More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rmar_2309 on replicon NC_013501
Organism: Rhodothermus marinus DSM 4252



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013501  Rmar_2309  transcription termination factor Rho  100 
 
 		 518 aa  1043    Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.0139277  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3603  transcription termination factor Rho  52.71 
 
 		 573 aa  571  1e-161  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.177753  normal  1 
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_0264  transcription termination factor Rho  56.17 
 
 		 512 aa  564  1.0000000000000001e-159  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_01045  transcription termination factor Rho  49.05 
 
 		 579 aa  558  1e-158  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5202  transcription termination factor Rho  62.79 
 
 		 602 aa  556  1e-157  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.722557 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1295  transcription termination factor Rho  68.52 
 
 		 750 aa  548  1e-155  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.623564 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1005  transcription termination factor Rho  68.46 
 
 		 576 aa  546  1e-154  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.297296  normal  1 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1756  transcription termination factor Rho  68.21 
 
 		 429 aa  541  1e-153  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.147978  normal  0.349316 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0323  transcription termination factor Rho  67.81 
 
 		 429 aa  543  1e-153  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.0180092  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1711  transcription termination factor Rho  67.91 
 
 		 437 aa  545  1e-153  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  unclonable  0.0000145962  normal  0.971448 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0391  transcription termination factor Rho  68.18 
 
 		 429 aa  544  1e-153  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  hitchhiker  0.0000000575661  normal  0.0124015 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0424  transcription termination factor Rho  67.29 
 
 		 429 aa  540  9.999999999999999e-153  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  decreased coverage  0.00623615  normal  0.0254414 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3808  transcription termination factor Rho  67.11 
 
 		 415 aa  538  9.999999999999999e-153  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3713  transcription termination factor Rho  67.11 
 
 		 415 aa  538  9.999999999999999e-153  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  unclonable  0.000000184202  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2695  transcription termination factor Rho  68.46 
 
 		 415 aa  540  9.999999999999999e-153  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000000315458  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3229  transcription termination factor Rho  67.73 
 
 		 415 aa  539  9.999999999999999e-153  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  unclonable  0.0000000548676  normal  0.0477745 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0843  transcription termination factor Rho  69.11 
 
 		 415 aa  541  9.999999999999999e-153  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  unclonable  0.0000000000858809  normal  0.0802102 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0393  transcription termination factor Rho  68.36 
 
 		 429 aa  541  9.999999999999999e-153  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.023811  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0459  transcription termination factor Rho  68.21 
 
 		 429 aa  536  1e-151  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3070  transcription termination factor Rho  63.05 
 
 		 615 aa  538  1e-151  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.581675  hitchhiker  0.00476927 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0677  transcription termination factor Rho  68.56 
 
 		 415 aa  538  1e-151  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  unclonable  0.0000000284119  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU3108  transcription termination factor Rho  66.31 
 
 		 415 aa  534  1e-150  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0376  transcription termination factor Rho  66.31 
 
 		 415 aa  532  1e-150  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00000395561  normal  1 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0427  transcription termination factor Rho  67.02 
 
 		 429 aa  533  1e-150  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  decreased coverage  0.000196448  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4662  transcription termination factor Rho  65.23 
 
 		 604 aa  534  1e-150  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2130  transcription termination factor Rho  66.49 
 
 		 503 aa  529  1e-149  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  hitchhiker  0.00148034  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1025  transcription termination factor Rho  66.04 
 
 		 415 aa  529  1e-149  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.0252595  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4065  transcription termination factor Rho  65.78 
 
 		 415 aa  529  1e-149  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  unclonable  0.00000000187673  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1456  transcription termination factor Rho  67.66 
 
 		 431 aa  529  1e-149  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  hitchhiker  0.00134709  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0491  transcription termination factor Rho  67.21 
 
 		 416 aa  528  1e-149  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000212536 
 
