238 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dole_2734 on replicon NC_009943
Organism: Desulfococcus oleovorans Hxd3



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009943  Dole_2734  integrase family protein  100 
 
 		 364 aa  758    Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  decreased coverage  0.000000151395  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2906  integrase family protein  30.88 
 
 		 357 aa  136  7.000000000000001e-31  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.0825768  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0962  integrase family protein  33.83 
 
 		 371 aa  133  5e-30  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  unclonable  0.0000000000586623  decreased coverage  0.000000000358592 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1491  integrase family protein  30.15 
 
 		 273 aa  117  3.9999999999999997e-25  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.10711  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0620  hypothetical protein  28.07 
 
 		 281 aa  107  3e-22  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.0137294  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1687  integrase family protein  29.06 
 
 		 355 aa  85.9  0.000000000000001  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1344  integrase family protein  22.62 
 
 		 292 aa  74.3  0.000000000003  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  hitchhiker  0.00000678444  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_10430  site-specific recombinase XerD  25.34 
 
 		 313 aa  70.9  0.00000000003  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  hitchhiker  0.00129547  unclonable  0.000000000966981 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1126  phage integrase family protein  22.93 
 
 		 367 aa  70.1  0.00000000006  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.665365  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0399  phage integrase family protein  24.01 
 
 		 337 aa  65.5  0.000000001  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0124  phage integrase family protein  27.3 
 
 		 298 aa  62  0.00000002  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.776243  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_1003  tyrosine recombinase XerD subunit  27.31 
 
 		 302 aa  61.6  0.00000002  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  0.497558  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0900  integrase  24.64 
 
 		 322 aa  61.2  0.00000002  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  hitchhiker  0.000000819417  hitchhiker  0.000000626468 
 
 
-
 
NC_002976  SERP1060  tyrosine recombinase XerD  23.89 
 
 		 295 aa  60.5  0.00000005  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.17947  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1434  phage integrase family protein  23.64 
 
 		 322 aa  60.1  0.00000006  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3281  site-specific tyrosine recombinase XerD  28.1 
 
 		 317 aa  59.7  0.00000008  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1819  integrase/recombinase XerD  24.08 
 
 		 295 aa  58.9  0.0000001  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.530175  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0918  integrase  25.86 
 
 		 307 aa  58.2  0.0000002  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  1  normal  0.0200604 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2436  tyrosine recombinase XerD  24.9 
 
 		 305 aa  58.5  0.0000002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.578966 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1674  tyrosine recombinase XerD  23.62 
 
 		 297 aa  58.2  0.0000002  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.0517708  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4429  tyrosine recombinase XerD  23.95 
 
 		 301 aa  58.2  0.0000003  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.0676058  normal  1 
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1585  tyrosine recombinase XerD  23.26 
 
 		 295 aa  57.4  0.0000004  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1554  tyrosine recombinase XerD  23.26 
 
 		 295 aa  57.4  0.0000004  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1839  integrase family protein  26.61 
 
 		 310 aa  57  0.0000005  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2567  site-specific tyrosine recombinase XerD  25.26 
 
 		 313 aa  57  0.0000005  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.615759 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2052  tyrosine recombinase XerD  24.47 
 
 		 296 aa  57  0.0000005  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1934  phage integrase family protein  22.43 
 
 		 297 aa  57  0.0000005  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_1300  tyrosine recombinase XerD subunit  23.2 
 
 		 297 aa  57  0.0000005  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1501  tyrosine recombinase XerD subunit  23.89 
 
 		 295 aa  57  0.0000006  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_2359  integrase family protein  30.91 
 
 		 398 aa  56.6  0.0000007  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.522134  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1915  site-specific tyrosine recombinase XerD  25.55 
 
 		 345 aa  56.2  0.0000008  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.279776  hitchhiker  0.00138491 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_11080  phage integrase family protein  25.09 
 
 		 310 aa  55.8  0.000001  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.0105178  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2544  site-specific tyrosine recombinase XerD  24.36 
 
 		 308 aa  54.7  0.000002  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1750  tyrosine recombinase XerD  25.91 
 
