More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dole_3243 on replicon NC_009943
Organism: Desulfococcus oleovorans Hxd3



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009943  Dole_3243  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  100 
 
 		 420 aa  862    Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1724  diaminopimelate decarboxylase  28.5 
 
 		 435 aa  114  3e-24  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_2097  diaminopimelate decarboxylase  29.29 
 
 		 430 aa  112  9e-24  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.579458  normal  1 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0554  diaminopimelate decarboxylase  25.38 
 
 		 419 aa  112  1.0000000000000001e-23  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0038  diaminopimelate decarboxylase  28.32 
 
 		 429 aa  110  4.0000000000000004e-23  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1916  diaminopimelate decarboxylase  29.9 
 
 		 430 aa  110  5e-23  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0664  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  28.64 
 
 		 474 aa  109  1e-22  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1553  diaminopimelate decarboxylase  28.82 
 
 		 417 aa  105  1e-21  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  hitchhiker  0.0000000144272  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0522  diaminopimelate decarboxylase  25.59 
 
 		 420 aa  105  1e-21  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  hitchhiker  0.000495897  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0976  diaminopimelate decarboxylase  27.02 
 
 		 416 aa  105  1e-21  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.351187  normal  0.117285 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1499  diaminopimelate decarboxylase  26.84 
 
 		 416 aa  105  2e-21  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  hitchhiker  0.00000178536  normal  0.848919 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5513  diaminopimelate decarboxylase  28.39 
 
 		 425 aa  103  4e-21  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.568849 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1648  diaminopimelate decarboxylase  26.7 
 
 		 417 aa  103  7e-21  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  hitchhiker  0.00420158  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2875  Orn/DAP/Arg decarboxylase family protein  26.87 
 
 		 461 aa  102  9e-21  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.467454  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1109  diaminopimelate decarboxylase  27.59 
 
 		 418 aa  100  3e-20  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1439  diaminopimelate decarboxylase  26.2 
 
 		 412 aa  100  7e-20  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012039  Cla_1362  diaminopimelate decarboxylase  25.63 
 
 		 401 aa  99.8  9e-20  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  0.884156  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1348  diaminopimelate decarboxylase  27.23 
 
 		 416 aa  98.6  2e-19  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  hitchhiker  0.000478718  normal  1 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1042  diaminopimelate decarboxylase  25.93 
 
 		 445 aa  97.8  3e-19  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.0000128402  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0353  diaminopimelate decarboxylase  26.18 
 
 		 416 aa  98.2  3e-19  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00862567 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0317  diaminopimelate decarboxylase  28.76 
 
 		 461 aa  97.1  5e-19  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.241285 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0075  diaminopimelate decarboxylase  26.49 
 
 		 416 aa  97.1  5e-19  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0468  diaminopimelate decarboxylase  24.43 
 
 		 403 aa  95.5  1e-18  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4782  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  27.32 
 
 		 408 aa  95.9  1e-18  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.49913  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_4145  diaminopimelate decarboxylase  26.5 
 
 		 417 aa  95.9  1e-18  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_4055  diaminopimelate decarboxylase  25.75 
 
 		 417 aa  95.1  2e-18  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0390  diaminopimelate decarboxylase  25.13 
 
 		 414 aa  95.5  2e-18  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.584204  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0717  diaminopimelate decarboxylase  26.88 
 
 		 402 aa  94.7  3e-18  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.0591874 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01927  diaminopimelate decarboxylase  28.65 
 
 		 398 aa  94.7  3e-18  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2942  diaminopimelate decarboxylase  26.98 
 
 		 430 aa  94.7  3e-18  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  hitchhiker  0.000269013  normal  0.385916 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_3255  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  23.51 
 
 		 415 aa  94.4  3e-18  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2511  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  23.02 
 
 		 416 aa  94  5e-18  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0274  ornithine decarboxylase  26.68 
 
