More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dshi_2567 on replicon NC_009952
Organism: Dinoroseobacter shibae DFL 12



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009952  Dshi_2567  multi-sensor signal transduction histidine kinase  100 
 
 
768 aa  1561    Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.0479714  hitchhiker  0.00000000485501 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1577  multi-sensor signal transduction histidine kinase  34.88 
 
 
515 aa  171  5e-41  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.441834  n/a   
 
 
-
 
NC_009507  Swit_5294  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  34.78 
 
 
500 aa  171  6e-41  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.814589  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2872  multi-sensor signal transduction histidine kinase  28.78 
 
 
978 aa  171  6e-41  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.149383  normal  0.186346 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3180  multi-sensor signal transduction histidine kinase  37.55 
 
 
632 aa  165  3e-39  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0860119  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5187  multi-sensor signal transduction histidine kinase  37.55 
 
 
632 aa  165  3e-39  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal  0.0102074 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5089  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  37.55 
 
 
632 aa  165  3e-39  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.997163  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0267  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  32.9 
 
 
631 aa  160  1e-37  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.172451  normal  0.0925086 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4052  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  34.32 
 
 
513 aa  156  1e-36  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1700  PAS sensor, signal transduction histidine kinase  31 
 
 
553 aa  155  2e-36  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.012241  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3892  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  33.69 
 
 
512 aa  155  2.9999999999999998e-36  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.234407 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2995  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  31.44 
 
 
662 aa  154  5.9999999999999996e-36  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2116  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  31.15 
 
 
524 aa  154  7e-36  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1826  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  32.64 
 
 
630 aa  150  7e-35  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0888009 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2578  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  33.61 
 
 
527 aa  149  2.0000000000000003e-34  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.376758  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2969  multi-sensor signal transduction histidine kinase  32.11 
 
 
634 aa  149  3e-34  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.163827 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0399  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  33.68 
 
 
519 aa  149  3e-34  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1029  Signal transduction histidine kinase  32.53 
 
 
511 aa  148  4.0000000000000006e-34  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1745  multi-sensor signal transduction histidine kinase  37.08 
 
 
501 aa  148  4.0000000000000006e-34  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.216394  normal  0.830414 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3814  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  35.48 
 
 
515 aa  147  9e-34  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1907  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  32.7 
 
 
494 aa  147  9e-34  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0631  multi-sensor signal transduction histidine kinase  39 
 
 
501 aa  146  1e-33  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.22133  normal  0.283314 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2042  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  32.88 
 
 
379 aa  145  2e-33  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.419009  hitchhiker  0.00181161 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2459  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  34.28 
 
 
514 aa  145  2e-33  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal  0.536831 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2802  adenylate/guanylate cyclase  26.46 
 
 
702 aa  145  2e-33  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.523853  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3507  PAS sensor protein  35.22 
 
 
512 aa  145  3e-33  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5744  multi-sensor signal transduction multi-kinase  30.4 
 
 
1845 aa  144  5e-33  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1615  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  32.7 
 
 
608 aa  144  6e-33  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5309  sensor histidine kinase  38.1 
 
 
1744 aa  144  6e-33  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.0910571 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3712  multi-sensor signal transduction histidine kinase  30.81 
 
 
851 aa  143  9.999999999999999e-33  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.327076  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2222  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  33.15 
 
 
468 aa  142  1.9999999999999998e-32  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3399  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  31.89 
 
 
680 aa  143  1.9999999999999998e-32  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2370  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  33.15 
 
 
468 aa  142  3e-32  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.73412  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3552  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  33.15 
 
 
468 aa  142  3e-32  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3274  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  33.24 
 
 
526 aa  142  3e-32  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2671  putative PAS/PAC sensor protein  26.44 
 
 
608 aa  141  4.999999999999999e-32  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4726  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  31.48 
 
 
508 aa  141  4.999999999999999e-32  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4619  multi-sensor signal transduction histidine kinase  36.05 
 
 
729 aa  141  4.999999999999999e-32  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2223  multi-sensor signal transduction histidine kinase  32.88 
 
 
457 aa  140  7.999999999999999e-32  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.450879  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3445  putative PAS/PAC sensor protein  26.44 
 
 
608 aa  140  7.999999999999999e-32  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2789  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  31.08 
 
 
503 aa  140  1e-31  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.237879  normal  0.0648346 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4666  putative PAS/PAC sensor protein  25.84 
 
 
608 aa  139  2e-31  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.169254  normal  0.69923 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2316  multi-sensor signal transduction histidine kinase  32.27 
 
 
471 aa  139  2e-31  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0581  multi-sensor signal transduction histidine kinase  34.02 
 
 
748 aa  139  3.0000000000000003e-31  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.401859  normal  0.981088 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5692  multi-sensor signal transduction histidine kinase  33.59 
 
 
733 aa  138  4e-31  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.358627 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2976  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  33.33 
 
 
692 aa  137  5e-31  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.4081 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1343  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  37.31 
 
 
510 aa  137  5e-31  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1364  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  32.53 
 
 
510 aa  137  6.0000000000000005e-31  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5151  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  27.65 
 
 
636 aa  135  1.9999999999999998e-30  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.300471  normal  0.605559 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_6274  multi-sensor signal transduction histidine kinase  30.95 
 
