More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Caci_1202 on replicon NC_013131
Organism: Catenulispora acidiphila DSM 44928



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_014210  Ndas_0321  transcription termination factor Rho  79.48 
 
 		 662 aa  659    Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.440265 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1651  transcription termination factor Rho  58.62 
 
 		 704 aa  707    Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.271851  normal  0.770035 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2421  transcription termination factor Rho  60.96 
 
 		 644 aa  715    Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1202  transcription termination factor Rho  100 
 
 		 668 aa  1340    Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.246855  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4150  transcription termination factor Rho  75.38 
 
 		 747 aa  639    Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3722  transcription termination factor Rho  77.18 
 
 		 698 aa  637    Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.672937  normal  0.45086 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2098  transcription termination factor Rho  52.04 
 
 		 717 aa  643    Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.0421474  normal  0.100446 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3935  transcription termination factor Rho  80.89 
 
 		 679 aa  675    Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_29930  transcription termination factor Rho  54.78 
 
 		 613 aa  639    Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  0.660333 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0633  transcription termination factor Rho  57.78 
 
 		 676 aa  691    Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.0304997  decreased coverage  0.0015914 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1008  transcription termination factor Rho  76.8 
 
 		 670 aa  641    Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.588232  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0886  transcription termination factor Rho  82.76 
 
 		 605 aa  678    Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.562598  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3879  transcription termination factor Rho  55.11 
 
 		 663 aa  629  1e-179  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.495548 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3893  transcription termination factor Rho  55.11 
 
 		 663 aa  629  1e-179  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3967  transcription termination factor Rho  55.11 
 
 		 663 aa  629  1e-179  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.625424 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1301  transcription termination factor Rho  53.56 
 
 		 597 aa  630  1e-179  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6153  transcription termination factor Rho  74.61 
 
 		 709 aa  619  1e-176  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.874638  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1787  transcription termination factor Rho  54.15 
 
 		 680 aa  621  1e-176  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.810933  normal  1 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1058  transcription termination factor Rho  74.68 
 
 		 658 aa  612  9.999999999999999e-175  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.534298  normal  1 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_09900  transcription termination factor Rho  73.3 
 
 		 751 aa  612  9.999999999999999e-175  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.215708  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2620  transcription termination factor Rho  63.07 
 
 		 729 aa  612  1e-173  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_08060  transcription termination factor Rho  73.98 
 
 		 712 aa  607  9.999999999999999e-173  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4028  transcription termination factor Rho  74.41 
 
 		 688 aa  607  9.999999999999999e-173  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0016816 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2462  transcription termination factor Rho  74.55 
 
 		 674 aa  607  9.999999999999999e-173  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.683247  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3646  transcription termination factor Rho  74.67 
 
 		 675 aa  601  1e-170  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2353  transcription termination factor Rho  72.87 
 
 		 711 aa  601  1e-170  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000144518 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_18390  transcription termination factor Rho  70.27 
 
 		 721 aa  597  1e-169  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  1  normal  0.945824 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1904  transcription termination factor Rho  73.75 
 
 		 662 aa  595  1e-169  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1284  transcription termination factor Rho  73.54 
 
 		 645 aa  597  1e-169  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  0.287408 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_11324  transcription termination factor Rho  72.14 
 
 		 602 aa  585  1e-166  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  0.329237  normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1233  transcription termination factor Rho  69.04 
 
 		 653 aa  583  1.0000000000000001e-165  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.303183  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_19310  transcription termination factor Rho  68.84 
 
 		 713 aa  580  1e-164  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.650817  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4345  transcription termination factor Rho  71.5 
 
 		 684 aa  580  1e-164  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0708117 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2301  transcription termination factor Rho  70.44 
 
 		 691 aa  575  1.0000000000000001e-162  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0110  transcription termination factor Rho  49.16 
 
 		 656 aa  567  1e-160  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1200  transcription termination factor Rho  68.63 
 
