More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene CHU_3603 on replicon NC_008255
Organism: Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_014230  CA2559_01045  transcription termination factor Rho  55.54 
 
 
579 aa  644    Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5202  transcription termination factor Rho  61.79 
 
 
602 aa  700    Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal  0.722557 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3603  transcription termination factor Rho  100 
 
 
573 aa  1169    Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.177753  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1295  transcription termination factor Rho  76.92 
 
 
750 aa  665    Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.623564 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3070  transcription termination factor Rho  54.52 
 
 
615 aa  629  1e-179  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.581675  hitchhiker  0.00476927 
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_0264  transcription termination factor Rho  77.81 
 
 
512 aa  628  1e-179  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1005  transcription termination factor Rho  74.46 
 
 
576 aa  610  1e-173  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.297296  normal 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4662  transcription termination factor Rho  73.32 
 
 
604 aa  598  1e-170  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1778  transcription termination factor Rho  52.41 
 
 
549 aa  586  1e-166  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PG0332  transcription termination factor Rho  68.77 
 
 
658 aa  573  1.0000000000000001e-162  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2309  transcription termination factor Rho  52.18 
 
 
518 aa  561  1e-158  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.0139277  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3808  transcription termination factor Rho  69.81 
 
 
415 aa  553  1e-156  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3713  transcription termination factor Rho  69.81 
 
 
415 aa  554  1e-156  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  unclonable  0.000000184202  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0391  transcription termination factor Rho  69.02 
 
 
429 aa  548  1e-154  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  hitchhiker  0.0000000575661  normal  0.0124015 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0424  transcription termination factor Rho  66.14 
 
 
429 aa  541  1e-153  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  decreased coverage  0.00623615  normal  0.0254414 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1756  transcription termination factor Rho  66.14 
 
 
429 aa  544  1e-153  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.147978  normal  0.349316 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0323  transcription termination factor Rho  68.21 
 
 
429 aa  542  1e-153  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.0180092  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE1503  transcription termination factor Rho  67.48 
 
 
548 aa  540  9.999999999999999e-153  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  decreased coverage  0.000037905  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0427  transcription termination factor Rho  66.23 
 
 
429 aa  540  9.999999999999999e-153  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  decreased coverage  0.000196448  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2651  transcription termination factor Rho  67.92 
 
 
415 aa  539  9.999999999999999e-153  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  unclonable  0.0000000111099  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0393  transcription termination factor Rho  67.12 
 
 
429 aa  540  9.999999999999999e-153  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.023811  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU3108  transcription termination factor Rho  67.39 
 
 
415 aa  535  1e-151  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0459  transcription termination factor Rho  67.39 
 
 
429 aa  538  1e-151  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4065  transcription termination factor Rho  67.92 
 
 
415 aa  536  1e-151  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  unclonable  0.00000000187673  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2695  transcription termination factor Rho  67.92 
 
 
415 aa  534  1e-150  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000000315458  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3229  transcription termination factor Rho  66.85 
 
 
415 aa  534  1e-150  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  unclonable  0.0000000548676  normal  0.0477745 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1025  transcription termination factor Rho  67.12 
 
 
415 aa  534  1e-150  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.0252595  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0376  transcription termination factor Rho  66.85 
 
 
415 aa  531  1e-149  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00000395561  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1711  transcription termination factor Rho  66.85 
 
 
437 aa  529  1e-149  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  unclonable  0.0000145962  normal  0.971448 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0658  transcription termination factor Rho  66.67 
 
 
418 aa  525  1e-148  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0807  transcription termination factor Rho  66.67 
 
 
418 aa  525  1e-148  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3619  transcription termination factor Rho  64.63 
 
 
418 aa  521  1e-146  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0393  transcription termination factor Rho  64.47 
 
 
421 aa  516  1.0000000000000001e-145  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.557794 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0292  transcription termination factor Rho  63.68 
 
 
421 aa  515  1.0000000000000001e-145  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0428  transcription termination factor Rho  64.47 
 
 
421 aa  517  1.0000000000000001e-145  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0108  transcription termination factor Rho  63.68 
 
 
421 aa  515  1.0000000000000001e-145  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.411018  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0843  transcription termination factor Rho  64.23 
 
 
415 aa  514  1e-144  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  unclonable  0.0000000000858809  normal  0.0802102 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1824  transcription termination factor Rho  64.86 
 
 
422 aa  514  1e-144  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.0768704 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1260  transcription termination factor Rho  62.63 
 
 
422 aa  512  1e-144  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0100  transcription termination factor Rho  63.68 
 
 
421 aa  514  1e-144  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.581004  normal  0.035165 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4258  transcription termination factor Rho  65.41 
 
 
421 aa  513  1e-144  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.884099 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0298  transcription termination factor Rho  64.47 
 
 
421 aa  514  1e-144  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_5214  transcription termination factor Rho  65.22 
 
 
419 aa  509  1e-143  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  decreased coverage  0.00426874  normal 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0856  transcription termination factor Rho  64.5 
 
 
421 aa  509  1e-143  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.447055  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR2064  transcription termination factor Rho  64.77 
 
 
421 aa  509  1e-143  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.244754  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5242  transcription termination factor Rho  65.49 
 
 
419 aa  511  1e-143  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0301  transcription termination factor Rho  65.49 
 
 
419 aa  511  1e-143  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_5037  transcription termination factor Rho  65.22 
 
 
419 aa  509  1e-143  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2592  transcription termination factor Rho  64.67 
 
