More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene TDE1503 on replicon NC_002967
Organism: Treponema denticola ATCC 35405



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002967  TDE1503  transcription termination factor Rho  100 
 
 		 548 aa  1122    Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  decreased coverage  0.000037905  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3808  transcription termination factor Rho  69.32 
 
 		 415 aa  590  1e-167  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3713  transcription termination factor Rho  69.32 
 
 		 415 aa  590  1e-167  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  unclonable  0.000000184202  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2651  transcription termination factor Rho  70.15 
 
 		 415 aa  588  1e-166  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  unclonable  0.0000000111099  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU3108  transcription termination factor Rho  69.67 
 
 		 415 aa  583  1.0000000000000001e-165  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2695  transcription termination factor Rho  68.92 
 
 		 415 aa  582  1.0000000000000001e-165  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000000315458  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4065  transcription termination factor Rho  69.92 
 
 		 415 aa  583  1.0000000000000001e-165  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  unclonable  0.00000000187673  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3229  transcription termination factor Rho  69.92 
 
 		 415 aa  581  1e-164  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  unclonable  0.0000000548676  normal  0.0477745 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1025  transcription termination factor Rho  66.99 
 
 		 415 aa  575  1.0000000000000001e-163  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.0252595  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0376  transcription termination factor Rho  68.92 
 
 		 415 aa  576  1.0000000000000001e-163  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00000395561  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0470  transcription termination factor Rho  64.82 
 
 		 414 aa  567  1e-160  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.00000467448  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2835  transcription termination factor Rho  64.27 
 
 		 418 aa  562  1.0000000000000001e-159  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.182498 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3991  transcription termination factor Rho  63.64 
 
 		 421 aa  562  1.0000000000000001e-159  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.800219  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3619  transcription termination factor Rho  68.11 
 
 		 418 aa  562  1.0000000000000001e-159  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1711  transcription termination factor Rho  65.38 
 
 		 437 aa  565  1.0000000000000001e-159  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  unclonable  0.0000145962  normal  0.971448 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5214  transcription termination factor Rho  64.18 
 
 		 419 aa  560  1e-158  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  decreased coverage  0.00426874  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5242  transcription termination factor Rho  64.18 
 
 		 419 aa  558  1e-158  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0301  transcription termination factor Rho  64.18 
 
 		 419 aa  558  1e-158  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5982  transcription termination factor Rho  63.7 
 
 		 419 aa  559  1e-158  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5275  transcription termination factor Rho  64.18 
 
 		 419 aa  560  1e-158  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0807  transcription termination factor Rho  67.27 
 
 		 418 aa  560  1e-158  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5123  transcription termination factor Rho  64.18 
 
 		 419 aa  560  1e-158  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.763827 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0658  transcription termination factor Rho  67.27 
 
 		 418 aa  560  1e-158  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_5037  transcription termination factor Rho  64.18 
 
 		 419 aa  560  1e-158  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0843  transcription termination factor Rho  64.34 
 
 		 415 aa  561  1e-158  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  unclonable  0.0000000000858809  normal  0.0802102 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_69190  transcription termination factor Rho  63.7 
 
 		 419 aa  559  1e-158  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1260  transcription termination factor Rho  63.25 
 
 		 422 aa  558  1e-157  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1226  transcription termination factor Rho  66.25 
 
 		 424 aa  557  1e-157  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0584  transcription termination factor Rho  62.74 
 
 		 419 aa  556  1e-157  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.290432  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2341  transcription termination factor Rho  63.33 
 
 		 419 aa  555  1e-157  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.735775  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0677  transcription termination factor Rho  63.86 
 
 		 415 aa  558  1e-157  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  unclonable  0.0000000284119  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1824  transcription termination factor Rho  67.86 
 
 		 422 aa  554  1e-156  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.0768704 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5456  transcription termination factor Rho  63.22 
 
 		 419 aa  552  1e-156  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0234949 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0481  transcription termination factor Rho  62.59 
 
 		 420 aa  553  1e-156  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3656  transcription termination factor Rho  63.16 
 
 		 419 aa  555  1e-156  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.04416  normal  0.624434 
 
 
-
 
NC_011728  BbuZS7_0235  transcription termination factor Rho  69.33 
 
 		 515 aa  553  1e-156  Borrelia burgdorferi ZS7  Bacteria  hitchhiker  0.00166351  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4258  transcription termination factor Rho  62.62 
 
 		 421 aa  554  1e-156  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.884099 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1456  transcription termination factor Rho  62.33 
 
 		 431 aa  551  1e-156  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  hitchhiker  0.00134709  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4071  transcription termination factor Rho  65.14 
 
 		 421 aa  548  1e-155  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.339421 
 
 
-
 
NC_004310  BR2064  transcription termination factor Rho  65.98 
 
 		 421 aa  549  1e-155  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.244754  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3878  transcription termination factor Rho  65.14 
 
 		 421 aa  548  1e-155  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000128755 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3932  transcription termination factor Rho  62.62 
 
 		 421 aa  551  1e-155  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.713144  normal  0.45905 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2130  transcription termination factor Rho  62.68 
 
 		 503 aa  549  1e-155  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  hitchhiker  0.00148034  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0126  transcription termination factor Rho  63.31 
 
 		 419 aa  549  1e-155  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000206271  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0120  transcription termination factor Rho  62.59 
 
 		 418 aa  550  1e-155  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.342043  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3930  transcription termination factor Rho  65.14 
 
 		 421 aa  548  1e-155  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2290  transcription termination factor Rho  61.58 
 
