More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PP_3552 on replicon NC_002947
Organism: Pseudomonas putida KT2440



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_002947  PP_3552  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  100 
 
 
468 aa  937    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2370  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  94.86 
 
 
468 aa  865    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.73412  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2222  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  99.15 
 
 
468 aa  929    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3816  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  63.27 
 
 
636 aa  533  1e-150  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2094  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  51.07 
 
 
503 aa  447  1.0000000000000001e-124  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_25270  sensory histidine protein kinase  52.92 
 
 
600 aa  295  9e-79  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0902  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  49.34 
 
 
763 aa  292  7e-78  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_09680  putative two-component sensor  60.94 
 
 
758 aa  281  2e-74  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0280017  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3712  multi-sensor signal transduction histidine kinase  34.96 
 
 
851 aa  183  7e-45  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.327076  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0581  multi-sensor signal transduction histidine kinase  30.62 
 
 
748 aa  172  1e-41  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.401859  normal  0.981088 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5459  multi-sensor signal transduction histidine kinase  32.76 
 
 
1211 aa  170  5e-41  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.125854  normal  0.0422439 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5190  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  31.7 
 
 
1211 aa  169  1e-40  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.8862  normal  0.202649 
 
 
-
 
NC_009507  Swit_5294  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  34.02 
 
 
500 aa  169  1e-40  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.814589  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1563  multi-sensor signal transduction multi-kinase  34.75 
 
 
1822 aa  166  8e-40  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.0557891 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3193  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  37.41 
 
 
902 aa  166  9e-40  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0583373  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1718  PAS sensor protein  32.78 
 
 
811 aa  166  1.0000000000000001e-39  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.604616  n/a   
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5744  multi-sensor signal transduction multi-kinase  34.31 
 
 
1845 aa  166  1.0000000000000001e-39  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5151  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  33.24 
 
 
636 aa  165  2.0000000000000002e-39  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.300471  normal  0.605559 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1084  multi-sensor signal transduction histidine kinase  38.97 
 
 
495 aa  165  2.0000000000000002e-39  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1598  two-component transmembrane sensor histidine kinase transcription regulator protein  36.75 
 
 
857 aa  164  3e-39  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.701828  normal  0.909939 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3917  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  34.82 
 
 
710 aa  164  3e-39  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0208  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  35.71 
 
 
708 aa  163  6e-39  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.832424 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1826  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  37.5 
 
 
630 aa  163  6e-39  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0888009 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1471  multi-sensor signal transduction histidine kinase  32.87 
 
 
841 aa  163  7e-39  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.901092 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1540  multi-sensor Signal transduction histidine kinase  33.57 
 
 
841 aa  163  7e-39  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.21204 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3813  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  33.62 
 
 
963 aa  162  1e-38  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  decreased coverage  0.000539796  normal  0.0501343 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1863  sensory box histidine kinase  33.1 
 
 
846 aa  162  1e-38  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.855198  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1745  multi-sensor signal transduction histidine kinase  35.8 
 
 
501 aa  162  2e-38  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.216394  normal  0.830414 
 
 
-
 
NC_006348  BMA1722  sensory box histidine kinase  34.35 
 
 
879 aa  162  2e-38  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.206152  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2613  sensory box histidine kinase  34.35 
 
 
835 aa  161  2e-38  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.336024  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2747  sensory box histidine kinase  34.35 
 
 
879 aa  162  2e-38  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0631  multi-sensor signal transduction histidine kinase  33.78 
 
 
501 aa  161  2e-38  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.22133  normal  0.283314 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1504  sensory box histidine kinase  34.35 
 
 
835 aa  161  2e-38  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2231  sensory box histidine kinase  34.35 
 
 
885 aa  161  2e-38  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2669  sensory box histidine kinase  34.35 
 
 
835 aa  161  2e-38  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A3088  sensory box histidine kinase  34.35 
 
 
885 aa  161  2e-38  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.90887  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_6110  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  35.99 
 
 
513 aa  160  3e-38  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.0621826 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1948  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  35.42 
 
 
858 aa  160  3e-38  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.355681  normal  0.0222076 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3107  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  35.61 
 
 
799 aa  160  4e-38  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.765319  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2592  multi-sensor signal transduction histidine kinase  33.57 
 
 
838 aa  160  4e-38  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.625327  hitchhiker  0.00109138 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2976  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  35.42 
 
 
692 aa  159  8e-38  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.4081 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2116  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  33.67 
 
 
524 aa  159  9e-38  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2048  multi-sensor signal transduction histidine kinase  33.1 
 
 
838 aa  159  1e-37  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.991509  normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2156  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  33.1 
 
 
838 aa  159  1e-37  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.494862  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1620  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  35.06 
 
 
842 aa  159  1e-37  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.252508  normal 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1577  multi-sensor signal transduction histidine kinase  38.02 
 
 
515 aa  159  1e-37  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.441834  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1132  multi-sensor signal transduction histidine kinase  33.1 
 
 
838 aa  159  1e-37  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0594373  normal  0.673452 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2138  multi-sensor signal transduction histidine kinase  33.1 
 
 
838 aa  159  1e-37  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2872  multi-sensor signal transduction histidine kinase  29.52 
 
 
978 aa  158  2e-37  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.149383  normal  0.186346 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0399  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  37.85 
 
