More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sked_09900 on replicon NC_013521
Organism: Sanguibacter keddieii DSM 10542



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013174  Jden_1787  transcription termination factor Rho  80.9 
 
 		 680 aa  668    Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.810933  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1284  transcription termination factor Rho  82.35 
 
 		 645 aa  665    Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  0.287408 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2421  transcription termination factor Rho  79.17 
 
 		 644 aa  639    Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1255  transcription termination factor Rho  80.41 
 
 		 696 aa  641    Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.864478  normal  0.0460813 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0886  transcription termination factor Rho  79.17 
 
 		 605 aa  642    Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.562598  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3935  transcription termination factor Rho  79.69 
 
 		 679 aa  646    Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_09900  transcription termination factor Rho  100 
 
 		 751 aa  1482    Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.215708  normal  1 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2462  transcription termination factor Rho  84.08 
 
 		 674 aa  711    Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.683247  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2620  transcription termination factor Rho  65.65 
 
 		 729 aa  645    Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1058  transcription termination factor Rho  86.21 
 
 		 658 aa  707    Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.534298  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0321  transcription termination factor Rho  78.12 
 
 		 662 aa  627  1e-178  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.440265 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4150  transcription termination factor Rho  77.24 
 
 		 747 aa  619  1e-176  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0633  transcription termination factor Rho  67.76 
 
 		 676 aa  616  1e-175  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.0304997  decreased coverage  0.0015914 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_08060  transcription termination factor Rho  74.06 
 
 		 712 aa  609  1e-173  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3722  transcription termination factor Rho  75.98 
 
 		 698 aa  602  1.0000000000000001e-171  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.672937  normal  0.45086 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_29930  transcription termination factor Rho  72.98 
 
 		 613 aa  598  1e-170  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  0.660333 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3879  transcription termination factor Rho  55.73 
 
 		 663 aa  595  1e-169  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.495548 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1008  transcription termination factor Rho  74.29 
 
 		 670 aa  595  1e-169  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.588232  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3893  transcription termination factor Rho  55.73 
 
 		 663 aa  595  1e-169  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3967  transcription termination factor Rho  55.73 
 
 		 663 aa  595  1e-169  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.625424 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2098  transcription termination factor Rho  74.23 
 
 		 717 aa  595  1e-168  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.0421474  normal  0.100446 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1904  transcription termination factor Rho  72.96 
 
 		 662 aa  592  1e-168  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6153  transcription termination factor Rho  73.71 
 
 		 709 aa  594  1e-168  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.874638  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_18390  transcription termination factor Rho  72.11 
 
 		 721 aa  589  1e-167  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  1  normal  0.945824 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1747  transcription termination factor Rho  74.29 
 
 		 578 aa  590  1e-167  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.179757  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1202  transcription termination factor Rho  74.35 
 
 		 668 aa  586  1e-166  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.246855  normal  1 
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0110  transcription termination factor Rho  73.54 
 
 		 656 aa  582  1.0000000000000001e-165  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4345  transcription termination factor Rho  70.92 
 
 		 684 aa  579  1e-164  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0708117 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1200  transcription termination factor Rho  72.18 
 
 		 689 aa  577  1.0000000000000001e-163  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_11324  transcription termination factor Rho  70.15 
 
 		 602 aa  578  1.0000000000000001e-163  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  0.329237  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2301  transcription termination factor Rho  71.39 
 
 		 691 aa  576  1.0000000000000001e-163  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4028  transcription termination factor Rho  71.76 
 
 		 688 aa  572  1.0000000000000001e-162  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0016816 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1301  transcription termination factor Rho  70.1 
 
 		 597 aa  569  1e-161  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3646  transcription termination factor Rho  71.76 
 
 		 675 aa  567  1e-160  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1233  transcription termination factor Rho  67.25 
 
 		 653 aa  560  1e-158  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.303183  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4746  transcription termination factor Rho  66.93 
 
