More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Cpin_1005 on replicon NC_013132
Organism: Chitinophaga pinensis DSM 2588



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013132  Cpin_1005  transcription termination factor Rho  100 
 
 		 576 aa  1166    Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.297296  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3070  transcription termination factor Rho  81.02 
 
 		 615 aa  650    Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.581675  hitchhiker  0.00476927 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3603  transcription termination factor Rho  56.14 
 
 		 573 aa  639    Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.177753  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5202  transcription termination factor Rho  58.66 
 
 		 602 aa  674    Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.722557 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1295  transcription termination factor Rho  70.92 
 
 		 750 aa  628  1e-179  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.623564 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_01045  transcription termination factor Rho  55.39 
 
 		 579 aa  617  1e-175  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PG0332  transcription termination factor Rho  51.89 
 
 		 658 aa  601  1e-170  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4662  transcription termination factor Rho  75.34 
 
 		 604 aa  600  1e-170  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_0264  transcription termination factor Rho  71.72 
 
 		 512 aa  592  1e-168  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1778  transcription termination factor Rho  72 
 
 		 549 aa  574  1.0000000000000001e-162  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2309  transcription termination factor Rho  68.46 
 
 		 518 aa  548  1e-154  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.0139277  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3808  transcription termination factor Rho  68.19 
 
 		 415 aa  535  1e-151  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3713  transcription termination factor Rho  68.19 
 
 		 415 aa  536  1e-151  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  unclonable  0.000000184202  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0391  transcription termination factor Rho  68.75 
 
 		 429 aa  533  1e-150  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  hitchhiker  0.0000000575661  normal  0.0124015 
 
 
-
 
NC_002939  GSU3108  transcription termination factor Rho  67.65 
 
 		 415 aa  528  1e-148  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1756  transcription termination factor Rho  67.12 
 
 		 429 aa  526  1e-148  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.147978  normal  0.349316 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4065  transcription termination factor Rho  66.85 
 
 		 415 aa  525  1e-148  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  unclonable  0.00000000187673  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1025  transcription termination factor Rho  66.58 
 
 		 415 aa  523  1e-147  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.0252595  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0323  transcription termination factor Rho  67.12 
 
 		 429 aa  524  1e-147  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.0180092  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0424  transcription termination factor Rho  67.12 
 
 		 429 aa  523  1e-147  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  decreased coverage  0.00623615  normal  0.0254414 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0376  transcription termination factor Rho  66.85 
 
 		 415 aa  523  1e-147  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00000395561  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1711  transcription termination factor Rho  65.5 
 
 		 437 aa  525  1e-147  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  unclonable  0.0000145962  normal  0.971448 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0393  transcription termination factor Rho  66.4 
 
 		 429 aa  523  1e-147  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.023811  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0427  transcription termination factor Rho  66.67 
 
 		 429 aa  520  1e-146  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  decreased coverage  0.000196448  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3229  transcription termination factor Rho  66.04 
 
 		 415 aa  519  1e-146  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  unclonable  0.0000000548676  normal  0.0477745 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0459  transcription termination factor Rho  66.3 
 
 		 429 aa  518  1.0000000000000001e-145  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2651  transcription termination factor Rho  65.77 
 
 		 415 aa  518  1.0000000000000001e-145  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  unclonable  0.0000000111099  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0843  transcription termination factor Rho  63.96 
 
 		 415 aa  513  1e-144  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  unclonable  0.0000000000858809  normal  0.0802102 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2695  transcription termination factor Rho  65.77 
 
 		 415 aa  515  1e-144  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000000315458  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE1503  transcription termination factor Rho  64.77 
 
 		 548 aa  505  9.999999999999999e-143  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  decreased coverage  0.000037905  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0677  transcription termination factor Rho  63.14 
 
 		 415 aa  505  9.999999999999999e-143  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  unclonable  0.0000000284119  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0137  transcription termination factor Rho  64.17 
 
