More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPC_4494 on replicon NC_007925
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB18



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007925  RPC_4494  Crp/FNR family transcriptional regulator  100 
 
 
232 aa  478  1e-134  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.164578 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1431  Crp/FNR family transcriptional regulator  70.81 
 
 
222 aa  323  1e-87  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0800  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  36.54 
 
 
224 aa  139  3.9999999999999997e-32  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0302672 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1089  Crp/FNR family transcriptional regulator  32.98 
 
 
218 aa  132  3.9999999999999996e-30  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.3876 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3027  Crp/FNR family transcriptional regulator  35.29 
 
 
216 aa  131  6.999999999999999e-30  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_47010  Carbon monoxide oxidation transcription regulator, Crp/Fnr family: CooA  32.21 
 
 
220 aa  130  1.0000000000000001e-29  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2046  Crp/FNR family transcriptional regulator  33.5 
 
 
219 aa  129  3e-29  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1233  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  35 
 
 
225 aa  125  6e-28  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.0234193  normal  0.501568 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0066  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  32.71 
 
 
220 aa  124  9e-28  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3189  Crp/FNR family transcriptional regulator  31.1 
 
 
219 aa  123  2e-27  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.84617 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3790  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  30.23 
 
 
226 aa  113  2.0000000000000002e-24  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  decreased coverage  0.000000171716  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0383  putative transcriptional regulator, Crp/Fnr family  33.33 
 
 
225 aa  112  5e-24  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.164826  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1134  CRP/FNR family transcriptional regulator  31.41 
 
 
223 aa  112  7.000000000000001e-24  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.972162  normal  0.0613651 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2894  putative transcriptional regulator, Crp/Fnr family  31.47 
 
 
224 aa  108  8.000000000000001e-23  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.0602886  normal  0.0128159 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0932  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  31.63 
 
 
226 aa  91.3  1e-17  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.366643  n/a   
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3237  hypothetical protein  29.35 
 
 
261 aa  82.8  0.000000000000005  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2234  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  30.28 
 
 
280 aa  81.3  0.00000000000001  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0880  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  31.33 
 
 
219 aa  80.5  0.00000000000002  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.812688  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2081  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  30.41 
 
 
229 aa  78.6  0.00000000000008  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.264181  normal 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_18280  cAMP-binding protein  27.72 
 
 
225 aa  77.4  0.0000000000002  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.186071  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0993  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  26.82 
 
 
229 aa  77.4  0.0000000000002  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.98476 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2118  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  28.7 
 
 
227 aa  77.4  0.0000000000002  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.545546  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4102  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  28.65 
 
 
251 aa  76.3  0.0000000000004  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.363021  normal  0.0126572 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2803  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  33.67 
 
 
229 aa  76.3  0.0000000000004  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3176  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  29.83 
 
 
225 aa  75.9  0.0000000000005  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.231761 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3395  Crp/FNR family transcriptional regulator  29.83 
 
 
225 aa  75.5  0.0000000000006  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1643  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  26.09 
 
 
227 aa  75.5  0.0000000000007  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0435  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  28.96 
 
 
226 aa  75.1  0.0000000000008  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  normal  0.376669 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2978  Crp/FNR family transcriptional regulator  26.94 
 
 
235 aa  74.3  0.000000000001  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_3038  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  29.79 
 
 
225 aa  74.3  0.000000000001  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2644  Crp/FNR family transcriptional regulator  28.22 
 
 
248 aa  73.9  0.000000000002  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.446339  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1697  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  30.29 
 
 
259 aa  73.9  0.000000000002  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.314621  hitchhiker  0.0000199045 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_26230  cAMP-binding protein  30.37 
 
 
225 aa  74.3  0.000000000002  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.466611  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_04890  cAMP-binding protein  28.12 
 
 
226 aa  73.2  0.000000000003  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal  0.84759 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_3095  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  29.83 
 
 
220 aa  73.2  0.000000000003  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000148221 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_05940  putative transcriptional regulator, Crp/Fnr family  29.38 
 
 
231 aa  72.8  0.000000000004  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.558941  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_22000  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  25.85 
 
 
235 aa  72  0.000000000007  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.457493  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0608  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  30.34 
 
 
225 aa  72  0.000000000007  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.847542  normal 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0698  CRP/FNR family transcriptional regulator  28.57 
 
 
227 aa  72  0.000000000007  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1279  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  27.36 
 
 
227 aa  70.9  0.00000000001  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.0123359  normal  0.583782 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0339  cyclic nucleotide-binding  28.73 
 
 
225 aa  71.6  0.00000000001  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0700  CRP/FNR family transcriptional regulator  29.1 
 
 
228 aa  70.5  0.00000000002  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal  0.259996 
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0303  cyclic nucleotide-binding domain protein  28.02 
 
 
236 aa  69.7  0.00000000003  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  0.232206 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0517  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  27.22 
 
 
224 aa  69.3  0.00000000005  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0204  Crp/Fnr family transcriptional regulator  29.69 
 
 
226 aa  68.9  0.00000000006  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.0718939  normal 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0979  cAMP-binding protein  26.78 
 
 
239 aa  67.8  0.0000000001  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1262  CRP/FNR family transcriptional regulator  27.18 
 
 
222 aa  68.2  0.0000000001  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.247212  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2574  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  28.72 
 
 
236 aa  67.8  0.0000000001  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1814  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  29.81 
 
 
225 aa  67.8  0.0000000001  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0468  putative transcriptional regulator, Crp/Fnr family  27.13 
 
 
226 aa  67  0.0000000002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.974187 
 
 
-
 
NC_002939  GSU3421  Crp/FNR family transcriptional regulator  29.03 
 
 
241 aa  66.6  0.0000000003  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4850  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  29.94 
 
