More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Phep_3070 on replicon NC_013061
Organism: Pedobacter heparinus DSM 2366



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013037  Dfer_5202  transcription termination factor Rho  58.08 
 
 		 602 aa  656    Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.722557 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1005  transcription termination factor Rho  81.02 
 
 		 576 aa  647    Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.297296  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3070  transcription termination factor Rho  100 
 
 		 615 aa  1253    Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.581675  hitchhiker  0.00476927 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1295  transcription termination factor Rho  62.45 
 
 		 750 aa  637    Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.623564 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_01045  transcription termination factor Rho  73.35 
 
 		 579 aa  633  1e-180  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4662  transcription termination factor Rho  77.81 
 
 		 604 aa  625  1e-178  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3603  transcription termination factor Rho  54.87 
 
 		 573 aa  627  1e-178  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.177753  normal  1 
 
 
-
 
NC_002950  PG0332  transcription termination factor Rho  53.14 
 
 		 658 aa  618  1e-175  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1778  transcription termination factor Rho  73.96 
 
 		 549 aa  605  9.999999999999999e-173  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_0264  transcription termination factor Rho  70.29 
 
 		 512 aa  605  9.999999999999999e-173  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1756  transcription termination factor Rho  69.57 
 
 		 429 aa  539  9.999999999999999e-153  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.147978  normal  0.349316 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0391  transcription termination factor Rho  70.11 
 
 		 429 aa  540  9.999999999999999e-153  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  hitchhiker  0.0000000575661  normal  0.0124015 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0323  transcription termination factor Rho  69.02 
 
 		 429 aa  535  1e-151  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.0180092  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3713  transcription termination factor Rho  69.11 
 
 		 415 aa  536  1e-151  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  unclonable  0.000000184202  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3808  transcription termination factor Rho  69.11 
 
 		 415 aa  536  1e-151  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0393  transcription termination factor Rho  68.56 
 
 		 429 aa  535  1e-151  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.023811  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2309  transcription termination factor Rho  63.05 
 
 		 518 aa  538  1e-151  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.0139277  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0427  transcription termination factor Rho  68.83 
 
 		 429 aa  532  1e-150  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  decreased coverage  0.000196448  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0424  transcription termination factor Rho  68.48 
 
 		 429 aa  530  1e-149  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  decreased coverage  0.00623615  normal  0.0254414 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0459  transcription termination factor Rho  67.47 
 
 		 429 aa  528  1e-148  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2695  transcription termination factor Rho  68.02 
 
 		 415 aa  523  1e-147  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000000315458  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0376  transcription termination factor Rho  68.02 
 
 		 415 aa  523  1e-147  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00000395561  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4065  transcription termination factor Rho  67.75 
 
 		 415 aa  525  1e-147  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  unclonable  0.00000000187673  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1025  transcription termination factor Rho  68.02 
 
 		 415 aa  522  1e-147  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.0252595  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU3108  transcription termination factor Rho  67.48 
 
 		 415 aa  521  1e-146  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1711  transcription termination factor Rho  66.94 
 
 		 437 aa  518  1e-146  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  unclonable  0.0000145962  normal  0.971448 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2651  transcription termination factor Rho  66.94 
 
 		 415 aa  519  1e-146  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  unclonable  0.0000000111099  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE1503  transcription termination factor Rho  67.39 
 
 		 548 aa  516  1.0000000000000001e-145  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  decreased coverage  0.000037905  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3229  transcription termination factor Rho  66.76 
 
 		 415 aa  514  1e-144  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  unclonable  0.0000000548676  normal  0.0477745 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0843  transcription termination factor Rho  64.59 
 
 		 415 aa  511  1e-143  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  unclonable  0.0000000000858809  normal  0.0802102 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3619  transcription termination factor Rho  65.15 
 
 		 418 aa  508  1e-143  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0677  transcription termination factor Rho  64.59 
 
 		 415 aa  509  1e-143  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  unclonable  0.0000000284119  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0807  transcription termination factor Rho  65.77 
 
 		 418 aa  506  9.999999999999999e-143  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0658  transcription termination factor Rho  65.77 
 
 		 418 aa  506  9.999999999999999e-143  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0137  transcription termination factor Rho  62.22 
 
 		 421 aa  508  9.999999999999999e-143  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.000246562  normal  0.597575 
 
 
-
 
NC_004310  BR2064  transcription termination factor Rho  65.42 
 
 		 421 aa  505  1e-141  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.244754  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0856  transcription termination factor Rho  65.15 
 
 		 421 aa  504  1e-141  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.447055  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3474  transcription termination factor Rho  64.88 
 
 		 429 aa  502  1e-141  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.169204  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4391  transcription termination factor Rho  64.34 
 
 		 421 aa  501  1e-140  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3932  transcription termination factor Rho  65.15 
 
 		 421 aa  502  1e-140  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.713144  normal  0.45905 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4258  transcription termination factor Rho  64.88 
 
 		 421 aa  499  1e-140  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.884099 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2592  transcription termination factor Rho  65.14 
 
 		 418 aa  501  1e-140  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  0.00987626  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1226  transcription termination factor Rho  63.59 
 
 		 424 aa  499  1e-140  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1968  transcription termination factor Rho  61.48 
 
 		 435 aa  500  1e-140  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.6615 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1984  transcription termination factor Rho  65.15 
 
 		 418 aa  501  1e-140  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3206  transcription termination factor Rho  64.59 
 
 		 421 aa  499  1e-140  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1824  transcription termination factor Rho  64.42 
 
 		 422 aa  496  1e-139  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.0768704 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0009  transcription termination factor Rho  64.61 
 
 		 421 aa  496  1e-139  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  decreased coverage  0.000000017892  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2085  transcription termination factor Rho  63.96 
 