 		 421 aa  505  9.999999999999999e-143  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.000246562  normal  0.597575 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3619  transcription termination factor Rho  63.64 
 
 		 418 aa  504  1e-141  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0470  transcription termination factor Rho  63.02 
 
 		 414 aa  502  1e-141  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.00000467448  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0658  transcription termination factor Rho  65.58 
 
 		 418 aa  505  1e-141  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0807  transcription termination factor Rho  65.58 
 
 		 418 aa  505  1e-141  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004310  BR2064  transcription termination factor Rho  63.96 
 
 		 421 aa  498  1e-140  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.244754  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1260  transcription termination factor Rho  63.41 
 
 		 422 aa  496  1e-139  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3932  transcription termination factor Rho  63.69 
 
 		 421 aa  496  1e-139  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.713144  normal  0.45905 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0100  transcription termination factor Rho  63.14 
 
 		 421 aa  495  1e-139  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.581004  normal  0.035165 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0298  transcription termination factor Rho  63.69 
 
 		 421 aa  497  1e-139  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0393  transcription termination factor Rho  63.41 
 
 		 421 aa  496  1e-139  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.557794 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0009  transcription termination factor Rho  64.23 
 
 		 421 aa  497  1e-139  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  decreased coverage  0.000000017892  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1824  transcription termination factor Rho  63.24 
 
 		 422 aa  496  1e-139  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.0768704 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0428  transcription termination factor Rho  63.41 
 
 		 421 aa  497  1e-139  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0108  transcription termination factor Rho  63.14 
 
 		 421 aa  496  1e-139  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.411018  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0856  transcription termination factor Rho  63.69 
 
 		 421 aa  497  1e-139  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.447055  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3474  transcription termination factor Rho  63.41 
 
 		 429 aa  498  1e-139  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.169204  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1984  transcription termination factor Rho  63.69 
 
 		 418 aa  495  1e-139  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3206  transcription termination factor Rho  63.14 
 
 		 421 aa  494  9.999999999999999e-139  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2130  transcription termination factor Rho  63.24 
 
 		 503 aa  494  9.999999999999999e-139  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  hitchhiker  0.00148034  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0163  transcription termination factor Rho  63.41 
 
 		 421 aa  493  9.999999999999999e-139  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.386148  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0292  transcription termination factor Rho  62.87 
 
 		 421 aa  494  9.999999999999999e-139  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3567  transcription termination factor Rho  63.51 
 
 		 422 aa  493  9.999999999999999e-139  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.235782  normal  0.891828 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4391  transcription termination factor Rho  62.6 
 
 		 421 aa  493  9.999999999999999e-139  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1001  transcription termination factor Rho  62.87 
 
 		 436 aa  493  9.999999999999999e-139  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4258  transcription termination factor Rho  63.41 
 
 		 421 aa  494  9.999999999999999e-139  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.884099 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2835  transcription termination factor Rho  62.87 
 
 		 418 aa  489  1e-137  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.182498 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1678  transcription termination factor Rho  62.06 
 
 		 447 aa  488  1e-137  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.0702428  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2532  transcription termination factor Rho  62.97 
 
 		 422 aa  489  1e-137  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4288  transcription termination factor Rho  62.6 
 
 		 428 aa  492  1e-137  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.0673197 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1377  transcription termination factor Rho  62.33 
 
 		 436 aa  491  1e-137  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0362049  normal  0.0185592 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1456  transcription termination factor Rho  62.7 
 
 		 431 aa  488  1e-136  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  hitchhiker  0.00134709  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0491  transcription termination factor Rho  61.89 
 
 		 416 aa  485  1e-136  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000212536 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2845  transcription termination factor Rho  62.06 
 
 		 418 aa  486  1e-136  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.495163  normal  0.0341841 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2970  transcription termination factor Rho  61.92 
 