 
519 aa  158  2e-37  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2175  multi-sensor signal transduction histidine kinase  33.1 
 
 
838 aa  158  2e-37  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4627  multi-sensor signal transduction histidine kinase  38.7 
 
 
461 aa  157  3e-37  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2355  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  30.39 
 
 
902 aa  157  3e-37  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.415333  normal  0.408426 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5939  multi-sensor signal transduction histidine kinase  32.75 
 
 
838 aa  158  3e-37  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.24433  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1302  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  35.16 
 
 
871 aa  157  4e-37  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.465043  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1656  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  36.4 
 
 
848 aa  156  6e-37  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.695439  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5444  multi-sensor signal transduction histidine kinase  32.75 
 
 
838 aa  156  7e-37  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.372664  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2126  multi-sensor signal transduction histidine kinase  36.4 
 
 
848 aa  156  8e-37  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1683  PAS sensor protein  38.86 
 
 
1833 aa  155  1e-36  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.725143 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2568  multi-sensor signal transduction histidine kinase  33.25 
 
 
661 aa  155  2e-36  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.957334  normal  0.86605 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0909  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  33.25 
 
 
661 aa  155  2e-36  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.310959  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1195  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  34.51 
 
 
870 aa  155  2e-36  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.98844  normal  0.84656 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2639  multi-sensor hybrid histidine kinase  31.64 
 
 
817 aa  154  4e-36  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2428  PAS sensor protein  41.78 
 
 
1837 aa  154  4e-36  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.787008  normal  0.842881 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1833  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  41.56 
 
 
687 aa  154  4e-36  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1700  PAS sensor, signal transduction histidine kinase  34.39 
 
 
553 aa  153  5e-36  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.012241  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2251  PAS/PAC sensor Signal transduction histidine kinase  32.46 
 
 
657 aa  153  7e-36  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2578  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  33.68 
 
 
527 aa  153  7e-36  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.376758  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2789  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  32.97 
 
 
503 aa  153  7e-36  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.237879  normal  0.0648346 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0244  multi-sensor signal transduction histidine kinase  35.01 
 
 
661 aa  152  2e-35  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2347  multi-sensor signal transduction histidine kinase  40 
 
 
471 aa  151  2e-35  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.265676  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5157  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  34.12 
 
 
683 aa  151  3e-35  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.219035  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5089  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  32.99 
 
 
632 aa  150  4e-35  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.997163  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3399  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  30.88 
 
 
680 aa  150  4e-35  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2537  two-component hybrid sensor and regulator  39.04 
 
 
225 aa  150  4e-35  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.246857 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3180  multi-sensor signal transduction histidine kinase  32.99 
 
 
632 aa  150  4e-35  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0860119  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5187  multi-sensor signal transduction histidine kinase  32.99 
 
 
632 aa  150  4e-35  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal  0.0102074 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3892  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  37.16 
 
 
512 aa  150  5e-35  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.234407 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2461  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  34.15 
 
 
857 aa  150  5e-35  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.897717  normal 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5550  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  36.29 
 
 
803 aa  150  5e-35  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.0835247 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0733  multi-sensor signal transduction histidine kinase  33.09 
 
 
845 aa  150  5e-35  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.0810932  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1780  multi-sensor signal transduction histidine kinase  34.4 
 
 
856 aa  150  7e-35  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  hitchhiker  0.00464627  hitchhiker  0.00534062 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2161  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  32.16 
 
 
846 aa  149  7e-35  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.145258  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0644  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  39.52 
 
 
487 aa  149  8e-35  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3274  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  35.69 
 
 
526 aa  149  8e-35  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2995  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  32.07 
 
 
662 aa  149  1.0000000000000001e-34  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2097  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  30.81 
 
 
398 aa  149  1.0000000000000001e-34  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.827775  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2223  multi-sensor signal transduction histidine kinase  31.17 
 
 
457 aa  149  1.0000000000000001e-34  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.450879  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7458  putative sensor histidine kinase with ATP-binding region  36.51 
 
 
406 aa  148  2.0000000000000003e-34  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1343  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  36.95 
 
 
510 aa  148  2.0000000000000003e-34  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1907  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  35.88 
 
 
494 aa  148  2.0000000000000003e-34  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3981  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  33.33 
 
 
857 aa  148  2.0000000000000003e-34  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.0135401 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2129  multi-sensor signal transduction histidine kinase  31.34 
 
 
862 aa  147  3e-34  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.0772387  normal 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5522  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  39.02 
 
 
875 aa  147  3e-34  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.982375  normal 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0878  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  29.48 
 
 
760 aa  147  3e-34  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.210313  normal  0.808443 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5501  two component sensor kinase  37.55 
 
 
356 aa  147  4.0000000000000006e-34  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.927814  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4052  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  35.32 
 
 
513 aa  147  4.0000000000000006e-34  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3715  multi-sensor signal transduction histidine kinase  36.91 
 
 
739 aa  147  4.0000000000000006e-34  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.500892  normal 
 
 
-
 
NC_002936  DET0625  sensory box sensor histidine kinase  27.34 
 
 
853 aa  147  5e-34  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.0137493  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_5089  sensor histidine kinase  36.65 
 
 
355 aa  147  6e-34  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>