More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ddes_1973 on replicon NC_011883
Organism: Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011883  Ddes_1973  shikimate kinase  100 
 
 		 192 aa  393  1e-109  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.0334894  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2609  shikimate kinase  58.08 
 
 		 182 aa  195  3e-49  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.0706478  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0971  shikimate kinase  57.32 
 
 		 185 aa  192  3e-48  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.488424 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0723  shikimate kinase  55.28 
 
 		 180 aa  188  2.9999999999999997e-47  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0683  shikimate kinase  47.06 
 
 		 196 aa  166  1e-40  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.47245  normal  0.517024 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0517  Shikimate kinase  46.25 
 
 		 173 aa  149  2e-35  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.0103494  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1256  shikimate kinase  42.68 
 
 		 166 aa  127  1.0000000000000001e-28  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0827  shikimate kinase  39.52 
 
 		 173 aa  126  2.0000000000000002e-28  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_1850  shikimate kinase  37.5 
 
 		 174 aa  125  5e-28  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  1  normal  0.620898 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_2255  shikimate kinase  41.25 
 
 		 166 aa  123  1e-27  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3880  shikimate kinase  36.88 
 
 		 170 aa  123  2e-27  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_12700  shikimate kinase  37.79 
 
 		 179 aa  122  3e-27  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  0.947256  normal  1 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3183  shikimate kinase  38.75 
 
 		 169 aa  122  4e-27  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.020728  hitchhiker  0.00306949 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1230  shikimate kinase  40 
 
 		 171 aa  120  9.999999999999999e-27  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2014  shikimate kinase  39.75 
 
 		 169 aa  120  9.999999999999999e-27  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2437  shikimate kinase  39.1 
 
 		 169 aa  119  1.9999999999999998e-26  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.00281475  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3097  shikimate kinase  41.21 
 
 		 177 aa  119  1.9999999999999998e-26  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0372  shikimate kinase  38.27 
 
 		 167 aa  119  3e-26  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.0374428  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0096  Shikimate kinase  38.51 
 
 		 171 aa  118  6e-26  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.650156  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0200  shikimate kinase  43.17 
 
 		 174 aa  114  7.999999999999999e-25  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.495734  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0183  shikimate kinase  36.9 
 
 		 201 aa  112  4.0000000000000004e-24  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000000422214 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1018  shikimate kinase  34.97 
 
 		 170 aa  110  1.0000000000000001e-23  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0731  shikimate kinase  35.95 
 
 		 170 aa  109  2.0000000000000002e-23  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  decreased coverage  0.000355155  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2426  shikimate kinase  34.42 
 
 		 167 aa  105  4e-22  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.00106596  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0912  shikimate kinase  39.77 
 
 		 173 aa  103  2e-21  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0528  Shikimate kinase  33.33 
 
 		 166 aa  97.4  1e-19  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  0.276227  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0613  shikimate kinase  37.8 
 
 		 180 aa  95.5  4e-19  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0553  shikimate kinase  34.34 
 
 		 181 aa  94.7  7e-19  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.387005  normal  0.100064 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0952  Shikimate kinase  33.33 
 
 		 187 aa  94.4  1e-18  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0979  Shikimate kinase  33.33 
 
 		 187 aa  93.6  2e-18  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  0.0506883 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1878  shikimate kinase  31.52 
 
 		 186 aa  89.7  2e-17  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.190429  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1002  shikimate kinase  37.65 
 
 		 183 aa  88.6  5e-17  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_2168  shikimate kinase  31.52 
 
 		 186 aa  88.6  6e-17  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.157663  normal  0.699838 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1091  shikimate kinase  34.94 
 
 		 172 aa  88.2  7e-17  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.393566  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_1030  shikimate 5-dehydrogenase  26.63 
 
 		 454 aa  87.4  1e-16  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2925  shikimate kinase  36.02 
 
 		 179 aa  87.4  1e-16  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_0346  shikimate kinase  35.47 
 
