 169 aa  81.6  0.000000000000004  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.236256  normal  0.835023 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0660  shikimate kinase  31.91 
 
 		 436 aa  81.6  0.000000000000005  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  0.737166  normal  1 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0528  Shikimate kinase  32.92 
 
 		 166 aa  81.3  0.000000000000007  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  0.276227  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0694  shikimate kinase  34.76 
 
 		 167 aa  79.7  0.00000000000002  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.233345  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_1506  shikimate kinase  32.28 
 
 		 184 aa  79  0.00000000000003  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  0.494789 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0215  shikimate kinase  33.33 
 
 		 172 aa  78.2  0.00000000000005  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.365544  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0952  Shikimate kinase  34.73 
 
 		 187 aa  77.8  0.00000000000008  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0553  shikimate kinase  34.13 
 
 		 181 aa  77.4  0.00000000000008  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.387005  normal  0.100064 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0979  Shikimate kinase  34.73 
 
 		 187 aa  77.8  0.00000000000008  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  0.0506883 
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0535  shikimate kinase  33.96 
 
 		 165 aa  77.4  0.00000000000009  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0694  shikimate kinase  33.54 
 
 		 167 aa  76.6  0.0000000000001  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  hitchhiker  0.00295001  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0678  shikimate kinase  33.33 
 
 		 182 aa  76.3  0.0000000000002  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.211914 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3686  shikimate kinase I  33.78 
 
 		 173 aa  76.6  0.0000000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  unclonable  0.00000000000028278  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3684  shikimate kinase I  33.78 
 
 		 173 aa  76.6  0.0000000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  decreased coverage  0.0000504262  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3855  shikimate kinase I  33.78 
 
 		 173 aa  76.6  0.0000000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  decreased coverage  0.0000716125  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0613  shikimate kinase  33.54 
 
 		 180 aa  76.6  0.0000000000002  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3793  shikimate kinase I  33.78 
 
 		 173 aa  76.6  0.0000000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.013782  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3759  shikimate kinase I  33.78 
 
 		 173 aa  76.6  0.0000000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  hitchhiker  0.00136839  normal  1 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_2345  shikimate kinase  29.94 
 
 		 199 aa  75.9  0.0000000000003  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0013  shikimate kinase  31.43 
 
 		 175 aa  75.5  0.0000000000004  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.668155  normal  1 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_1855  shikimate kinase  32 
 
 		 181 aa  74.7  0.0000000000005  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3757  shikimate kinase  31.94 
 
 		 220 aa  74.7  0.0000000000006  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  0.28547 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2486  Shikimate kinase  33.86 
 
 		 192 aa  74.3  0.0000000000007  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03242  shikimate kinase I  33.11 
 
 		 173 aa  73.6  0.000000000001  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  decreased coverage  0.00034661  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0323  shikimate kinase I  33.11 
 
 		 173 aa  73.6  0.000000000001  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.000129228  normal  0.10404 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03194  hypothetical protein  33.11 
 
 		 173 aa  73.6  0.000000000001  Escherichia coli BL21  Bacteria  decreased coverage  0.000404125  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3860  shikimate kinase I  33.11 
 
 		 173 aa  73.6  0.000000000001  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00000000504187  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1199  bifunctional shikimate kinase/3-dehydroquinate synthase  32.41 
 
 		 495 aa  73.6  0.000000000001  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.539853  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1220  shikimate kinase  35.78 
 
 		 190 aa  73.9  0.000000000001  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.455019  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3767  shikimate kinase I  33.11 
 
 		 173 aa  73.6  0.000000000001  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  decreased coverage  0.000000000000106668  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0839  shikimate kinase  31.47 
 
 		 176 aa  73.6  0.000000000001  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.657447  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_1340  shikimate kinase  31.18 
 
 		 177 aa  73.6  0.000000000001  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0768  Shikimate kinase  32.1 
 
 		 177 aa  73.9  0.000000000001  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  0.694283 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3586  shikimate kinase I  33.11 
 
 		 173 aa  73.6  0.000000000001  Escherichia coli HS  Bacteria  decreased coverage  2.9305899999999995e-20  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0323  Shikimate kinase  33.11 
 