 		 689 aa  548  1e-154  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4746  transcription termination factor Rho  70.46 
 
 		 393 aa  541  9.999999999999999e-153  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_09300  transcription termination factor Rho  49.14 
 
 		 638 aa  487  1e-136  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  1  normal  0.270012 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3627  transcription termination factor Rho  61.37 
 
 		 420 aa  485  1e-135  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.2483  normal  0.795626 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_1811  transcription termination factor Rho  61.36 
 
 		 594 aa  483  1e-135  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.186015  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3710  transcription termination factor Rho  62.09 
 
 		 445 aa  485  1e-135  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.238599  hitchhiker  0.000000242256 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3222  transcription termination factor Rho  61.26 
 
 		 444 aa  481  1e-134  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.584785  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3377  transcription termination factor Rho  61.92 
 
 		 416 aa  482  1e-134  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  decreased coverage  0.0000542218  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_01045  transcription termination factor Rho  40.93 
 
 		 579 aa  473  1e-132  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1339  transcription termination factor Rho  59.07 
 
 		 642 aa  469  1.0000000000000001e-131  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1655  transcription termination factor Rho  60.38 
 
 		 498 aa  471  1.0000000000000001e-131  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.647483  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2174  transcription termination factor Rho  56.38 
 
 		 653 aa  469  1.0000000000000001e-131  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  unclonable  0.000000672374  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1824  transcription termination factor Rho  60 
 
 		 422 aa  463  1e-129  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.0768704 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_23670  transcription termination factor Rho  59.95 
 
 		 685 aa  462  1e-129  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.0108296  normal  0.784338 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3229  transcription termination factor Rho  61.77 
 
 		 415 aa  465  1e-129  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  unclonable  0.0000000548676  normal  0.0477745 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3713  transcription termination factor Rho  60.11 
 
 		 415 aa  462  1e-129  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  unclonable  0.000000184202  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1088  transcription termination factor Rho  59.68 
 
 		 546 aa  460  9.999999999999999e-129  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  decreased coverage  0.00846053  hitchhiker  0.0000000000000541512 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0807  transcription termination factor Rho  59.89 
 
 		 418 aa  460  9.999999999999999e-129  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0658  transcription termination factor Rho  59.89 
 
 		 418 aa  460  9.999999999999999e-129  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5982  transcription termination factor Rho  58.76 
 
 		 419 aa  459  9.999999999999999e-129  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3474  transcription termination factor Rho  58.93 
 
 		 429 aa  460  9.999999999999999e-129  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.169204  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3808  transcription termination factor Rho  60.11 
 
 		 415 aa  461  9.999999999999999e-129  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0407  transcription termination factor Rho  60.75 
 
 		 383 aa  461  9.999999999999999e-129  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3070  transcription termination factor Rho  41.38 
 
 		 615 aa  461  9.999999999999999e-129  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.581675  hitchhiker  0.00476927 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_69190  transcription termination factor Rho  58.76 
 
 		 419 aa  459  9.999999999999999e-129  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2651  transcription termination factor Rho  59.29 
 
 		 415 aa  459  9.999999999999999e-129  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  unclonable  0.0000000111099  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR2064  transcription termination factor Rho  59.03 
 
 		 421 aa  456  1e-127  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.244754  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2695  transcription termination factor Rho  60.11 
 
 		 415 aa  456  1e-127  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000000315458  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1260  transcription termination factor Rho  59.89 
 
 		 422 aa  457  1e-127  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4065  transcription termination factor Rho  59.56 
 
 		 415 aa  458  1e-127  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  unclonable  0.00000000187673  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3656  transcription termination factor Rho  58.97 
 
 		 419 aa  458  1e-127  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.04416  normal  0.624434 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0856  transcription termination factor Rho  59.03 
 
 		 421 aa  456  1e-127  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.447055  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3603  transcription termination factor Rho  56.91 
 
