More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Plim_3599 on replicon NC_014148
Organism: Planctomyces limnophilus DSM 3776



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_014148  Plim_3599  transcription termination factor Rho  100 
 
 
470 aa  961    Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.240092  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3808  transcription termination factor Rho  66.19 
 
 
415 aa  577  1.0000000000000001e-163  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3713  transcription termination factor Rho  66.19 
 
 
415 aa  577  1.0000000000000001e-163  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  unclonable  0.000000184202  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1711  transcription termination factor Rho  61.33 
 
 
437 aa  573  1.0000000000000001e-162  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  unclonable  0.0000145962  normal  0.971448 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4065  transcription termination factor Rho  66.19 
 
 
415 aa  570  1e-161  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  unclonable  0.00000000187673  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1025  transcription termination factor Rho  66.19 
 
 
415 aa  570  1e-161  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.0252595  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU3108  transcription termination factor Rho  65.23 
 
 
415 aa  567  1e-160  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2651  transcription termination factor Rho  65.47 
 
 
415 aa  566  1e-160  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  unclonable  0.0000000111099  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2695  transcription termination factor Rho  64.75 
 
 
415 aa  562  1.0000000000000001e-159  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000000315458  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0376  transcription termination factor Rho  64.75 
 
 
415 aa  563  1.0000000000000001e-159  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00000395561  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3229  transcription termination factor Rho  64.1 
 
 
415 aa  564  1.0000000000000001e-159  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  unclonable  0.0000000548676  normal  0.0477745 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2130  transcription termination factor Rho  61.45 
 
 
503 aa  555  1e-157  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  hitchhiker  0.00148034  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0843  transcription termination factor Rho  62.83 
 
 
415 aa  553  1e-156  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  unclonable  0.0000000000858809  normal  0.0802102 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0491  transcription termination factor Rho  62.35 
 
 
416 aa  553  1e-156  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000212536 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0470  transcription termination factor Rho  63.07 
 
 
414 aa  548  1e-155  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.00000467448  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1562  transcription termination factor Rho  60.51 
 
 
449 aa  551  1e-155  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.135636  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0358  transcription termination factor Rho  63.72 
 
 
419 aa  545  1e-154  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.956758  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0677  transcription termination factor Rho  61.39 
 
 
415 aa  545  1e-154  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  unclonable  0.0000000284119  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0137  transcription termination factor Rho  62.29 
 
 
421 aa  545  1e-154  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.000246562  normal  0.597575 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2592  transcription termination factor Rho  63.25 
 
 
418 aa  541  1e-153  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  0.00987626  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2469  transcription termination factor Rho  61.37 
 
 
419 aa  541  1e-153  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1824  transcription termination factor Rho  62.56 
 
 
422 aa  544  1e-153  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.0768704 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4246  transcription termination factor Rho  61.61 
 
 
419 aa  535  1e-151  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4128  transcription termination factor Rho  61.61 
 
 
419 aa  535  1e-151  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4197  transcription termination factor Rho  61.61 
 
 
419 aa  535  1e-151  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4143  transcription termination factor Rho  61.61 
 
 
419 aa  535  1e-151  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0204  transcription termination factor Rho  62.09 
 
 
419 aa  536  1e-151  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_2184  transcription termination factor Rho  62.05 
 
 
418 aa  535  1e-151  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  unclonable  0.000000392995  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1968  transcription termination factor Rho  59.73 
 
 
435 aa  538  1e-151  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal  0.6615 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4305  transcription termination factor Rho  61.61 
 
 
419 aa  535  1e-151  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2290  transcription termination factor Rho  61.81 
 
 
419 aa  535  1e-151  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  decreased coverage  0.000000767102  normal  0.288713 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00570  transcription termination factor Rho  62.05 
 
 
421 aa  537  1e-151  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.576624  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A2210  transcription termination factor Rho  62.05 
 
 
418 aa  535  1e-151  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000000272927  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1456  transcription termination factor Rho  61.1 
 
 
431 aa  537  1e-151  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  hitchhiker  0.00134709  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_4194  transcription termination factor Rho  61.61 
 
 
419 aa  533  1e-150  Escherichia coli DH1  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000794569  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3999  transcription termination factor Rho  61.61 
 
 
419 aa  533  1e-150  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0056  transcription termination factor Rho  62.05 
 
 
418 aa  533  1e-150  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.624347  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_4003  transcription termination factor Rho  62.09 
 
 
419 aa  533  1e-150  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.499603  normal  0.016258 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4011  transcription termination factor Rho  62.09 
 
 
450 aa  533  1e-150  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2699  transcription termination factor Rho  62.29 
 
 
419 aa  533  1e-150  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000370225  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4139  transcription termination factor Rho  61.61 
 
 
419 aa  533  1e-150  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0298  transcription termination factor Rho  61.52 
 
 
421 aa  532  1e-150  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2085  transcription termination factor Rho  61.58 
 
 
419 aa  532  1e-150  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3619  transcription termination factor Rho  60.95 
 
 
418 aa  532  1e-150  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4220  transcription termination factor Rho  61.61 
 
 
419 aa  533  1e-150  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.00203599  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0584  transcription termination factor Rho  62.29 
 
 
419 aa  534  1e-150  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.290432  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4146  transcription termination factor Rho  61.61 
 
 
419 aa  533  1e-150  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0160  transcription termination factor Rho  62.32 
 
 
419 aa  534  1e-150  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal  0.227506 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5215  transcription termination factor Rho  61.61 
 
