More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shel_23670 on replicon NC_013165
Organism: Slackia heliotrinireducens DSM 20476



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013170  Ccur_09300  transcription termination factor Rho  64.57 
 
 		 638 aa  713    Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  1  normal  0.270012 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_23670  transcription termination factor Rho  100 
 
 		 685 aa  1373    Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.0108296  normal  0.784338 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0531  transcription termination factor Rho  53.21 
 
 		 701 aa  642    Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  1  unclonable  0.0000000460455 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1088  transcription termination factor Rho  76.25 
 
 		 546 aa  732    Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  decreased coverage  0.00846053  hitchhiker  0.0000000000000541512 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3935  transcription termination factor Rho  62.6 
 
 		 679 aa  492  9.999999999999999e-139  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1200  transcription termination factor Rho  61.74 
 
 		 689 aa  486  1e-136  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1655  transcription termination factor Rho  65.64 
 
 		 498 aa  488  1e-136  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.647483  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0886  transcription termination factor Rho  63.24 
 
 		 605 aa  483  1e-135  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.562598  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1651  transcription termination factor Rho  63.78 
 
 		 704 aa  482  1e-135  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.271851  normal  0.770035 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2421  transcription termination factor Rho  62.97 
 
 		 644 aa  484  1e-135  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2353  transcription termination factor Rho  62.23 
 
 		 711 aa  479  1e-134  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000144518 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2620  transcription termination factor Rho  61.97 
 
 		 729 aa  479  1e-134  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_09900  transcription termination factor Rho  61.11 
 
 		 751 aa  478  1e-133  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.215708  normal  1 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2462  transcription termination factor Rho  62.17 
 
 		 674 aa  476  1e-133  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.683247  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_11324  transcription termination factor Rho  48.88 
 
 		 602 aa  477  1e-133  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  0.329237  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0321  transcription termination factor Rho  61.62 
 
 		 662 aa  477  1e-133  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.440265 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0633  transcription termination factor Rho  62.43 
 
 		 676 aa  476  1e-133  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.0304997  decreased coverage  0.0015914 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_18390  transcription termination factor Rho  59.95 
 
 		 721 aa  475  1e-132  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  1  normal  0.945824 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3722  transcription termination factor Rho  62.73 
 
 		 698 aa  472  1e-132  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.672937  normal  0.45086 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3879  transcription termination factor Rho  60.73 
 
 		 663 aa  474  1e-132  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.495548 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3893  transcription termination factor Rho  60.73 
 
 		 663 aa  474  1e-132  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3967  transcription termination factor Rho  60.73 
 
 		 663 aa  474  1e-132  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.625424 
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0110  transcription termination factor Rho  60.21 
 
 		 656 aa  471  1.0000000000000001e-131  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1904  transcription termination factor Rho  61.02 
 
 		 662 aa  469  1.0000000000000001e-131  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_08060  transcription termination factor Rho  61.2 
 
 		 712 aa  472  1.0000000000000001e-131  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1008  transcription termination factor Rho  62.2 
 
 		 670 aa  470  1.0000000000000001e-131  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.588232  normal  1 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1058  transcription termination factor Rho  60.9 
 
 		 658 aa  466  9.999999999999999e-131  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.534298  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2098  transcription termination factor Rho  62.53 
 
 		 717 aa  468  9.999999999999999e-131  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.0421474  normal  0.100446 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_29930  transcription termination factor Rho  61.73 
 
 		 613 aa  468  9.999999999999999e-131  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  0.660333 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6153  transcription termination factor Rho  60.89 
 
 		 709 aa  468  9.999999999999999e-131  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.874638  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2174  transcription termination factor Rho  46.8 
 
 		 653 aa  466  9.999999999999999e-131  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  unclonable  0.000000672374  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2301  transcription termination factor Rho  61.13 
 
 		 691 aa  466  9.999999999999999e-131  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1787  transcription termination factor Rho  61.64 
 
 		 680 aa  468  9.999999999999999e-131  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.810933  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4345  transcription termination factor Rho  60.53 
 
 		 684 aa  467  9.999999999999999e-131  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0708117 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4150  transcription termination factor Rho  62.43 
 
