More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dred_3174 on replicon NC_009253
Organism: Desulfotomaculum reducens MI-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009253  Dred_3174  transcription termination factor Rho  100 
 
 		 450 aa  910    Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  decreased coverage  0.00000371975  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0059  transcription termination factor Rho  74.94 
 
 		 436 aa  652    Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.121136  hitchhiker  0.0035916 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2408  transcription termination factor Rho  66.91 
 
 		 425 aa  585  1e-166  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  decreased coverage  0.00000414081  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_2173  transcription termination factor Rho  61.19 
 
 		 492 aa  572  1.0000000000000001e-162  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3439  transcription termination factor Rho  67.97 
 
 		 424 aa  572  1.0000000000000001e-162  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2782  transcription termination factor Rho  66.58 
 
 		 434 aa  568  1e-161  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  decreased coverage  0.00000423025  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_3329  transcription termination factor Rho  67.48 
 
 		 424 aa  568  1e-161  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  decreased coverage  0.00000000488877  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2402  transcription termination factor Rho  69.38 
 
 		 429 aa  569  1e-161  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0058  transcription termination factor Rho  68.68 
 
 		 458 aa  569  1e-161  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  hitchhiker  0.00215813  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3853  transcription termination factor Rho  66.91 
 
 		 423 aa  559  1e-158  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.0000371532  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_18010  transcription termination factor Rho  65.61 
 
 		 418 aa  559  1e-158  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.000000000155456  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_5016  transcription termination factor Rho  65.94 
 
 		 423 aa  555  1e-157  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  2.88034e-18  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK5032  transcription termination factor Rho  65.94 
 
 		 423 aa  555  1e-157  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.00629962  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_5424  transcription termination factor Rho  65.94 
 
 		 423 aa  555  1e-157  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  8.80667e-59 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5460  transcription termination factor Rho  65.69 
 
 		 423 aa  553  1e-156  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  hitchhiker  0.00000364812  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS5181  transcription termination factor Rho  65.69 
 
 		 423 aa  553  1e-156  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.21574  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_5575  transcription termination factor Rho  65.69 
 
 		 423 aa  553  1e-156  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.0000155129  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5497  transcription termination factor Rho  65.69 
 
 		 423 aa  554  1e-156  Bacillus cereus G9842  Bacteria  unclonable  0.00000000613532  unclonable  1.32525e-25 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5455  transcription termination factor Rho  65.69 
 
 		 423 aa  554  1e-156  Bacillus cereus B4264  Bacteria  unclonable  0.0000522794  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A5510  transcription termination factor Rho  65.69 
 
 		 423 aa  553  1e-156  Bacillus cereus AH187  Bacteria  unclonable  0.0000000155234  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_5130  transcription termination factor Rho  65.69 
 
 		 423 aa  550  1e-155  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.000119523  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3229  transcription termination factor Rho  64.16 
 
 		 415 aa  547  1e-154  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  unclonable  0.0000000548676  normal  0.0477745 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1711  transcription termination factor Rho  61.84 
 
 		 437 aa  534  1e-150  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  unclonable  0.0000145962  normal  0.971448 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3627  transcription termination factor Rho  60.72 
 
 		 420 aa  525  1e-148  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.2483  normal  0.795626 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3808  transcription termination factor Rho  61.22 
 
 		 415 aa  526  1e-148  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2695  transcription termination factor Rho  60.34 
 
 		 415 aa  526  1e-148  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000000315458  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3713  transcription termination factor Rho  61.22 
 
 		 415 aa  527  1e-148  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  unclonable  0.000000184202  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3710  transcription termination factor Rho  60.44 
 
 		 445 aa  526  1e-148  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.238599  hitchhiker  0.000000242256 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2651  transcription termination factor Rho  61.95 
 
 		 415 aa  528  1e-148  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  unclonable  0.0000000111099  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2875  transcription termination factor Rho  60.83 
 
 		 414 aa  525  1e-147  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.000000596182  hitchhiker  0.0000000051711 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4065  transcription termination factor Rho  60.49 
 
