More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dole_2906 on replicon NC_009943
Organism: Desulfococcus oleovorans Hxd3



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009943  Dole_2906  integrase family protein  100 
 
 		 357 aa  752    Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.0825768  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2734  integrase family protein  30.88 
 
 		 364 aa  136  6.0000000000000005e-31  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  decreased coverage  0.000000151395  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1687  integrase family protein  31.13 
 
 		 355 aa  127  3e-28  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0962  integrase family protein  28.41 
 
 		 371 aa  114  3e-24  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  unclonable  0.0000000000586623  decreased coverage  0.000000000358592 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1491  integrase family protein  29.17 
 
 		 273 aa  97.8  2e-19  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.10711  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3565  phage integrase family protein  28.48 
 
 		 402 aa  82  0.00000000000001  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.0000473566  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3213  integrase family protein  29.07 
 
 		 388 aa  81.3  0.00000000000002  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0620  hypothetical protein  27.27 
 
 		 281 aa  81.6  0.00000000000002  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.0137294  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0831  integrase family protein  27.76 
 
 		 378 aa  79.7  0.00000000000008  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_2236  integrase family protein  26.26 
 
 		 340 aa  71.6  0.00000000002  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.0483412  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1126  phage integrase family protein  23.03 
 
 		 367 aa  69.3  0.00000000008  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.665365  n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_1456  integrase family protein  26.07 
 
 		 337 aa  69.3  0.0000000001  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  0.699839  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0805  site-specific recombinase/integrase  26.17 
 
 		 396 aa  67  0.0000000004  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.0116297  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_1378  integrase family protein  26.62 
 
 		 416 aa  67  0.0000000004  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  0.545263  hitchhiker  0.00000000645491 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1750  tyrosine recombinase XerD  28.88 
 
 		 294 aa  67  0.0000000004  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0831  Phage integrase  24.49 
 
 		 400 aa  67  0.0000000005  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  hitchhiker  0.00496745  hitchhiker  0.00000971423 
 
 
-
 
NC_002950  PG1732  integrase/recombinase XerD  27.8 
 
 		 308 aa  65.5  0.000000001  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_1023  tyrosine recombinase XerC subunit  25.1 
 
 		 307 aa  65.9  0.000000001  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  0.554982  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0810  site-specific recombinase/integrase  25.5 
 
 		 482 aa  64.7  0.000000002  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.0879139  n/a   
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0660  integrase family protein  32.76 
 
 		 284 aa  64.7  0.000000002  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1465  integrase family protein  25.21 
 
 		 334 aa  64.7  0.000000003  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.890522 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1668  tyrosine recombinase XerD subunit  24.73 
 
 		 295 aa  64.3  0.000000003  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.179488  normal  0.0195248 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2567  site-specific tyrosine recombinase XerD  28.82 
 
 		 313 aa  63.9  0.000000004  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.615759 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1639  integrase family protein  26.21 
 
 		 301 aa  63.9  0.000000004  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.0514216  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2978  integrase family protein  23.82 
 
 		 377 aa  63.9  0.000000004  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.230554  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2175  tyrosine recombinase XerD  24.83 
 
 		 299 aa  63.9  0.000000004  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3493  integrase family protein  26.67 
 
 		 409 aa  63.5  0.000000005  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.247982  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1266  tyrosine recombinase XerD  23.08 
 
 		 310 aa  62  0.00000001  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0704  integrase family protein  23.55 
 
 		 305 aa  62.4  0.00000001  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  hitchhiker  0.000000143659  unclonable  0.0000000274126 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0367  site-specific tyrosine recombinase XerD  25.33 
 
 		 298 aa  62  0.00000001  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4150  phage integrase family protein  28.57 
 
 		 326 aa  62  0.00000002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.0489444 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1720  tyrosine recombinase XerD  28.05 
 
 		 319 aa  61.6  0.00000002  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.514315 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3091  phage integrase family protein  27.12 
 
 		 384 aa  62  0.00000002  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006369  lpl0065  hypothetical protein  25.35 
 
 		 417 aa  61.2  0.00000003  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1839  integrase family protein  25 
 
 		 310 aa  61.2  0.00000003  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2783  phage integrase family protein  24.53 
 
 		 367 aa  60.8  0.00000003  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  decreased coverage  0.00148084  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1016  integrase family protein  26.44 
 
 		 412 aa  60.5  0.00000005  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1336  integrase family protein  25.61 
 
 		 391 aa  60.1  0.00000005  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1082  integrase family protein  26.12 
 
 		 290 aa  60.5  0.00000005  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0772  phage integrase  25.88 
 
 		 304 aa  60.1  0.00000006  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.672054 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2440  tyrosine recombinase XerD  25.75 
 
 		 332 aa  60.1  0.00000006  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.691328  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0776  phage integrase  24.89 
 
 		 334 aa  59.7  0.00000007  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.228831  normal  0.0322595 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0478  integrase family protein  25.19 
 
 		 312 aa  59.7  0.00000008  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0169  phage integrase family protein  26.01 
 
 		 282 aa  59.7  0.00000008  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.0558238  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2734  DNA integration/recombination/invertion protein  24.43 
 
 		 369 aa  59.7  0.00000008  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.117201  hitchhiker  0.0000120563 
 
 
-
 
NC_002967  TDE1173  phage integrase family site specific recombinase  23.36 
 
 		 354 aa  59.3  0.00000009  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0447  phage integrase  22.66 
 
 		 381 aa  59.3  0.00000009  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0926  phage integrase family protein  22.66 
 
 		 381 aa  59.3  0.00000009  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4012  tyrosine recombinase XerC  26.85 
 
 		 294 aa  59.3  0.0000001  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.00152232  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3047  phage integrase  22.4 
 