 		 747 aa  467  9.999999999999999e-131  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013124  Afer_1811  transcription termination factor Rho  61.83 
 
 		 594 aa  466  9.999999999999999e-131  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.186015  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_19310  transcription termination factor Rho  58.82 
 
 		 713 aa  463  1e-129  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.650817  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1339  transcription termination factor Rho  54.74 
 
 		 642 aa  462  9.999999999999999e-129  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1233  transcription termination factor Rho  57.77 
 
 		 653 aa  457  1e-127  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.303183  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1255  transcription termination factor Rho  59.24 
 
 		 696 aa  457  1e-127  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.864478  normal  0.0460813 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2782  transcription termination factor Rho  55.01 
 
 		 434 aa  456  1e-127  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  decreased coverage  0.00000423025  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3710  transcription termination factor Rho  54.09 
 
 		 445 aa  457  1e-127  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.238599  hitchhiker  0.000000242256 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1747  transcription termination factor Rho  60.43 
 
 		 578 aa  456  1e-127  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.179757  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_01045  transcription termination factor Rho  43.28 
 
 		 579 aa  454  1.0000000000000001e-126  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3627  transcription termination factor Rho  53.83 
 
 		 420 aa  455  1.0000000000000001e-126  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.2483  normal  0.795626 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3222  transcription termination factor Rho  53.61 
 
 		 444 aa  453  1.0000000000000001e-126  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.584785  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1284  transcription termination factor Rho  58.49 
 
 		 645 aa  455  1.0000000000000001e-126  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  0.287408 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_2173  transcription termination factor Rho  61.43 
 
 		 492 aa  452  1e-125  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_3376  transcription termination factor Rho  58.11 
 
 		 690 aa  448  1.0000000000000001e-124  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  decreased coverage  0.000138614  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3377  transcription termination factor Rho  52.77 
 
 		 416 aa  446  1.0000000000000001e-124  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  decreased coverage  0.0000542218  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3229  transcription termination factor Rho  55.47 
 
 		 415 aa  446  1.0000000000000001e-124  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  unclonable  0.0000000548676  normal  0.0477745 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1202  transcription termination factor Rho  59.95 
 
 		 668 aa  448  1.0000000000000001e-124  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.246855  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4028  transcription termination factor Rho  61.14 
 
 		 688 aa  446  1.0000000000000001e-124  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0016816 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_3174  transcription termination factor Rho  55.92 
 
 		 450 aa  448  1.0000000000000001e-124  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  decreased coverage  0.00000371975  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3713  transcription termination factor Rho  54.99 
 
 		 415 aa  444  1e-123  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  unclonable  0.000000184202  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5202  transcription termination factor Rho  56.72 
 
 		 602 aa  444  1e-123  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.722557 
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_0605  transcription termination factor Rho  51.58 
 
 		 447 aa  443  1e-123  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  unclonable  0.0000783157  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3808  transcription termination factor Rho  54.99 
 
 		 415 aa  443  1e-123  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2695  transcription termination factor Rho  54.74 
 
 		 415 aa  444  1e-123  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000000315458  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5460  transcription termination factor Rho  51.76 
 
 		 423 aa  439  9.999999999999999e-123  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  hitchhiker  0.00000364812  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5497  transcription termination factor Rho  51.76 
 
 		 423 aa  441  9.999999999999999e-123  Bacillus cereus G9842  Bacteria  unclonable  0.00000000613532  unclonable  1.32525e-25 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1301  transcription termination factor Rho  56.99 
 
 		 597 aa  440  9.999999999999999e-123  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_5016  transcription termination factor Rho  51.76 
 
 		 423 aa  440  9.999999999999999e-123  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  2.88034e-18  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK5032  transcription termination factor Rho  51.76 
 
 		 423 aa  440  9.999999999999999e-123  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.00629962  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5455  transcription termination factor Rho  51.76 
 
 		 423 aa  441  9.999999999999999e-123  Bacillus cereus B4264  Bacteria  unclonable  0.0000522794  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3853  transcription termination factor Rho  52 
 
 		 423 aa  441  9.999999999999999e-123  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.0000371532  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_5130  transcription termination factor Rho  52 
 
