More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Tpau_1233 on replicon NC_014158
Organism: Tsukamurella paurometabola DSM 20162



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013159  Svir_29930  transcription termination factor Rho  58.54 
 
 		 613 aa  674    Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  0.660333 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2301  transcription termination factor Rho  82.23 
 
 		 691 aa  667    Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1904  transcription termination factor Rho  82.62 
 
 		 662 aa  682    Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1233  transcription termination factor Rho  100 
 
 		 653 aa  1310    Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.303183  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3879  transcription termination factor Rho  62.67 
 
 		 663 aa  733    Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.495548 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3893  transcription termination factor Rho  62.67 
 
 		 663 aa  733    Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_11324  transcription termination factor Rho  60.52 
 
 		 602 aa  688    Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  0.329237  normal  1 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3967  transcription termination factor Rho  62.67 
 
 		 663 aa  733    Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.625424 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4345  transcription termination factor Rho  82.28 
 
 		 684 aa  667    Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0708117 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4150  transcription termination factor Rho  50.59 
 
 		 747 aa  639    Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6153  transcription termination factor Rho  74.12 
 
 		 709 aa  620  1e-176  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.874638  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1301  transcription termination factor Rho  55.33 
 
 		 597 aa  617  1e-175  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2098  transcription termination factor Rho  73.74 
 
 		 717 aa  614  9.999999999999999e-175  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.0421474  normal  0.100446 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4028  transcription termination factor Rho  72.98 
 
 		 688 aa  601  1e-170  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0016816 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3722  transcription termination factor Rho  72.43 
 
 		 698 aa  598  1e-170  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.672937  normal  0.45086 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1008  transcription termination factor Rho  72.18 
 
 		 670 aa  599  1e-170  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.588232  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3646  transcription termination factor Rho  73.16 
 
 		 675 aa  595  1e-169  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0633  transcription termination factor Rho  70.82 
 
 		 676 aa  589  1e-167  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.0304997  decreased coverage  0.0015914 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0886  transcription termination factor Rho  71.03 
 
 		 605 aa  591  1e-167  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.562598  normal  1 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1787  transcription termination factor Rho  51.15 
 
 		 680 aa  578  1e-164  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.810933  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1651  transcription termination factor Rho  69 
 
 		 704 aa  576  1.0000000000000001e-163  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.271851  normal  0.770035 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1284  transcription termination factor Rho  51.41 
 
 		 645 aa  575  1.0000000000000001e-162  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  0.287408 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2421  transcription termination factor Rho  52.88 
 
 		 644 aa  572  1e-161  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2462  transcription termination factor Rho  69.62 
 
 		 674 aa  570  1e-161  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.683247  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0321  transcription termination factor Rho  68.18 
 
 		 662 aa  568  1e-160  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.440265 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_09900  transcription termination factor Rho  59.13 
 
 		 751 aa  564  1.0000000000000001e-159  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.215708  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1202  transcription termination factor Rho  70.48 
 
 		 668 aa  564  1.0000000000000001e-159  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.246855  normal  1 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1058  transcription termination factor Rho  69.7 
 
 		 658 aa  564  1.0000000000000001e-159  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.534298  normal  1 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_08060  transcription termination factor Rho  69.19 
 
 		 712 aa  565  1.0000000000000001e-159  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2620  transcription termination factor Rho  68.02 
 
 		 729 aa  562  1.0000000000000001e-159  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1255  transcription termination factor Rho  67.84 
 
 		 696 aa  562  1.0000000000000001e-159  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.864478  normal  0.0460813 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_18390  transcription termination factor Rho  66.17 
 
 		 721 aa  547  1e-154  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  1  normal  0.945824 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1747  transcription termination factor Rho  68.17 
 
 		 578 aa  542  1e-153  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.179757  n/a   
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0110  transcription termination factor Rho  46.43 
 
 		 656 aa  533  1e-150  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_19310  transcription termination factor Rho  65.83 
 
 		 713 aa  530  1e-149  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.650817  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4746  transcription termination factor Rho  61.56 
 
 		 393 aa  484  1e-135  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_09300  transcription termination factor Rho  47.8 
 
 		 638 aa  460  9.999999999999999e-129  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  1  normal  0.270012 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_23670  transcription termination factor Rho  57.77 
 
 		 685 aa  452  1.0000000000000001e-126  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.0108296  normal  0.784338 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1088  transcription termination factor Rho  57.14 
 
 		 546 aa  451  1e-125  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  decreased coverage  0.00846053  hitchhiker  0.0000000000000541512 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_1811  transcription termination factor Rho  55.45 
 
 		 594 aa  439  9.999999999999999e-123  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.186015  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1655  transcription termination factor Rho  56.4 
 
 		 498 aa  442  9.999999999999999e-123  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.647483  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2174  transcription termination factor Rho  40.66 
 
 		 653 aa  440  9.999999999999999e-123  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  unclonable  0.000000672374  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1339  transcription termination factor Rho  55.12 
 
 		 642 aa  436  1e-121  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3222  transcription termination factor Rho  55.12 
 
 		 444 aa  435  1e-120  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.584785  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3710  transcription termination factor Rho  55.12 
 
 		 445 aa  434  1e-120  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.238599  hitchhiker  0.000000242256 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3377  transcription termination factor Rho  55.09 
 
 		 416 aa  431  1e-119  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  decreased coverage  0.0000542218  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3627  transcription termination factor Rho  53.93 
 
 		 420 aa  426  1e-118  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.2483  normal  0.795626 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0531  transcription termination factor Rho  54.2 
 
 		 701 aa  424  1e-117  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  1  unclonable  0.0000000460455 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_01045  transcription termination factor Rho  39.65 
 
