More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Gbro_1904 on replicon NC_013441
Organism: Gordonia bronchialis DSM 43247



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009338  Mflv_2301  transcription termination factor Rho  85.38 
 
 
691 aa  687    Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2421  transcription termination factor Rho  59.3 
 
 
644 aa  644    Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4150  transcription termination factor Rho  79.29 
 
 
747 aa  639    Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1904  transcription termination factor Rho  100 
 
 
662 aa  1321    Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1301  transcription termination factor Rho  55.97 
 
 
597 aa  648    Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1233  transcription termination factor Rho  64.14 
 
 
653 aa  735    Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.303183  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3879  transcription termination factor Rho  87.92 
 
 
663 aa  713    Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal  0.495548 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3893  transcription termination factor Rho  87.92 
 
 
663 aa  713    Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1008  transcription termination factor Rho  80.16 
 
 
670 aa  637    Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.588232  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6153  transcription termination factor Rho  80.83 
 
 
709 aa  652    Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.874638  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_29930  transcription termination factor Rho  62.87 
 
 
613 aa  711    Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal  0.660333 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0633  transcription termination factor Rho  55.52 
 
 
676 aa  642    Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.0304997  decreased coverage  0.0015914 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3967  transcription termination factor Rho  87.92 
 
 
663 aa  713    Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal  0.625424 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4345  transcription termination factor Rho  86.56 
 
 
684 aa  705    Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal  0.0708117 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_11324  transcription termination factor Rho  64.4 
 
 
602 aa  746    Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  0.329237  normal 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4028  transcription termination factor Rho  78.12 
 
 
688 aa  624  1e-177  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0016816 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3646  transcription termination factor Rho  78.33 
 
 
675 aa  619  1e-176  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0886  transcription termination factor Rho  78.68 
 
 
605 aa  620  1e-176  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.562598  normal 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0321  transcription termination factor Rho  54.96 
 
 
662 aa  608  1e-173  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal  0.440265 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3935  transcription termination factor Rho  76.98 
 
 
679 aa  610  1e-173  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1651  transcription termination factor Rho  61.49 
 
 
704 aa  603  1.0000000000000001e-171  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.271851  normal  0.770035 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1058  transcription termination factor Rho  75.19 
 
 
658 aa  600  1e-170  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.534298  normal 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1255  transcription termination factor Rho  73.58 
 
 
696 aa  595  1e-169  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.864478  normal  0.0460813 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2462  transcription termination factor Rho  72.77 
 
 
674 aa  592  1e-168  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.683247  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2620  transcription termination factor Rho  72.56 
 
 
729 aa  592  1e-168  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_08060  transcription termination factor Rho  71.57 
 
 
712 aa  580  1e-164  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1202  transcription termination factor Rho  72.75 
 
 
668 aa  578  1.0000000000000001e-163  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.246855  normal 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1284  transcription termination factor Rho  70.76 
 
 
645 aa  574  1.0000000000000001e-162  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal  0.287408 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1787  transcription termination factor Rho  70.18 
 
 
680 aa  562  1.0000000000000001e-159  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.810933  normal 
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0110  transcription termination factor Rho  48.75 
 
 
656 aa  550  1e-155  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_18390  transcription termination factor Rho  68.02 
 
 
721 aa  551  1e-155  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  normal  0.945824 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1200  transcription termination factor Rho  68.32 
 
 
689 aa  547  1e-154  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4746  transcription termination factor Rho  66.58 
 
 
393 aa  508  9.999999999999999e-143  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_09300  transcription termination factor Rho  51.61 
 
 
638 aa  470  1.0000000000000001e-131  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  normal  0.270012 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1088  transcription termination factor Rho  61.83 
 
 
546 aa  467  9.999999999999999e-131  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  decreased coverage  0.00846053  hitchhiker  0.0000000000000541512 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_23670  transcription termination factor Rho  61.02 
 
 
685 aa  466  9.999999999999999e-131  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.0108296  normal  0.784338 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_1811  transcription termination factor Rho  45.16 
 
 
594 aa  456  1e-127  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.186015  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1655  transcription termination factor Rho  60.33 
 
 
498 aa  458  1e-127  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.647483  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2174  transcription termination factor Rho  40.86 
 
 
653 aa  455  1.0000000000000001e-126  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  unclonable  0.000000672374  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1339  transcription termination factor Rho  59.67 
 
 
642 aa  454  1.0000000000000001e-126  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3377  transcription termination factor Rho  58.74 
 
 
416 aa  446  1.0000000000000001e-124  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  decreased coverage  0.0000542218  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0531  transcription termination factor Rho  58.92 
 
 
701 aa  441  9.999999999999999e-123  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  unclonable  0.0000000460455 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3222  transcription termination factor Rho  58.56 
 
 
444 aa  442  9.999999999999999e-123  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.584785  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3710  transcription termination factor Rho  58.84 
 
 
445 aa  441  9.999999999999999e-123  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.238599  hitchhiker  0.000000242256 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3627  transcription termination factor Rho  58.01 
 
 
420 aa  440  9.999999999999999e-123  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.2483  normal  0.795626 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_3376  transcription termination factor Rho  55.38 
 
 
690 aa  441  9.999999999999999e-123  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  decreased coverage  0.000138614  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_01045  transcription termination factor Rho  40 
 
 
579 aa  439  9.999999999999999e-123  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5982  transcription termination factor Rho  58.04 
 
 
419 aa  437  1e-121  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0163  transcription termination factor Rho  56.35 
 
