More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene DvMF_0664 on replicon NC_011769
Organism: Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008741  Dvul_3046  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  75 
 
 		 547 aa  702    Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.552764  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0664  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  100 
 
 		 474 aa  956    Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0790  diaminopimelate decarboxylase  25.23 
 
 		 433 aa  161  3e-38  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  decreased coverage  0.0000000940034  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0477  diaminopimelate decarboxylase  23.83 
 
 		 430 aa  151  3e-35  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0683  diaminopimelate decarboxylase  24.37 
 
 		 437 aa  148  2.0000000000000003e-34  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.00000143238  n/a   
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_0634  diaminopimelate decarboxylase  25.91 
 
 		 433 aa  147  4.0000000000000006e-34  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3620  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  31.76 
 
 		 429 aa  145  1e-33  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.0244678 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2425  diaminopimelate decarboxylase  28.75 
 
 		 461 aa  145  1e-33  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.131973  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2875  Orn/DAP/Arg decarboxylase family protein  27.12 
 
 		 461 aa  145  2e-33  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.467454  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0912  diaminopimelate decarboxylase  26.05 
 
 		 464 aa  144  3e-33  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0262  diaminopimelate decarboxylase  28.12 
 
 		 464 aa  142  9.999999999999999e-33  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0353  diaminopimelate decarboxylase  30.05 
 
 		 416 aa  142  9.999999999999999e-33  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00862567 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_475  diaminopimelate decarboxylase  26.46 
 
 		 434 aa  141  1.9999999999999998e-32  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0534  diaminopimelate decarboxylase  26.46 
 
 		 434 aa  141  3e-32  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1422  diaminopimelate decarboxylase  25.45 
 
 		 441 aa  141  3e-32  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  hitchhiker  0.000179827  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1914  diaminopimelate decarboxylase  23.27 
 
 		 438 aa  140  3.9999999999999997e-32  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0207  diaminopimelate decarboxylase  25.44 
 
 		 435 aa  140  4.999999999999999e-32  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  0.235177  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0038  diaminopimelate decarboxylase  29.64 
 
 		 429 aa  140  7e-32  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3734  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  31 
 
 		 428 aa  139  7.999999999999999e-32  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2991  diaminopimelate decarboxylase  23.84 
 
 		 435 aa  139  1e-31  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  hitchhiker  0.000347646  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1130  diaminopimelate decarboxylase  26.42 
 
 		 447 aa  139  1e-31  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.153124  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0554  diaminopimelate decarboxylase  25.11 
 
 		 419 aa  139  1e-31  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0576  diaminopimelate decarboxylase  25.28 
 
 		 431 aa  139  1e-31  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.757685  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0562  diaminopimelate decarboxylase  25.28 
 
 		 431 aa  139  1e-31  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0406  diaminopimelate decarboxylase  27.67 
 
 		 445 aa  137  4e-31  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.809401  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3425  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  30.16 
 
 		 431 aa  137  4e-31  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.569361  normal  0.792047 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1916  diaminopimelate decarboxylase  29.71 
 
 		 430 aa  137  5e-31  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1775  diaminopimelate decarboxylase  26.41 
 
 		 447 aa  137  5e-31  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0878  diaminopimelate decarboxylase  28.67 
 
 		 465 aa  136  7.000000000000001e-31  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.109774  normal  0.537155 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0510  diaminopimelate decarboxylase  26.71 
 
 		 434 aa  136  8e-31  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009091  P9301_11971  diaminopimelate decarboxylase  23.4 
 
 		 457 aa  135  1.9999999999999998e-30  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1303  diaminopimelate decarboxylase  26.8 
 
 		 435 aa  134  3e-30  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0522  diaminopimelate decarboxylase  24.1 
 
 		 420 aa  134  3e-30  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  hitchhiker  0.000495897  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0612  diaminopimelate decarboxylase  25.11 
 
 		 436 aa  134  3.9999999999999996e-30  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  0.239326  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1251  diaminopimelate decarboxylase  30.08 
 
 		 463 aa  134  5e-30  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.254019  normal  0.196655 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_2097  diaminopimelate decarboxylase  26.8 
 
