More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dret_0683 on replicon NC_013223
Organism: Desulfohalobium retbaense DSM 5692



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013223  Dret_0683  shikimate kinase  100 
 
 		 196 aa  399  9.999999999999999e-111  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.47245  normal  0.517024 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2609  shikimate kinase  48.33 
 
 		 182 aa  166  1e-40  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.0706478  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0723  shikimate kinase  50.61 
 
 		 180 aa  165  4e-40  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1973  shikimate kinase  48.85 
 
 		 192 aa  164  8e-40  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.0334894  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0517  Shikimate kinase  50.89 
 
 		 173 aa  159  3e-38  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.0103494  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0971  shikimate kinase  49.4 
 
 		 185 aa  158  4e-38  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.488424 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1230  shikimate kinase  41.21 
 
 		 171 aa  122  3e-27  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3880  shikimate kinase  38.89 
 
 		 170 aa  116  1.9999999999999998e-25  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0912  shikimate kinase  43.79 
 
 		 173 aa  115  6e-25  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3183  shikimate kinase  41.67 
 
 		 169 aa  114  8.999999999999998e-25  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.020728  hitchhiker  0.00306949 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0372  shikimate kinase  37.27 
 
 		 167 aa  111  5e-24  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.0374428  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_1850  shikimate kinase  37.34 
 
 		 174 aa  111  6e-24  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  1  normal  0.620898 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0827  shikimate kinase  42.36 
 
 		 173 aa  108  6e-23  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2437  shikimate kinase  37.11 
 
 		 169 aa  106  2e-22  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.00281475  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0731  shikimate kinase  35.98 
 
 		 170 aa  106  2e-22  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  decreased coverage  0.000355155  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1256  shikimate kinase  37.97 
 
 		 166 aa  105  3e-22  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2426  shikimate kinase  37.65 
 
 		 167 aa  105  4e-22  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.00106596  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_2255  shikimate kinase  35.8 
 
 		 166 aa  104  9e-22  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_12700  shikimate kinase  33.72 
 
 		 179 aa  103  2e-21  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  0.947256  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1018  shikimate kinase  37.76 
 
 		 170 aa  100  1e-20  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3097  shikimate kinase  38.1 
 
 		 177 aa  100  1e-20  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0183  shikimate kinase  40.28 
 
 		 201 aa  99.8  2e-20  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000000422214 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2014  shikimate kinase  39.16 
 
 		 169 aa  97.4  1e-19  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0096  Shikimate kinase  32.93 
 
 		 171 aa  97.8  1e-19  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.650156  normal  1 
 
 
-
 
NC_006368  lpp0994  shikimate kinase I  35.33 
 
 		 175 aa  93.2  2e-18  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0963  shikimate kinase I  35.33 
 
 		 175 aa  93.2  2e-18  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_45250  shikimate kinase  37.58 
 
 		 172 aa  93.2  2e-18  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0200  shikimate kinase  39.31 
 
 		 174 aa  92.4  3e-18  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.495734  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2456  shikimate kinase  31.93 
 
 		 170 aa  87.4  1e-16  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.209695  normal  0.679915 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3029  Shikimate kinase  34.34 
 
 		 190 aa  85.5  5e-16  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.194702  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0252  shikimate kinase  33.14 
 
 		 190 aa  85.5  5e-16  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2794  shikimate kinase  33.54 
 
 		 183 aa  85.1  5e-16  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5776  shikimate kinase  36.97 
 
 		 172 aa  84.7  7e-16  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_66610  shikimate kinase  36.97 
 
 		 172 aa  84  0.000000000000001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0359  shikimate kinase  33.54 
 
 		 183 aa  83.2  0.000000000000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.0471264 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0613  shikimate kinase  35 
 
 		 180 aa  83.6  0.000000000000002  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3598  shikimate kinase  33.54 
 
 		 183 aa  83.2  0.000000000000002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.000887516  hitchhiker  0.0000000252706 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4010  shikimate kinase I  35.8 
 
 		 196 aa  82.8  0.000000000000003  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0611  shikimate kinase  31.71 
 
 		 180 aa  82.8  0.000000000000003  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.78726  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0392  shikimate kinase  31.9 
 
 		 184 aa  82.8  0.000000000000003  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0692  shikimate kinase  31.1 
 
 		 180 aa  81.6  0.000000000000006  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3489  shikimate kinase  31.29 
 
 		 184 aa  82  0.000000000000006  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0528  Shikimate kinase  28.3 
 
 		 166 aa  81.6  0.000000000000007  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  0.276227  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0311  shikimate kinase  32.32 
 
 		 184 aa  81.6  0.000000000000007  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3267  shikimate kinase  33.14 
 
 		 229 aa  81.3  0.00000000000001  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1020  shikimate kinase  34.83 
 
 		 177 aa  79.7  0.00000000000002  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_2137  shikimate kinase  29.76 
 
 		 174 aa  80.1  0.00000000000002  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.628527  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3024  shikimate kinase  30 
 
 		 199 aa  79.7  0.00000000000002  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0547  shikimate kinase  34.87 
 
 		 163 aa  80.5  0.00000000000002  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3803  shikimate kinase I  32.92 
 
 		 173 aa  79.7  0.00000000000003  Enterobacter sp. 638  Bacteria  decreased coverage  0.00268813  normal  0.803666 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03242  shikimate kinase I  32.92 
 
 		 173 aa  79  0.00000000000004  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  decreased coverage  0.00034661  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3860  shikimate kinase I  32.92 
 
 		 173 aa  79  0.00000000000004  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00000000504187  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3767  shikimate kinase I  32.92 
 
 		 173 aa  79  0.00000000000004  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  decreased coverage  0.000000000000106668  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0323  shikimate kinase I  32.92 
 