 		 294 aa  55.5  0.000002  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5143  phage integrase family site specific recombinase  31.72 
 
 		 404 aa  55.1  0.000002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0463539  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0775  phage integrase family protein  24.9 
 
 		 286 aa  55.5  0.000002  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.0341069  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_25380  tyrosine recombinase XerD subunit  25.85 
 
 		 311 aa  54.7  0.000002  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  0.732719 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0825  site-specific tyrosine recombinase XerC  24.52 
 
 		 277 aa  54.3  0.000003  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.0104756  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0712  integrase family protein  23.81 
 
 		 285 aa  54.7  0.000003  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  hitchhiker  0.00227312  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4785  integrase family protein  22.44 
 
 		 284 aa  54.3  0.000003  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  hitchhiker  0.0000301446  normal  0.920031 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0736  site-specific tyrosine recombinase XerC  24.52 
 
 		 294 aa  53.9  0.000004  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0478  integrase family protein  22.22 
 
 		 312 aa  53.9  0.000004  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0517  integrase family protein  24.62 
 
 		 335 aa  53.5  0.000005  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0795  phage integrase family protein  25.57 
 
 		 283 aa  53.5  0.000006  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1412  integrase family protein  22.94 
 
 		 323 aa  53.5  0.000006  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.157207  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2175  tyrosine recombinase XerD  26.29 
 
 		 299 aa  53.1  0.000007  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2994  tyrosine recombinase XerD  25.36 
 
 		 315 aa  53.1  0.000007  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0607  recombinase  24.36 
 
 		 296 aa  52.8  0.000009  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1743  Phage integrase  24.54 
 
 		 270 aa  52.8  0.00001  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0519  site-specific tyrosine recombinase XerD  22.27 
 
 		 302 aa  52.8  0.00001  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0998774  normal  0.238721 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1668  tyrosine recombinase XerD subunit  23.96 
 
 		 295 aa  52.8  0.00001  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.179488  normal  0.0195248 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0758  phage integrase family protein  23.9 
 
 		 304 aa  52.4  0.00001  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  decreased coverage  0.000222973  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0843  tyrosine recombinase XerD  26.64 
 
 		 309 aa  52.4  0.00001  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5643  tyrosine recombinase XerD  21.96 
 
 		 299 aa  51.2  0.00002  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.776137 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0810  site-specific recombinase/integrase  25 
 
 		 482 aa  51.6  0.00002  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.0879139  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4696  integrase family protein  22.77 
 
 		 306 aa  51.6  0.00002  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1028  tyrosine recombinase XerD subunit  24.07 
 
 		 313 aa  52  0.00002  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.00856798  unclonable  0.00000000634873 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3500  site-specific tyrosine recombinase XerD  26.44 
 
 		 314 aa  52  0.00002  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.385537  normal  0.347515 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2257  site-specific tyrosine recombinase XerD  22.57 
 
 		 299 aa  51.6  0.00002  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.977256  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3928  integrase family protein  24.78 
 
 		 290 aa  51.6  0.00002  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0884  integrase  27.75 
 
 		 302 aa  52  0.00002  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  0.161871  hitchhiker  0.000000000000894527 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3449  tyrosine recombinase XerD  26.64 
 
 		 300 aa  51.6  0.00002  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_1213  ferredoxin, 4Fe-4S  27.5 
 
 		 288 aa  51.2  0.00002  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_11988  putative tyrosine recombinase  24.39 
 
 		 298 aa  51.2  0.00003  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0381  tyrosine recombinase XerD  24.91 
 
 		 303 aa  50.8  0.00003  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0842  hypothetical protein  27.65 
 
 		 290 aa  51.2  0.00003  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2452  tyrosine recombinase XerD  28.04 
 
 		 306 aa  50.8  0.00004  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0952029  normal  0.728507 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2788  site-specific tyrosine recombinase XerD  23.14 
 
 		 296 aa  50.8  0.00004  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.000777667  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2821  tyrosine recombinase XerD  22.43 
 