 
421 aa  436  1e-121  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.386148  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0108  transcription termination factor Rho  57.22 
 
 
421 aa  436  1e-121  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.411018  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_69190  transcription termination factor Rho  58.04 
 
 
419 aa  437  1e-121  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2560  transcription termination factor Rho  54.99 
 
 
406 aa  436  1e-121  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.910753  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5275  transcription termination factor Rho  57.41 
 
 
419 aa  435  1e-120  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5214  transcription termination factor Rho  57.41 
 
 
419 aa  435  1e-120  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  decreased coverage  0.00426874  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0100  transcription termination factor Rho  56.35 
 
 
421 aa  433  1e-120  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.581004  normal  0.035165 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0393  transcription termination factor Rho  56.95 
 
 
421 aa  435  1e-120  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.557794 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0292  transcription termination factor Rho  55.82 
 
 
421 aa  435  1e-120  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0428  transcription termination factor Rho  56.95 
 
 
421 aa  434  1e-120  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0298  transcription termination factor Rho  56.95 
 
 
421 aa  432  1e-120  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5123  transcription termination factor Rho  57.41 
 
 
419 aa  435  1e-120  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.763827 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_5037  transcription termination factor Rho  57.41 
 
 
419 aa  435  1e-120  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5242  transcription termination factor Rho  56.87 
 
 
419 aa  429  1e-119  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0301  transcription termination factor Rho  56.87 
 
 
419 aa  429  1e-119  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4662  transcription termination factor Rho  55.31 
 
 
604 aa  429  1e-119  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2845  transcription termination factor Rho  58.15 
 
 
418 aa  429  1e-119  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.495163  normal  0.0341841 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2970  transcription termination factor Rho  56.46 
 
 
436 aa  432  1e-119  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0089  transcription termination factor Rho  55.86 
 
 
508 aa  429  1e-119  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  decreased coverage  0.000000346786  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1001  transcription termination factor Rho  55.41 
 
 
436 aa  427  1e-118  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3567  transcription termination factor Rho  56.52 
 
 
422 aa  426  1e-118  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.235782  normal  0.891828 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0407  transcription termination factor Rho  56.27 
 
 
383 aa  428  1e-118  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1824  transcription termination factor Rho  55.71 
 
 
422 aa  428  1e-118  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.0768704 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0120  transcription termination factor Rho  58.58 
 
 
418 aa  427  1e-118  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.342043  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3656  transcription termination factor Rho  56.18 
 
 
419 aa  428  1e-118  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.04416  normal  0.624434 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2532  transcription termination factor Rho  57.22 
 
 
422 aa  428  1e-118  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0499  transcription termination factor Rho  55.8 
 
 
497 aa  424  1e-117  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  unclonable  0.00000000619502  normal 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_3174  transcription termination factor Rho  56.08 
 
 
450 aa  424  1e-117  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  decreased coverage  0.00000371975  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR2064  transcription termination factor Rho  55.04 
 
 
421 aa  423  1e-117  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.244754  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5456  transcription termination factor Rho  56.33 
 
 
419 aa  423  1e-117  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.0234949 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3619  transcription termination factor Rho  55.15 
 
 
418 aa  422  1e-117  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3474  transcription termination factor Rho  55.31 
 
 
429 aa  425  1e-117  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.169204  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_1377  transcription termination factor Rho  55.15 
 
 
436 aa  425  1e-117  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0362049  normal  0.0185592 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0002  transcription termination factor Rho  55.31 
 
 
434 aa  423  1e-117  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  hitchhiker  0.00303251  normal  0.950818 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_2173  transcription termination factor Rho  55.86 
 
 
492 aa  424  1e-117  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PG0332  transcription termination factor Rho  53.26 
 
 
658 aa  419  1e-116  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3206  transcription termination factor Rho  54.5 
 
 
421 aa  422  1e-116  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1842  transcription termination factor Rho  54.62 
 
 
447 aa  420  1e-116  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.205012  normal  0.660399 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3713  transcription termination factor Rho  56.32 
 
 
415 aa  421  1e-116  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  unclonable  0.000000184202  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_47410  transcription termination factor Rho  57.41 
 
 
419 aa  421  1e-116  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2892  transcription termination factor Rho  55.31 
 
 
422 aa  421  1e-116  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0690  transcription termination factor Rho  55.62 
 
 
437 aa  419  1e-116  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0856  transcription termination factor Rho  54.77 
 
 
421 aa  421  1e-116  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.447055  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0725  transcription termination factor Rho  55.89 
 
 
417 aa  420  1e-116  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3453  transcription termination factor Rho  55.59 
 
 
423 aa  422  1e-116  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0584  transcription termination factor Rho  56.4 
 
 
419 aa  422  1e-116  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.290432  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0726  transcription termination factor Rho  55.89 
 
 
417 aa  420  1e-116  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.578535  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3229  transcription termination factor Rho  56.91 
 
 
415 aa  422  1e-116  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  unclonable  0.0000000548676  normal  0.0477745 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4906  transcription termination factor Rho  55.59 
 
 
420 aa  420  1e-116  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.957069 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3932  transcription termination factor Rho  54.5 
 
 
421 aa  419  1e-116  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.713144  normal  0.45905 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1563  transcription termination factor Rho  54.62 
 
 
506 aa  419  1e-116  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.657404 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2358  transcription termination factor Rho  55.31 
 
 
420 aa  420  1e-116  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.139464  normal  0.694538 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>