More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene HMPREF0424_0110 on replicon NC_013721
Organism: Gardnerella vaginalis 409-05



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010816  BLD_1200  transcription termination factor Rho  88.14 
 
 		 689 aa  713    Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0110  transcription termination factor Rho  100 
 
 		 656 aa  1318    Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_09900  transcription termination factor Rho  73.54 
 
 		 751 aa  581  1e-164  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.215708  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1284  transcription termination factor Rho  70.6 
 
 		 645 aa  578  1.0000000000000001e-163  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  0.287408 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1058  transcription termination factor Rho  72.47 
 
 		 658 aa  576  1.0000000000000001e-163  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.534298  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1651  transcription termination factor Rho  58.64 
 
 		 704 aa  574  1.0000000000000001e-162  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.271851  normal  0.770035 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0886  transcription termination factor Rho  73.5 
 
 		 605 aa  573  1.0000000000000001e-162  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.562598  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2620  transcription termination factor Rho  72.32 
 
 		 729 aa  575  1.0000000000000001e-162  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2462  transcription termination factor Rho  70.84 
 
 		 674 aa  568  1e-161  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.683247  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3935  transcription termination factor Rho  70.51 
 
 		 679 aa  567  1e-160  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2421  transcription termination factor Rho  70.78 
 
 		 644 aa  564  1.0000000000000001e-159  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1787  transcription termination factor Rho  69.19 
 
 		 680 aa  560  1e-158  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.810933  normal  1 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_08060  transcription termination factor Rho  70.63 
 
 		 712 aa  558  1e-158  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4028  transcription termination factor Rho  60 
 
 		 688 aa  556  1e-157  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0016816 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0633  transcription termination factor Rho  71 
 
 		 676 aa  556  1e-157  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.0304997  decreased coverage  0.0015914 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_19310  transcription termination factor Rho  65.38 
 
 		 713 aa  555  1e-156  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.650817  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1255  transcription termination factor Rho  69.97 
 
 		 696 aa  549  1e-155  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.864478  normal  0.0460813 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4150  transcription termination factor Rho  58.2 
 
 		 747 aa  546  1e-154  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1747  transcription termination factor Rho  69.13 
 
 		 578 aa  542  1e-153  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.179757  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6153  transcription termination factor Rho  67.81 
 
 		 709 aa  539  9.999999999999999e-153  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.874638  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_11324  transcription termination factor Rho  67.65 
 
 		 602 aa  537  1e-151  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  0.329237  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3879  transcription termination factor Rho  65.96 
 
 		 663 aa  536  1e-151  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.495548 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3722  transcription termination factor Rho  69.27 
 
 		 698 aa  535  1e-151  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.672937  normal  0.45086 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3893  transcription termination factor Rho  65.96 
 
 		 663 aa  536  1e-151  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_18390  transcription termination factor Rho  67.18 
 
 		 721 aa  538  1e-151  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  1  normal  0.945824 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3967  transcription termination factor Rho  65.96 
 
 		 663 aa  536  1e-151  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.625424 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0321  transcription termination factor Rho  66.76 
 
 		 662 aa  533  1e-150  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.440265 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1008  transcription termination factor Rho  68.73 
 
 		 670 aa  532  1e-149  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.588232  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4345  transcription termination factor Rho  66.05 
 
 		 684 aa  530  1e-149  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0708117 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3646  transcription termination factor Rho  62.28 
 
 		 675 aa  528  1e-148  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1202  transcription termination factor Rho  68.56 
 
 		 668 aa  528  1e-148  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.246855  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2301  transcription termination factor Rho  66.04 
 
 		 691 aa  524  1e-147  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1301  transcription termination factor Rho  64.36 
 
 		 597 aa  517  1.0000000000000001e-145  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4746  transcription termination factor Rho  63.51 
 
 		 393 aa  480  1e-134  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1088  transcription termination factor Rho  62.16 
 
 		 546 aa  470  1.0000000000000001e-131  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  decreased coverage  0.00846053  hitchhiker  0.0000000000000541512 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_23670  transcription termination factor Rho  60.21 
 
 		 685 aa  469  1.0000000000000001e-131  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.0108296  normal  0.784338 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_09300  transcription termination factor Rho  60.33 
 
 		 638 aa  457  1e-127  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  1  normal  0.270012 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_1811  transcription termination factor Rho  59.28 
 
 		 594 aa  450  1e-125  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.186015  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3222  transcription termination factor Rho  59.67 
 
 		 444 aa  450  1e-125  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.584785  normal  1 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0531  transcription termination factor Rho  60 
 
 		 701 aa  447  1.0000000000000001e-124  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  1  unclonable  0.0000000460455 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3710  transcription termination factor Rho  59.4 
 
 		 445 aa  448  1.0000000000000001e-124  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.238599  hitchhiker  0.000000242256 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3627  transcription termination factor Rho  58.04 
 
 		 420 aa  444  1e-123  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.2483  normal  0.795626 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1339  transcription termination factor Rho  57.07 
 
 		 642 aa  445  1e-123  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3713  transcription termination factor Rho  58.81 
 
 		 415 aa  439  9.999999999999999e-123  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  unclonable  0.000000184202  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2174  transcription termination factor Rho  57.07 
 
 		 653 aa  440  9.999999999999999e-123  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  unclonable  0.000000672374  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1655  transcription termination factor Rho  59.07 
 
 		 498 aa  439  9.999999999999999e-123  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.647483  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0856  transcription termination factor Rho  58.31 
 
 		 421 aa  436  1e-121  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.447055  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3808  transcription termination factor Rho  58.54 
 
 		 415 aa  437  1e-121  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3603  transcription termination factor Rho  50.22 
 