 		 173 aa  79  0.00000000000004  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.000129228  normal  0.10404 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3206  shikimate kinase  30 
 
 		 209 aa  79  0.00000000000004  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.289523  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03194  hypothetical protein  32.92 
 
 		 173 aa  79  0.00000000000004  Escherichia coli BL21  Bacteria  decreased coverage  0.000404125  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3586  shikimate kinase I  32.92 
 
 		 173 aa  79  0.00000000000004  Escherichia coli HS  Bacteria  decreased coverage  2.9305899999999995e-20  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3883  shikimate kinase I  32.3 
 
 		 173 aa  79  0.00000000000004  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  decreased coverage  0.000719849  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1700  Shikimate kinase  35.1 
 
 		 172 aa  78.6  0.00000000000005  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_0776  shikimate kinase  29.76 
 
 		 173 aa  78.6  0.00000000000005  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2970  shikimate kinase  31.68 
 
 		 190 aa  78.6  0.00000000000006  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3729  shikimate kinase  30.67 
 
 		 184 aa  78.6  0.00000000000006  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.427035  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4605  shikimate kinase I  31.68 
 
 		 173 aa  78.2  0.00000000000007  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  unclonable  0.000000000116276  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1819  shikimate kinase  34.13 
 
 		 169 aa  77.8  0.00000000000008  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0323  Shikimate kinase  32.92 
 
 		 225 aa  77.8  0.00000000000009  Escherichia coli DH1  Bacteria  decreased coverage  0.00000000263169  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4694  shikimate kinase I  32.92 
 
 		 225 aa  77.8  0.00000000000009  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  unclonable  0.00000000528588  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3666  shikimate kinase I  32.92 
 
 		 225 aa  77.8  0.00000000000009  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  unclonable  0.000000000538429  normal  0.0827574 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0225  shikimate kinase I  31.68 
 
 		 173 aa  77.8  0.0000000000001  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  decreased coverage  0.000000000752096  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0330  shikimate kinase  33.54 
 
 		 179 aa  77.8  0.0000000000001  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.15338  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3966  shikimate kinase I  31.68 
 
 		 173 aa  77.8  0.0000000000001  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  decreased coverage  1.60057e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5127  shikimate kinase  35 
 
 		 172 aa  77.8  0.0000000000001  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_1030  shikimate 5-dehydrogenase  32.64 
 
 		 454 aa  77.4  0.0000000000001  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1563  shikimate 5-dehydrogenase  32.65 
 
 		 462 aa  77.8  0.0000000000001  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00028  shikimate kinase I  31.52 
 
 		 172 aa  77  0.0000000000001  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3727  shikimate kinase I  31.68 
 
 		 173 aa  77.8  0.0000000000001  Yersinia pestis Angola  Bacteria  decreased coverage  0.00000000014395  normal  1 
 
 
-
 
NC_006348  BMA2747  shikimate kinase  30.63 
 
 		 177 aa  76.6  0.0000000000002  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3684  shikimate kinase I  31.68 
 
 		 173 aa  76.6  0.0000000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  decreased coverage  0.0000504262  normal  1 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3758  shikimate kinase  30.63 
 
 		 177 aa  76.6  0.0000000000002  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.485321  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2797  shikimate kinase  30.63 
 
 		 177 aa  76.6  0.0000000000002  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.135069  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1757  shikimate kinase  30.63 
 
 		 177 aa  76.6  0.0000000000002  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3401  shikimate kinase  33.12 
 
 		 182 aa  76.6  0.0000000000002  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3686  shikimate kinase I  31.68 
 
 		 173 aa  76.6  0.0000000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  unclonable  0.00000000000028278  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3855  shikimate kinase I  31.68 
 
 		 173 aa  76.6  0.0000000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  decreased coverage  0.0000716125  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3759  shikimate kinase I  31.68 
 
 		 173 aa  76.6  0.0000000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  hitchhiker  0.00136839  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0839  shikimate kinase  33.14 
 
 		 176 aa  76.6  0.0000000000002  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.657447  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3793  shikimate kinase I  31.68 
 
 		 173 aa  76.6  0.0000000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.013782  normal  1 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3700  shikimate kinase  30.63 
 
 		 177 aa  76.6  0.0000000000002  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.049823  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0408  shikimate kinase  33.75 
 
 		 172 aa  75.9  0.0000000000003  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3130  shikimate kinase  31.25 
 
 		 192 aa  75.9  0.0000000000003  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2722  shikimate kinase I  31.52 
 
 		 172 aa  75.9  0.0000000000004  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0894  shikimate kinase  35.76 
 
 		 190 aa  75.9  0.0000000000004  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  hitchhiker  0.00120765  hitchhiker  0.000836884 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0528  shikimate kinase  33.33 
 
 		 168 aa  75.9  0.0000000000004  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.361692  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2686  shikimate kinase  31.33 
 
 		 169 aa  75.1  0.0000000000005  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.536815  normal  0.0662498 
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1187  shikimate kinase  27.38 
 
 		 174 aa  75.5  0.0000000000005  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_1340  shikimate kinase  28.57 
 
 		 177 aa  75.5  0.0000000000005  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0410  shikimate kinase  33.54 
 
 		 172 aa  75.1  0.0000000000006  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0407495  normal  0.100791 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5079  shikimate kinase  34.55 
 
 		 172 aa  74.7  0.0000000000007  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4952  shikimate kinase  34.55 
 
 		 172 aa  74.7  0.0000000000007  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1002  shikimate kinase  33.53 
 
 		 183 aa  75.1  0.0000000000007  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0472  shikimate kinase  32.12 
 
 		 172 aa  74.7  0.0000000000008  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.0810879  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>