291 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rru_A1431 on replicon NC_007643
Organism: Rhodospirillum rubrum ATCC 11170



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007643  Rru_A1431  Crp/FNR family transcriptional regulator  100 
 
 
222 aa  457  9.999999999999999e-129  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4494  Crp/FNR family transcriptional regulator  70.23 
 
 
232 aa  328  6e-89  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.164578 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0800  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  38.94 
 
 
224 aa  146  2.0000000000000003e-34  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0302672 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1089  Crp/FNR family transcriptional regulator  36.41 
 
 
218 aa  144  1e-33  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.3876 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3189  Crp/FNR family transcriptional regulator  35.38 
 
 
219 aa  137  2e-31  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.84617 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2046  Crp/FNR family transcriptional regulator  35.35 
 
 
219 aa  133  1.9999999999999998e-30  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2894  putative transcriptional regulator, Crp/Fnr family  35.35 
 
 
224 aa  131  6.999999999999999e-30  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.0602886  normal  0.0128159 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_47010  Carbon monoxide oxidation transcription regulator, Crp/Fnr family: CooA  34.93 
 
 
220 aa  131  6.999999999999999e-30  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0066  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  33.66 
 
 
220 aa  121  7e-27  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3027  Crp/FNR family transcriptional regulator  32.51 
 
 
216 aa  119  4.9999999999999996e-26  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1233  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  33.17 
 
 
225 aa  114  7.999999999999999e-25  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.0234193  normal  0.501568 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1134  CRP/FNR family transcriptional regulator  29.84 
 
 
223 aa  113  2.0000000000000002e-24  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.972162  normal  0.0613651 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0932  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  32.39 
 
 
226 aa  110  2.0000000000000002e-23  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.366643  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0383  putative transcriptional regulator, Crp/Fnr family  30.09 
 
 
225 aa  107  1e-22  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.164826  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3790  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  28.83 
 
 
226 aa  107  1e-22  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  decreased coverage  0.000000171716  n/a   
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3237  hypothetical protein  30.93 
 
 
261 aa  85.9  5e-16  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0880  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  26.96 
 
 
219 aa  77.8  0.0000000000001  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.812688  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3176  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  29.12 
 
 
225 aa  77  0.0000000000002  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.231761 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3395  Crp/FNR family transcriptional regulator  29.12 
 
 
225 aa  76.6  0.0000000000003  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2234  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  28.48 
 
 
280 aa  75.5  0.0000000000007  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1814  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  28.72 
 
 
225 aa  74.3  0.000000000001  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_05940  putative transcriptional regulator, Crp/Fnr family  27.68 
 
 
231 aa  73.2  0.000000000003  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.558941  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0204  Crp/Fnr family transcriptional regulator  29.9 
 
 
226 aa  72.8  0.000000000004  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.0718939  normal 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_3038  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  31.21 
 
 
225 aa  72.4  0.000000000005  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1643  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  24.47 
 
 
227 aa  72  0.000000000007  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2081  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  29.24 
 
 
229 aa  71.6  0.000000000009  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.264181  normal 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_18280  cAMP-binding protein  26.92 
 
 
225 aa  71.6  0.000000000009  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.186071  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_3095  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  30.77 
 
 
220 aa  70.9  0.00000000001  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000148221 
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0303  cyclic nucleotide-binding domain protein  26.92 
 
 
236 aa  71.2  0.00000000001  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  0.232206 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2644  Crp/FNR family transcriptional regulator  25.51 
 
 
248 aa  70.5  0.00000000002  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.446339  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2978  Crp/FNR family transcriptional regulator  26.42 
 
 
235 aa  69.3  0.00000000004  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_26230  cAMP-binding protein  30.73 
 
 
225 aa  68.9  0.00000000005  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.466611  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4199  cyclic nucleotide-binding protein  26.63 
 
 
260 aa  68.6  0.00000000007  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0468  putative transcriptional regulator, Crp/Fnr family  28.57 
 
