More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Plav_0330 on replicon NC_009719
Organism: Parvibaculum lavamentivorans DS-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009719  Plav_0330  integrase family protein  100 
 
 		 193 aa  392  1e-108  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0342  integrase family protein  47.34 
 
 		 229 aa  181  5.0000000000000004e-45  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1536  phage integrase  44.62 
 
 		 201 aa  164  9e-40  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.26915 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2340  phage integrase family protein  39.89 
 
 		 201 aa  149  2e-35  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.300871  normal  1 
 
 
-
 
NC_010000  Sbal195_4683  integrase family protein  37.88 
 
 		 210 aa  133  1.9999999999999998e-30  Shewanella baltica OS195  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0178  phage integrase family protein  37.37 
 
 		 210 aa  129  2.0000000000000002e-29  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2725  integrase family protein  43.57 
 
 		 195 aa  118  3.9999999999999996e-26  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.15967  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3281  site-specific tyrosine recombinase XerD  34.05 
 
 		 317 aa  72.8  0.000000000003  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_11716  site-specific tyrosine recombinase XerD  32.78 
 
 		 311 aa  72.4  0.000000000003  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  0.162629 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1241  tyrosine recombinase XerD  33.85 
 
 		 311 aa  71.6  0.000000000006  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.657845  normal  0.578091 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0169  phage integrase family protein  32.19 
 
 		 282 aa  70.5  0.00000000001  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.0558238  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2942  site-specific tyrosine recombinase XerD  33.51 
 
 		 318 aa  69.7  0.00000000002  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_16040  site-specific tyrosine recombinase XerD  35.96 
 
 		 298 aa  70.1  0.00000000002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2986  site-specific tyrosine recombinase XerD  33.51 
 
 		 318 aa  69.7  0.00000000002  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.0431132 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2375  tyrosine recombinase XerD  32.45 
 
 		 324 aa  69.3  0.00000000003  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.973456  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1381  site-specific tyrosine recombinase XerD  36.16 
 
 		 298 aa  68.9  0.00000000004  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  hitchhiker  0.00360913  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2957  site-specific tyrosine recombinase XerD  32.97 
 
 		 318 aa  68.6  0.00000000005  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.271721  normal  0.636956 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1082  integrase family protein  30.06 
 
 		 290 aa  68.2  0.00000000007  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1668  tyrosine recombinase XerD subunit  30.77 
 
 		 295 aa  68.2  0.00000000007  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.179488  normal  0.0195248 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_19920  tyrosine recombinase XerD  30.77 
 
 		 317 aa  68.2  0.00000000008  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.210765  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3426  tyrosine recombinase XerD  33.14 
 
 		 299 aa  67.8  0.00000000008  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1266  tyrosine recombinase XerD  33.73 
 
 		 310 aa  66.2  0.0000000003  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_25380  tyrosine recombinase XerD subunit  35.1 
 
 		 311 aa  66.2  0.0000000003  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  0.732719 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2992  tyrosine recombinase XerD  32.62 
 
 		 308 aa  66.2  0.0000000003  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2452  tyrosine recombinase XerD  30.85 
 
 		 306 aa  65.5  0.0000000004  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0952029  normal  0.728507 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3500  site-specific tyrosine recombinase XerD  32.22 
 
 		 314 aa  65.9  0.0000000004  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.385537  normal  0.347515 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1932  tyrosine recombinase XerD  30.86 
 
 		 310 aa  65.5  0.0000000005  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0396  tyrosine recombinase XerD  31.91 
 
 		 309 aa  65.1  0.0000000006  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1468  phage integrase family protein  30.22 
 
 		 304 aa  64.3  0.000000001  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5819  tyrosine recombinase  29.71 
 
 		 198 aa  63.9  0.000000001  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.97237 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1839  integrase family protein  29.83 
 
 		 310 aa  64.3  0.000000001  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1478  integrase/recombinase XerD  32.42 
 