 		 415 aa  522  1e-147  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  unclonable  0.00000000187673  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0843  transcription termination factor Rho  61.71 
 
 		 415 aa  520  1e-146  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  unclonable  0.0000000000858809  normal  0.0802102 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1339  transcription termination factor Rho  60.34 
 
 		 642 aa  520  1e-146  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU3108  transcription termination factor Rho  60.49 
 
 		 415 aa  517  1.0000000000000001e-145  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1025  transcription termination factor Rho  60.49 
 
 		 415 aa  517  1.0000000000000001e-145  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.0252595  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3222  transcription termination factor Rho  59.95 
 
 		 444 aa  517  1.0000000000000001e-145  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.584785  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0376  transcription termination factor Rho  60.24 
 
 		 415 aa  516  1.0000000000000001e-145  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00000395561  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3377  transcription termination factor Rho  60.49 
 
 		 416 aa  516  1.0000000000000001e-145  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  decreased coverage  0.0000542218  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2174  transcription termination factor Rho  65.83 
 
 		 653 aa  513  1e-144  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  unclonable  0.000000672374  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_3376  transcription termination factor Rho  66.11 
 
 		 690 aa  508  1e-143  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  decreased coverage  0.000138614  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0470  transcription termination factor Rho  59.76 
 
 		 414 aa  508  1e-143  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.00000467448  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE1503  transcription termination factor Rho  62.57 
 
 		 548 aa  506  9.999999999999999e-143  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  decreased coverage  0.000037905  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP1728  transcription termination factor Rho  62.22 
 
 		 438 aa  505  9.999999999999999e-143  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  hitchhiker  0.00025665  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0491  transcription termination factor Rho  60.44 
 
 		 416 aa  506  9.999999999999999e-143  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000212536 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_2157  transcription termination factor Rho  61.73 
 
 		 438 aa  505  9.999999999999999e-143  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.894966  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_2195  transcription termination factor Rho  61.73 
 
 		 438 aa  505  9.999999999999999e-143  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  decreased coverage  0.00569958  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0393  transcription termination factor Rho  60.34 
 
 		 429 aa  505  9.999999999999999e-143  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.023811  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1756  transcription termination factor Rho  59.85 
 
 		 429 aa  503  1e-141  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.147978  normal  0.349316 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1456  transcription termination factor Rho  58.74 
 
 		 431 aa  503  1e-141  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  hitchhiker  0.00134709  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1562  transcription termination factor Rho  59.43 
 
 		 449 aa  504  1e-141  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.135636  normal  1 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1252  transcription termination factor Rho  57.66 
 
 		 457 aa  499  1e-140  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  0.180774  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0323  transcription termination factor Rho  59.12 
 
 		 429 aa  496  1e-139  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.0180092  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1260  transcription termination factor Rho  59.17 
 
 		 422 aa  496  1e-139  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0459  transcription termination factor Rho  59.71 
 
 		 429 aa  495  1e-139  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2130  transcription termination factor Rho  58.64 
 
 		 503 aa  495  1e-139  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  hitchhiker  0.00148034  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3619  transcription termination factor Rho  59.08 
 
 		 418 aa  496  1e-139  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3206  transcription termination factor Rho  57.87 
 
 		 421 aa  494  1e-139  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2309  transcription termination factor Rho  65.04 
 
 		 518 aa  496  1e-139  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.0139277  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0427  transcription termination factor Rho  59.12 
 
 		 429 aa  496  1e-139  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  decreased coverage  0.000196448  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3656  transcription termination factor Rho  57.76 
 
 		 419 aa  496  1e-139  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.04416  normal  0.624434 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0584  transcription termination factor Rho  58.51 
 
 		 419 aa  497  1e-139  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.290432  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0677  transcription termination factor Rho  57.8 
 
 		 415 aa  496  1e-139  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  unclonable  0.0000000284119  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_2184  transcription termination factor Rho  58.27 
 
 		 418 aa  496  1e-139  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  unclonable  0.000000392995  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00570  transcription termination factor Rho  58.11 
 
 		 421 aa  494  1e-139  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.576624  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A2210  transcription termination factor Rho  58.27 
 
