More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sde_3656 on replicon NC_007912
Organism: Saccharophagus degradans 2-40



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
CP001509  ECD_03661  transcription termination factor Rho  78.9 
 
 		 419 aa  688    Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  unclonable  0.00000324277  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_4194  transcription termination factor Rho  79.14 
 
 		 419 aa  692    Escherichia coli DH1  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000794569  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2699  transcription termination factor Rho  77.57 
 
 		 419 aa  685    Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000370225  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_5214  transcription termination factor Rho  83.77 
 
 		 419 aa  738    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  decreased coverage  0.00426874  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2055  transcription termination factor Rho  77.99 
 
 		 419 aa  690    Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.224008  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5982  transcription termination factor Rho  83.05 
 
 		 419 aa  732    Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0056  transcription termination factor Rho  77.94 
 
 		 418 aa  687    Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.624347  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3434  transcription termination factor Rho  78.42 
 
 		 421 aa  684    Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0176  transcription termination factor Rho  77.33 
 
 		 419 aa  680    Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_2158  transcription termination factor Rho  72.9 
 
 		 564 aa  637    Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.156319  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0405  transcription termination factor Rho  78.9 
 
 		 421 aa  686    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5242  transcription termination factor Rho  83.77 
 
 		 419 aa  733    Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0148  transcription termination factor Rho  77.57 
 
 		 419 aa  689    Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  decreased coverage  0.00136527  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5215  transcription termination factor Rho  79.14 
 
 		 419 aa  692    Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4220  transcription termination factor Rho  79.14 
 
 		 419 aa  692    Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.00203599  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3878  transcription termination factor Rho  78.42 
 
 		 421 aa  684    Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000128755 
 
 
-
 
NC_006368  lpp3002  transcription termination factor Rho  74.94 
 
 		 420 aa  670    Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2863  transcription termination factor Rho  74.94 
 
 		 420 aa  670    Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0301  transcription termination factor Rho  83.77 
 
 		 419 aa  733    Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1990  transcription termination factor Rho  77.57 
 
 		 435 aa  686    Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03610  hypothetical protein  78.9 
 
 		 419 aa  688    Escherichia coli BL21  Bacteria  unclonable  0.00000108874  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0204  transcription termination factor Rho  78.9 
 
 		 419 aa  691    Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4146  transcription termination factor Rho  79.14 
 
 		 419 aa  692    Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4128  transcription termination factor Rho  78.9 
 
 		 419 aa  691    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00570  transcription termination factor Rho  79.38 
 
 		 421 aa  701    Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.576624  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2592  transcription termination factor Rho  77.7 
 
 		 418 aa  680    Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  0.00987626  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5456  transcription termination factor Rho  83.53 
 
 		 419 aa  733    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0234949 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4143  transcription termination factor Rho  78.9 
 
 		 419 aa  691    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4203  transcription termination factor Rho  78.42 
 
 		 450 aa  685    Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002098  transcription termination factor Rho  77.8 
 
 		 419 aa  687    Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.000734863  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4139  transcription termination factor Rho  79.14 
 
 		 419 aa  692    Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5123  transcription termination factor Rho  83.77 
 
 		 419 aa  738    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.763827 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0658  transcription termination factor Rho  72.12 
 
 		 418 aa  636    Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3930  transcription termination factor Rho  78.42 
 
 		 421 aa  684    Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0358  transcription termination factor Rho  76.02 
 
 		 419 aa  677    Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.956758  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A2210  transcription termination factor Rho  78.66 
 
 		 418 aa  698    Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000000272927  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_47410  transcription termination factor Rho  83.29 
 
 		 419 aa  721    Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_2184  transcription termination factor Rho  78.66 
 
 		 418 aa  698    Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  unclonable  0.000000392995  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_4003  transcription termination factor Rho  78.18 
 
 		 419 aa  687    Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.499603  normal  0.016258 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_5037  transcription termination factor Rho  83.77 
 
 		 419 aa  738    Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4071  transcription termination factor Rho  78.42 
 
 		 421 aa  684    Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.339421 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4305  transcription termination factor Rho  78.9 
 
 		 419 aa  691    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00336  transcription termination factor Rho  77.8 
 
 		 419 aa  686    Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3656  transcription termination factor Rho  100 
 
 		 419 aa  849    Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.04416  normal  0.624434 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3953  transcription termination factor Rho  78.42 
 
 		 421 aa  684    Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4011  transcription termination factor Rho  78.66 
 
 		 450 aa  686    Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0447  transcription termination factor Rho  78.66 
 
 		 421 aa  686    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4246  transcription termination factor Rho  78.9 
 
 		 419 aa  691    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0584  transcription termination factor Rho  83.29 
 
 		 419 aa  741    Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.290432  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0807  transcription termination factor Rho  72.12 
 
 		 418 aa  636    Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_2293  transcription termination factor Rho  77.57 
 
 		 435 aa  686    Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.182483  normal  0.345164 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0512  transcription termination factor Rho  77.7 
 
