More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dret_1233 on replicon NC_013223
Organism: Desulfohalobium retbaense DSM 5692



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013223  Dret_1233  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  100 
 
 
225 aa  462  1e-129  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.0234193  normal  0.501568 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3790  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  36.79 
 
 
226 aa  149  3e-35  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  decreased coverage  0.000000171716  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0932  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  38.36 
 
 
226 aa  149  4e-35  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.366643  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3027  Crp/FNR family transcriptional regulator  39.9 
 
 
216 aa  145  4.0000000000000006e-34  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0066  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  34.74 
 
 
220 aa  142  5e-33  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0800  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  36.19 
 
 
224 aa  133  1.9999999999999998e-30  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0302672 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0383  putative transcriptional regulator, Crp/Fnr family  33.18 
 
 
225 aa  130  2.0000000000000002e-29  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.164826  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_47010  Carbon monoxide oxidation transcription regulator, Crp/Fnr family: CooA  34.87 
 
 
220 aa  127  1.0000000000000001e-28  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4494  Crp/FNR family transcriptional regulator  35 
 
 
232 aa  125  5e-28  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.164578 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1134  CRP/FNR family transcriptional regulator  35.55 
 
 
223 aa  124  2e-27  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.972162  normal  0.0613651 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1089  Crp/FNR family transcriptional regulator  33.15 
 
 
218 aa  116  3e-25  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.3876 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1431  Crp/FNR family transcriptional regulator  33.17 
 
 
222 aa  114  1.0000000000000001e-24  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3189  Crp/FNR family transcriptional regulator  30.81 
 
 
219 aa  112  5e-24  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.84617 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2046  Crp/FNR family transcriptional regulator  33.51 
 
 
219 aa  112  6e-24  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2234  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  39.47 
 
 
280 aa  107  1e-22  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2894  putative transcriptional regulator, Crp/Fnr family  34.34 
 
 
224 aa  106  2e-22  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.0602886  normal  0.0128159 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3237  hypothetical protein  30.65 
 
 
261 aa  91.3  1e-17  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0880  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  33.73 
 
 
219 aa  87.4  1e-16  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.812688  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0517  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  30.65 
 
 
224 aa  80.5  0.00000000000002  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4388  CRP/FNR family transcriptional regulator  32 
 
 
225 aa  73.2  0.000000000003  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2775  Crp/FNR family transcriptional regulator  24.17 
 
 
232 aa  70.5  0.00000000002  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.9012  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1066  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  27.54 
 
 
225 aa  70.1  0.00000000003  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_09760  putative transcriptional regulator, Crp/Fnr family  25 
 
 
226 aa  69.3  0.00000000004  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_25400  cAMP-binding protein  30.29 
 
 
225 aa  67.8  0.0000000001  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1955  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  25.71 
 
 
229 aa  67.8  0.0000000001  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2928  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  25.77 
 
 
232 aa  67.8  0.0000000001  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal  0.39759 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1995  transcriptional regulator  27.42 
 
 
224 aa  67.8  0.0000000001  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2034  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  24.34 
 
 
243 aa  66.6  0.0000000003  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.663242  normal  0.0439569 
 
 
-
 
NC_002936  DET0299  Crp/FNR family transcriptional regulator  28.14 
 
 
247 aa  66.2  0.0000000004  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_3095  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  30 
 
 
220 aa  66.2  0.0000000004  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000148221 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0435  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  25.81 
 
 
226 aa  65.9  0.0000000005  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  normal  0.376669 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0362  Crp/FNR family transcriptional regulator  25.94 
 
 
234 aa  65.9  0.0000000005  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.74387  normal  0.571703 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2076  Crp/FNR family transcriptional regulator  25.74 
 
 
234 aa  65.9  0.0000000005  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.398696  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2081  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  27.32 
 
 
229 aa  65.5  0.0000000006  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.264181  normal 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2129  Crp/Fnr family transcriptional regulator  26.63 
 
 
225 aa  65.5  0.0000000006  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.185639  normal  0.344505 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0204  Crp/Fnr family transcriptional regulator  27.32 
 
 
226 aa  65.5  0.0000000007  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.0718939  normal 
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0303  cyclic nucleotide-binding domain protein  27.87 
 
 
236 aa  65.1  0.0000000008  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  0.232206 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_2386  CRP/FNR family transcriptional regulator  22.02 
 
 
225 aa  63.9  0.000000002  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2591  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  28 
 
 
221 aa  63.9  0.000000002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.44001  normal 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1262  CRP/FNR family transcriptional regulator  25 
 
 
222 aa  63.9  0.000000002  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.247212  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_26230  cAMP-binding protein  28.75 
 
 
225 aa  63.9  0.000000002  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.466611  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0424  putative transcriptional regulator, Crp/Fnr family  28.22 
 
 
242 aa  63.2  0.000000003  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal  0.24952 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_18160  putative transcriptional regulator, Crp/Fnr family  24.75 
 
 
219 aa  62.8  0.000000004  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.000000607267  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1482  CRP/FNR family transcriptional regulator  25.76 
 
 
235 aa  62.8  0.000000004  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  hitchhiker  0.000000238682  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4850  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  26.23 
 
 
228 aa  62.8  0.000000004  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0505  cyclic nucleotide-binding protein  29.06 
 
 
224 aa  62.8  0.000000005  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.287437  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5808  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  28.12 
 
 
231 aa  62.4  0.000000005  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.254135  normal  0.0101482 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0468  putative transcriptional regulator, Crp/Fnr family  26.78 
 
 
226 aa  62.8  0.000000005  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.974187 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0755  Crp/FNR family transcriptional regulator  29.38 
 
 
222 aa  62  0.000000006  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.2571 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0754  Crp/FNR family transcriptional regulator  21.2 
 