 
226 aa  68.6  0.00000000008  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.974187 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_04890  cAMP-binding protein  34.69 
 
 
226 aa  68.6  0.00000000008  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal  0.84759 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0339  cyclic nucleotide-binding  30.59 
 
 
225 aa  68.2  0.00000000009  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4102  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  27.6 
 
 
251 aa  68.2  0.0000000001  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.363021  normal  0.0126572 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0608  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  33.94 
 
 
225 aa  67  0.0000000002  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.847542  normal 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1279  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  26.04 
 
 
227 aa  66.6  0.0000000003  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.0123359  normal  0.583782 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0435  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  28.11 
 
 
226 aa  66.6  0.0000000003  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  normal  0.376669 
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1641  hypothetical protein  24.73 
 
 
215 aa  66.2  0.0000000004  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  0.0118775  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2775  Crp/FNR family transcriptional regulator  24.34 
 
 
232 aa  65.5  0.0000000005  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.9012  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3445  Crp/FNR family transcriptional regulator  26 
 
 
228 aa  65.5  0.0000000006  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.90711  unclonable  0.00000836213 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00075  cAMP-regulatory protein  28.92 
 
 
210 aa  65.5  0.0000000006  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0517  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  27.01 
 
 
224 aa  65.1  0.0000000009  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3292  cAMP-regulatory protein  27.86 
 
 
211 aa  65.1  0.0000000009  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.0112541  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002279  cyclic AMP receptor protein  28.92 
 
 
210 aa  64.7  0.000000001  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_09760  putative transcriptional regulator, Crp/Fnr family  27.06 
 
 
226 aa  64.3  0.000000001  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3187  Crp/FNR family transcriptional regulator  24.58 
 
 
231 aa  64.3  0.000000001  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal  0.0154809 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0993  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  25.13 
 
 
229 aa  64.3  0.000000001  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.98476 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1853  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  25 
 
 
240 aa  64.7  0.000000001  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2803  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  27.69 
 
 
229 aa  64.7  0.000000001  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0860  Crp/FNR family transcriptional regulator  26.04 
 
 
234 aa  63.5  0.000000002  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.693979  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0851  CRP/FNR family transcriptional regulator  25.42 
 
 
229 aa  63.5  0.000000002  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0183246  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1944  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  26.11 
 
 
227 aa  63.9  0.000000002  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3004  cAMP-regulatory protein  27.86 
 
 
211 aa  63.9  0.000000002  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  unclonable  0.0000000032723  normal 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2191  cAMP-regulatory protein  28.43 
 
 
210 aa  63.2  0.000000003  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4850  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  29.34 
 
 
228 aa  63.2  0.000000003  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0585  cAMP-regulatory protein  27.36 
 
 
211 aa  63.2  0.000000003  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  unclonable  0.000000009188  normal  0.481967 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3398  CRP/FNR family transcriptional regulator  24.4 
 
 
230 aa  63.2  0.000000003  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0624  cAMP-regulatory protein  27.36 
 
 
211 aa  62.8  0.000000004  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0652  cAMP-regulatory protein  27.36 
 
 
211 aa  62.8  0.000000004  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.00000433673  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3190  cAMP-regulatory protein  27.36 
 
 
211 aa  62.8  0.000000004  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  unclonable  0.00000000000213612  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3509  cAMP-regulatory protein  27.36 
 
 
211 aa  62.8  0.000000004  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  unclonable  0.000000000247338  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0618  cAMP-regulatory protein  27.36 
 
 
211 aa  62.8  0.000000004  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  unclonable  0.00000000475791  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3412  cAMP-regulatory protein  27.36 
 
 
211 aa  62.8  0.000000004  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.000000398691  normal  0.338767 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0617  cAMP-regulatory protein  27.36 
 
 
211 aa  62.8  0.000000004  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  decreased coverage  0.000000135204  normal  0.325091 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1697  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  29.52 
 