 		 421 aa  676    Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.855654  hitchhiker  0.00605573 
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0188  transcription termination factor Rho  78.42 
 
 		 419 aa  685    Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4111  transcription termination factor Rho  77.22 
 
 		 421 aa  671    Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000313563 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5275  transcription termination factor Rho  83.77 
 
 		 419 aa  738    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4197  transcription termination factor Rho  78.9 
 
 		 419 aa  691    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2341  transcription termination factor Rho  76.98 
 
 		 419 aa  676    Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.735775  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0481  transcription termination factor Rho  84.29 
 
 		 420 aa  748    Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0397  transcription termination factor Rho  77.22 
 
 		 421 aa  674    Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_4223  transcription termination factor Rho  79 
 
 		 433 aa  698    Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0343455  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0309  transcription termination factor Rho  83.53 
 
 		 419 aa  718    Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.89155  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3991  transcription termination factor Rho  83.77 
 
 		 421 aa  734    Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.800219  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3999  transcription termination factor Rho  79.14 
 
 		 419 aa  692    Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0173  transcription termination factor Rho  77.83 
 
 		 399 aa  641    Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.770214  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0409  transcription termination factor Rho  78.9 
 
 		 421 aa  685    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3616  transcription termination factor Rho  78.9 
 
 		 421 aa  685    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0367  transcription termination factor Rho  80.58 
 
 		 418 aa  705    Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.151601 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0459  transcription termination factor Rho  78.42 
 
 		 420 aa  684    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0337  transcription termination factor Rho  78.18 
 
 		 421 aa  677    Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_4034  transcription termination factor Rho  77.94 
 
 		 419 aa  688    Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.462931  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2469  transcription termination factor Rho  73.86 
 
 		 419 aa  659    Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_69190  transcription termination factor Rho  83.05 
 
 		 419 aa  732    Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3189  transcription termination factor Rho  77.57 
 
 		 422 aa  679    Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.398952  normal  0.0152106 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0160  transcription termination factor Rho  77.7 
 
 		 419 aa  685    Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.227506 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4293  transcription termination factor Rho  79.14 
 
 		 419 aa  692    Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0408  transcription termination factor Rho  78.9 
 
 		 421 aa  685    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.011685 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0180  transcription termination factor Rho  77.94 
 
 		 419 aa  688    Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0157  transcription termination factor Rho  78.9 
 
 		 419 aa  688    Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_2310  transcription termination factor Rho  76.37 
 
 		 432 aa  682    Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.000407022  normal  0.229849 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0511  transcription termination factor Rho  77.94 
 
 		 419 aa  688    Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  0.0322242 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3217  transcription termination factor Rho  78.66 
 
 		 420 aa  682    Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03719  transcription termination factor Rho  72.18 
 
 		 629 aa  627  1e-178  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0126  transcription termination factor Rho  72.49 
 
 		 419 aa  623  1e-177  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000206271  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3676  transcription termination factor Rho  71.94 
 
 		 583 aa  621  1e-177  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.939305 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2290  transcription termination factor Rho  70.98 
 
 		 419 aa  624  1e-177  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  decreased coverage  0.000000767102  normal  0.288713 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2085  transcription termination factor Rho  70.5 
 
 		 419 aa  616  1e-175  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0638  transcription termination factor Rho  69.3 
 
 		 420 aa  604  9.999999999999999e-173  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0037  transcription termination factor Rho  70.98 
 
 		 419 aa  605  9.999999999999999e-173  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.245355 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3081  transcription termination factor Rho  69.62 
 
 		 484 aa  605  9.999999999999999e-173  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1308  transcription termination factor Rho  68.82 
 
 		 420 aa  601  1.0000000000000001e-171  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2998  transcription termination factor Rho  69.06 
 
 		 419 aa  601  1.0000000000000001e-171  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.0194587  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1025  transcription termination factor Rho  69.71 
 
 		 415 aa  603  1.0000000000000001e-171  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.0252595  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1187  transcription termination factor Rho  68.11 
 
 		 420 aa  599  1e-170  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.386655  normal  0.481707 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1282  transcription termination factor Rho  67.87 
 
 		 430 aa  599  1e-170  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.0183251  normal  0.109355 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3474  transcription termination factor Rho  68.18 
 
 		 429 aa  598  1e-170  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.169204  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2651  transcription termination factor Rho  68.51 
 
 		 415 aa  599  1e-170  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  unclonable  0.0000000111099  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1740  transcription termination factor Rho  67.87 
 
 		 420 aa  595  1e-169  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.318458  normal  0.139414 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1853  transcription termination factor Rho  67.87 
 
 		 420 aa  595  1e-169  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.344697  normal  0.110087 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1123  transcription termination factor Rho  67.87 
 
 		 420 aa  596  1e-169  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.117933  normal  0.145069 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2806  transcription termination factor Rho  67.63 
 
 		 420 aa  595  1e-169  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>