 		 419 aa  497  1e-139  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0470  transcription termination factor Rho  64.03 
 
 		 414 aa  497  1e-139  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.00000467448  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2970  transcription termination factor Rho  63 
 
 		 436 aa  496  1e-139  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5242  transcription termination factor Rho  65.14 
 
 		 419 aa  494  9.999999999999999e-139  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0301  transcription termination factor Rho  65.14 
 
 		 419 aa  494  9.999999999999999e-139  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1001  transcription termination factor Rho  64.08 
 
 		 436 aa  493  9.999999999999999e-139  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5456  transcription termination factor Rho  65.14 
 
 		 419 aa  495  9.999999999999999e-139  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0234949 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2130  transcription termination factor Rho  63.78 
 
 		 503 aa  493  9.999999999999999e-139  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  hitchhiker  0.00148034  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4288  transcription termination factor Rho  63.78 
 
 		 428 aa  492  9.999999999999999e-139  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.0673197 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1260  transcription termination factor Rho  63.78 
 
 		 422 aa  495  9.999999999999999e-139  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5982  transcription termination factor Rho  64.86 
 
 		 419 aa  492  9.999999999999999e-139  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_69190  transcription termination factor Rho  64.86 
 
 		 419 aa  492  9.999999999999999e-139  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1678  transcription termination factor Rho  64.05 
 
 		 447 aa  494  9.999999999999999e-139  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.0702428  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1377  transcription termination factor Rho  63.54 
 
 		 436 aa  491  1e-137  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0362049  normal  0.0185592 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3081  transcription termination factor Rho  62.43 
 
 		 484 aa  490  1e-137  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_5214  transcription termination factor Rho  64.59 
 
 		 419 aa  491  1e-137  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  decreased coverage  0.00426874  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1563  transcription termination factor Rho  63.78 
 
 		 506 aa  491  1e-137  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.657404 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0100  transcription termination factor Rho  63.24 
 
 		 421 aa  489  1e-137  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.581004  normal  0.035165 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1842  transcription termination factor Rho  63.78 
 
 		 447 aa  491  1e-137  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.205012  normal  0.660399 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0358  transcription termination factor Rho  63.51 
 
 		 419 aa  491  1e-137  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.956758  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0298  transcription termination factor Rho  63.24 
 
 		 421 aa  489  1e-137  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3656  transcription termination factor Rho  64.52 
 
 		 419 aa  492  1e-137  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.04416  normal  0.624434 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0292  transcription termination factor Rho  63.24 
 
 		 421 aa  489  1e-137  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2835  transcription termination factor Rho  63.41 
 
 		 418 aa  491  1e-137  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.182498 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0428  transcription termination factor Rho  63.24 
 
 		 421 aa  489  1e-137  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5275  transcription termination factor Rho  64.59 
 
 		 419 aa  491  1e-137  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0108  transcription termination factor Rho  63.24 
 
 		 421 aa  488  1e-137  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.411018  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_5037  transcription termination factor Rho  64.59 
 
 		 419 aa  491  1e-137  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0367  transcription termination factor Rho  64.05 
 
 		 418 aa  491  1e-137  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.151601 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5123  transcription termination factor Rho  64.59 
 
 		 419 aa  491  1e-137  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.763827 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0163  transcription termination factor Rho  63.24 
 
 		 421 aa  488  1e-136  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.386148  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0734  transcription termination factor Rho  62.84 
 
 		 437 aa  487  1e-136  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3567  transcription termination factor Rho  63.34 
 
 		 422 aa  486  1e-136  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.235782  normal  0.891828 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0126  transcription termination factor Rho  64.23 
 
 		 419 aa  487  1e-136  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000206271  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0393  transcription termination factor Rho  63.24 
 
 		 421 aa  488  1e-136  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.557794 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2174  transcription termination factor Rho  43.33 
 
 		 653 aa  488  1e-136  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  unclonable  0.000000672374  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2341  transcription termination factor Rho  62.8 
 
 		 419 aa  485  1e-136  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.735775  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2845  transcription termination factor Rho  62.06 
 
 		 418 aa  488  1e-136  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.495163  normal  0.0341841 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3991  transcription termination factor Rho  64.86 
 
 		 421 aa  488  1e-136  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.800219  normal  1 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1456  transcription termination factor Rho  63.51 
 
 		 431 aa  486  1e-136  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  hitchhiker  0.00134709  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2699  transcription termination factor Rho  63.78 
 
 		 419 aa  487  1e-136  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000370225  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2998  transcription termination factor Rho  62.16 
 
 		 419 aa  484  1e-135  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.0194587  normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0725  transcription termination factor Rho  63.11 
 
 		 417 aa  485  1e-135  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0726  transcription termination factor Rho  63.11 
 
 		 417 aa  485  1e-135  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.578535  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0690  transcription termination factor Rho  62.84 
 
 		 437 aa  484  1e-135  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0120  transcription termination factor Rho  62.33 
 
 		 418 aa  485  1e-135  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.342043  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00336  transcription termination factor Rho  62.97 
 
 		 419 aa  482  1e-135  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A2210  transcription termination factor Rho  63.78 
 
 		 418 aa  483  1e-135  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000000272927  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2290  transcription termination factor Rho  61.08 
 
 		 419 aa  484  1e-135  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  decreased coverage  0.000000767102  normal  0.288713 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_2184  transcription termination factor Rho  63.78 
 
 		 418 aa  483  1e-135  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  unclonable  0.000000392995  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_47410  transcription termination factor Rho  64.59 
 
 		 419 aa  482  1e-135  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1444  transcription termination factor Rho  61.48 
 
 		 420 aa  482  1e-135  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.440911  normal  0.105069 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>