 
418 aa  509  1e-143  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  0.00987626  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5456  transcription termination factor Rho  65.22 
 
 
419 aa  510  1e-143  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.0234949 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0163  transcription termination factor Rho  63.68 
 
 
421 aa  511  1e-143  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.386148  normal 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2085  transcription termination factor Rho  65.49 
 
 
419 aa  510  1e-143  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5275  transcription termination factor Rho  65.22 
 
 
419 aa  509  1e-143  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5123  transcription termination factor Rho  65.22 
 
 
419 aa  509  1e-143  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.763827 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0470  transcription termination factor Rho  63.61 
 
 
414 aa  510  1e-143  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.00000467448  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5982  transcription termination factor Rho  64.95 
 
 
419 aa  509  1e-143  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3991  transcription termination factor Rho  64.59 
 
 
421 aa  508  1e-143  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.800219  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3474  transcription termination factor Rho  65.58 
 
 
429 aa  511  1e-143  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.169204  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_69190  transcription termination factor Rho  64.95 
 
 
419 aa  509  1e-143  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0137  transcription termination factor Rho  59.8 
 
 
421 aa  511  1e-143  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.000246562  normal  0.597575 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3206  transcription termination factor Rho  63.96 
 
 
421 aa  506  9.999999999999999e-143  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3656  transcription termination factor Rho  64.4 
 
 
419 aa  506  9.999999999999999e-143  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.04416  normal  0.624434 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2290  transcription termination factor Rho  64.4 
 
 
419 aa  505  9.999999999999999e-143  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  decreased coverage  0.000000767102  normal  0.288713 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4391  transcription termination factor Rho  63.41 
 
 
421 aa  505  9.999999999999999e-143  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3932  transcription termination factor Rho  64.5 
 
 
421 aa  508  9.999999999999999e-143  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.713144  normal  0.45905 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1984  transcription termination factor Rho  64.5 
 
 
418 aa  506  9.999999999999999e-143  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2970  transcription termination factor Rho  62.33 
 
 
436 aa  506  9.999999999999999e-143  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0009  transcription termination factor Rho  64.5 
 
 
421 aa  503  1e-141  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  decreased coverage  0.000000017892  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002098  transcription termination factor Rho  65.22 
 
 
419 aa  503  1e-141  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.000734863  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0677  transcription termination factor Rho  63.41 
 
 
415 aa  502  1e-141  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  unclonable  0.0000000284119  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3081  transcription termination factor Rho  63.86 
 
 
484 aa  504  1e-141  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1308  transcription termination factor Rho  62.47 
 
 
420 aa  502  1e-141  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1968  transcription termination factor Rho  60.67 
 
 
435 aa  502  1e-141  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal  0.6615 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3567  transcription termination factor Rho  64.05 
 
 
422 aa  504  1e-141  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.235782  normal  0.891828 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0367  transcription termination factor Rho  63.59 
 
 
418 aa  502  1e-141  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal  0.151601 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2699  transcription termination factor Rho  65.22 
 
 
419 aa  503  1e-141  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000370225  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2532  transcription termination factor Rho  61.94 
 
 
422 aa  500  1e-140  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1187  transcription termination factor Rho  62.77 
 
 
420 aa  498  1e-140  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.386655  normal  0.481707 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0405  transcription termination factor Rho  64.67 
 
 
421 aa  499  1e-140  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2130  transcription termination factor Rho  62.97 
 
 
503 aa  501  1e-140  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  hitchhiker  0.00148034  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2174  transcription termination factor Rho  64.92 
 
 
653 aa  499  1e-140  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  unclonable  0.000000672374  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1226  transcription termination factor Rho  61.84 
 
 
424 aa  501  1e-140  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00570  transcription termination factor Rho  64.95 
 
 
421 aa  501  1e-140  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.576624  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2135  transcription termination factor Rho  63.84 
 
 
420 aa  498  1e-140  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0173843  normal  0.544833 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0358  transcription termination factor Rho  63.32 
 
 
419 aa  500  1e-140  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.956758  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0638  transcription termination factor Rho  62.19 
 
 
420 aa  499  1e-140  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_2158  transcription termination factor Rho  63.34 
 
 
564 aa  499  1e-140  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.156319  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2469  transcription termination factor Rho  63.59 
 
 
419 aa  499  1e-140  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002620  TC0778  transcription termination factor Rho  63.32 
 
 
419 aa  498  1e-139  Chlamydia muridarum Nigg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00336  transcription termination factor Rho  64.13 
 
 
419 aa  498  1e-139  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0176  transcription termination factor Rho  64.34 
 
 
419 aa  498  1e-139  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2055  transcription termination factor Rho  63.14 
 
 
419 aa  496  1e-139  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.224008  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2118  transcription termination factor Rho  63.32 
 
 
420 aa  498  1e-139  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.299268  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2217  transcription termination factor Rho  63.29 
 
 
420 aa  496  1e-139  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0809447  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0120  transcription termination factor Rho  62.33 
 
 
418 aa  498  1e-139  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.342043  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0042  transcription termination factor Rho  63.01 
 
 
420 aa  496  1e-139  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.133554  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2248  transcription termination factor Rho  63.29 
 
 
420 aa  497  1e-139  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.336797  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A2210  transcription termination factor Rho  62.43 
 
 
418 aa  495  1e-139  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000000272927  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2835  transcription termination factor Rho  62.6 
 
 
418 aa  497  1e-139  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.182498 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2210  transcription termination factor Rho  63.29 
 
 
420 aa  497  1e-139  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.171913  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>