More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Svir_29930 on replicon NC_013159
Organism: Saccharomonospora viridis DSM 43017



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009380  Strop_3646  transcription termination factor Rho  79.47 
 
 
675 aa  637    Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1008  transcription termination factor Rho  81.51 
 
 
670 aa  662    Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.588232  normal 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2421  transcription termination factor Rho  58.17 
 
 
644 aa  659    Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1904  transcription termination factor Rho  84.38 
 
 
662 aa  673    Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_11324  transcription termination factor Rho  72.23 
 
 
602 aa  682    Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  0.329237  normal 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2301  transcription termination factor Rho  83.94 
 
 
691 aa  664    Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3722  transcription termination factor Rho  80.99 
 
 
698 aa  654    Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.672937  normal  0.45086 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1301  transcription termination factor Rho  56.62 
 
 
597 aa  640    Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1233  transcription termination factor Rho  77.97 
 
 
653 aa  641    Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.303183  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3893  transcription termination factor Rho  63.68 
 
 
663 aa  705    Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6153  transcription termination factor Rho  86.27 
 
 
709 aa  703    Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.874638  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2098  transcription termination factor Rho  83.64 
 
 
717 aa  667    Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.0421474  normal  0.100446 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3935  transcription termination factor Rho  79.2 
 
 
679 aa  637    Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3879  transcription termination factor Rho  63.68 
 
 
663 aa  705    Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal  0.495548 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_29930  transcription termination factor Rho  100 
 
 
613 aa  1231    Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal  0.660333 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0633  transcription termination factor Rho  55.66 
 
 
676 aa  662    Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.0304997  decreased coverage  0.0015914 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3967  transcription termination factor Rho  63.68 
 
 
663 aa  705    Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal  0.625424 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4345  transcription termination factor Rho  85.01 
 
 
684 aa  677    Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal  0.0708117 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1651  transcription termination factor Rho  76.72 
 
 
704 aa  620  1e-176  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.271851  normal  0.770035 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0321  transcription termination factor Rho  75.06 
 
 
662 aa  609  1e-173  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal  0.440265 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1058  transcription termination factor Rho  75 
 
 
658 aa  610  1e-173  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.534298  normal 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2620  transcription termination factor Rho  62.04 
 
 
729 aa  607  9.999999999999999e-173  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1202  transcription termination factor Rho  73.72 
 
 
668 aa  602  1.0000000000000001e-171  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.246855  normal 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_09900  transcription termination factor Rho  72.1 
 
 
751 aa  600  1e-170  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.215708  normal 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1255  transcription termination factor Rho  73.75 
 
 
696 aa  592  1e-168  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.864478  normal  0.0460813 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1747  transcription termination factor Rho  75 
 
 
578 aa  590  1e-167  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.179757  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1284  transcription termination factor Rho  72.58 
 
 
645 aa  587  1e-166  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal  0.287408 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_08060  transcription termination factor Rho  73.01 
 
 
712 aa  582  1.0000000000000001e-165  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1787  transcription termination factor Rho  69.95 
 
 
680 aa  569  1e-161  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.810933  normal 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_18390  transcription termination factor Rho  69.87 
 
 
721 aa  562  1.0000000000000001e-159  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  normal  0.945824 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_19310  transcription termination factor Rho  67.33 
 
 
713 aa  560  1e-158  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.650817  n/a   
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0110  transcription termination factor Rho  48.4 
 
 
656 aa  561  1e-158  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1200  transcription termination factor Rho  68.02 
 
 
689 aa  540  9.999999999999999e-153  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4746  transcription termination factor Rho  66.12 
 
 
393 aa  507  9.999999999999999e-143  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013124  Afer_1811  transcription termination factor Rho  51.66 
 
 
594 aa  473  1e-132  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.186015  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_09300  transcription termination factor Rho  60.48 
 
 
638 aa  469  1.0000000000000001e-131  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  normal  0.270012 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2174  transcription termination factor Rho  46.85 
 
 
653 aa  469  1.0000000000000001e-131  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  unclonable  0.000000672374  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_23670  transcription termination factor Rho  61.73 
 
 
685 aa  466  9.999999999999999e-131  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.0108296  normal  0.784338 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1339  transcription termination factor Rho  59.67 
 
 
642 aa  466  9.999999999999999e-131  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3222  transcription termination factor Rho  60.82 
 
 
444 aa  463  1e-129  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.584785  normal 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3627  transcription termination factor Rho  59.84 
 
 
420 aa  465  1e-129  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.2483  normal  0.795626 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1088  transcription termination factor Rho  61.99 
 
 
546 aa  464  1e-129  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  decreased coverage  0.00846053  hitchhiker  0.0000000000000541512 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1655  transcription termination factor Rho  59.47 
 
 
498 aa  462  1e-129  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.647483  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3710  transcription termination factor Rho  61.37 
 
 
445 aa  464  1e-129  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.238599  hitchhiker  0.000000242256 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3377  transcription termination factor Rho  59.4 
 
 
416 aa  459  9.999999999999999e-129  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  decreased coverage  0.0000542218  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5982  transcription termination factor Rho  60 
 
 
419 aa  451  1e-125  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_69190  transcription termination factor Rho  60 
 
 
419 aa  451  1e-125  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0163  transcription termination factor Rho  58.51 
 
 
421 aa  448  1.0000000000000001e-124  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.386148  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0298  transcription termination factor Rho  59.45 
 
 
421 aa  446  1.0000000000000001e-124  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0393  transcription termination factor Rho  59.18 
 