 
-
 
NC_002967  TDE1503  transcription termination factor Rho  66.67 
 
 		 548 aa  527  1e-148  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  decreased coverage  0.000037905  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1562  transcription termination factor Rho  66.49 
 
 		 449 aa  523  1e-147  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.135636  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0734  transcription termination factor Rho  66.85 
 
 		 437 aa  520  1e-146  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2651  transcription termination factor Rho  65.51 
 
 		 415 aa  520  1e-146  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  unclonable  0.0000000111099  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0856  transcription termination factor Rho  65.14 
 
 		 421 aa  515  1.0000000000000001e-145  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.447055  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0658  transcription termination factor Rho  66.94 
 
 		 418 aa  516  1.0000000000000001e-145  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1260  transcription termination factor Rho  65.41 
 
 		 422 aa  515  1.0000000000000001e-145  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0690  transcription termination factor Rho  66.85 
 
 		 437 aa  518  1.0000000000000001e-145  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0807  transcription termination factor Rho  66.94 
 
 		 418 aa  516  1.0000000000000001e-145  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1778  transcription termination factor Rho  48.21 
 
 		 549 aa  516  1.0000000000000001e-145  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR2064  transcription termination factor Rho  65.14 
 
 		 421 aa  514  1e-144  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.244754  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3619  transcription termination factor Rho  65.14 
 
 		 418 aa  514  1e-144  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0726  transcription termination factor Rho  66.57 
 
 		 417 aa  513  1e-144  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.578535  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0725  transcription termination factor Rho  66.57 
 
 		 417 aa  513  1e-144  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1984  transcription termination factor Rho  65.14 
 
 		 418 aa  513  1e-144  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0120  transcription termination factor Rho  64.5 
 
 		 418 aa  508  1e-143  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.342043  n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0499  transcription termination factor Rho  65.4 
 
 		 497 aa  509  1e-143  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  unclonable  0.00000000619502  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4258  transcription termination factor Rho  64.32 
 
 		 421 aa  510  1e-143  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.884099 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3474  transcription termination factor Rho  64.59 
 
 		 429 aa  510  1e-143  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.169204  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1824  transcription termination factor Rho  64.44 
 
 		 422 aa  511  1e-143  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.0768704 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1968  transcription termination factor Rho  61.1 
 
 		 435 aa  505  9.999999999999999e-143  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.6615 
 
 
-
 
NC_002950  PG0332  transcription termination factor Rho  62.77 
 
 		 658 aa  507  9.999999999999999e-143  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3932  transcription termination factor Rho  64.05 
 
 		 421 aa  507  9.999999999999999e-143  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.713144  normal  0.45905 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0163  transcription termination factor Rho  64.59 
 
 		 421 aa  505  9.999999999999999e-143  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.386148  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4391  transcription termination factor Rho  63.24 
 
 		 421 aa  507  9.999999999999999e-143  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0009  transcription termination factor Rho  65.14 
 
 		 421 aa  508  9.999999999999999e-143  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  decreased coverage  0.000000017892  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3206  transcription termination factor Rho  63.78 
 
 		 421 aa  507  9.999999999999999e-143  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4288  transcription termination factor Rho  63.24 
 
 		 428 aa  501  1e-141  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.0673197 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2835  transcription termination factor Rho  63.14 
 
 		 418 aa  502  1e-141  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.182498 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1226  transcription termination factor Rho  63.98 
 
 		 424 aa  504  1e-141  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0100  transcription termination factor Rho  64.05 
 
 		 421 aa  502  1e-141  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.581004  normal  0.035165 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0298  transcription termination factor Rho  64.59 
 
 		 421 aa  504  1e-141  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0393  transcription termination factor Rho  64.05 
 
 		 421 aa  502  1e-141  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.557794 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0292  transcription termination factor Rho  64.05 
 
 		 421 aa  503  1e-141  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0428  transcription termination factor Rho  64.05 
 
 		 421 aa  503  1e-141  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0108  transcription termination factor Rho  63.78 
 