 
534 aa  135  1.9999999999999998e-30  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.311499 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1683  PAS sensor protein  29.38 
 
 
1833 aa  135  3e-30  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.725143 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_3479  multi-sensor hybrid histidine kinase  26.33 
 
 
1078 aa  134  5e-30  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4627  multi-sensor signal transduction histidine kinase  36.14 
 
 
461 aa  134  6.999999999999999e-30  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0812  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  27.25 
 
 
975 aa  132  2.0000000000000002e-29  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.817585  normal 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5190  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  27.53 
 
 
1211 aa  132  3e-29  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.8862  normal  0.202649 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3869  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  32.15 
 
 
616 aa  132  3e-29  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1464  multi-sensor signal transduction histidine kinase  32.86 
 
 
745 aa  132  3e-29  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1084  multi-sensor signal transduction histidine kinase  33.1 
 
 
495 aa  132  3e-29  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0922  multi-sensor signal transduction histidine kinase  27.53 
 
 
727 aa  131  4.0000000000000003e-29  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2683  multi-sensor signal transduction histidine kinase  32.06 
 
 
666 aa  130  7.000000000000001e-29  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0208  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  29.13 
 
 
708 aa  130  9.000000000000001e-29  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.832424 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3943  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  26.6 
 
 
726 aa  129  2.0000000000000002e-28  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.388599  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3840  multi-sensor signal transduction histidine kinase  31.62 
 
 
759 aa  129  2.0000000000000002e-28  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.385478  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1744  histidine kinase  37.25 
 
 
630 aa  128  3e-28  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal  0.267344 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2345  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  32.42 
 
 
509 aa  129  3e-28  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5184  histidine kinase  33.87 
 
 
435 aa  129  3e-28  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3816  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  32.6 
 
 
636 aa  129  3e-28  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2097  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  28.8 
 
 
398 aa  128  4.0000000000000003e-28  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.827775  n/a   
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6856  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  30.53 
 
 
1000 aa  128  5e-28  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1697  histidine kinase  35.84 
 
 
317 aa  128  5e-28  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  decreased coverage  0.0000828952  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1557  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  30.07 
 
 
773 aa  127  6e-28  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.468664  hitchhiker  0.00480077 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1833  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  35.23 
 
 
687 aa  127  7e-28  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2251  PAS/PAC sensor Signal transduction histidine kinase  32.82 
 
 
657 aa  127  8.000000000000001e-28  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3795  histidine kinase  34.2 
 
 
610 aa  127  1e-27  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5522  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  31.01 
 
 
875 aa  127  1e-27  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.982375  normal 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_3050  PAS sensor protein  27.03 
 
 
653 aa  126  1e-27  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5459  multi-sensor signal transduction histidine kinase  26.89 
 
 
1211 aa  127  1e-27  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.125854  normal  0.0422439 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0644  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  41.25 
 
 
487 aa  125  3e-27  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3813  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  28.06 
 
 
963 aa  125  3e-27  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  decreased coverage  0.000539796  normal  0.0501343 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6110  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  29.3 
 
 
513 aa  125  3e-27  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.0621826 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1195  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  35.16 
 
 
870 aa  125  3e-27  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.98844  normal  0.84656 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3682  multi-sensor signal transduction histidine kinase  31.41 
 
 
685 aa  125  3e-27  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  decreased coverage  0.00804168  normal  0.462115 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00708  nodulation protein  35.25 
 
 
358 aa  125  4e-27  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.011676  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1302  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  33.98 
 
 
871 aa  124  5e-27  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.465043  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2355  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  32.24 
 
 
902 aa  124  5e-27  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.415333  normal  0.408426 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0843  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  29.86 
 
 
713 aa  124  5e-27  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1540  multi-sensor Signal transduction histidine kinase  32.68 
 
 
841 aa  124  7e-27  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.21204 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2458  periplasmic sensor Signal transduction histidine kinase  31.76 
 
 
484 aa  124  9e-27  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1598  two-component transmembrane sensor histidine kinase transcription regulator protein  35.27 
 
 
857 aa  123  9.999999999999999e-27  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.701828  normal  0.909939 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5549  sensor histidine kinase  34.02 
 
 
355 aa  123  9.999999999999999e-27  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4635  histidine kinase  31.45 
 
 
440 aa  122  1.9999999999999998e-26  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.94647  normal  0.951565 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2950  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  31.83 
 
 
710 aa  123  1.9999999999999998e-26  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2886  multi-sensor Signal transduction histidine kinase  32.28 
 
 
640 aa  123  1.9999999999999998e-26  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.929142 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2138  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  35.27 
 
 
351 aa  122  3e-26  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0230  ATPase domain-containing protein  32.4 
 
 
1685 aa  122  3e-26  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.59916  normal  0.455487 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2592  multi-sensor signal transduction histidine kinase  33.46 
 
 
838 aa  122  3e-26  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.625327  hitchhiker  0.00109138 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1471  multi-sensor signal transduction histidine kinase  33.07 
 
 
841 aa  122  3e-26  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.901092 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3107  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  32.53 
 
 
799 aa  121  4.9999999999999996e-26  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.765319  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0942  multi-sensor signal transduction histidine kinase  34.14 
 
 
845 aa  121  6e-26  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3152  multi-sensor signal transduction histidine kinase  36.48 
 
 
473 aa  120  7.999999999999999e-26  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.285761  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>