 
421 aa  446  1.0000000000000001e-124  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.557794 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0292  transcription termination factor Rho  57.71 
 
 
421 aa  446  1.0000000000000001e-124  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0108  transcription termination factor Rho  58.9 
 
 
421 aa  445  1.0000000000000001e-124  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.411018  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_5214  transcription termination factor Rho  58.11 
 
 
419 aa  444  1e-123  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  decreased coverage  0.00426874  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5123  transcription termination factor Rho  58.11 
 
 
419 aa  444  1e-123  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.763827 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0100  transcription termination factor Rho  57.71 
 
 
421 aa  442  1e-123  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.581004  normal  0.035165 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0428  transcription termination factor Rho  58.9 
 
 
421 aa  445  1e-123  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5275  transcription termination factor Rho  58.11 
 
 
419 aa  444  1e-123  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_5037  transcription termination factor Rho  58.11 
 
 
419 aa  444  1e-123  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_3376  transcription termination factor Rho  57.33 
 
 
690 aa  444  1e-123  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  decreased coverage  0.000138614  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_01045  transcription termination factor Rho  40.23 
 
 
579 aa  439  9.999999999999999e-123  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1824  transcription termination factor Rho  57.92 
 
 
422 aa  440  9.999999999999999e-123  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.0768704 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1001  transcription termination factor Rho  57.53 
 
 
436 aa  439  9.999999999999999e-123  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5242  transcription termination factor Rho  57.57 
 
 
419 aa  437  1e-121  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0301  transcription termination factor Rho  57.57 
 
 
419 aa  437  1e-121  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0734  transcription termination factor Rho  58.68 
 
 
437 aa  438  1e-121  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1377  transcription termination factor Rho  56.99 
 
 
436 aa  437  1e-121  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0362049  normal  0.0185592 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4288  transcription termination factor Rho  56.56 
 
 
428 aa  438  1e-121  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.0673197 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1678  transcription termination factor Rho  56.56 
 
 
447 aa  438  1e-121  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.0702428  normal 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0726  transcription termination factor Rho  57.85 
 
 
417 aa  432  1e-120  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.578535  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0407  transcription termination factor Rho  58.18 
 
 
383 aa  434  1e-120  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0531  transcription termination factor Rho  57.88 
 
 
701 aa  433  1e-120  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  unclonable  0.0000000460455 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1252  transcription termination factor Rho  59.23 
 
 
457 aa  433  1e-120  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  0.180774  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2560  transcription termination factor Rho  53.94 
 
 
406 aa  434  1e-120  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.910753  normal 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4662  transcription termination factor Rho  54.4 
 
 
604 aa  433  1e-120  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_2173  transcription termination factor Rho  56.33 
 
 
492 aa  434  1e-120  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1231  transcription termination factor Rho  57.26 
 
 
422 aa  433  1e-120  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.287939  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2892  transcription termination factor Rho  57.26 
 
 
422 aa  433  1e-120  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_3174  transcription termination factor Rho  57.78 
 
 
450 aa  435  1e-120  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  decreased coverage  0.00000371975  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0690  transcription termination factor Rho  58.13 
 
 
437 aa  433  1e-120  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3656  transcription termination factor Rho  57.34 
 
 
419 aa  434  1e-120  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.04416  normal  0.624434 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1563  transcription termination factor Rho  56.56 
 
 
506 aa  433  1e-120  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.657404 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1842  transcription termination factor Rho  56.56 
 
 
447 aa  434  1e-120  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.205012  normal  0.660399 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3229  transcription termination factor Rho  59.12 
 
 
415 aa  432  1e-120  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  unclonable  0.0000000548676  normal  0.0477745 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3474  transcription termination factor Rho  56.99 
 
 
429 aa  435  1e-120  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.169204  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2970  transcription termination factor Rho  56.95 
 
 
436 aa  434  1e-120  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0725  transcription termination factor Rho  57.85 
 
 
417 aa  432  1e-120  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0089  transcription termination factor Rho  57.85 
 
 
508 aa  432  1e-120  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  decreased coverage  0.000000346786  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2651  transcription termination factor Rho  57.22 
 
 
415 aa  433  1e-120  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  unclonable  0.0000000111099  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A2210  transcription termination factor Rho  56.71 
 
 
418 aa  429  1e-119  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000000272927  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR2064  transcription termination factor Rho  56.44 
 
 
421 aa  431  1e-119  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.244754  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1984  transcription termination factor Rho  56.44 
 
 
418 aa  429  1e-119  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2668  transcription termination factor Rho  56.99 
 
 
422 aa  432  1e-119  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.169241  normal  0.40239 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3808  transcription termination factor Rho  57.49 
 
 
415 aa  431  1e-119  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_2184  transcription termination factor Rho  56.71 
 
 
418 aa  429  1e-119  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  unclonable  0.000000392995  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0856  transcription termination factor Rho  56.44 
 
 
421 aa  430  1e-119  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.447055  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3713  transcription termination factor Rho  57.49 
 
 
415 aa  431  1e-119  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  unclonable  0.000000184202  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_47410  transcription termination factor Rho  58.65 
 
 
419 aa  430  1e-119  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0059  transcription termination factor Rho  55.97 
 
 
436 aa  431  1e-119  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.121136  hitchhiker  0.0035916 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0358  transcription termination factor Rho  56.49 
 
 
419 aa  429  1e-119  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.956758  n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0499  transcription termination factor Rho  57.26 
 
 
497 aa  431  1e-119  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  unclonable  0.00000000619502  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>