 
236 aa  62  0.000000007  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  decreased coverage  0.0000212493  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0117  cyclic nucleotide-binding: regulatory protein, Crp  25.5 
 
 
228 aa  62  0.000000008  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0253  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  28.08 
 
 
224 aa  61.6  0.000000009  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4102  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  30.9 
 
 
251 aa  61.2  0.00000001  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.363021  normal  0.0126572 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2074  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  26.94 
 
 
225 aa  61.2  0.00000001  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal  0.971908 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0976  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  29.59 
 
 
258 aa  61.2  0.00000001  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.859751  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0678  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  26.56 
 
 
236 aa  61.2  0.00000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0236133  normal 
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_5315  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  25.13 
 
 
228 aa  61.6  0.00000001  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal  0.527594 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1058  CRP/FNR family transcriptional regulator  29.59 
 
 
258 aa  61.2  0.00000001  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0608  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  30.77 
 
 
225 aa  60.1  0.00000002  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.847542  normal 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_13707  Cpr/FNR family transcriptional regulator  29.06 
 
 
224 aa  60.5  0.00000002  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal  0.0333343 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0783  CRP/FNR family transcriptional regulator  25.77 
 
 
217 aa  60.5  0.00000002  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0778  Crp/FNR family transcriptional regulator  21.2 
 
 
236 aa  60.8  0.00000002  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  hitchhiker  0.000312841  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0781  Crp/FNR family transcriptional regulator  24.16 
 
 
236 aa  60.1  0.00000002  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.0113537  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0757  Crp/FNR family transcriptional regulator  24.16 
 
 
236 aa  60.5  0.00000002  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.0100726  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5435  CRP/FNR family transcriptional regulator  28.57 
 
 
224 aa  60.5  0.00000002  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal  0.397858 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1943  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  27.78 
 
 
239 aa  60.5  0.00000002  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3800  Crp/FNR family transcriptional regulator  26.32 
 
 
225 aa  60.1  0.00000003  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0860  Crp/FNR family transcriptional regulator  26.32 
 
 
234 aa  59.7  0.00000003  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.693979  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1250  Crp/FNR family transcriptional regulator  22.64 
 
 
236 aa  59.7  0.00000003  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.403908  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_36130  cAMP-binding protein  28.78 
 
 
224 aa  59.3  0.00000004  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal  0.758224 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2104  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  26.24 
 
 
229 aa  59.7  0.00000004  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5205  Crp/FNR family transcriptional regulator  28.08 
 
 
224 aa  59.3  0.00000005  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.703662  hitchhiker  0.000819508 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4818  Crp/FNR family transcriptional regulator  28.08 
 
 
224 aa  59.3  0.00000005  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1062  Crp/FNR family transcriptional regulator  22.64 
 
 
236 aa  59.3  0.00000005  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1284  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  27.37 
 
 
224 aa  59.3  0.00000005  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.304913  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4904  Crp/FNR family transcriptional regulator  28.08 
 
 
224 aa  59.3  0.00000005  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal  0.385516 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_3038  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  25.9 
 
 
225 aa  58.9  0.00000006  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3176  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  27.66 
 
 
225 aa  58.5  0.00000007  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.231761 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1779  Crp/FNR family transcriptional regulator  27.27 
 
 
239 aa  58.5  0.00000007  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.72161  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1697  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  27.01 
 
 
259 aa  58.5  0.00000008  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.314621  hitchhiker  0.0000199045 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3395  Crp/FNR family transcriptional regulator  27.66 
 
 
225 aa  58.5  0.00000008  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1332  Crp/FNR family transcriptional regulator  25.74 
 
 
238 aa  58.2  0.00000009  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.407818  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_18280  cAMP-binding protein  25.49 
 
 
225 aa  58.2  0.0000001  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.186071  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3932  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  28.22 
 
 
224 aa  57.8  0.0000001  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.571672  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_6276  CRP/FNR family transcriptional regulator  23.08 
 
 
231 aa  58.2  0.0000001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.298402  normal  0.17195 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3187  Crp/FNR family transcriptional regulator  25.71 
 
 
231 aa  57.4  0.0000002  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal  0.0154809 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1763  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  28.09 
 
 
223 aa  57.4  0.0000002  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.796832  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1101  Crp/FNR family transcriptional regulator  26.34 
 
 
246 aa  57  0.0000002  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0718  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  28.19 
 
 
224 aa  57  0.0000002  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0979  cAMP-binding protein  26.15 
 
 
239 aa  57.4  0.0000002  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1371  CRP/FNR family transcriptional regulator  28.08 
 
 
224 aa  57.4  0.0000002  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal  0.0955358 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_04890  cAMP-binding protein  23.98 
 
 
226 aa  57.4  0.0000002  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal  0.84759 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2118  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  27.22 
 
 
227 aa  56.6  0.0000003  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.545546  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1119  catabolite gene activator (cAMP receptor protein) (cAMP-regulatory protein)  26.74 
 
 
222 aa  56.6  0.0000003  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.106899 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2959  Crp/FNR family transcriptional regulator  27.96 
 
 
241 aa  56.6  0.0000003  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2357  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  27.98 
 
 
212 aa  56.6  0.0000003  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1798  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  26.26 
 
 
224 aa  56.2  0.0000004  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.112724  normal  0.701218 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0390  cyclic nucleotide-binding protein  23.44 
 
 
218 aa  55.8  0.0000005  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  hitchhiker  0.000226333  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1643  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  25.13 
 
 
227 aa  55.8  0.0000005  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1951  Crp/FNR family transcriptional regulator  25.62 
 
 
222 aa  55.8  0.0000005  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.861655  normal  0.0267012 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>