 		 430 aa  134  5e-30  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.579458  normal  1 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2942  diaminopimelate decarboxylase  28.87 
 
 		 430 aa  132  1.0000000000000001e-29  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  hitchhiker  0.000269013  normal  0.385916 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1141  diaminopimelate decarboxylase  23.28 
 
 		 438 aa  132  1.0000000000000001e-29  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_14901  diaminopimelate decarboxylase  25.06 
 
 		 454 aa  131  2.0000000000000002e-29  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  0.813083  normal  1 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1042  diaminopimelate decarboxylase  22.17 
 
 		 445 aa  132  2.0000000000000002e-29  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.0000128402  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1204  diaminopimelate decarboxylase  29.01 
 
 		 440 aa  132  2.0000000000000002e-29  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.313013  n/a   
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_1101  diaminopimelate decarboxylase  22.34 
 
 		 457 aa  131  3e-29  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0976  diaminopimelate decarboxylase  27.85 
 
 		 416 aa  131  3e-29  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.351187  normal  0.117285 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2242  diaminopimelate decarboxylase  22.52 
 
 		 439 aa  131  3e-29  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.0241935  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1337  diaminopimelate decarboxylase  25.93 
 
 		 418 aa  130  4.0000000000000003e-29  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_07140  diaminopimelate decarboxylase  24.21 
 
 		 448 aa  130  4.0000000000000003e-29  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.993125  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1348  diaminopimelate decarboxylase  27.15 
 
 		 416 aa  130  5.0000000000000004e-29  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  hitchhiker  0.000478718  normal  1 
 
 
-
 
NC_009976  P9211_10961  diaminopimelate decarboxylase  26.39 
 
 		 455 aa  130  5.0000000000000004e-29  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  0.297348  normal  0.231621 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1553  diaminopimelate decarboxylase  28.74 
 
 		 417 aa  130  6e-29  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  hitchhiker  0.0000000144272  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3940  diaminopimelate decarboxylase  27.96 
 
 		 461 aa  130  6e-29  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0317  diaminopimelate decarboxylase  28.31 
 
 		 461 aa  130  7.000000000000001e-29  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.241285 
 
 
-
 
NC_002976  SERP0970  diaminopimelate decarboxylase  23.54 
 
 		 421 aa  129  9.000000000000001e-29  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_0658  diaminopimelate decarboxylase  24.83 
 
 		 454 aa  129  9.000000000000001e-29  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0447  diaminopimelate decarboxylase  23.89 
 
 		 436 aa  129  1.0000000000000001e-28  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  0.7159  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1364  diaminopimelate decarboxylase  25.17 
 
 		 434 aa  129  1.0000000000000001e-28  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.844058  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3234  diaminopimelate decarboxylase  32.37 
 
 		 437 aa  128  2.0000000000000002e-28  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5513  diaminopimelate decarboxylase  29.15 
 
 		 425 aa  129  2.0000000000000002e-28  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.568849 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0382  diaminopimelate decarboxylase  25.9 
 
 		 439 aa  128  2.0000000000000002e-28  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1637  diaminopimelate decarboxylase  28.08 
 
 		 460 aa  128  2.0000000000000002e-28  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  hitchhiker  0.00899819  normal  0.731678 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1034  diaminopimelate decarboxylase  27.37 
 
 		 448 aa  128  2.0000000000000002e-28  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0086  diaminopimelate decarboxylase  28.26 
 
 		 432 aa  128  3e-28  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0390  diaminopimelate decarboxylase  23.95 
 
 		 436 aa  127  5e-28  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0732  diaminopimelate decarboxylase  25.84 
 
 		 443 aa  126  7e-28  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008816  A9601_11961  diaminopimelate decarboxylase  23.38 
 
 		 457 aa  126  7e-28  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1109  diaminopimelate decarboxylase  27.73 
 
 		 418 aa  126  8.000000000000001e-28  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_0771  diaminopimelate decarboxylase  24.09 
 