 		 423 aa  441  9.999999999999999e-123  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.000119523  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1025  transcription termination factor Rho  54.31 
 
 		 415 aa  439  9.999999999999999e-123  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.0252595  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0843  transcription termination factor Rho  53.04 
 
 		 415 aa  439  9.999999999999999e-123  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  unclonable  0.0000000000858809  normal  0.0802102 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2130  transcription termination factor Rho  50.79 
 
 		 503 aa  440  9.999999999999999e-123  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  hitchhiker  0.00148034  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3646  transcription termination factor Rho  60.6 
 
 		 675 aa  440  9.999999999999999e-123  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_5424  transcription termination factor Rho  51.76 
 
 		 423 aa  440  9.999999999999999e-123  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  8.80667e-59 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4662  transcription termination factor Rho  56.95 
 
 		 604 aa  440  9.999999999999999e-123  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3603  transcription termination factor Rho  55.91 
 
 		 573 aa  441  9.999999999999999e-123  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.177753  normal  1 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0679  transcription termination factor Rho  53.49 
 
 		 439 aa  439  9.999999999999999e-123  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000809271  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_69190  transcription termination factor Rho  54.11 
 
 		 419 aa  440  9.999999999999999e-123  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A5510  transcription termination factor Rho  51.76 
 
 		 423 aa  439  9.999999999999999e-123  Bacillus cereus AH187  Bacteria  unclonable  0.0000000155234  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2651  transcription termination factor Rho  54.09 
 
 		 415 aa  441  9.999999999999999e-123  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  unclonable  0.0000000111099  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0481  transcription termination factor Rho  53 
 
 		 420 aa  440  9.999999999999999e-123  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5982  transcription termination factor Rho  54.11 
 
 		 419 aa  440  9.999999999999999e-123  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5275  transcription termination factor Rho  52.86 
 
 		 419 aa  436  1e-121  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5214  transcription termination factor Rho  52.86 
 
 		 419 aa  436  1e-121  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  decreased coverage  0.00426874  normal  1 
 
 
-
 
NC_002976  SERP1728  transcription termination factor Rho  53.56 
 
 		 438 aa  436  1e-121  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  hitchhiker  0.00025665  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp3002  transcription termination factor Rho  53.73 
 
 		 420 aa  438  1e-121  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2863  transcription termination factor Rho  53.73 
 
 		 420 aa  438  1e-121  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_5037  transcription termination factor Rho  52.86 
 
 		 419 aa  436  1e-121  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_2195  transcription termination factor Rho  53.32 
 
 		 438 aa  438  1e-121  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  decreased coverage  0.00569958  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_5575  transcription termination factor Rho  51.53 
 
 		 423 aa  439  1e-121  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.0000155129  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1252  transcription termination factor Rho  50.44 
 
 		 457 aa  436  1e-121  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  0.180774  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5123  transcription termination factor Rho  52.86 
 
 		 419 aa  436  1e-121  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.763827 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1295  transcription termination factor Rho  55.88 
 
 		 750 aa  438  1e-121  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.623564 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_1864  transcription termination factor Rho  48.94 
 
 		 496 aa  436  1e-121  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  0.462467  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_3329  transcription termination factor Rho  52.68 
 
 		 424 aa  436  1e-121  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  decreased coverage  0.00000000488877  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4065  transcription termination factor Rho  54.81 
 
 		 415 aa  437  1e-121  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  unclonable  0.00000000187673  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_2157  transcription termination factor Rho  53.32 
 
 		 438 aa  438  1e-121  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.894966  n/a   
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_1344  transcription termination factor Rho  54.03 
 
 		 431 aa  439  1e-121  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  decreased coverage  0.0000288127  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_0274  transcription termination factor Rho  54.28 
 
 		 446 aa  438  1e-121  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  decreased coverage  0.0000543073  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2408  transcription termination factor Rho  54.5 
 
 		 425 aa  439  1e-121  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  decreased coverage  0.00000414081  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1778  transcription termination factor Rho  56.83 
 
 		 549 aa  436  1e-121  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_1421  transcription termination factor Rho  50.79 
 
 		 444 aa  436  1e-121  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>