 		 573 aa  457  1e-127  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.177753  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1025  transcription termination factor Rho  58.47 
 
 		 415 aa  456  1e-127  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.0252595  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0298  transcription termination factor Rho  59.89 
 
 		 421 aa  456  1e-127  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0163  transcription termination factor Rho  59.89 
 
 		 421 aa  456  1e-127  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.386148  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU3108  transcription termination factor Rho  59 
 
 		 415 aa  453  1.0000000000000001e-126  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_5214  transcription termination factor Rho  57.95 
 
 		 419 aa  454  1.0000000000000001e-126  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  decreased coverage  0.00426874  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5123  transcription termination factor Rho  57.95 
 
 		 419 aa  454  1.0000000000000001e-126  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.763827 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_5037  transcription termination factor Rho  57.95 
 
 		 419 aa  454  1.0000000000000001e-126  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3206  transcription termination factor Rho  57.97 
 
 		 421 aa  452  1.0000000000000001e-126  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0100  transcription termination factor Rho  59.62 
 
 		 421 aa  454  1.0000000000000001e-126  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.581004  normal  0.035165 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5275  transcription termination factor Rho  57.95 
 
 		 419 aa  454  1.0000000000000001e-126  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1984  transcription termination factor Rho  58.76 
 
 		 418 aa  453  1.0000000000000001e-126  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0376  transcription termination factor Rho  59.28 
 
 		 415 aa  453  1.0000000000000001e-126  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00000395561  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0393  transcription termination factor Rho  59.07 
 
 		 421 aa  453  1.0000000000000001e-126  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.557794 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0292  transcription termination factor Rho  59.34 
 
 		 421 aa  453  1.0000000000000001e-126  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0108  transcription termination factor Rho  59.34 
 
 		 421 aa  453  1.0000000000000001e-126  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.411018  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4391  transcription termination factor Rho  56.8 
 
 		 421 aa  452  1.0000000000000001e-126  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2970  transcription termination factor Rho  57.98 
 
 		 436 aa  454  1.0000000000000001e-126  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_3174  transcription termination factor Rho  58.49 
 
 		 450 aa  454  1.0000000000000001e-126  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  decreased coverage  0.00000371975  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4258  transcription termination factor Rho  57.07 
 
 		 421 aa  450  1e-125  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.884099 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_3376  transcription termination factor Rho  56.68 
 
 		 690 aa  449  1e-125  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  decreased coverage  0.000138614  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5242  transcription termination factor Rho  57.68 
 
 		 419 aa  451  1e-125  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4662  transcription termination factor Rho  56.33 
 
 		 604 aa  451  1e-125  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0301  transcription termination factor Rho  57.68 
 
 		 419 aa  451  1e-125  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3619  transcription termination factor Rho  59.47 
 
 		 418 aa  452  1e-125  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_2173  transcription termination factor Rho  58.02 
 
 		 492 aa  449  1e-125  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3932  transcription termination factor Rho  57.33 
 
 		 421 aa  452  1e-125  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.713144  normal  0.45905 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0428  transcription termination factor Rho  58.79 
 
 		 421 aa  452  1e-125  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1711  transcription termination factor Rho  58.2 
 
 		 437 aa  450  1e-125  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  unclonable  0.0000145962  normal  0.971448 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2560  transcription termination factor Rho  58.59 
 
 		 406 aa  449  1e-125  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.910753  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0002  transcription termination factor Rho  59.07 
 
 		 434 aa  452  1e-125  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  hitchhiker  0.00303251  normal  0.950818 
 
 
-
 
NC_002967  TDE1503  transcription termination factor Rho  57.14 
 
 		 548 aa  448  1.0000000000000001e-124  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  decreased coverage  0.000037905  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0843  transcription termination factor Rho  58.45 
 
 		 415 aa  447  1.0000000000000001e-124  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  unclonable  0.0000000000858809  normal  0.0802102 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>