 		 298 aa  63.5  0.000000002  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0755097  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1286  site-specific tyrosine recombinase XerD  32.96 
 
 		 298 aa  63.9  0.000000002  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0511461  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3396  site-specific tyrosine recombinase XerD  34.09 
 
 		 298 aa  63.5  0.000000002  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3304  tyrosine recombinase XerD  30.77 
 
 		 298 aa  63.2  0.000000002  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.0133185  normal  0.394454 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_39510  site-specific tyrosine recombinase XerD  33.71 
 
 		 298 aa  63.5  0.000000002  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03409  tyrosine recombinase  33.56 
 
 		 308 aa  63.5  0.000000002  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0805  tyrosine recombinase XerD  31.94 
 
 		 300 aa  63.2  0.000000003  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1201  site-specific tyrosine recombinase XerD  32.81 
 
 		 321 aa  63.2  0.000000003  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.731595  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0663  tyrosine recombinase XerD  30.77 
 
 		 305 aa  62.8  0.000000003  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2489  tyrosine recombinase XerD  32.82 
 
 		 318 aa  62.4  0.000000003  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.189208  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3892  site-specific tyrosine recombinase XerD  31.43 
 
 		 299 aa  62.4  0.000000004  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.413643  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0747  tyrosine recombinase XerD  30.64 
 
 		 303 aa  62.4  0.000000004  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.0000635712  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1025  site-specific tyrosine recombinase XerD  32.96 
 
 		 298 aa  62  0.000000005  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.899371  normal  0.6007 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3153  tyrosine recombinase XerD  33.33 
 
 		 443 aa  61.6  0.000000006  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.408525  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1924  site-specific tyrosine recombinase XerD  32 
 
 		 325 aa  62  0.000000006  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  0.239497 
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0660  integrase family protein  28.05 
 
 		 284 aa  62  0.000000006  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_04182  tyrosine recombinase/inversion of on/off regulator of fimA  29.14 
 
 		 198 aa  61.6  0.000000007  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4839  tyrosine recombinase  29.14 
 
 		 198 aa  61.6  0.000000007  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_04144  hypothetical protein  29.14 
 
 		 198 aa  61.6  0.000000007  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4539  tyrosine recombinase  29.14 
 
 		 198 aa  61.6  0.000000007  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00145575  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0861  site-specific tyrosine recombinase XerD  33.1 
 
 		 299 aa  61.2  0.000000008  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3847  site-specific tyrosine recombinase XerD  32.05 
 
 		 299 aa  61.6  0.000000008  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  0.349121 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0920  site-specific tyrosine recombinase XerD  32.05 
 
 		 299 aa  61.6  0.000000008  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0879  site-specific tyrosine recombinase XerD  32.05 
 
 		 299 aa  61.6  0.000000008  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.201006  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02726  site-specific tyrosine recombinase XerD  31.41 
 
 		 298 aa  60.5  0.00000001  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.292633  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0798  tyrosine recombinase XerD  31.41 
 
 		 298 aa  60.5  0.00000001  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.966972  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0157  phage integrase family site specific recombinase  28 
 
 		 234 aa  61.2  0.00000001  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3314  site-specific tyrosine recombinase XerD  31.41 
 
 		 298 aa  60.5  0.00000001  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02689  hypothetical protein  31.41 
 
 		 298 aa  60.5  0.00000001  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.364794  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3053  site-specific tyrosine recombinase XerD  31.41 
 
 		 298 aa  60.5  0.00000001  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1320  tyrosine recombinase XerD  31.06 
 
 		 302 aa  60.8  0.00000001  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3300  tyrosine recombinase XerD  32 
 
 		 299 aa  60.8  0.00000001  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0195  phage integrase family protein  24.62 
 
 		 231 aa  60.5  0.00000001  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4185  site-specific tyrosine recombinase XerD  31.41 
 
 		 298 aa  60.5  0.00000001  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3220  site-specific tyrosine recombinase XerD  31.41 
 
 		 298 aa  60.5  0.00000001  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0815  site-specific tyrosine recombinase XerD  31.41 
 
