More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Coch_1778 on replicon NC_013162
Organism: Capnocytophaga ochracea DSM 7271



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013162  Coch_1778  transcription termination factor Rho  100 
 
 		 549 aa  1125    Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_01045  transcription termination factor Rho  61.99 
 
 		 579 aa  718    Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PG0332  transcription termination factor Rho  73.16 
 
 		 658 aa  607  9.999999999999999e-173  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3070  transcription termination factor Rho  69.81 
 
 		 615 aa  607  9.999999999999999e-173  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.581675  hitchhiker  0.00476927 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1295  transcription termination factor Rho  72.85 
 
 		 750 aa  595  1e-169  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.623564 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5202  transcription termination factor Rho  73.39 
 
 		 602 aa  594  1e-168  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.722557 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3603  transcription termination factor Rho  70.62 
 
 		 573 aa  581  1e-164  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.177753  normal  1 
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_0264  transcription termination factor Rho  54.29 
 
 		 512 aa  576  1.0000000000000001e-163  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1005  transcription termination factor Rho  72 
 
 		 576 aa  572  1.0000000000000001e-162  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.297296  normal  1 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1756  transcription termination factor Rho  65.69 
 
 		 429 aa  529  1e-149  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.147978  normal  0.349316 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0391  transcription termination factor Rho  66.94 
 
 		 429 aa  525  1e-148  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  hitchhiker  0.0000000575661  normal  0.0124015 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0323  transcription termination factor Rho  66.3 
 
 		 429 aa  523  1e-147  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.0180092  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0424  transcription termination factor Rho  66.85 
 
 		 429 aa  523  1e-147  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  decreased coverage  0.00623615  normal  0.0254414 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0427  transcription termination factor Rho  65.95 
 
 		 429 aa  523  1e-147  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  decreased coverage  0.000196448  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0393  transcription termination factor Rho  65.95 
 
 		 429 aa  523  1e-147  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.023811  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0459  transcription termination factor Rho  65.75 
 
 		 429 aa  519  1e-146  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1711  transcription termination factor Rho  64.96 
 
 		 437 aa  518  1e-146  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  unclonable  0.0000145962  normal  0.971448 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2309  transcription termination factor Rho  49.45 
 
 		 518 aa  520  1e-146  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.0139277  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3713  transcription termination factor Rho  64.96 
 
 		 415 aa  518  1.0000000000000001e-145  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  unclonable  0.000000184202  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0376  transcription termination factor Rho  64.96 
 
 		 415 aa  517  1.0000000000000001e-145  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00000395561  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3808  transcription termination factor Rho  64.96 
 
 		 415 aa  517  1.0000000000000001e-145  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU3108  transcription termination factor Rho  64.42 
 
 		 415 aa  513  1e-144  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2651  transcription termination factor Rho  64.15 
 
 		 415 aa  514  1e-144  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  unclonable  0.0000000111099  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0658  transcription termination factor Rho  66.67 
 
 		 418 aa  509  1e-143  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2695  transcription termination factor Rho  64.69 
 
 		 415 aa  509  1e-143  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000000315458  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0807  transcription termination factor Rho  66.67 
 
 		 418 aa  509  1e-143  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4065  transcription termination factor Rho  64.15 
 
 		 415 aa  511  1e-143  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  unclonable  0.00000000187673  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1025  transcription termination factor Rho  65.84 
 
 		 415 aa  507  9.999999999999999e-143  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.0252595  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3229  transcription termination factor Rho  64.11 
 
 		 415 aa  503  1e-141  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  unclonable  0.0000000548676  normal  0.0477745 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1260  transcription termination factor Rho  64.58 
 
 		 422 aa  499  1e-140  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5214  transcription termination factor Rho  64.67 
 
 		 419 aa  496  1e-139  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  decreased coverage  0.00426874  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_5037  transcription termination factor Rho  64.67 
 
 		 419 aa  496  1e-139  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5242  transcription termination factor Rho  64.4 
 
 		 419 aa  496  1e-139  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0301  transcription termination factor Rho  64.4 
 
 		 419 aa  496  1e-139  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5456  transcription termination factor Rho  64.67 
 
 		 419 aa  496  1e-139  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0234949 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0843  transcription termination factor Rho  62.91 
 
 		 415 aa  498  1e-139  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  unclonable  0.0000000000858809  normal  0.0802102 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5123  transcription termination factor Rho  64.67 
 
 		 419 aa  496  1e-139  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.763827 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5275  transcription termination factor Rho  64.67 
 
 		 419 aa  496  1e-139  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3991  transcription termination factor Rho  65.21 
 
 		 421 aa  495  1e-139  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.800219  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2970  transcription termination factor Rho  62.67 
 
 		 436 aa  496  1e-139  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0856  transcription termination factor Rho  64.03 
 
 		 421 aa  495  1e-139  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.447055  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR2064  transcription termination factor Rho  64.03 
 
 		 421 aa  494  9.999999999999999e-139  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.244754  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5982  transcription termination factor Rho  64.4 
 
 		 419 aa  495  9.999999999999999e-139  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4258  transcription termination factor Rho  64.03 
 
 		 421 aa  492  9.999999999999999e-139  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.884099 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3619  transcription termination factor Rho  62.93 
 
 		 418 aa  494  9.999999999999999e-139  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0009  transcription termination factor Rho  63.49 
 
 		 421 aa  493  9.999999999999999e-139  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  decreased coverage  0.000000017892  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0120  transcription termination factor Rho  63.39 
 
 		 418 aa  493  9.999999999999999e-139  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.342043  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2845  transcription termination factor Rho  63.66 
 