 		 381 aa  59.3  0.0000001  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.182322  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3066  integrase  24.43 
 
 		 337 aa  59.3  0.0000001  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0315896  hitchhiker  0.000000103666 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2540  integrase family protein  26.53 
 
 		 373 aa  59.3  0.0000001  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.000519986  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0381  tyrosine recombinase XerD  25.59 
 
 		 303 aa  59.3  0.0000001  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0330  integrase family protein  30.22 
 
 		 193 aa  58.2  0.0000002  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2589  DNA integration/recombination/invertion protein  23.8 
 
 		 369 aa  58.5  0.0000002  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2649  phage integrase family protein  24.08 
 
 		 381 aa  57.8  0.0000003  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.833719 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2257  site-specific tyrosine recombinase XerD  23.47 
 
 		 299 aa  57.8  0.0000003  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.977256  n/a   
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_0106  phage integrase family protein  25.72 
 
 		 295 aa  57.4  0.0000003  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2782  phage integrase family protein  27.6 
 
 		 356 aa  57.8  0.0000003  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.507501  normal  1 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4036  prophage LambdaBa02, site-specific recombinase, phage integrase family  30.07 
 
 		 376 aa  57.8  0.0000003  Bacillus cereus AH187  Bacteria  decreased coverage  0.000000192232  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1556  site-specific recombinase, phage integrase family  23.42 
 
 		 331 aa  57.8  0.0000003  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2797  tyrosine recombinase XerD  26.86 
 
 		 298 aa  57.8  0.0000003  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.650693  normal  0.205647 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4726  integrase family protein  25.65 
 
 		 404 aa  58.2  0.0000003  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.981437  n/a   
 
 
-
 
NC_008696  Tpen_1891  phage integrase family protein  25.56 
 
 		 278 aa  57.4  0.0000003  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009440  Msed_1619  phage integrase family protein  29.61 
 
 		 286 aa  57  0.0000005  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3738  hypothetical protein  26.84 
 
 		 384 aa  57  0.0000005  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1271  integrase family protein  23.42 
 
 		 331 aa  57  0.0000005  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.828065  normal  0.193617 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5334  integrase family protein  26.77 
 
 		 354 aa  56.6  0.0000006  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2240  Phage integrase  24.48 
 
 		 406 aa  56.6  0.0000006  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5317  integrase family protein  26.77 
 
 		 354 aa  56.6  0.0000006  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0488  tyrosine recombinase XerD  26.55 
 
 		 319 aa  56.6  0.0000006  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0114  phage integrase  25.52 
 
 		 431 aa  56.6  0.0000007  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  0.646267 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3281  integrase family protein  27.15 
 
 		 372 aa  56.6  0.0000007  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.739809 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_11988  putative tyrosine recombinase  28.22 
 
 		 298 aa  56.2  0.0000008  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2627  phage integrase family protein  22.71 
 
 		 376 aa  55.8  0.000001  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.000511904  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0393  tyrosine recombinase XerD  25.53 
 
 		 319 aa  55.5  0.000001  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.543195  normal  0.555297 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4524  Phage integrase  24.39 
 
 		 310 aa  55.8  0.000001  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1366  site-specific tyrosine recombinase XerC  27.62 
 
 		 450 aa  55.8  0.000001  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  decreased coverage  0.00000415693  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_1300  tyrosine recombinase XerD subunit  27.31 
 
 		 297 aa  55.5  0.000001  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0517  integrase family protein  29.05 
 
 		 335 aa  55.1  0.000002  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0396  tyrosine recombinase XerD  24.82 
 
 		 309 aa  55.1  0.000002  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2865  site-specific recombinase XerD-like  22.06 
 
 		 417 aa  55.1  0.000002  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.11888  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0636  integrase family protein  28.4 
 
 		 397 aa  55.5  0.000002  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.00117125  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1501  tyrosine recombinase XerD subunit  24.44 
 
 		 295 aa  54.7  0.000002  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0582  integrase family protein  27.86 
 
 		 330 aa  54.7  0.000002  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  0.132855 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0676  tyrosine recombinase XerD subunit  24.03 
 
 		 296 aa  55.1  0.000002  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3062  site-specific tyrosine recombinase XerD  25.45 
 
 		 308 aa  55.1  0.000002  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2512  tyrosine recombinase XerD  24.89 
 
 		 328 aa  55.1  0.000002  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.234856 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0399  phage integrase family protein  22.87 
 
 		 337 aa  55.1  0.000002  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1439  integrase family protein  22.08 
 
 		 317 aa  54.7  0.000002  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.110569  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3836  prophage LambdaBa02, site-specific recombinase phage integrase family protein protein  24.45 
 
 		 376 aa  54.7  0.000003  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1487  phage integrase family protein  28.7 
 
 		 342 aa  54.3  0.000003  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.115706  normal  0.63189 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0907  site-specific tyrosine recombinase XerD  24.69 
 
 		 307 aa  54.3  0.000003  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4134  prophage lambdaba02, site-specific recombinase phage integrase family protein protein  24.45 
 
 		 376 aa  54.7  0.000003  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.62629  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1462  Phage integrase  26.26 
 
 		 387 aa  54.3  0.000003  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2992  tyrosine recombinase XerD  25.7 
 
 		 308 aa  54.3  0.000003  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2735  tyrosine recombinase XerD  24.89 
 
 		 328 aa  54.3  0.000003  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.206607 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2325  phage integrase family protein  26.07 
 
 		 403 aa  53.9  0.000004  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.633234  hitchhiker  0.0000214757 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_28710  site-specific recombinase XerD  23.49 
 
 		 370 aa  54.3  0.000004  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.870092  normal  0.942592 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0221  phage integrase  26.56 
 
 		 349 aa  53.9  0.000004  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.118358  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>