 		 298 aa  60.8  0.00000001  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.624778  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3027  site-specific tyrosine recombinase XerD  31.41 
 
 		 298 aa  60.5  0.00000001  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2276  tyrosine recombinase XerD  32.45 
 
 		 301 aa  60.8  0.00000001  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.235275  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1196  tyrosine recombinase XerD  31.75 
 
 		 309 aa  59.7  0.00000002  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0670859  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3380  site-specific tyrosine recombinase XerD  31.41 
 
 		 298 aa  60.5  0.00000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_47730  site-specific tyrosine recombinase XerC  32.41 
 
 		 299 aa  60.1  0.00000002  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0435757  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3212  site-specific tyrosine recombinase XerD  31.41 
 
 		 298 aa  60.5  0.00000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.476349 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3278  site-specific tyrosine recombinase XerD  31.41 
 
 		 298 aa  60.5  0.00000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3200  site-specific tyrosine recombinase XerD  31.41 
 
 		 298 aa  60.5  0.00000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.550002  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2709  integrase family protein  26.25 
 
 		 210 aa  59.7  0.00000003  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.0000251547  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3312  site-specific tyrosine recombinase XerD  30.77 
 
 		 298 aa  59.7  0.00000003  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1489  tyrosine recombinase XerD  32.81 
 
 		 313 aa  59.7  0.00000003  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.966498  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2994  tyrosine recombinase XerD  31.43 
 
 		 315 aa  59.7  0.00000003  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1995  site-specific tyrosine recombinase XerD  29.48 
 
 		 302 aa  59.7  0.00000003  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0645  site-specific tyrosine recombinase XerD  30.86 
 
 		 299 aa  59.7  0.00000003  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.241995  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3275  site-specific tyrosine recombinase XerD  30.77 
 
 		 298 aa  59.3  0.00000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3449  tyrosine recombinase XerD  31.47 
 
 		 300 aa  58.9  0.00000004  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0950  integrase/recombinase XerD  32.64 
 
 		 300 aa  58.9  0.00000004  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1427  tyrosine recombinase XerD subunit  29.59 
 
 		 295 aa  58.9  0.00000004  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0585  integrase family protein  29.88 
 
 		 251 aa  58.9  0.00000004  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3524  tyrosine recombinase XerD  31.47 
 
 		 309 aa  58.9  0.00000004  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3643  tyrosine recombinase XerD  31.47 
 
 		 309 aa  58.9  0.00000005  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011092  SeSA_B0067  integrase/recombinase  28.87 
 
 		 337 aa  58.5  0.00000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.325485 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1915  site-specific tyrosine recombinase XerD  31.64 
 
 		 345 aa  58.9  0.00000005  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.279776  hitchhiker  0.00138491 
 
 
-
 
NC_010488  EcSMS35_A0120  integrase/recombinase  28.87 
 
 		 337 aa  58.5  0.00000005  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.400978 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0795  tyrosine recombinase XerD  32.87 
 
 		 300 aa  58.5  0.00000005  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0569  integrase family protein  30.49 
 
 		 251 aa  58.9  0.00000005  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  0.0286562 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004441  site-specific recombinase XerD  27.62 
 
 		 305 aa  58.9  0.00000005  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009140  SNSL254_pSN254_0143  integrase IntI1 for transposon Tn21  28.87 
 
 		 337 aa  58.5  0.00000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0843  tyrosine recombinase XerD  31.47 
 
 		 309 aa  58.9  0.00000005  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3228  tyrosine recombinase XerD  32.87 
 
 		 300 aa  58.5  0.00000006  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.302685  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5431  tyrosine recombinase XerD  34.59 
 
 		 299 aa  58.5  0.00000006  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.060431  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0678  tyrosine recombinase XerD  30.46 
 
 		 294 aa  58.5  0.00000006  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.0265142 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2906  integrase family protein  30.22 
 
 		 357 aa  58.2  0.00000008  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.0825768  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>