 		 573 aa  437  1e-121  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.177753  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5982  transcription termination factor Rho  58.58 
 
 		 419 aa  434  1e-120  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR2064  transcription termination factor Rho  58.04 
 
 		 421 aa  434  1e-120  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.244754  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3932  transcription termination factor Rho  58.04 
 
 		 421 aa  433  1e-120  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.713144  normal  0.45905 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1984  transcription termination factor Rho  58.04 
 
 		 418 aa  432  1e-120  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1824  transcription termination factor Rho  58.42 
 
 		 422 aa  435  1e-120  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.0768704 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3206  transcription termination factor Rho  54.52 
 
 		 421 aa  435  1e-120  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0407  transcription termination factor Rho  59.46 
 
 		 383 aa  434  1e-120  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3474  transcription termination factor Rho  58.04 
 
 		 429 aa  433  1e-120  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.169204  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4065  transcription termination factor Rho  57.99 
 
 		 415 aa  432  1e-120  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  unclonable  0.00000000187673  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2560  transcription termination factor Rho  54.22 
 
 		 406 aa  434  1e-120  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.910753  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_69190  transcription termination factor Rho  58.58 
 
 		 419 aa  434  1e-120  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0734  transcription termination factor Rho  56.96 
 
 		 437 aa  433  1e-120  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4258  transcription termination factor Rho  57.57 
 
 		 421 aa  433  1e-120  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.884099 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5214  transcription termination factor Rho  57.37 
 
 		 419 aa  430  1e-119  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  decreased coverage  0.00426874  normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_3376  transcription termination factor Rho  56.79 
 
 		 690 aa  430  1e-119  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  decreased coverage  0.000138614  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5242  transcription termination factor Rho  54.89 
 
 		 419 aa  432  1e-119  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5123  transcription termination factor Rho  57.37 
 
 		 419 aa  430  1e-119  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.763827 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0301  transcription termination factor Rho  54.89 
 
 		 419 aa  432  1e-119  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5275  transcription termination factor Rho  57.37 
 
 		 419 aa  430  1e-119  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_5037  transcription termination factor Rho  57.37 
 
 		 419 aa  430  1e-119  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0690  transcription termination factor Rho  58.36 
 
 		 437 aa  429  1e-119  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4391  transcription termination factor Rho  57.03 
 
 		 421 aa  432  1e-119  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3229  transcription termination factor Rho  58.08 
 
 		 415 aa  432  1e-119  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  unclonable  0.0000000548676  normal  0.0477745 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1025  transcription termination factor Rho  57.18 
 
 		 415 aa  430  1e-119  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.0252595  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2651  transcription termination factor Rho  57.18 
 
 		 415 aa  429  1e-119  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  unclonable  0.0000000111099  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2309  transcription termination factor Rho  56.15 
 
 		 518 aa  432  1e-119  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.0139277  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU3108  transcription termination factor Rho  57.34 
 
 		 415 aa  427  1e-118  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3377  transcription termination factor Rho  55.98 
 
 		 416 aa  427  1e-118  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  decreased coverage  0.0000542218  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0298  transcription termination factor Rho  57.77 
 
 		 421 aa  427  1e-118  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_5019  transcription termination factor Rho  56.45 
 
 		 473 aa  427  1e-118  Caulobacter sp. K31  Bacteria  decreased coverage  0.000339489  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5456  transcription termination factor Rho  57.1 
 
 		 419 aa  427  1e-118  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0234949 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2695  transcription termination factor Rho  56.91 
 
 		 415 aa  428  1e-118  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000000315458  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0376  transcription termination factor Rho  57.34 
 
 		 415 aa  427  1e-118  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00000395561  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2970  transcription termination factor Rho  57.45 
 
 		 436 aa  427  1e-118  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1260  transcription termination factor Rho  56.95 
 
 		 422 aa  426  1e-118  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1252  transcription termination factor Rho  57.92 
 
 		 457 aa  425  1e-117  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  0.180774  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0725  transcription termination factor Rho  57.81 
 
 		 417 aa  423  1e-117  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4288  transcription termination factor Rho  55.98 
 
 		 428 aa  423  1e-117  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.0673197 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0163  transcription termination factor Rho  57.03 
 
 		 421 aa  426  1e-117  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.386148  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0100  transcription termination factor Rho  56.49 
 
 		 421 aa  423  1e-117  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.581004  normal  0.035165 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0726  transcription termination factor Rho  57.81 
 
 		 417 aa  423  1e-117  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.578535  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3619  transcription termination factor Rho  56.22 
 
 		 418 aa  424  1e-117  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_3174  transcription termination factor Rho  52.81 
 
 		 450 aa  425  1e-117  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  decreased coverage  0.00000371975  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0393  transcription termination factor Rho  56.49 
 
 		 421 aa  423  1e-117  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.557794 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0428  transcription termination factor Rho  56.49 
 
 		 421 aa  424  1e-117  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0584  transcription termination factor Rho  57.84 
 
 		 419 aa  425  1e-117  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.290432  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_1377  transcription termination factor Rho  56.79 
 
 		 436 aa  424  1e-117  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0362049  normal  0.0185592 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1001  transcription termination factor Rho  57.07 
 
 		 436 aa  423  1e-117  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1678  transcription termination factor Rho  56.25 
 
 		 447 aa  423  1e-117  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.0702428  normal  1 
 
 
-
 
NC_002967  TDE1503  transcription termination factor Rho  56.67 
 
 		 548 aa  420  1e-116  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  decreased coverage  0.000037905  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0108  transcription termination factor Rho  55.95 
 
 		 421 aa  421  1e-116  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.411018  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>