 		 418 aa  493  9.999999999999999e-139  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.495163  normal  0.0341841 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3932  transcription termination factor Rho  64.03 
 
 		 421 aa  494  9.999999999999999e-139  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.713144  normal  0.45905 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0481  transcription termination factor Rho  64.48 
 
 		 420 aa  493  9.999999999999999e-139  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0367  transcription termination factor Rho  64.66 
 
 		 418 aa  494  9.999999999999999e-139  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.151601 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_69190  transcription termination factor Rho  64.4 
 
 		 419 aa  495  9.999999999999999e-139  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0137  transcription termination factor Rho  62.02 
 
 		 421 aa  495  9.999999999999999e-139  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.000246562  normal  0.597575 
 
 
-
 
NC_002967  TDE1503  transcription termination factor Rho  62.64 
 
 		 548 aa  488  1e-137  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  decreased coverage  0.000037905  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0298  transcription termination factor Rho  63.93 
 
 		 421 aa  489  1e-137  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1984  transcription termination factor Rho  63.76 
 
 		 418 aa  491  1e-137  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0100  transcription termination factor Rho  63.49 
 
 		 421 aa  490  1e-137  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.581004  normal  0.035165 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2592  transcription termination factor Rho  63.46 
 
 		 418 aa  488  1e-137  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  0.00987626  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1824  transcription termination factor Rho  63.04 
 
 		 422 aa  490  1e-137  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.0768704 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2085  transcription termination factor Rho  64.38 
 
 		 419 aa  491  1e-137  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0393  transcription termination factor Rho  63.66 
 
 		 421 aa  488  1e-137  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.557794 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2835  transcription termination factor Rho  63.76 
 
 		 418 aa  490  1e-137  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.182498 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3656  transcription termination factor Rho  63.49 
 
 		 419 aa  491  1e-137  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.04416  normal  0.624434 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0292  transcription termination factor Rho  63.66 
 
 		 421 aa  490  1e-137  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0428  transcription termination factor Rho  63.66 
 
 		 421 aa  489  1e-137  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0108  transcription termination factor Rho  63.93 
 
 		 421 aa  491  1e-137  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.411018  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3474  transcription termination factor Rho  63.22 
 
 		 429 aa  491  1e-137  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.169204  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4391  transcription termination factor Rho  62.94 
 
 		 421 aa  490  1e-137  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0163  transcription termination factor Rho  63.11 
 
 		 421 aa  486  1e-136  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.386148  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1740  transcription termination factor Rho  59.14 
 
 		 420 aa  486  1e-136  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.318458  normal  0.139414 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1855  transcription termination factor Rho  59.39 
 
 		 420 aa  488  1e-136  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.593752  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1365  transcription termination factor Rho  59.39 
 
 		 420 aa  488  1e-136  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.0123945  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0042  transcription termination factor Rho  59.39 
 
 		 420 aa  488  1e-136  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.133554  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1126  transcription termination factor Rho  59.39 
 
 		 420 aa  488  1e-136  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.722702  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2248  transcription termination factor Rho  59.39 
 
 		 420 aa  488  1e-136  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.336797  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2375  transcription termination factor Rho  59.39 
 
 		 420 aa  488  1e-136  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5130  transcription termination factor Rho  59.14 
 
 		 420 aa  486  1e-136  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0923516  normal  0.603331 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2469  transcription termination factor Rho  63.29 
 
 		 419 aa  487  1e-136  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2217  transcription termination factor Rho  59.39 
 
 		 420 aa  488  1e-136  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0809447  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2210  transcription termination factor Rho  59.39 
 
 		 420 aa  488  1e-136  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.171913  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4288  transcription termination factor Rho  63.39 
 
 		 428 aa  486  1e-136  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.0673197 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1444  transcription termination factor Rho  59.14 
 
 		 420 aa  486  1e-136  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.440911  normal  0.105069 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6250  transcription termination factor Rho  59.14 
 
 		 420 aa  486  1e-136  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.156064  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3206  transcription termination factor Rho  62.94 
 
 		 421 aa  488  1e-136  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0173  transcription termination factor Rho  64.29 
 
 		 399 aa  486  1e-136  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.770214  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1853  transcription termination factor Rho  59.14 
 
 		 420 aa  486  1e-136  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.344697  normal  0.110087 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_47410  transcription termination factor Rho  64.4 
 
 		 419 aa  486  1e-136  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1767  transcription termination factor Rho  59.14 
 
 		 420 aa  486  1e-136  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.548344  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1829  transcription termination factor Rho  59.14 
 
 		 420 aa  486  1e-136  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0156095  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0949  transcription termination factor Rho  59.64 
 
 		 420 aa  488  1e-136  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.545356 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_4194  transcription termination factor Rho  58.71 
 
 		 419 aa  482  1e-135  Escherichia coli DH1  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000794569  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0176  transcription termination factor Rho  62.47 
 
 		 419 aa  484  1e-135  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03719  transcription termination factor Rho  62.23 
 
 		 629 aa  482  1e-135  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4293  transcription termination factor Rho  58.71 
 
 		 419 aa  482  1e-135  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2118  transcription termination factor Rho  61.37 
 
 		 420 aa  483  1e-135  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.299268  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3953  transcription termination factor Rho  63.74 
 
 		 421 aa  483  1e-135  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3930  transcription termination factor Rho  63.74 
 
 		 421 aa  483  1e-135  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1824  transcription termination factor Rho  59.14 
 
 		 422 aa  484  1e-135  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.025276  normal  0.0977479 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2363  transcription termination factor Rho  59.14 
 
 		 422 aa  484  1e-135  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.016195  normal  0.176581 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3217  transcription termination factor Rho  58.17 
 
 		 420 aa  484  1e-135  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>