 		 398 aa  94  5e-18  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.000000000805907  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1411  diaminopimelate decarboxylase  26.6 
 
 		 386 aa  93.6  6e-18  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.0507581  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_4848  diaminopimelate decarboxylase  28.32 
 
 		 423 aa  93.6  6e-18  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0946328 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3740  diaminopimelate decarboxylase  25.7 
 
 		 419 aa  93.6  6e-18  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000793006 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2862  diaminopimelate decarboxylase  27.34 
 
 		 423 aa  93.2  9e-18  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0197535  normal  0.0614086 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0121  diaminopimelate decarboxylase  27.51 
 
 		 434 aa  92.4  1e-17  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_4073  diaminopimelate decarboxylase  25.81 
 
 		 415 aa  91.7  2e-17  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002110  diaminopimelate decarboxylase  26.32 
 
 		 417 aa  91.7  3e-17  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1275  diaminopimelate decarboxylase  26.87 
 
 		 386 aa  90.9  4e-17  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  decreased coverage  0.0000000162613  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0946  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  27.76 
 
 		 388 aa  90.9  4e-17  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  hitchhiker  0.000933718  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PG2188  diaminopimelate decarboxylase  27.23 
 
 		 382 aa  90.5  5e-17  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0924  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  27.22 
 
 		 388 aa  90.5  5e-17  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000324435  n/a   
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_1301  diaminopimelate decarboxylase  24.82 
 
 		 412 aa  90.1  6e-17  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1964  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  26.51 
 
 		 391 aa  90.1  7e-17  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2078  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  27.32 
 
 		 428 aa  90.1  7e-17  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.192664  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0209  diaminopimelate decarboxylase  27.68 
 
 		 415 aa  89.7  7e-17  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1682  diaminopimelate decarboxylase  27.57 
 
 		 430 aa  89.7  8e-17  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00310  diaminopimelate decarboxylase  26.01 
 
 		 417 aa  89.7  9e-17  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2979  diaminopimelate decarboxylase protein  25.25 
 
 		 451 aa  89.4  1e-16  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.492096  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2420  diaminopimelate decarboxylase  24.06 
 
 		 417 aa  89.4  1e-16  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  decreased coverage  1.04804e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_1588  diaminopimelate decarboxylase  24.06 
 
 		 407 aa  89.4  1e-16  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_475  diaminopimelate decarboxylase  25.56 
 
 		 434 aa  89  1e-16  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_19350  diaminopimelate decarboxylase  25.18 
 
 		 470 aa  88.2  2e-16  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.28871  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0348  diaminopimelate decarboxylase  25.49 
 
 		 445 aa  88.6  2e-16  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  decreased coverage  0.00000000869616  hitchhiker  0.0000188674 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0214  diaminopimelate decarboxylase  24.75 
 
 		 401 aa  89  2e-16  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1665  diaminopimelate decarboxylase  25.62 
 
 		 399 aa  88.6  2e-16  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1565  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  27.78 
 
 		 411 aa  88.2  2e-16  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_1651  diaminopimelate decarboxylase  25.13 
 
 		 402 aa  88.6  2e-16  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  hitchhiker  0.0000231454  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0444  diaminopimelate decarboxylase  24.69 
 
 		 414 aa  88.6  2e-16  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.249159  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0271  diaminopimelate decarboxylase  22.94 
 
 		 403 aa  88.6  2e-16  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.760215  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3250  diaminopimelate decarboxylase  25.93 
 
 		 414 aa  88.2  2e-16  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.773654 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2425  diaminopimelate decarboxylase  26.88 
 
 		 461 aa  87.8  3e-16  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.131973  n/a   
 
 
-
 
NC_008741  Dvul_3046  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  26.88 
 
 		 547 aa  88.2  3e-16  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.552764  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2528  pyridoxal-dependent decarboxylase, exosortase system type 1 associated  27 
 
 		 416 aa  87  5e-16  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.0397628 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0834  diaminopimelate decarboxylase  24.56 
 
