More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Strop_3646 on replicon NC_009380
Organism: Salinispora tropica CNB-440



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013757  Gobs_4150  transcription termination factor Rho  72.34 
 
 		 747 aa  682    Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1651  transcription termination factor Rho  60.86 
 
 		 704 aa  720    Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.271851  normal  0.770035 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1904  transcription termination factor Rho  78.39 
 
 		 662 aa  642    Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2421  transcription termination factor Rho  64.63 
 
 		 644 aa  654    Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2098  transcription termination factor Rho  77.95 
 
 		 717 aa  658    Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.0421474  normal  0.100446 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3646  transcription termination factor Rho  100 
 
 		 675 aa  1298    Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1008  transcription termination factor Rho  85.83 
 
 		 670 aa  690    Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.588232  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3935  transcription termination factor Rho  79.68 
 
 		 679 aa  654    Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_29930  transcription termination factor Rho  79.32 
 
 		 613 aa  667    Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  0.660333 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4028  transcription termination factor Rho  88.48 
 
 		 688 aa  1030    Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0016816 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3722  transcription termination factor Rho  84.2 
 
 		 698 aa  681    Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.672937  normal  0.45086 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0886  transcription termination factor Rho  79.74 
 
 		 605 aa  652    Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.562598  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6153  transcription termination factor Rho  81.58 
 
 		 709 aa  674    Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.874638  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1301  transcription termination factor Rho  70.37 
 
 		 597 aa  652    Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0633  transcription termination factor Rho  67.22 
 
 		 676 aa  629  1e-179  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.0304997  decreased coverage  0.0015914 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3893  transcription termination factor Rho  76.04 
 
 		 663 aa  628  1e-178  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3967  transcription termination factor Rho  76.04 
 
 		 663 aa  628  1e-178  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.625424 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4345  transcription termination factor Rho  76.52 
 
 		 684 aa  625  1e-178  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0708117 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3879  transcription termination factor Rho  76.04 
 
 		 663 aa  628  1e-178  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.495548 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_11324  transcription termination factor Rho  76.3 
 
 		 602 aa  625  1e-177  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  0.329237  normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1233  transcription termination factor Rho  73.23 
 
 		 653 aa  620  1e-176  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.303183  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0321  transcription termination factor Rho  75.39 
 
 		 662 aa  616  1e-175  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.440265 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2301  transcription termination factor Rho  75.65 
 
 		 691 aa  618  1e-175  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1255  transcription termination factor Rho  74.8 
 
 		 696 aa  610  1e-173  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.864478  normal  0.0460813 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1058  transcription termination factor Rho  72.22 
 
 		 658 aa  602  1e-170  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.534298  normal  1 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_09900  transcription termination factor Rho  71.76 
 
 		 751 aa  589  1e-167  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.215708  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2620  transcription termination factor Rho  71.17 
 
 		 729 aa  589  1e-167  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0110  transcription termination factor Rho  50.44 
 
 		 656 aa  588  1e-166  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2353  transcription termination factor Rho  70.65 
 
 		 711 aa  581  1e-164  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000144518 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1747  transcription termination factor Rho  73.81 
 
 		 578 aa  572  1.0000000000000001e-162  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.179757  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_08060  transcription termination factor Rho  69.41 
 
 		 712 aa  570  1e-161  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_18390  transcription termination factor Rho  65.94 
 
 		 721 aa  567  1e-160  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  1  normal  0.945824 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1284  transcription termination factor Rho  69.45 
 
 		 645 aa  567  1e-160  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  0.287408 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1787  transcription termination factor Rho  69.27 
 
 		 680 aa  561  1e-158  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.810933  normal  1 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_19310  transcription termination factor Rho  66.17 
 
 		 713 aa  552  1e-156  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.650817  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1200  transcription termination factor Rho  68.16 
 
 		 689 aa  541  9.999999999999999e-153  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4746  transcription termination factor Rho  65.85 
 
 		 393 aa  504  1e-141  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_09300  transcription termination factor Rho  49.81 
 
 		 638 aa  470  1.0000000000000001e-131  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  1  normal  0.270012 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1655  transcription termination factor Rho  62.63 
 
 		 498 aa  471  1.0000000000000001e-131  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.647483  n/a   
 
 
-
 
NC_013124  Afer_1811  transcription termination factor Rho  59.85 
 
 		 594 aa  464  1e-129  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.186015  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1088  transcription termination factor Rho  61.46 
 
 		 546 aa  460  9.999999999999999e-129  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  decreased coverage  0.00846053  hitchhiker  0.0000000000000541512 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3222  transcription termination factor Rho  60.66 
 
 		 444 aa  459  9.999999999999999e-129  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.584785  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3710  transcription termination factor Rho  60.38 
 
 		 445 aa  458  1e-127  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.238599  hitchhiker  0.000000242256 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3627  transcription termination factor Rho  59.02 
 
 		 420 aa  454  1.0000000000000001e-126  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.2483  normal  0.795626 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_23670  transcription termination factor Rho  60.6 
 
 		 685 aa  452  1.0000000000000001e-126  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.0108296  normal  0.784338 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3377  transcription termination factor Rho  58.58 
 
 		 416 aa  452  1.0000000000000001e-126  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  decreased coverage  0.0000542218  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2174  transcription termination factor Rho  54.75 
 
 		 653 aa  447  1.0000000000000001e-124  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  unclonable  0.000000672374  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0163  transcription termination factor Rho  58.9 
 
 		 421 aa  442  1e-123  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.386148  normal  1 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1339  transcription termination factor Rho  58.36 
 
 		 642 aa  446  1e-123  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5982  transcription termination factor Rho  59.45 
 
