More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Caci_2560 on replicon NC_013131
Organism: Catenulispora acidiphila DSM 44928



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013131  Caci_2560  transcription termination factor Rho  100 
 
 		 406 aa  816    Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.910753  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3935  transcription termination factor Rho  60.16 
 
 		 679 aa  468  9.999999999999999e-131  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_18390  transcription termination factor Rho  58.35 
 
 		 721 aa  462  1e-129  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  1  normal  0.945824 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0886  transcription termination factor Rho  60.05 
 
 		 605 aa  462  1e-129  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.562598  normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2421  transcription termination factor Rho  59.11 
 
 		 644 aa  459  9.999999999999999e-129  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_09900  transcription termination factor Rho  58.21 
 
 		 751 aa  458  9.999999999999999e-129  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.215708  normal  1 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0633  transcription termination factor Rho  58.21 
 
 		 676 aa  459  9.999999999999999e-129  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.0304997  decreased coverage  0.0015914 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1058  transcription termination factor Rho  58.16 
 
 		 658 aa  452  1.0000000000000001e-126  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.534298  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0321  transcription termination factor Rho  57.87 
 
 		 662 aa  452  1.0000000000000001e-126  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.440265 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1255  transcription termination factor Rho  57.69 
 
 		 696 aa  449  1e-125  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.864478  normal  0.0460813 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2462  transcription termination factor Rho  57.51 
 
 		 674 aa  447  1.0000000000000001e-124  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.683247  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1651  transcription termination factor Rho  58.66 
 
 		 704 aa  447  1.0000000000000001e-124  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.271851  normal  0.770035 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4746  transcription termination factor Rho  59.27 
 
 		 393 aa  446  1.0000000000000001e-124  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3879  transcription termination factor Rho  54.76 
 
 		 663 aa  444  1e-123  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.495548 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_11324  transcription termination factor Rho  54.5 
 
 		 602 aa  444  1e-123  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  0.329237  normal  1 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1787  transcription termination factor Rho  58.7 
 
 		 680 aa  442  1e-123  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.810933  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3893  transcription termination factor Rho  54.76 
 
 		 663 aa  444  1e-123  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3967  transcription termination factor Rho  54.76 
 
 		 663 aa  444  1e-123  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.625424 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_19310  transcription termination factor Rho  55.86 
 
 		 713 aa  439  9.999999999999999e-123  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.650817  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4150  transcription termination factor Rho  57.11 
 
 		 747 aa  440  9.999999999999999e-123  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4345  transcription termination factor Rho  54.76 
 
 		 684 aa  441  9.999999999999999e-123  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0708117 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_08060  transcription termination factor Rho  56.74 
 
 		 712 aa  437  1e-121  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1284  transcription termination factor Rho  55.33 
 
 		 645 aa  437  1e-121  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  0.287408 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_29930  transcription termination factor Rho  53.94 
 
 		 613 aa  435  1e-121  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  0.660333 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2301  transcription termination factor Rho  54.24 
 
 		 691 aa  437  1e-121  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1904  transcription termination factor Rho  54.99 
 
 		 662 aa  437  1e-121  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1202  transcription termination factor Rho  58.59 
 
 		 668 aa  436  1e-121  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.246855  normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2353  transcription termination factor Rho  54.94 
 
 		 711 aa  435  1e-121  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000144518 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3722  transcription termination factor Rho  56.15 
 
 		 698 aa  433  1e-120  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.672937  normal  0.45086 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1008  transcription termination factor Rho  56.15 
 
 		 670 aa  433  1e-120  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.588232  normal  1 
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0110  transcription termination factor Rho  54.22 
 
 		 656 aa  434  1e-120  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6153  transcription termination factor Rho  55.47 
 
 		 709 aa  433  1e-120  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.874638  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2620  transcription termination factor Rho  54.91 
 
 		 729 aa  434  1e-120  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1200  transcription termination factor Rho  53.45 
 
 		 689 aa  430  1e-119  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1301  transcription termination factor Rho  53.81 
 
 		 597 aa  429  1e-119  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1233  transcription termination factor Rho  52.54 
 
 		 653 aa  425  1e-118  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.303183  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4028  transcription termination factor Rho  56.51 
 
 		 688 aa  423  1e-117  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0016816 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2098  transcription termination factor Rho  53.81 
 
 		 717 aa  423  1e-117  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.0421474  normal  0.100446 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3646  transcription termination factor Rho  56.51 
 
 		 675 aa  423  1e-117  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0407  transcription termination factor Rho  57.03 
 
 		 383 aa  417  9.999999999999999e-116  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1747  transcription termination factor Rho  54.02 
 
 		 578 aa  414  1e-114  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.179757  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_23670  transcription termination factor Rho  50.63 
 
 		 685 aa  405  1.0000000000000001e-112  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.0108296  normal  0.784338 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1088  transcription termination factor Rho  52.6 
 
 		 546 aa  401  9.999999999999999e-111  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  decreased coverage  0.00846053  hitchhiker  0.0000000000000541512 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3474  transcription termination factor Rho  52.15 
 
 		 429 aa  401  9.999999999999999e-111  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.169204  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_09300  transcription termination factor Rho  52.76 
 
 		 638 aa  400  9.999999999999999e-111  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  1  normal  0.270012 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4258  transcription termination factor Rho  51.88 
 
 		 421 aa  397  1e-109  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.884099 
 
 
-
 
NC_004310  BR2064  transcription termination factor Rho  51.61 
 
 		 421 aa  395  1e-109  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.244754  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0856  transcription termination factor Rho  51.88 
 
 		 421 aa  397  1e-109  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.447055  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1984  transcription termination factor Rho  51.61 
 
 		 418 aa  396  1e-109  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3377  transcription termination factor Rho  52.63 
 