 		 421 aa  501  1e-141  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.411018  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0137  transcription termination factor Rho  61.81 
 
 		 421 aa  502  1e-141  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.000246562  normal  0.597575 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1678  transcription termination factor Rho  62.73 
 
 		 447 aa  499  1e-140  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.0702428  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0470  transcription termination factor Rho  62.67 
 
 		 414 aa  500  1e-140  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.00000467448  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5242  transcription termination factor Rho  64.84 
 
 		 419 aa  498  1e-140  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2174  transcription termination factor Rho  64.92 
 
 		 653 aa  499  1e-140  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  unclonable  0.000000672374  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0301  transcription termination factor Rho  64.84 
 
 		 419 aa  498  1e-140  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1001  transcription termination factor Rho  62.97 
 
 		 436 aa  499  1e-140  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0679  transcription termination factor Rho  63.21 
 
 		 439 aa  501  1e-140  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000809271  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5982  transcription termination factor Rho  64.84 
 
 		 419 aa  498  1e-140  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_2184  transcription termination factor Rho  63.59 
 
 		 418 aa  499  1e-140  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  unclonable  0.000000392995  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A2210  transcription termination factor Rho  63.59 
 
 		 418 aa  499  1e-140  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000000272927  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2845  transcription termination factor Rho  63.14 
 
 		 418 aa  499  1e-140  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.495163  normal  0.0341841 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0059  transcription termination factor Rho  66.94 
 
 		 436 aa  501  1e-140  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.121136  hitchhiker  0.0035916 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_69190  transcription termination factor Rho  64.84 
 
 		 419 aa  498  1e-140  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5214  transcription termination factor Rho  64.29 
 
 		 419 aa  495  1e-139  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  decreased coverage  0.00426874  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_3174  transcription termination factor Rho  65.04 
 
 		 450 aa  495  1e-139  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  decreased coverage  0.00000371975  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3081  transcription termination factor Rho  62.7 
 
 		 484 aa  497  1e-139  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2892  transcription termination factor Rho  64.21 
 
 		 422 aa  495  1e-139  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1377  transcription termination factor Rho  62.7 
 
 		 436 aa  498  1e-139  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0362049  normal  0.0185592 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0978  transcription termination factor Rho  64.42 
 
 		 423 aa  497  1e-139  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000458631  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5456  transcription termination factor Rho  64.84 
 
 		 419 aa  496  1e-139  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0234949 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1231  transcription termination factor Rho  64.21 
 
 		 422 aa  495  1e-139  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.287939  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3567  transcription termination factor Rho  64.15 
 
 		 422 aa  498  1e-139  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.235782  normal  0.891828 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1842  transcription termination factor Rho  62.2 
 
 		 447 aa  495  1e-139  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.205012  normal  0.660399 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_5037  transcription termination factor Rho  64.29 
 
 		 419 aa  495  1e-139  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5123  transcription termination factor Rho  64.29 
 
 		 419 aa  495  1e-139  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.763827 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5275  transcription termination factor Rho  64.29 
 
 		 419 aa  495  1e-139  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0367  transcription termination factor Rho  63.32 
 
 		 418 aa  496  1e-139  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.151601 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2408  transcription termination factor Rho  65.76 
 
 		 425 aa  495  1e-139  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  decreased coverage  0.00000414081  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1990  transcription termination factor Rho  63.32 
 
 		 435 aa  492  9.999999999999999e-139  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3656  transcription termination factor Rho  62.97 
 
 		 419 aa  491  9.999999999999999e-139  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.04416  normal  0.624434 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1853  transcription termination factor Rho  63.86 
 
 		 420 aa  492  9.999999999999999e-139  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.344697  normal  0.110087 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2668  transcription termination factor Rho  63.66 
 
 		 422 aa  493  9.999999999999999e-139  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.169241  normal  0.40239 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0002  transcription termination factor Rho  63.93 
 
 		 434 aa  492  9.999999999999999e-139  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  hitchhiker  0.00303251  normal  0.950818 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>