More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Cla_0535 on replicon NC_012039
Organism: Campylobacter lari RM2100



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012039  Cla_0535  shikimate kinase  100 
 
 		 165 aa  322  2e-87  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_0410  shikimate kinase  50.3 
 
 		 165 aa  164  4e-40  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE0436  shikimate kinase  49.7 
 
 		 165 aa  164  6.9999999999999995e-40  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_1571  shikimate kinase  48.48 
 
 		 165 aa  159  2e-38  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1187  shikimate kinase  47.06 
 
 		 174 aa  148  3e-35  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_0776  shikimate kinase  45.18 
 
 		 173 aa  139  9.999999999999999e-33  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_0052  shikimate kinase  44.05 
 
 		 170 aa  138  3e-32  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1754  Shikimate kinase  44.05 
 
 		 184 aa  135  2e-31  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_1340  shikimate kinase  44.17 
 
 		 177 aa  125  4.0000000000000003e-28  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_2137  shikimate kinase  35.76 
 
 		 174 aa  105  4e-22  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.628527  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2456  shikimate kinase  35.54 
 
 		 170 aa  102  2e-21  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.209695  normal  0.679915 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0207  shikimate kinase  34.55 
 
 		 183 aa  100  8e-21  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.807253  normal  0.16478 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0400  shikimate kinase  34.5 
 
 		 180 aa  99.8  1e-20  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00240866 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00028  shikimate kinase I  32.54 
 
 		 172 aa  99  3e-20  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0311  shikimate kinase  34.71 
 
 		 184 aa  95.9  2e-19  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2026  shikimate kinase  32.75 
 
 		 175 aa  95.5  3e-19  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2206  shikimate kinase I  32.54 
 
 		 174 aa  95.1  3e-19  Vibrio cholerae O395  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000184461  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00510  shikimate kinase I  32.93 
 
 		 171 aa  94  9e-19  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  unclonable  0.000000702686  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1878  shikimate kinase  32.53 
 
 		 186 aa  93.6  1e-18  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.190429  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_2168  shikimate kinase  33.13 
 
 		 186 aa  93.6  1e-18  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.157663  normal  0.699838 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03242  shikimate kinase I  30.95 
 
 		 173 aa  92.4  2e-18  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  decreased coverage  0.00034661  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3767  shikimate kinase I  30.95 
 
 		 173 aa  92.4  2e-18  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  decreased coverage  0.000000000000106668  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1700  Shikimate kinase  37.09 
 
 		 172 aa  92.8  2e-18  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4265  shikimate kinase I  33.53 
 
 		 171 aa  92.8  2e-18  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.00401521  normal  0.220429 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3586  shikimate kinase I  30.95 
 
 		 173 aa  92.4  2e-18  Escherichia coli HS  Bacteria  decreased coverage  2.9305899999999995e-20  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0611  shikimate kinase  33.96 
 
 		 180 aa  92.8  2e-18  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.78726  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2794  shikimate kinase  31.18 
 
 		 183 aa  92.4  2e-18  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5776  shikimate kinase  32.1 
 
 		 172 aa  93.2  2e-18  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03194  hypothetical protein  30.95 
 
 		 173 aa  92.4  2e-18  Escherichia coli BL21  Bacteria  decreased coverage  0.000404125  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3860  shikimate kinase I  30.95 
 
 		 173 aa  92.4  2e-18  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00000000504187  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0323  shikimate kinase I  30.95 
 
 		 173 aa  92.4  2e-18  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.000129228  normal  0.10404 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3686  shikimate kinase I  30.95 
 
 		 173 aa  92  3e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  unclonable  0.00000000000028278  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3855  shikimate kinase I  30.95 
 
 		 173 aa  92  3e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  decreased coverage  0.0000716125  normal  1 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0692  shikimate kinase  33.33 
 
 		 180 aa  92  3e-18  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3759  shikimate kinase I  30.95 
 
 		 173 aa  92  3e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  hitchhiker  0.00136839  normal  1 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0495  shikimate kinase  37.35 
 
 		 171 aa  92  3e-18  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3684  shikimate kinase I  30.95 
 
 		 173 aa  92  3e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  decreased coverage  0.0000504262  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3698  shikimate kinase I  31.74 
 
 		 171 aa  92  3e-18  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  unclonable  0.00000000225658  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0247  shikimate kinase I  31.74 
 
 		 171 aa  92  3e-18  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.000000294714  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2722  shikimate kinase I  30.54 
 
 		 172 aa  92.4  3e-18  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3894  shikimate kinase I  31.74 
 
 		 171 aa  92  3e-18  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  unclonable  0.00000000513438  normal  0.331881 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3793  shikimate kinase I  30.95 
 
 		 173 aa  92  3e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.013782  normal  1 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0323  Shikimate kinase  30.95 
 
 		 225 aa  91.7  4e-18  Escherichia coli DH1  Bacteria  decreased coverage  0.00000000263169  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3489  shikimate kinase  32.35 
 
 		 184 aa  91.7  4e-18  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4694  shikimate kinase I  30.95 
 
 		 225 aa  91.7  4e-18  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  unclonable  0.00000000528588  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0652  shikimate kinase  32.53 
 
 		 195 aa  92  4e-18  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0340  shikimate kinase I  33.53 
 
 		 171 aa  92  4e-18  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3666  shikimate kinase I  30.95 
 
 		 225 aa  91.7  4e-18  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  unclonable  0.000000000538429  normal  0.0827574 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4113  shikimate kinase I  31.74 
 
 		 171 aa  91.7  5e-18  Shewanella baltica OS155  Bacteria  unclonable  0.00000000040137  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4003  shikimate kinase I  31.74 
 