 		 393 aa  514  1e-144  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1655  transcription termination factor Rho  61.88 
 
 		 498 aa  486  1e-136  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.647483  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_09300  transcription termination factor Rho  60.79 
 
 		 638 aa  481  1e-134  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  1  normal  0.270012 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_1811  transcription termination factor Rho  62.66 
 
 		 594 aa  479  1e-134  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.186015  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_23670  transcription termination factor Rho  61.11 
 
 		 685 aa  474  1e-132  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.0108296  normal  0.784338 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1088  transcription termination factor Rho  61.38 
 
 		 546 aa  475  1e-132  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  decreased coverage  0.00846053  hitchhiker  0.0000000000000541512 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3710  transcription termination factor Rho  59.14 
 
 		 445 aa  461  9.999999999999999e-129  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.238599  hitchhiker  0.000000242256 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2174  transcription termination factor Rho  56.48 
 
 		 653 aa  457  1e-127  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  unclonable  0.000000672374  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0407  transcription termination factor Rho  59.84 
 
 		 383 aa  456  1e-127  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2560  transcription termination factor Rho  57.92 
 
 		 406 aa  457  1e-127  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.910753  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3222  transcription termination factor Rho  58.6 
 
 		 444 aa  459  1e-127  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.584785  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0163  transcription termination factor Rho  58.49 
 
 		 421 aa  454  1.0000000000000001e-126  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.386148  normal  1 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1339  transcription termination factor Rho  57.53 
 
 		 642 aa  453  1.0000000000000001e-126  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5982  transcription termination factor Rho  59.03 
 
 		 419 aa  454  1.0000000000000001e-126  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3474  transcription termination factor Rho  56.04 
 
 		 429 aa  452  1.0000000000000001e-126  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.169204  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_69190  transcription termination factor Rho  59.03 
 
 		 419 aa  454  1.0000000000000001e-126  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3627  transcription termination factor Rho  57.1 
 
 		 420 aa  454  1.0000000000000001e-126  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.2483  normal  0.795626 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5242  transcription termination factor Rho  57.98 
 
 		 419 aa  450  1e-125  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0298  transcription termination factor Rho  57.95 
 
 		 421 aa  451  1e-125  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1824  transcription termination factor Rho  57.53 
 
 		 422 aa  449  1e-125  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.0768704 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0301  transcription termination factor Rho  57.98 
 
 		 419 aa  450  1e-125  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3619  transcription termination factor Rho  56.14 
 
 		 418 aa  450  1e-125  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0393  transcription termination factor Rho  57.68 
 
 		 421 aa  450  1e-125  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.557794 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1001  transcription termination factor Rho  58.06 
 
 		 436 aa  451  1e-125  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1260  transcription termination factor Rho  57.95 
 
 		 422 aa  449  1e-125  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3377  transcription termination factor Rho  56.95 
 
 		 416 aa  447  1.0000000000000001e-124  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  decreased coverage  0.0000542218  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_5214  transcription termination factor Rho  57.98 
 
 		 419 aa  449  1.0000000000000001e-124  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  decreased coverage  0.00426874  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1678  transcription termination factor Rho  56.99 
 
 		 447 aa  448  1.0000000000000001e-124  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.0702428  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5123  transcription termination factor Rho  57.98 
 
 		 419 aa  449  1.0000000000000001e-124  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.763827 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_5037  transcription termination factor Rho  57.98 
 
 		 419 aa  449  1.0000000000000001e-124  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0100  transcription termination factor Rho  57.68 
 
 		 421 aa  449  1.0000000000000001e-124  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.581004  normal  0.035165 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5456  transcription termination factor Rho  57.71 
 
 		 419 aa  446  1.0000000000000001e-124  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0234949 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0428  transcription termination factor Rho  57.41 
 
 		 421 aa  448  1.0000000000000001e-124  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1377  transcription termination factor Rho  57.53 
 