 		 225 aa  73.2  0.000000000002  Escherichia coli DH1  Bacteria  decreased coverage  0.00000000263169  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1145  shikimate kinase  30.94 
 
 		 182 aa  72.8  0.000000000002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0207  shikimate kinase  30.82 
 
 		 183 aa  73.2  0.000000000002  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.807253  normal  0.16478 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2206  shikimate kinase I  32.65 
 
 		 174 aa  73.2  0.000000000002  Vibrio cholerae O395  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000184461  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4694  shikimate kinase I  33.11 
 
 		 225 aa  73.2  0.000000000002  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  unclonable  0.00000000528588  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3666  shikimate kinase I  33.11 
 
 		 225 aa  73.2  0.000000000002  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  unclonable  0.000000000538429  normal  0.0827574 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5776  shikimate kinase  31.76 
 
 		 172 aa  72.4  0.000000000003  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3966  shikimate kinase I  32.43 
 
 		 173 aa  72.4  0.000000000003  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  decreased coverage  1.60057e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3727  shikimate kinase I  32.43 
 
 		 173 aa  72.4  0.000000000003  Yersinia pestis Angola  Bacteria  decreased coverage  0.00000000014395  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0225  shikimate kinase I  32.43 
 
 		 173 aa  72.4  0.000000000003  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  decreased coverage  0.000000000752096  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12559  shikimate kinase  29.82 
 
 		 176 aa  72  0.000000000004  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  hitchhiker  0.0000000121488  normal  0.108726 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0410  shikimate kinase  31.36 
 
 		 172 aa  72  0.000000000004  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0407495  normal  0.100791 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2258  shikimate kinase  32.3 
 
 		 177 aa  72  0.000000000004  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0024  shikimate kinase I  33.55 
 
 		 173 aa  72  0.000000000004  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3883  shikimate kinase I  32.43 
 
 		 173 aa  72  0.000000000004  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  decreased coverage  0.000719849  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4605  shikimate kinase I  31.76 
 
 		 173 aa  71.6  0.000000000005  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  unclonable  0.000000000116276  normal  1 
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_0776  shikimate kinase  30.12 
 
 		 173 aa  71.6  0.000000000005  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_66610  shikimate kinase  31.76 
 
 		 172 aa  71.6  0.000000000005  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2026  shikimate kinase  31.06 
 
 		 175 aa  71.2  0.000000000007  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_2137  shikimate kinase  30.86 
 
 		 174 aa  71.2  0.000000000007  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.628527  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0091  shikimate kinase  29.63 
 
 		 173 aa  71.2  0.000000000007  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  0.10625 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0692  shikimate kinase  30.56 
 
 		 180 aa  71.2  0.000000000007  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1187  shikimate kinase  31.55 
 
 		 174 aa  71.2  0.000000000007  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0994  shikimate kinase I  31.33 
 
 		 175 aa  70.9  0.000000000008  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0963  shikimate kinase I  31.33 
 
 		 175 aa  70.9  0.000000000008  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_0346  shikimate kinase  29.94 
 
 		 191 aa  70.9  0.000000000008  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3803  shikimate kinase I  32.43 
 
 		 173 aa  70.5  0.00000000001  Enterobacter sp. 638  Bacteria  decreased coverage  0.00268813  normal  0.803666 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0611  shikimate kinase  30.56 
 
 		 180 aa  70.9  0.00000000001  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.78726  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0261  shikimate kinase I  32.47 
 
 		 171 aa  70.5  0.00000000001  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  decreased coverage  0.000000154257  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3267  shikimate kinase  32.08 
 
 		 229 aa  70.5  0.00000000001  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_0792  Shikimate kinase  31.43 
 
 		 180 aa  70.5  0.00000000001  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  hitchhiker  3.5919e-21  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1308  shikimate kinase  30.86 
 
 		 172 aa  70.1  0.00000000001  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  0.0211808 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0252  shikimate kinase  31.61 
 
 		 190 aa  69.7  0.00000000002  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>