 		 171 aa  91.7  5e-18  Shewanella baltica OS223  Bacteria  decreased coverage  0.00000000558194  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4084  shikimate kinase I  31.74 
 
 		 171 aa  91.7  5e-18  Shewanella baltica OS185  Bacteria  unclonable  0.00000000000358948  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4202  shikimate kinase I  31.74 
 
 		 171 aa  91.7  5e-18  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  0.0000000383652  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4010  shikimate kinase I  33.73 
 
 		 196 aa  91.7  5e-18  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3368  shikimate kinase I  30.95 
 
 		 171 aa  91.7  5e-18  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.0000011554  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3534  Shikimate kinase  34.15 
 
 		 207 aa  91.3  6e-18  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3803  shikimate kinase I  30.36 
 
 		 173 aa  90.9  7e-18  Enterobacter sp. 638  Bacteria  decreased coverage  0.00268813  normal  0.803666 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4053  shikimate kinase  36.24 
 
 		 197 aa  90.9  7e-18  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.477248  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4605  shikimate kinase I  30.36 
 
 		 173 aa  90.9  7e-18  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  unclonable  0.000000000116276  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0261  shikimate kinase I  31.74 
 
 		 171 aa  90.9  7e-18  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  decreased coverage  0.000000154257  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1556  shikimate kinase  31.95 
 
 		 173 aa  90.5  8e-18  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  0.367363 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3727  shikimate kinase I  30.36 
 
 		 173 aa  90.5  9e-18  Yersinia pestis Angola  Bacteria  decreased coverage  0.00000000014395  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3966  shikimate kinase I  30.36 
 
 		 173 aa  90.5  9e-18  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  decreased coverage  1.60057e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1718  shikimate kinase  35.14 
 
 		 208 aa  90.5  9e-18  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.825758  normal  0.851225 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0225  shikimate kinase I  30.36 
 
 		 173 aa  90.5  9e-18  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  decreased coverage  0.000000000752096  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_66610  shikimate kinase  31.48 
 
 		 172 aa  90.5  9e-18  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3987  shikimate kinase  35.76 
 
 		 165 aa  90.1  1e-17  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.585593  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3729  shikimate kinase  32.94 
 
 		 184 aa  89.7  1e-17  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.427035  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2661  Shikimate kinase  30.36 
 
 		 170 aa  90.5  1e-17  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000463113 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2686  shikimate kinase  34.55 
 
 		 169 aa  90.1  1e-17  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.536815  normal  0.0662498 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0359  shikimate kinase  31.76 
 
 		 183 aa  90.1  1e-17  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.0471264 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2549  Shikimate kinase  30.19 
 
 		 189 aa  90.5  1e-17  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3883  shikimate kinase I  30.36 
 
 		 173 aa  89.7  1e-17  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  decreased coverage  0.000719849  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1555  shikimate kinase  29.76 
 
 		 170 aa  89.4  2e-17  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.436884  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4313  shikimate kinase  34.91 
 
 		 170 aa  89.4  2e-17  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0286  shikimate kinase I  30.54 
 
 		 171 aa  89.4  2e-17  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2747  shikimate kinase  33.33 
 
 		 177 aa  89.4  2e-17  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3700  shikimate kinase  33.33 
 
 		 177 aa  89.4  2e-17  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.049823  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2565  shikimate kinase  31.29 
 
 		 192 aa  89.4  2e-17  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.412267 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_2345  shikimate kinase  33.33 
 
 		 199 aa  89.7  2e-17  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3758  shikimate kinase  33.33 
 
 		 177 aa  89.4  2e-17  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.485321  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3024  shikimate kinase  33.33 
 
 		 199 aa  89.7  2e-17  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2797  shikimate kinase  33.33 
 
 		 177 aa  89.4  2e-17  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.135069  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3267  shikimate kinase  31.48 
 
 		 229 aa  89.4  2e-17  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1757  shikimate kinase  33.33 
 
 		 177 aa  89.4  2e-17  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0666  shikimate kinase I  31.14 
 
 		 171 aa  89.7  2e-17  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  unclonable  0.0000000317623  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_1506  shikimate kinase  32.56 
 
 		 184 aa  89  2e-17  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  0.494789 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3206  shikimate kinase  33.33 
 
 		 209 aa  89.7  2e-17  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.289523  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0213  shikimate kinase I  32.93 
 
 		 171 aa  89.7  2e-17  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  unclonable  0.0000000106831  hitchhiker  0.00783685 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4089  shikimate kinase  35.76 
 
 		 165 aa  89  2e-17  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0392  shikimate kinase  31.76 
 
 		 184 aa  89.4  2e-17  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3706  shikimate kinase I  31.14 
 
 		 171 aa  89.4  2e-17  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  unclonable  0.000000000103243  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0238  shikimate kinase I  32.93 
 
 		 171 aa  89  3e-17  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  unclonable  0.000000000334252  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2170  shikimate kinase  30.86 
 
 		 201 aa  88.6  4e-17  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.987325  normal  0.0949629 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_45250  shikimate kinase  30.86 
 
 		 172 aa  88.2  4e-17  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3598  shikimate kinase  32.35 
 
 		 183 aa  88.2  4e-17  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.000887516  hitchhiker  0.0000000252706 
 
 
-
 
NC_008309  HS_1113  shikimate kinase  34.62 
 
 		 163 aa  88.2  4e-17  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  decreased coverage  0.0015491  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0375  shikimate kinase I  30.54 
 
 		 171 aa  88.6  4e-17  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  decreased coverage  0.00773873  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0252  shikimate kinase  32.34 
 
 		 190 aa  88.2  5e-17  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3029  Shikimate kinase  30.18 
 
 		 190 aa  87.8  5e-17  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.194702  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3130  shikimate kinase  32.1 
 
 		 192 aa  87.8  7e-17  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>