 		 436 aa  486  1e-136  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0734  transcription termination factor Rho  60.46 
 
 		 437 aa  488  1e-136  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1562  transcription termination factor Rho  62.16 
 
 		 449 aa  486  1e-136  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.135636  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2592  transcription termination factor Rho  61.68 
 
 		 418 aa  483  1e-135  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  0.00987626  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1842  transcription termination factor Rho  61.79 
 
 		 447 aa  484  1e-135  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.205012  normal  0.660399 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2085  transcription termination factor Rho  61.68 
 
 		 419 aa  482  1e-135  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0120  transcription termination factor Rho  61.79 
 
 		 418 aa  483  1e-135  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.342043  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1968  transcription termination factor Rho  59.13 
 
 		 435 aa  484  1e-135  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.6615 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1563  transcription termination factor Rho  61.79 
 
 		 506 aa  484  1e-135  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.657404 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1226  transcription termination factor Rho  60.53 
 
 		 424 aa  482  1e-135  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0726  transcription termination factor Rho  62.3 
 
 		 417 aa  481  1e-134  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.578535  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_2184  transcription termination factor Rho  60.54 
 
 		 418 aa  481  1e-134  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  unclonable  0.000000392995  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0725  transcription termination factor Rho  62.3 
 
 		 417 aa  481  1e-134  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0690  transcription termination factor Rho  62.02 
 
 		 437 aa  480  1e-134  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A2210  transcription termination factor Rho  60.54 
 
 		 418 aa  481  1e-134  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000000272927  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2118  transcription termination factor Rho  60.55 
 
 		 420 aa  476  1e-133  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.299268  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3081  transcription termination factor Rho  60.6 
 
 		 484 aa  476  1e-133  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2699  transcription termination factor Rho  61.14 
 
 		 419 aa  476  1e-133  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000370225  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2290  transcription termination factor Rho  60.33 
 
 		 419 aa  476  1e-133  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  decreased coverage  0.000000767102  normal  0.288713 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2174  transcription termination factor Rho  61.43 
 
 		 653 aa  473  1e-132  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  unclonable  0.000000672374  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2998  transcription termination factor Rho  60.87 
 
 		 419 aa  474  1e-132  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.0194587  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2196  transcription termination factor Rho  60.55 
 
 		 420 aa  472  1e-132  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.430526  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3656  transcription termination factor Rho  60.87 
 
 		 419 aa  473  1e-132  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.04416  normal  0.624434 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2135  transcription termination factor Rho  60.55 
 
 		 420 aa  473  1e-132  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0173843  normal  0.544833 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0059  transcription termination factor Rho  61.32 
 
 		 436 aa  474  1e-132  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.121136  hitchhiker  0.0035916 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_1864  transcription termination factor Rho  61.6 
 
 		 496 aa  474  1e-132  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  0.462467  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_3599  transcription termination factor Rho  60.16 
 
 		 470 aa  472  1e-132  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.240092  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1740  transcription termination factor Rho  60 
 
 		 420 aa  469  1.0000000000000001e-131  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.318458  normal  0.139414 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2248  transcription termination factor Rho  60.27 
 
 		 420 aa  471  1.0000000000000001e-131  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.336797  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1855  transcription termination factor Rho  60 
 
 		 420 aa  469  1.0000000000000001e-131  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.593752  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0301  transcription termination factor Rho  61.08 
 
 		 419 aa  471  1.0000000000000001e-131  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1853  transcription termination factor Rho  60 
 
 		 420 aa  469  1.0000000000000001e-131  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.344697  normal  0.110087 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0042  transcription termination factor Rho  60 
 
 		 420 aa  469  1.0000000000000001e-131  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.133554  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2899  transcription termination factor Rho  60.27 
 
 		 420 aa  472  1.0000000000000001e-131  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.321036  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0638  transcription termination factor Rho  58.9 
 
 		 420 aa  469  1.0000000000000001e-131  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>