 		 416 aa  394  1e-108  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  decreased coverage  0.0000542218  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3932  transcription termination factor Rho  51.61 
 
 		 421 aa  393  1e-108  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.713144  normal  0.45905 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1001  transcription termination factor Rho  51.61 
 
 		 436 aa  391  1e-108  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1824  transcription termination factor Rho  52.01 
 
 		 422 aa  391  1e-108  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.0768704 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1678  transcription termination factor Rho  51.34 
 
 		 447 aa  394  1e-108  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.0702428  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3222  transcription termination factor Rho  53.08 
 
 		 444 aa  394  1e-108  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.584785  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_3174  transcription termination factor Rho  53.83 
 
 		 450 aa  393  1e-108  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  decreased coverage  0.00000371975  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4288  transcription termination factor Rho  51.61 
 
 		 428 aa  394  1e-108  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.0673197 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4391  transcription termination factor Rho  50.81 
 
 		 421 aa  391  1e-107  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2309  transcription termination factor Rho  51.83 
 
 		 518 aa  389  1e-107  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.0139277  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3627  transcription termination factor Rho  51.4 
 
 		 420 aa  391  1e-107  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.2483  normal  0.795626 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0100  transcription termination factor Rho  51.81 
 
 		 421 aa  390  1e-107  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.581004  normal  0.035165 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1842  transcription termination factor Rho  50.81 
 
 		 447 aa  388  1e-107  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.205012  normal  0.660399 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0298  transcription termination factor Rho  52.83 
 
 		 421 aa  391  1e-107  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_1377  transcription termination factor Rho  51.61 
 
 		 436 aa  391  1e-107  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0362049  normal  0.0185592 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3710  transcription termination factor Rho  53.35 
 
 		 445 aa  391  1e-107  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.238599  hitchhiker  0.000000242256 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0163  transcription termination factor Rho  51.55 
 
 		 421 aa  390  1e-107  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.386148  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0428  transcription termination factor Rho  52.29 
 
 		 421 aa  388  1e-107  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1655  transcription termination factor Rho  51.44 
 
 		 498 aa  388  1e-107  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.647483  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1260  transcription termination factor Rho  51.55 
 
 		 422 aa  390  1e-107  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3206  transcription termination factor Rho  51.08 
 
 		 421 aa  391  1e-107  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2668  transcription termination factor Rho  51.59 
 
 		 422 aa  388  1e-106  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.169241  normal  0.40239 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1231  transcription termination factor Rho  51.59 
 
 		 422 aa  388  1e-106  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.287939  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3567  transcription termination factor Rho  52.28 
 
 		 422 aa  385  1e-106  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.235782  normal  0.891828 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0690  transcription termination factor Rho  51.49 
 
 		 437 aa  385  1e-106  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0393  transcription termination factor Rho  52.02 
 
 		 421 aa  386  1e-106  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.557794 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2892  transcription termination factor Rho  51.59 
 
 		 422 aa  388  1e-106  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0843  transcription termination factor Rho  52.72 
 
 		 415 aa  386  1e-106  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  unclonable  0.0000000000858809  normal  0.0802102 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0292  transcription termination factor Rho  52.29 
 
 		 421 aa  387  1e-106  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0108  transcription termination factor Rho  50.78 
 
 		 421 aa  387  1e-106  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.411018  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3229  transcription termination factor Rho  52.17 
 
 		 415 aa  387  1e-106  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  unclonable  0.0000000548676  normal  0.0477745 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1563  transcription termination factor Rho  50.81 
 
 		 506 aa  387  1e-106  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.657404 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2532  transcription termination factor Rho  52.82 
 
 		 422 aa  387  1e-106  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1339  transcription termination factor Rho  52.28 
 
 		 642 aa  386  1e-106  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0002  transcription termination factor Rho  51.61 
 
 		 434 aa  387  1e-106  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  hitchhiker  0.00303251  normal  0.950818 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0058  transcription termination factor Rho  54.37 
 
 		 458 aa  382  1e-105  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  hitchhiker  0.00215813  n/a   
 
 
-
 
NC_013124  Afer_1811  transcription termination factor Rho  53.05 
 
 		 594 aa  385  1e-105  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.186015  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2174  transcription termination factor Rho  49.87 
 
 		 653 aa  384  1e-105  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  unclonable  0.000000672374  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1356  transcription termination factor Rho  51.99 
 
 		 417 aa  382  1e-105  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  decreased coverage  0.00013646  hitchhiker  0.000000585861 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2471  transcription termination factor Rho  49.24 
 
 		 489 aa  382  1e-105  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.94389  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2181  transcription termination factor Rho  49.24 
 
 		 486 aa  382  1e-105  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0734  transcription termination factor Rho  50.41 
 
 		 437 aa  382  1e-105  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0367  transcription termination factor Rho  51.06 
 
 		 418 aa  384  1e-105  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.151601 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2970  transcription termination factor Rho  51.61 
 
 		 436 aa  382  1e-105  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3453  transcription termination factor Rho  51.59 
 
 		 423 aa  385  1e-105  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2782  transcription termination factor Rho  52.12 
 
 		 434 aa  379  1e-104  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  decreased coverage  0.00000423025  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0198  transcription termination factor Rho  50.26 
 
 		 402 aa  381  1e-104  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0009  transcription termination factor Rho  50.27 
 
 		 421 aa  380  1e-104  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  decreased coverage  0.000000017892  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0726  transcription termination factor Rho  50.95 
 
 		 417 aa  380  1e-104  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.578535  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3081  transcription termination factor Rho  52.02 
 
 		 484 aa  379  1e-104  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0978  transcription termination factor Rho  50.52 
 
 		 423 aa  380  1e-104  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000458631  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>