 
419 aa  533  1e-150  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3991  transcription termination factor Rho  61.58 
 
 
421 aa  533  1e-150  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.800219  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0367  transcription termination factor Rho  62.05 
 
 
418 aa  535  1e-150  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal  0.151601 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0459  transcription termination factor Rho  62.53 
 
 
420 aa  533  1e-150  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0511  transcription termination factor Rho  62.32 
 
 
419 aa  533  1e-150  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal  0.0322242 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0157  transcription termination factor Rho  61.85 
 
 
419 aa  534  1e-150  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4203  transcription termination factor Rho  62.09 
 
 
450 aa  533  1e-150  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_4034  transcription termination factor Rho  62.32 
 
 
419 aa  533  1e-150  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.462931  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0180  transcription termination factor Rho  62.32 
 
 
419 aa  533  1e-150  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3217  transcription termination factor Rho  61.81 
 
 
420 aa  533  1e-150  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4293  transcription termination factor Rho  61.61 
 
 
419 aa  533  1e-150  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03661  transcription termination factor Rho  61.37 
 
 
419 aa  530  1e-149  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  unclonable  0.00000324277  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2210  transcription termination factor Rho  60.38 
 
 
420 aa  530  1e-149  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.171913  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1855  transcription termination factor Rho  60.38 
 
 
420 aa  530  1e-149  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.593752  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1824  transcription termination factor Rho  60.62 
 
 
422 aa  531  1e-149  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.025276  normal  0.0977479 
 
 
-
 
NC_004310  BR2064  transcription termination factor Rho  60.66 
 
 
421 aa  528  1e-149  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.244754  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3081  transcription termination factor Rho  61.1 
 
 
484 aa  530  1e-149  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1365  transcription termination factor Rho  60.38 
 
 
420 aa  530  1e-149  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.0123945  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03610  hypothetical protein  61.37 
 
 
419 aa  530  1e-149  Escherichia coli BL21  Bacteria  unclonable  0.00000108874  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0949  transcription termination factor Rho  60.62 
 
 
420 aa  529  1e-149  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.545356 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2998  transcription termination factor Rho  61.58 
 
 
419 aa  529  1e-149  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.0194587  normal 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002098  transcription termination factor Rho  61.81 
 
 
419 aa  530  1e-149  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.000734863  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0100  transcription termination factor Rho  61.52 
 
 
421 aa  530  1e-149  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.581004  normal  0.035165 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0856  transcription termination factor Rho  60.66 
 
 
421 aa  529  1e-149  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.447055  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5130  transcription termination factor Rho  60.38 
 
 
420 aa  531  1e-149  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0923516  normal  0.603331 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1444  transcription termination factor Rho  60.14 
 
 
420 aa  530  1e-149  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.440911  normal  0.105069 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0658  transcription termination factor Rho  62.14 
 
 
418 aa  531  1e-149  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1260  transcription termination factor Rho  60.43 
 
 
422 aa  529  1e-149  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0042  transcription termination factor Rho  60.38 
 
 
420 aa  530  1e-149  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.133554  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2217  transcription termination factor Rho  60.38 
 
 
420 aa  528  1e-149  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0809447  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0393  transcription termination factor Rho  61.05 
 
 
421 aa  528  1e-149  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.557794 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1126  transcription termination factor Rho  60.38 
 
 
420 aa  530  1e-149  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.722702  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2248  transcription termination factor Rho  60.38 
 
 
420 aa  530  1e-149  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.336797  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2341  transcription termination factor Rho  60.38 
 
 
419 aa  530  1e-149  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.735775  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_2310  transcription termination factor Rho  59.95 
 
 
432 aa  529  1e-149  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.000407022  normal  0.229849 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2363  transcription termination factor Rho  60.62 
 
 
422 aa  531  1e-149  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.016195  normal  0.176581 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0447  transcription termination factor Rho  62.05 
 
 
421 aa  529  1e-149  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0428  transcription termination factor Rho  61.05 
 
 
421 aa  529  1e-149  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0108  transcription termination factor Rho  61.28 
 
 
421 aa  530  1e-149  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.411018  n/a   
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0188  transcription termination factor Rho  61.58 
 
 
419 aa  529  1e-149  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0148  transcription termination factor Rho  61.58 
 
 
419 aa  528  1e-149  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  decreased coverage  0.00136527  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6250  transcription termination factor Rho  60.38 
 
 
420 aa  531  1e-149  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.156064  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_4223  transcription termination factor Rho  61.1 
 
 
433 aa  528  1e-149  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0343455  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2835  transcription termination factor Rho  59.29 
 
 
418 aa  528  1e-149  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.182498 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1226  transcription termination factor Rho  59.86 
 
 
424 aa  530  1e-149  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1853  transcription termination factor Rho  60.38 
 
 
420 aa  531  1e-149  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.344697  normal  0.110087 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1740  transcription termination factor Rho  60.38 
 
 
420 aa  531  1e-149  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.318458  normal  0.139414 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0807  transcription termination factor Rho  62.14 
 
 
418 aa  531  1e-149  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0163  transcription termination factor Rho  61.52 
 
 
421 aa  531  1e-149  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.386148  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1767  transcription termination factor Rho  60.38 
 
 
420 aa  531  1e-149  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.548344  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1829  transcription termination factor Rho  60.38 
 
 
420 aa  531  1e-149  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0156095  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00336  transcription termination factor Rho  61.58 
 
 
419 aa  528  1e-149  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>