 		 419 aa  551  1e-155  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  decreased coverage  0.000000767102  normal  0.288713 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2845  transcription termination factor Rho  64.04 
 
 		 418 aa  550  1e-155  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.495163  normal  0.0341841 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3474  transcription termination factor Rho  66.5 
 
 		 429 aa  549  1e-155  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.169204  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0137  transcription termination factor Rho  62.59 
 
 		 421 aa  549  1e-155  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.000246562  normal  0.597575 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3217  transcription termination factor Rho  63.22 
 
 		 420 aa  548  1e-155  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_4194  transcription termination factor Rho  64.89 
 
 		 419 aa  547  1e-154  Escherichia coli DH1  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000794569  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3953  transcription termination factor Rho  65.14 
 
 		 421 aa  548  1e-154  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0204  transcription termination factor Rho  64.63 
 
 		 419 aa  546  1e-154  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2469  transcription termination factor Rho  61.06 
 
 		 419 aa  548  1e-154  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4293  transcription termination factor Rho  64.89 
 
 		 419 aa  547  1e-154  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0176  transcription termination factor Rho  62.5 
 
 		 419 aa  546  1e-154  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4197  transcription termination factor Rho  64.63 
 
 		 419 aa  546  1e-154  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4139  transcription termination factor Rho  64.89 
 
 		 419 aa  547  1e-154  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0856  transcription termination factor Rho  65.73 
 
 		 421 aa  548  1e-154  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.447055  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4143  transcription termination factor Rho  64.63 
 
 		 419 aa  546  1e-154  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5215  transcription termination factor Rho  64.89 
 
 		 419 aa  547  1e-154  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1984  transcription termination factor Rho  65.98 
 
 		 418 aa  548  1e-154  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0358  transcription termination factor Rho  64.36 
 
 		 419 aa  545  1e-154  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.956758  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0100  transcription termination factor Rho  63.07 
 
 		 421 aa  545  1e-154  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.581004  normal  0.035165 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4146  transcription termination factor Rho  64.89 
 
 		 419 aa  547  1e-154  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0491  transcription termination factor Rho  63.13 
 
 		 416 aa  548  1e-154  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000212536 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3999  transcription termination factor Rho  64.89 
 
 		 419 aa  547  1e-154  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0337  transcription termination factor Rho  65.14 
 
 		 421 aa  546  1e-154  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2085  transcription termination factor Rho  61.78 
 
 		 419 aa  546  1e-154  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4391  transcription termination factor Rho  61.43 
 
 		 421 aa  545  1e-154  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_2184  transcription termination factor Rho  62.93 
 
 		 418 aa  546  1e-154  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  unclonable  0.000000392995  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1968  transcription termination factor Rho  63.48 
 
 		 435 aa  546  1e-154  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.6615 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0447  transcription termination factor Rho  66.15 
 
 		 421 aa  545  1e-154  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3081  transcription termination factor Rho  59.4 
 
 		 484 aa  547  1e-154  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0108  transcription termination factor Rho  63.07 
 
 		 421 aa  545  1e-154  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.411018  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4220  transcription termination factor Rho  64.89 
 
 		 419 aa  547  1e-154  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.00203599  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_4223  transcription termination factor Rho  62.83 
 
 		 433 aa  548  1e-154  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0343455  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4128  transcription termination factor Rho  64.63 
 
 		 419 aa  546  1e-154  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3206  transcription termination factor Rho  62.14 
 
 		 421 aa  548  1e-154  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2699  transcription termination factor Rho  64.63 
 
 		 419 aa  546  1e-154  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000370225  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0409  transcription termination factor Rho  65.39 
 
 		 421 aa  547  1e-154  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3616  transcription termination factor Rho  65.39 
 
 		 421 aa  547  1e-154  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0367  transcription termination factor Rho  64.34 
 
 		 418 aa  545  1e-154  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.151601 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0459  transcription termination factor Rho  66.15 
 
 		 420 aa  547  1e-154  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A2210  transcription termination factor Rho  62.93 
 
 		 418 aa  546  1e-154  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000000272927  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0408  transcription termination factor Rho  65.39 
 
 		 421 aa  547  1e-154  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.011685 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3434  transcription termination factor Rho  65.14 
 
 		 421 aa  548  1e-154  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4246  transcription termination factor Rho  64.63 
 
 		 419 aa  546  1e-154  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4305  transcription termination factor Rho  64.63 
 
 		 419 aa  546  1e-154  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03661  transcription termination factor Rho  64.63 
 
 		 419 aa  542  1e-153  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  unclonable  0.00000324277  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp3002  transcription termination factor Rho  61.54 
 
 		 420 aa  545  1e-153  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1990  transcription termination factor Rho  61.78 
 
 		 435 aa  542  1e-153  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4111  transcription termination factor Rho  65.37 
 
 		 421 aa  542  1e-153  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000313563 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0163  transcription termination factor Rho  62.62 
 
 		 421 aa  543  1e-153  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.386148  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0393  transcription termination factor Rho  62.83 
 
 		 421 aa  544  1e-153  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.557794 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_2310  transcription termination factor Rho  60.8 
 
 		 432 aa  542  1e-153  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.000407022  normal  0.229849 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0511  transcription termination factor Rho  64.38 
 
 		 419 aa  543  1e-153  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  0.0322242 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3567  transcription termination factor Rho  66.07 
 
 		 422 aa  543  1e-153  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.235782  normal  0.891828 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0148  transcription termination factor Rho  61.69 
 
 		 419 aa  544  1e-153  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  decreased coverage  0.00136527  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>