 
228 aa  67  0.0000000003  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1853  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  30.67 
 
 
240 aa  66.2  0.0000000004  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0783  CRP/FNR family transcriptional regulator  29.32 
 
 
217 aa  65.5  0.0000000007  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0424  putative transcriptional regulator, Crp/Fnr family  29.84 
 
 
242 aa  65.1  0.0000000008  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal  0.24952 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3187  Crp/FNR family transcriptional regulator  25.54 
 
 
231 aa  64.7  0.000000001  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal  0.0154809 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0092  Crp/FNR family transcriptional regulator  28.57 
 
 
230 aa  64.7  0.000000001  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.0000000552774  hitchhiker  0.0000198015 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2600  Crp/FNR family transcriptional regulator  30.05 
 
 
229 aa  63.5  0.000000002  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0103419  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1641  cyclic nucleotide-binding  28.57 
 
 
267 aa  63.5  0.000000002  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1641  hypothetical protein  22.73 
 
 
215 aa  63.5  0.000000003  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  0.0118775  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0602  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  27.98 
 
 
225 aa  63.5  0.000000003  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal  0.628877 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00075  cAMP-regulatory protein  27 
 
 
210 aa  63.2  0.000000003  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_3227  CRP/FNR family transcriptional regulator  26.63 
 
 
232 aa  62.4  0.000000006  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0299  Crp/FNR family transcriptional regulator  28.75 
 
 
247 aa  62  0.000000008  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0117  cyclic nucleotide-binding: regulatory protein, Crp  27.17 
 
 
228 aa  62  0.000000008  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002279  cyclic AMP receptor protein  27 
 
 
210 aa  62  0.000000008  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1633  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  27.43 
 
 
226 aa  62  0.000000009  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.391452  normal  0.0281193 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3771  cAMP-regulatory protein  27.5 
 
 
210 aa  61.2  0.00000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.275024  normal  0.523362 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1482  CRP/FNR family transcriptional regulator  26.18 
 
 
235 aa  61.2  0.00000001  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  hitchhiker  0.000000238682  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3737  cAMP-regulatory protein  27.5 
 
 
210 aa  61.2  0.00000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal  0.0176942 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2191  cAMP-regulatory protein  27 
 
 
210 aa  61.2  0.00000001  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3663  cAMP-regulatory protein  27.5 
 
 
210 aa  61.2  0.00000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.185514  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_6276  CRP/FNR family transcriptional regulator  22.71 
 
 
231 aa  61.2  0.00000001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.298402  normal  0.17195 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3190  cAMP-regulatory protein  26.77 
 
 
211 aa  61.6  0.00000001  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  unclonable  0.00000000000213612  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3663  cAMP-regulatory protein  27.5 
 
 
210 aa  61.2  0.00000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1376  CRP/FNR family transcriptional regulator  29.81 
 
 
228 aa  61.2  0.00000001  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.271211  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0585  cAMP-regulatory protein  26.77 
 
 
211 aa  61.2  0.00000001  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  unclonable  0.000000009188  normal  0.481967 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0369  cAMP-regulatory protein  27.5 
 
 
210 aa  61.6  0.00000001  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3834  cAMP-regulatory protein  27.5 
 
 
210 aa  61.2  0.00000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.429858  normal 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_18160  putative transcriptional regulator, Crp/Fnr family  25.82 
 
 
219 aa  61.6  0.00000001  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.000000607267  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1066  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  26.04 
 
 
225 aa  61.2  0.00000001  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_25400  cAMP-binding protein  28.64 
 
 
225 aa  61.6  0.00000001  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_2145  hypothetical protein  23.3 
 
 
212 aa  61.6  0.00000001  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3784  cAMP-regulatory protein  27.5 
 
 
210 aa  60.8  0.00000002  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.0916512  hitchhiker  0.00483948 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_6152  Crp/FNR family transcriptional regulator  26.06 
 
 
256 aa  60.5  0.00000002  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2562  cyclic AMP receptor protein  24.87 
 
 
222 aa  60.5  0.00000002  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.553837  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3629  Crp/FNR family transcriptional regulator  28.57 
 
 
263 aa  60.8  0.00000002  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal  0.332638 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0293  cAMP-regulatory protein  27 
 
 
210 aa  60.5  0.00000002  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.160804  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_09760  putative transcriptional regulator, Crp/Fnr family  27.06 
 
 
226 aa  60.8  0.00000002  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3509  cAMP-regulatory protein  26.77 
 
 
211 aa  60.5  0.00000002  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  unclonable  0.000000000247338  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03208  DNA-binding transcriptional dual regulator  27 
 
 
210 aa  60.1  0.00000003  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.0221065  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0355  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  27 
 
 
210 aa  60.1  0.00000003  Escherichia coli DH1  Bacteria  decreased coverage  0.000236327  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_46100  cAMP-regulatory protein  25.24 
 
 
215 aa  60.1  0.00000003  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3733  cAMP-regulatory protein  27 
 
 
210 aa  60.1  0.00000003  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2737  cAMP-regulatory protein  27 
 
 
210 aa  60.1  0.00000003  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3554  cAMP-regulatory protein  27 
 
 
210 aa  60.1  0.00000003  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03160  hypothetical protein  27 
 
 
210 aa  60.1  0.00000003  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.0202429  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0355  cAMP-regulatory protein  27 
 
 
210 aa  60.1  0.00000003  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0526852  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4667  cAMP-regulatory protein  27 
 
 
210 aa  60.1  0.00000003  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.00224827  normal  0.233908 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3639  cAMP-regulatory protein  27 
 
 
210 aa  60.1  0.00000003  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000269957 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>