 		 579 aa  425  1e-117  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2560  transcription termination factor Rho  52.79 
 
 		 406 aa  425  1e-117  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.910753  normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_3376  transcription termination factor Rho  53.55 
 
 		 690 aa  422  1e-117  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  decreased coverage  0.000138614  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_5214  transcription termination factor Rho  53.63 
 
 		 419 aa  419  1e-116  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  decreased coverage  0.00426874  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0298  transcription termination factor Rho  53.81 
 
 		 421 aa  419  1e-116  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_5037  transcription termination factor Rho  53.63 
 
 		 419 aa  419  1e-116  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0089  transcription termination factor Rho  54.74 
 
 		 508 aa  422  1e-116  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  decreased coverage  0.000000346786  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0292  transcription termination factor Rho  52.55 
 
 		 421 aa  421  1e-116  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0108  transcription termination factor Rho  53.54 
 
 		 421 aa  419  1e-116  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.411018  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5123  transcription termination factor Rho  53.63 
 
 		 419 aa  419  1e-116  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.763827 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2970  transcription termination factor Rho  52.3 
 
 		 436 aa  421  1e-116  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_69190  transcription termination factor Rho  54.07 
 
 		 419 aa  419  1e-116  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5982  transcription termination factor Rho  54.07 
 
 		 419 aa  419  1e-116  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5275  transcription termination factor Rho  53.63 
 
 		 419 aa  419  1e-116  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3070  transcription termination factor Rho  39.41 
 
 		 615 aa  419  9.999999999999999e-116  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.581675  hitchhiker  0.00476927 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0100  transcription termination factor Rho  52.55 
 
 		 421 aa  419  9.999999999999999e-116  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.581004  normal  0.035165 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0163  transcription termination factor Rho  51.79 
 
 		 421 aa  416  9.999999999999999e-116  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.386148  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0393  transcription termination factor Rho  53.28 
 
 		 421 aa  418  9.999999999999999e-116  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.557794 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0428  transcription termination factor Rho  53.28 
 
 		 421 aa  417  9.999999999999999e-116  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0499  transcription termination factor Rho  54.03 
 
 		 497 aa  418  9.999999999999999e-116  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  unclonable  0.00000000619502  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5242  transcription termination factor Rho  53.37 
 
 		 419 aa  414  1e-114  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0301  transcription termination factor Rho  53.37 
 
 		 419 aa  414  1e-114  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5456  transcription termination factor Rho  53.11 
 
 		 419 aa  413  1e-114  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0234949 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1824  transcription termination factor Rho  51.31 
 
 		 422 aa  414  1e-114  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.0768704 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4662  transcription termination factor Rho  52.24 
 
 		 604 aa  415  1e-114  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3619  transcription termination factor Rho  52.16 
 
 		 418 aa  415  1e-114  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1778  transcription termination factor Rho  52.2 
 
 		 549 aa  413  1e-114  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5202  transcription termination factor Rho  39.04 
 
 		 602 aa  413  1e-114  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.722557 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1377  transcription termination factor Rho  51.91 
 
 		 436 aa  415  1e-114  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0362049  normal  0.0185592 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1260  transcription termination factor Rho  52.23 
 
 		 422 aa  414  1e-114  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3229  transcription termination factor Rho  54.76 
 
 		 415 aa  415  1e-114  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  unclonable  0.0000000548676  normal  0.0477745 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2845  transcription termination factor Rho  54.45 
 
 		 418 aa  415  1e-114  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.495163  normal  0.0341841 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1678  transcription termination factor Rho  52.09 
 
 		 447 aa  412  1e-114  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.0702428  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0407  transcription termination factor Rho  53.08 
 
 		 383 aa  413  1e-114  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1001  transcription termination factor Rho  52.16 
 
 		 436 aa  416  1e-114  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4288  transcription termination factor Rho  51.83 
 
 		 428 aa  412  1e-113  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.0673197 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1500  transcription termination factor Rho  53.02 
 
 		 420 aa  410  1e-113  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0856  transcription termination factor Rho  51.83 
 
 		 421 aa  409  1e-113  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.447055  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1563  transcription termination factor Rho  52.09 
 
 		 506 aa  410  1e-113  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.657404 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2532  transcription termination factor Rho  52.41 
 
 		 422 aa  411  1e-113  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0734  transcription termination factor Rho  52.74 
 
 		 437 aa  411  1e-113  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1231  transcription termination factor Rho  51.97 
 
 		 422 aa  409  1e-113  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.287939  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3567  transcription termination factor Rho  52.41 
 
 		 422 aa  409  1e-113  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.235782  normal  0.891828 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2892  transcription termination factor Rho  51.97 
 
 		 422 aa  409  1e-113  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0690  transcription termination factor Rho  52.74 
 
 		 437 aa  411  1e-113  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3656  transcription termination factor Rho  52.36 
 
 		 419 aa  409  1e-113  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.04416  normal  0.624434 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3474  transcription termination factor Rho  52.09 
 
 		 429 aa  412  1e-113  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.169204  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3603  transcription termination factor Rho  38.2 
 
 		 573 aa  409  1e-113  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.177753  normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0725  transcription termination factor Rho  52.74 
 
 		 417 aa  411  1e-113  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0367  transcription termination factor Rho  53.02 
 
 		 418 aa  411  1e-113  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.151601 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1842  transcription termination factor Rho  52.09 
 
 		 447 aa  410  1e-113  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.205012  normal  0.660399 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0726  transcription termination factor Rho  52.74 
 
 		 417 aa  411  1e-113  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.578535  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>