 
259 aa  62.4  0.000000005  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.314621  hitchhiker  0.0000199045 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3690  cAMP-regulatory protein  27.36 
 
 
211 aa  62  0.000000006  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0119951  normal 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0698  CRP/FNR family transcriptional regulator  26.4 
 
 
227 aa  62  0.000000006  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3747  cAMP-regulatory protein  27.36 
 
 
211 aa  62  0.000000006  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0179283  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3873  cAMP-regulatory protein  27.36 
 
 
211 aa  62  0.000000006  Shewanella baltica OS195  Bacteria  decreased coverage  0.000159716  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0578  cAMP-regulatory protein  27.36 
 
 
211 aa  62  0.000000006  Shewanella baltica OS155  Bacteria  decreased coverage  0.001638  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_3227  CRP/FNR family transcriptional regulator  25.36 
 
 
232 aa  62  0.000000007  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0424  putative transcriptional regulator, Crp/Fnr family  33.67 
 
 
242 aa  61.6  0.000000009  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal  0.24952 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0700  CRP/FNR family transcriptional regulator  26.67 
 
 
228 aa  61.6  0.000000009  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal  0.259996 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3873  cAMP-regulatory protein  26.87 
 
 
211 aa  61.2  0.00000001  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  unclonable  0.000000105148  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0662  cAMP-regulatory protein  26.87 
 
 
211 aa  61.2  0.00000001  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  unclonable  0.0000000339306  hitchhiker  0.000137041 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1641  cyclic nucleotide-binding  29.29 
 
 
267 aa  61.2  0.00000001  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2737  cAMP-regulatory protein  27.94 
 
 
210 aa  61.2  0.00000001  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03208  DNA-binding transcriptional dual regulator  27.94 
 
 
210 aa  60.5  0.00000002  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.0221065  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0355  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  27.94 
 
 
210 aa  60.5  0.00000002  Escherichia coli DH1  Bacteria  decreased coverage  0.000236327  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3639  cAMP-regulatory protein  27.94 
 
 
210 aa  60.5  0.00000002  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000269957 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4667  cAMP-regulatory protein  27.94 
 
 
210 aa  60.5  0.00000002  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.00224827  normal  0.233908 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3827  cAMP-regulatory protein  27.94 
 
 
210 aa  60.5  0.00000002  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3673  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  27.53 
 
 
254 aa  60.1  0.00000002  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.43296  normal 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03160  hypothetical protein  27.94 
 
 
210 aa  60.5  0.00000002  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.0202429  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1376  CRP/FNR family transcriptional regulator  28.57 
 
 
228 aa  60.8  0.00000002  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.271211  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0979  cAMP-binding protein  24 
 
 
239 aa  60.5  0.00000002  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3554  cAMP-regulatory protein  27.94 
 
 
210 aa  60.5  0.00000002  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0355  cAMP-regulatory protein  27.94 
 
 
210 aa  60.5  0.00000002  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0526852  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3733  cAMP-regulatory protein  27.94 
 
 
210 aa  60.5  0.00000002  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0139  cAMP-regulatory protein  26 
 
 
214 aa  60.5  0.00000002  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3348  cyclic nucleotide-binding  25.98 
 
 
254 aa  59.7  0.00000003  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.181039  normal 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0117  cyclic nucleotide-binding: regulatory protein, Crp  28.82 
 
 
228 aa  60.1  0.00000003  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_2386  CRP/FNR family transcriptional regulator  26.42 
 
 
225 aa  60.1  0.00000003  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2118  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  29.47 
 
 
227 aa  60.1  0.00000003  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.545546  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0369  cAMP-regulatory protein  27.45 
 
 
210 aa  59.7  0.00000003  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_22000  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  23.86 
 
 
235 aa  60.1  0.00000003  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.457493  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3834  cAMP-regulatory protein  27.45 
 
 
210 aa  59.3  0.00000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.429858  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>