 		 418 aa  87  5e-16  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0058  diaminopimelate decarboxylase  25 
 
 		 434 aa  87  5e-16  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.586159  normal  0.874852 
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_0634  diaminopimelate decarboxylase  23.82 
 
 		 433 aa  87  6e-16  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0485  diaminopimelate decarboxylase  25.32 
 
 		 420 aa  87  6e-16  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1787  diaminopimelate decarboxylase  27 
 
 		 422 aa  86.7  7e-16  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.16455 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0481  diaminopimelate decarboxylase  27.05 
 
 		 421 aa  86.7  7e-16  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_0336  diaminopimelate decarboxylase  24.37 
 
 		 402 aa  86.7  7e-16  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_09931  diaminopimelate decarboxylase  25.79 
 
 		 455 aa  86.7  8e-16  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_2447  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  24.37 
 
 		 404 aa  86.3  9e-16  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_1090  pyridoxal-dependent decarboxylase  27.6 
 
 		 377 aa  85.9  0.000000000000001  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.41465  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0377  diaminopimelate decarboxylase  23.87 
 
 		 414 aa  85.9  0.000000000000001  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009976  P9211_10961  diaminopimelate decarboxylase  24.51 
 
 		 455 aa  85.9  0.000000000000001  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  0.297348  normal  0.231621 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1775  diaminopimelate decarboxylase  25.48 
 
 		 447 aa  85.9  0.000000000000001  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2394  diaminopimelate decarboxylase  25.38 
 
 		 417 aa  85.9  0.000000000000001  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.362349  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3377  diaminopimelate decarboxylase  27.86 
 
 		 452 aa  85.9  0.000000000000001  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.411773  normal  0.115373 
 
 
-
 
NC_003912  CJE0359  diaminopimelate decarboxylase  24.37 
 
 		 402 aa  85.1  0.000000000000002  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  0.604138  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_4309  diaminopimelate decarboxylase  24.12 
 
 		 414 aa  85.1  0.000000000000002  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2019  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  26.05 
 
 		 419 aa  85.5  0.000000000000002  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  0.225254 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3390  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  26.73 
 
 		 377 aa  85.5  0.000000000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.151925 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0391  diaminopimelate decarboxylase  24.37 
 
 		 414 aa  85.1  0.000000000000002  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3634  diaminopimelate decarboxylase  24.37 
 
 		 414 aa  85.1  0.000000000000002  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.239025  normal  0.49264 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0486  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  26.34 
 
 		 417 aa  84.7  0.000000000000003  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.252649  normal  0.657753 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0390  diaminopimelate decarboxylase  24.37 
 
 		 414 aa  84.7  0.000000000000003  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0322  diaminopimelate decarboxylase  25.74 
 
 		 414 aa  84.3  0.000000000000004  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.475449  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3689  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  26.73 
 
 		 377 aa  83.6  0.000000000000005  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.192406  normal  0.735507 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3140  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  24.49 
 
 		 392 aa  83.6  0.000000000000005  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0126  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  26.41 
 
 		 411 aa  84  0.000000000000005  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0729  diaminopimelate decarboxylase  27.3 
 
 		 421 aa  83.6  0.000000000000006  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5579  diaminopimelate decarboxylase  26.38 
 
 		 451 aa  83.6  0.000000000000006  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.485519 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3897  diaminopimelate decarboxylase  25.49 
 
 		 474 aa  83.6  0.000000000000006  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.468676  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3971  diaminopimelate decarboxylase  25.49 
 
 		 474 aa  83.6  0.000000000000006  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4030  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  26.46 
 
 		 413 aa  83.6  0.000000000000006  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.157056  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1957  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  27.89 
 
 		 410 aa  83.2  0.000000000000007  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.47769  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3883  diaminopimelate decarboxylase  25.49 
 
 		 474 aa  83.6  0.000000000000007  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.29281  normal  0.98417 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>