 		 191 aa  86.3  2e-16  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0678  shikimate kinase  32.73 
 
 		 182 aa  86.3  3e-16  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.211914 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0894  shikimate kinase  30.72 
 
 		 190 aa  85.5  4e-16  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  hitchhiker  0.00120765  hitchhiker  0.000836884 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5776  shikimate kinase  36.2 
 
 		 172 aa  85.1  6e-16  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1132  shikimate kinase  34.15 
 
 		 200 aa  84.7  7e-16  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.220163  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_66610  shikimate kinase  35.58 
 
 		 172 aa  83.2  0.000000000000002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2170  shikimate kinase  36.96 
 
 		 201 aa  82.4  0.000000000000003  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.987325  normal  0.0949629 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2092  shikimate kinase II  36.81 
 
 		 175 aa  82.8  0.000000000000003  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.300334  normal  0.0606791 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_45250  shikimate kinase  34.36 
 
 		 172 aa  82.4  0.000000000000004  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0431  shikimate kinase II  28.92 
 
 		 181 aa  82  0.000000000000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.969771  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0486  shikimate kinase II  28.92 
 
 		 181 aa  82  0.000000000000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0444  shikimate kinase II  28.92 
 
 		 181 aa  82  0.000000000000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.647174  normal  1 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_1506  shikimate kinase  33.72 
 
 		 184 aa  82  0.000000000000005  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  0.494789 
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1187  shikimate kinase  26.74 
 
 		 174 aa  82  0.000000000000005  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_1855  shikimate kinase  32.14 
 
 		 181 aa  81.6  0.000000000000006  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0425  shikimate kinase II  28.92 
 
 		 181 aa  81.3  0.000000000000007  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1899  Shikimate kinase  30.86 
 
 		 184 aa  81.3  0.000000000000009  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000000000431404 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3803  shikimate kinase I  33.14 
 
 		 173 aa  81.3  0.000000000000009  Enterobacter sp. 638  Bacteria  decreased coverage  0.00268813  normal  0.803666 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3267  shikimate kinase  32.73 
 
 		 229 aa  80.5  0.00000000000001  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0400  shikimate kinase  31.52 
 
 		 180 aa  80.5  0.00000000000001  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00240866 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3757  shikimate kinase  30.46 
 
 		 220 aa  80.9  0.00000000000001  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  0.28547 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0426  shikimate kinase II  28.31 
 
 		 181 aa  80.1  0.00000000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.992434  normal  0.531253 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3282  shikimate kinase II  30.46 
 
 		 174 aa  79.7  0.00000000000002  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.970543  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0859  shikimate kinase II  31.52 
 
 		 174 aa  79.7  0.00000000000002  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.386804 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3024  shikimate kinase  31.74 
 
 		 199 aa  80.1  0.00000000000002  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3143  shikimate kinase II  30.46 
 
 		 174 aa  79.7  0.00000000000002  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.770724  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1308  shikimate kinase  33.75 
 
 		 172 aa  79.7  0.00000000000002  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  0.0211808 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0410  shikimate kinase  34.36 
 
 		 172 aa  79.3  0.00000000000003  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0407495  normal  0.100791 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5079  shikimate kinase  35.33 
 
 		 172 aa  79  0.00000000000004  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2794  shikimate kinase  32.35 
 
 		 183 aa  79  0.00000000000004  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3727  shikimate kinase I  32.53 
 
 		 173 aa  79  0.00000000000004  Yersinia pestis Angola  Bacteria  decreased coverage  0.00000000014395  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0225  shikimate kinase I  32.53 
 
 		 173 aa  79  0.00000000000004  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  decreased coverage  0.000000000752096  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3206  shikimate kinase  31.14 
 
 		 209 aa  79  0.00000000000004  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.289523  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3966  shikimate kinase I  32.53 
 