 		 419 aa  443  1e-123  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_69190  transcription termination factor Rho  59.45 
 
 		 419 aa  443  1e-123  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5214  transcription termination factor Rho  59.24 
 
 		 419 aa  441  9.999999999999999e-123  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  decreased coverage  0.00426874  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5275  transcription termination factor Rho  59.24 
 
 		 419 aa  441  9.999999999999999e-123  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0393  transcription termination factor Rho  58.36 
 
 		 421 aa  439  9.999999999999999e-123  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.557794 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0292  transcription termination factor Rho  58.36 
 
 		 421 aa  440  9.999999999999999e-123  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0428  transcription termination factor Rho  58.36 
 
 		 421 aa  439  9.999999999999999e-123  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0108  transcription termination factor Rho  58.36 
 
 		 421 aa  440  9.999999999999999e-123  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.411018  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5123  transcription termination factor Rho  59.24 
 
 		 419 aa  441  9.999999999999999e-123  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.763827 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_5037  transcription termination factor Rho  59.24 
 
 		 419 aa  441  9.999999999999999e-123  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_3376  transcription termination factor Rho  56.36 
 
 		 690 aa  436  1e-121  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  decreased coverage  0.000138614  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5242  transcription termination factor Rho  58.97 
 
 		 419 aa  437  1e-121  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0301  transcription termination factor Rho  58.97 
 
 		 419 aa  437  1e-121  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_01045  transcription termination factor Rho  41.76 
 
 		 579 aa  436  1e-121  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0100  transcription termination factor Rho  58.36 
 
 		 421 aa  437  1e-121  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.581004  normal  0.035165 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0298  transcription termination factor Rho  57.81 
 
 		 421 aa  436  1e-121  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5456  transcription termination factor Rho  58.42 
 
 		 419 aa  432  1e-120  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0234949 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3656  transcription termination factor Rho  58.15 
 
 		 419 aa  434  1e-120  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.04416  normal  0.624434 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0584  transcription termination factor Rho  58.36 
 
 		 419 aa  432  1e-120  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.290432  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3229  transcription termination factor Rho  59.94 
 
 		 415 aa  434  1e-120  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  unclonable  0.0000000548676  normal  0.0477745 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3603  transcription termination factor Rho  49 
 
 		 573 aa  432  1e-120  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.177753  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1824  transcription termination factor Rho  57.1 
 
 		 422 aa  433  1e-120  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.0768704 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0481  transcription termination factor Rho  57.38 
 
 		 420 aa  433  1e-120  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_1377  transcription termination factor Rho  55.97 
 
 		 436 aa  431  1e-119  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0362049  normal  0.0185592 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0499  transcription termination factor Rho  56.64 
 
 		 497 aa  430  1e-119  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  unclonable  0.00000000619502  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3991  transcription termination factor Rho  58.36 
 
 		 421 aa  431  1e-119  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.800219  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1001  transcription termination factor Rho  56.23 
 
 		 436 aa  432  1e-119  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2970  transcription termination factor Rho  55.59 
 
 		 436 aa  429  1e-119  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4662  transcription termination factor Rho  54.01 
 
 		 604 aa  429  1e-119  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2560  transcription termination factor Rho  56.51 
 
 		 406 aa  431  1e-119  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.910753  normal  1 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_2184  transcription termination factor Rho  57.26 
 
 		 418 aa  426  1e-118  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  unclonable  0.000000392995  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_47410  transcription termination factor Rho  60 
 
 		 419 aa  427  1e-118  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0531  transcription termination factor Rho  57.34 
 
 		 701 aa  426  1e-118  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  1  unclonable  0.0000000460455 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_3174  transcription termination factor Rho  57.22 
 
 		 450 aa  428  1e-118  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  decreased coverage  0.00000371975  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3474  transcription termination factor Rho  55.17 
 
 		 429 aa  426  1e-118  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.169204  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5202  transcription termination factor Rho  54.64 
 
 		 602 aa  428  1e-118  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.722557 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A2210  transcription termination factor Rho  57.26 
 
 		 418 aa  426  1e-118  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000000272927  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0677  transcription termination factor Rho  56.35 
 
 		 415 aa  426  1e-118  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  unclonable  0.0000000284119  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2055  transcription termination factor Rho  57.65 
 
 		 419 aa  426  1e-118  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.224008  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4288  transcription termination factor Rho  54.92 
 
 		 428 aa  423  1e-117  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.0673197 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3206  transcription termination factor Rho  55.62 
 
 		 421 aa  423  1e-117  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1553  transcription termination factor Rho  56.79 
 
 		 447 aa  423  1e-117  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  decreased coverage  0.000288549  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0726  transcription termination factor Rho  57.85 
 
 		 417 aa  424  1e-117  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.578535  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4391  transcription termination factor Rho  54.11 
 
 		 421 aa  422  1e-117  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1678  transcription termination factor Rho  54.92 
 
 		 447 aa  423  1e-117  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.0702428  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0367  transcription termination factor Rho  56.16 
 
 		 418 aa  423  1e-117  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.151601 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0725  transcription termination factor Rho  57.85 
 
 		 417 aa  424  1e-117  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0734  transcription termination factor Rho  57.58 
 
 		 437 aa  424  1e-117  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2651  transcription termination factor Rho  56.68 
 
 		 415 aa  425  1e-117  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  unclonable  0.0000000111099  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0309  transcription termination factor Rho  58.42 
 
 		 419 aa  422  1e-117  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.89155  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3713  transcription termination factor Rho  56.13 
 
 		 415 aa  422  1e-117  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  unclonable  0.000000184202  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>