 		 427 aa  125  1e-27  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  0.129495  n/a   
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0515  diaminopimelate decarboxylase  22.96 
 
 		 436 aa  125  2e-27  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  0.843079  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1303  diaminopimelate decarboxylase  22.54 
 
 		 438 aa  125  2e-27  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008817  P9515_11811  diaminopimelate decarboxylase  22.86 
 
 		 457 aa  125  2e-27  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0126  diaminopimelate decarboxylase  23.04 
 
 		 474 aa  125  2e-27  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0123  diaminopimelate decarboxylase  23.04 
 
 		 474 aa  125  2e-27  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.251884  normal  0.0757404 
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0745  diaminopimelate decarboxylase  27.93 
 
 		 440 aa  125  2e-27  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  0.300133  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1302  diaminopimelate decarboxylase  22.54 
 
 		 438 aa  124  3e-27  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5579  diaminopimelate decarboxylase  29.96 
 
 		 451 aa  124  3e-27  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.485519 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2435  diaminopimelate decarboxylase  21.4 
 
 		 475 aa  124  3e-27  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  0.588454 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0842  diaminopimelate decarboxylase  23.67 
 
 		 477 aa  124  4e-27  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.0309438 
 
 
-
 
NC_005945  BAS1329  diaminopimelate decarboxylase  23.01 
 
 		 438 aa  124  4e-27  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1438  diaminopimelate decarboxylase  23.01 
 
 		 438 aa  124  4e-27  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1136  diaminopimelate decarboxylase  28.7 
 
 		 427 aa  124  4e-27  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.451004  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1510  diaminopimelate decarboxylase  23.01 
 
 		 438 aa  124  4e-27  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000156168 
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_1473  diaminopimelate decarboxylase  23.84 
 
 		 436 aa  124  4e-27  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_4736  diaminopimelate decarboxylase  24.55 
 
 		 463 aa  124  5e-27  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.775184  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1847  diaminopimelate decarboxylase  25.94 
 
 		 418 aa  124  5e-27  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2602  diaminopimelate decarboxylase  27.02 
 
 		 465 aa  123  6e-27  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2502  diaminopimelate decarboxylase  27.02 
 
 		 465 aa  123  6e-27  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.512966  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2548  diaminopimelate decarboxylase  27.02 
 
 		 465 aa  123  6e-27  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1473  diaminopimelate decarboxylase  22.77 
 
 		 438 aa  123  7e-27  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2711  diaminopimelate decarboxylase  27.02 
 
 		 465 aa  123  7e-27  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.757522  normal  1 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_09931  diaminopimelate decarboxylase  27.66 
 
 		 455 aa  123  8e-27  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1499  diaminopimelate decarboxylase  26.2 
 
 		 416 aa  122  9.999999999999999e-27  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  hitchhiker  0.00000178536  normal  0.848919 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2967  diaminopimelate decarboxylase  25.86 
 
 		 409 aa  122  9.999999999999999e-27  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2590  diaminopimelate decarboxylase  27.02 
 
 		 465 aa  122  9.999999999999999e-27  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.851696  normal  0.439356 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1579  diaminopimelate decarboxylase  22.32 
 
 		 438 aa  122  9.999999999999999e-27  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.111116  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3871  diaminopimelate decarboxylase  22.54 
 
 		 438 aa  122  9.999999999999999e-27  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  0.063243 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3652  diaminopimelate decarboxylase  29.01 
 
 		 470 aa  122  1.9999999999999998e-26  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1010  diaminopimelate decarboxylase  28.24 
 
 		 421 aa  122  1.9999999999999998e-26  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.905477 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2086  diaminopimelate decarboxylase  23.65 
 
 		 447 aa  121  1.9999999999999998e-26  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.000557843  normal  0.888186 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1595  diaminopimelate decarboxylase  27.36 
 
 		 425 aa  121  3e-26  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  unclonable  0.00000335873  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_1629  diaminopimelate decarboxylase  26.04 
 
 		 459 aa  121  3e-26  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.46186  normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1342  diaminopimelate decarboxylase  22.96 
 
 		 438 aa  121  3e-26  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.369143  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>