 		 418 aa  496  1e-139  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000000272927  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1393  transcription termination factor Rho  57.43 
 
 		 423 aa  492  9.999999999999999e-139  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.107129  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0424  transcription termination factor Rho  57.91 
 
 		 429 aa  492  9.999999999999999e-139  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  decreased coverage  0.00623615  normal  0.0254414 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0391  transcription termination factor Rho  58.39 
 
 		 429 aa  493  9.999999999999999e-139  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  hitchhiker  0.0000000575661  normal  0.0124015 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5982  transcription termination factor Rho  58.33 
 
 		 419 aa  493  9.999999999999999e-139  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3474  transcription termination factor Rho  58.21 
 
 		 429 aa  493  9.999999999999999e-139  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.169204  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3603  transcription termination factor Rho  64.84 
 
 		 573 aa  492  9.999999999999999e-139  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.177753  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2055  transcription termination factor Rho  57.89 
 
 		 419 aa  492  9.999999999999999e-139  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.224008  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0367  transcription termination factor Rho  58.03 
 
 		 418 aa  494  9.999999999999999e-139  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.151601 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_69190  transcription termination factor Rho  58.33 
 
 		 419 aa  493  9.999999999999999e-139  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3991  transcription termination factor Rho  57.48 
 
 		 421 aa  494  9.999999999999999e-139  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.800219  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0481  transcription termination factor Rho  56.94 
 
 		 420 aa  488  1e-137  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR2064  transcription termination factor Rho  57.87 
 
 		 421 aa  490  1e-137  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.244754  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5242  transcription termination factor Rho  57.62 
 
 		 419 aa  488  1e-137  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0301  transcription termination factor Rho  57.62 
 
 		 419 aa  488  1e-137  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1990  transcription termination factor Rho  56.53 
 
 		 435 aa  488  1e-137  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1984  transcription termination factor Rho  57.87 
 
 		 418 aa  491  1e-137  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1968  transcription termination factor Rho  56.05 
 
 		 435 aa  489  1e-137  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.6615 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2341  transcription termination factor Rho  57.28 
 
 		 419 aa  489  1e-137  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.735775  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4258  transcription termination factor Rho  57.49 
 
 		 421 aa  489  1e-137  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.884099 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4391  transcription termination factor Rho  56.9 
 
 		 421 aa  490  1e-137  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_2293  transcription termination factor Rho  56.53 
 
 		 435 aa  488  1e-137  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.182483  normal  0.345164 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0856  transcription termination factor Rho  57.87 
 
 		 421 aa  491  1e-137  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.447055  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1083  transcription termination factor Rho  55.65 
 
 		 474 aa  489  1e-137  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  decreased coverage  0.00000288858  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_4223  transcription termination factor Rho  58.03 
 
 		 433 aa  489  1e-137  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0343455  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3932  transcription termination factor Rho  57.14 
 
 		 421 aa  489  1e-137  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.713144  normal  0.45905 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_5037  transcription termination factor Rho  57.38 
 
 		 419 aa  486  1e-136  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5214  transcription termination factor Rho  57.38 
 
 		 419 aa  486  1e-136  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  decreased coverage  0.00426874  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1187  transcription termination factor Rho  56.42 
 
 		 420 aa  485  1e-136  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.386655  normal  0.481707 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0176  transcription termination factor Rho  57.04 
 
 		 419 aa  486  1e-136  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0658  transcription termination factor Rho  57.87 
 
 		 418 aa  486  1e-136  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0100  transcription termination factor Rho  58.35 
 
 		 421 aa  485  1e-136  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.581004  normal  0.035165 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5275  transcription termination factor Rho  57.38 
 
 		 419 aa  486  1e-136  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0807  transcription termination factor Rho  57.87 
 
 		 418 aa  486  1e-136  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0281  transcription termination factor Rho  56.97 
 
 		 422 aa  486  1e-136  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  0.697975  n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0499  transcription termination factor Rho  56.8 
 
 		 497 aa  485  1e-136  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  unclonable  0.00000000619502  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>