 		 436 aa  448  1.0000000000000001e-124  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0362049  normal  0.0185592 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2970  transcription termination factor Rho  56.81 
 
 		 436 aa  448  1.0000000000000001e-124  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_0264  transcription termination factor Rho  55.04 
 
 		 512 aa  449  1.0000000000000001e-124  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5275  transcription termination factor Rho  57.98 
 
 		 419 aa  449  1.0000000000000001e-124  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4288  transcription termination factor Rho  56.99 
 
 		 428 aa  448  1.0000000000000001e-124  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.0673197 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1563  transcription termination factor Rho  56.45 
 
 		 506 aa  442  1e-123  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.657404 
 
 
-
 
NC_004310  BR2064  transcription termination factor Rho  56.6 
 
 		 421 aa  444  1e-123  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.244754  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_5019  transcription termination factor Rho  56.28 
 
 		 473 aa  445  1e-123  Caulobacter sp. K31  Bacteria  decreased coverage  0.000339489  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0658  transcription termination factor Rho  57.14 
 
 		 418 aa  442  1e-123  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2695  transcription termination factor Rho  59.08 
 
 		 415 aa  444  1e-123  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000000315458  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_3376  transcription termination factor Rho  55.61 
 
 		 690 aa  443  1e-123  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  decreased coverage  0.000138614  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0292  transcription termination factor Rho  56.87 
 
 		 421 aa  444  1e-123  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0807  transcription termination factor Rho  57.14 
 
 		 418 aa  442  1e-123  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0108  transcription termination factor Rho  57.14 
 
 		 421 aa  445  1e-123  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.411018  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3567  transcription termination factor Rho  57.26 
 
 		 422 aa  443  1e-123  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.235782  normal  0.891828 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3229  transcription termination factor Rho  58.81 
 
 		 415 aa  445  1e-123  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  unclonable  0.0000000548676  normal  0.0477745 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3603  transcription termination factor Rho  55.61 
 
 		 573 aa  442  1e-123  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.177753  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3070  transcription termination factor Rho  53.98 
 
 		 615 aa  445  1e-123  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.581675  hitchhiker  0.00476927 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3932  transcription termination factor Rho  55.53 
 
 		 421 aa  440  9.999999999999999e-123  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.713144  normal  0.45905 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0856  transcription termination factor Rho  56.06 
 
 		 421 aa  441  9.999999999999999e-123  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.447055  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_3174  transcription termination factor Rho  55.88 
 
 		 450 aa  441  9.999999999999999e-123  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  decreased coverage  0.00000371975  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1005  transcription termination factor Rho  54.59 
 
 		 576 aa  439  9.999999999999999e-123  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.297296  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5202  transcription termination factor Rho  54.92 
 
 		 602 aa  440  9.999999999999999e-123  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.722557 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4258  transcription termination factor Rho  55.26 
 
 		 421 aa  439  9.999999999999999e-123  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.884099 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2358  transcription termination factor Rho  56.87 
 
 		 420 aa  439  9.999999999999999e-123  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.139464  normal  0.694538 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3081  transcription termination factor Rho  57.68 
 
 		 484 aa  440  9.999999999999999e-123  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0734  transcription termination factor Rho  56.76 
 
 		 437 aa  439  9.999999999999999e-123  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1842  transcription termination factor Rho  56.45 
 
 		 447 aa  442  9.999999999999999e-123  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.205012  normal  0.660399 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1984  transcription termination factor Rho  56.33 
 
 		 418 aa  441  9.999999999999999e-123  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1295  transcription termination factor Rho  54.26 
 
 		 750 aa  441  9.999999999999999e-123  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.623564 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3713  transcription termination factor Rho  57.18 
 
 		 415 aa  438  1e-121  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  unclonable  0.000000184202  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3953  transcription termination factor Rho  56.5 
 
 		 421 aa  438  1e-121  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>