 		 313 aa  50.8  0.00004  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.346068  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0676  tyrosine recombinase XerD subunit  25.11 
 
 		 296 aa  50.8  0.00004  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0704  integrase family protein  23.38 
 
 		 305 aa  50.4  0.00005  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  hitchhiker  0.000000143659  unclonable  0.0000000274126 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_0722  phage integrase family protein  21.6 
 
 		 306 aa  50.4  0.00005  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  1  normal  0.0599364 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0805  tyrosine recombinase XerD  22.83 
 
 		 300 aa  50.1  0.00006  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1450  integrase family protein  24.45 
 
 		 299 aa  49.7  0.00007  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  hitchhiker  0.00858396  normal  0.734684 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4199  site-specific tyrosine recombinase XerD  22.75 
 
 		 296 aa  50.1  0.00007  Bacillus cereus B4264  Bacteria  hitchhiker  0.00345142  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3920  site-specific tyrosine recombinase XerD  23.14 
 
 		 296 aa  50.1  0.00007  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  decreased coverage  0.00000317777  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2489  tyrosine recombinase XerD  26.07 
 
 		 318 aa  49.7  0.00007  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.189208  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1038  site-specific tyrosine recombinase XerD  22.75 
 
 		 296 aa  50.1  0.00007  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.00331502  normal  0.0102802 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0907  site-specific tyrosine recombinase XerD  25.94 
 
 		 307 aa  49.7  0.00008  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003284  integrase  29.2 
 
 		 401 aa  49.7  0.00008  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0574  integrase family protein  21.84 
 
 		 304 aa  49.7  0.00008  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  decreased coverage  0.0000000663621  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3474  site-specific tyrosine recombinase XerC  21.76 
 
 		 296 aa  49.7  0.00008  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.486058 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0067  phage integrase family protein  22.17 
 
 		 328 aa  49.3  0.00009  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.183253 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0728  site-specific tyrosine recombinase XerC  22.27 
 
 		 330 aa  49.7  0.00009  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.442089  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2783  phage integrase family protein  24.09 
 
 		 367 aa  49.7  0.00009  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  decreased coverage  0.00148084  n/a   
 
 
-
 
NC_002620  TC0626  site-specific tyrosine recombinase XerC  26.09 
 
 		 315 aa  48.9  0.0001  Chlamydia muridarum Nigg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4158  site-specific tyrosine recombinase XerD  22.75 
 
 		 296 aa  48.9  0.0001  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.44443  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0890  tyrosine recombinase XerD  24.76 
 
 		 300 aa  49.3  0.0001  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.267893  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3830  site-specific tyrosine recombinase XerD  22.75 
 
 		 296 aa  49.3  0.0001  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3846  site-specific tyrosine recombinase XerD  22.75 
 
 		 296 aa  48.9  0.0001  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.0256715  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0369  site-specific tyrosine recombinase XerD  23.4 
 
 		 305 aa  48.9  0.0001  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5891  site-specific tyrosine recombinase XerD  23.45 
 
 		 316 aa  48.9  0.0001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.51818 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1624  phage/XerD family site-specific recombinase  21.86 
 
 		 341 aa  49.3  0.0001  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  0.389199 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0737  site-specific tyrosine recombinase XerD  24.23 
 
 		 316 aa  48.9  0.0001  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.088128  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5431  tyrosine recombinase XerD  23.98 
 
 		 299 aa  48.9  0.0001  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.060431  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4113  site-specific tyrosine recombinase XerD  22.75 
 
 		 296 aa  49.3  0.0001  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.00015e-24 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0523  site-specific tyrosine recombinase XerD  23.87 
 
 		 315 aa  49.3  0.0001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.221654  normal  1 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0911  site-specific tyrosine recombinase XerD  23.4 
 
 		 333 aa  49.3  0.0001  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0914  site-specific tyrosine recombinase XerD  23.4 
 
 		 333 aa  48.9  0.0001  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.1246  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3643  tyrosine recombinase XerD  26.17 
 
 		 309 aa  49.3  0.0001  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>