 		 173 aa  79  0.00000000000004  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  decreased coverage  1.60057e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4605  shikimate kinase I  32.53 
 
 		 173 aa  79  0.00000000000004  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  unclonable  0.000000000116276  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4952  shikimate kinase  35.33 
 
 		 172 aa  79  0.00000000000004  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3108  shikimate kinase  33.13 
 
 		 184 aa  79  0.00000000000004  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.0973333 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03242  shikimate kinase I  32.54 
 
 		 173 aa  78.6  0.00000000000005  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  decreased coverage  0.00034661  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1942  Shikimate kinase  34.97 
 
 		 167 aa  78.6  0.00000000000005  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.195968  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3729  shikimate kinase  31.14 
 
 		 184 aa  78.6  0.00000000000005  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.427035  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3293  shikimate kinase II  29.89 
 
 		 174 aa  79  0.00000000000005  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.431512  normal  0.133035 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0359  shikimate kinase  32.52 
 
 		 183 aa  78.6  0.00000000000005  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.0471264 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0323  shikimate kinase I  32.54 
 
 		 173 aa  78.6  0.00000000000005  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.000129228  normal  0.10404 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03194  hypothetical protein  32.54 
 
 		 173 aa  78.6  0.00000000000005  Escherichia coli BL21  Bacteria  decreased coverage  0.000404125  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3767  shikimate kinase I  32.54 
 
 		 173 aa  78.6  0.00000000000005  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  decreased coverage  0.000000000000106668  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3586  shikimate kinase I  32.54 
 
 		 173 aa  78.6  0.00000000000005  Escherichia coli HS  Bacteria  decreased coverage  2.9305899999999995e-20  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3860  shikimate kinase I  32.54 
 
 		 173 aa  78.6  0.00000000000005  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00000000504187  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0997  shikimate kinase II  32.62 
 
 		 173 aa  78.2  0.00000000000006  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.287041  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0786  shikimate kinase  31.76 
 
 		 174 aa  78.6  0.00000000000006  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.549744  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0392  shikimate kinase  31.74 
 
 		 184 aa  78.6  0.00000000000006  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1776  shikimate kinase II  34.72 
 
 		 170 aa  78.2  0.00000000000007  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.769228  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0323  Shikimate kinase  32.54 
 
 		 225 aa  78.2  0.00000000000008  Escherichia coli DH1  Bacteria  decreased coverage  0.00000000263169  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4694  shikimate kinase I  32.54 
 
 		 225 aa  77.8  0.00000000000008  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  unclonable  0.00000000528588  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3666  shikimate kinase I  32.54 
 
 		 225 aa  78.2  0.00000000000008  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  unclonable  0.000000000538429  normal  0.0827574 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0261  shikimate kinase I  32.52 
 
 		 171 aa  77.8  0.00000000000008  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  decreased coverage  0.000000154257  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1799  shikimate kinase  30.98 
 
 		 191 aa  77.8  0.00000000000008  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.279615  normal  0.998322 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0311  shikimate kinase  31.74 
 
 		 184 aa  77.8  0.00000000000008  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3596  shikimate kinase  33.54 
 
 		 196 aa  77.8  0.00000000000009  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3598  shikimate kinase  31.9 
 
 		 183 aa  77.8  0.00000000000009  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.000887516  hitchhiker  0.0000000252706 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3883  shikimate kinase I  31.95 
 
 		 173 aa  77.8  0.0000000000001  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  decreased coverage  0.000719849  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3489  shikimate kinase  31.74 
 
 		 184 aa  77.8  0.0000000000001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_2345  shikimate kinase  32.56 
 
 		 199 aa  77.8  0.0000000000001  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6534  Shikimate kinase  32.73 
 
 		 167 aa  77.4  0.0000000000001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0818749  normal  0.0132303 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3855  shikimate kinase I  31.93 
 
 		 173 aa  76.3  0.0000000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  decreased coverage  0.0000716125  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>