More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene CFF8240_0555 on replicon NC_008599
Organism: Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008599  CFF8240_0555  tRNA modification GTPase TrmE  100 
 
 		 438 aa  882    Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_1625  tRNA modification GTPase TrmE  61.5 
 
 		 441 aa  520  1e-146  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  0.834042  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1833  tRNA modification GTPase TrmE  58.77 
 
 		 444 aa  479  1e-134  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_0654  tRNA modification GTPase TrmE  55.29 
 
 		 466 aa  468  9.999999999999999e-131  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE1036  tRNA modification GTPase TrmE  54.21 
 
 		 442 aa  451  1.0000000000000001e-126  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  0.788526  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_0979  tRNA modification GTPase TrmE  54.44 
 
 		 442 aa  454  1.0000000000000001e-126  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  0.523955  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0548  tRNA modification GTPase TrmE  54.44 
 
 		 442 aa  439  9.999999999999999e-123  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_0825  tRNA modification GTPase TrmE  54.67 
 
 		 442 aa  439  9.999999999999999e-123  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0526  tRNA modification GTPase TrmE  51.9 
 
 		 446 aa  419  1e-116  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2992  tRNA modification GTPase TrmE  39 
 
 		 458 aa  286  7e-76  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2669  tRNA modification GTPase TrmE  39 
 
 		 458 aa  285  9e-76  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1940  tRNA modification GTPase TrmE  36.38 
 
 		 462 aa  275  1.0000000000000001e-72  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  hitchhiker  0.000114309  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4619  tRNA modification GTPase TrmE  37.67 
 
 		 455 aa  272  9e-72  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_2547  tRNA modification GTPase TrmE  38.58 
 
 		 455 aa  271  2e-71  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_52440  tRNA modification GTPase TrmE  37.17 
 
 		 455 aa  268  2e-70  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2930  tRNA modification GTPase TrmE  35.53 
 
 		 458 aa  263  3e-69  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.137366  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_73400  tRNA modification GTPase TrmE  36.87 
 
 		 455 aa  263  4.999999999999999e-69  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  decreased coverage  0.000503354  normal  1 
 
 
-
 
NC_008532  STER_0992  tRNA modification GTPase TrmE  37.2 
 
 		 456 aa  262  8.999999999999999e-69  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  hitchhiker  0.00719085  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5742  tRNA modification GTPase TrmE  36.48 
 
 		 456 aa  261  2e-68  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.206283  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_3324  tRNA modification GTPase TrmE  35.74 
 
 		 461 aa  260  3e-68  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_1895  tRNA modification GTPase TrmE  35.81 
 
 		 461 aa  260  3e-68  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  1  hitchhiker  1.51566e-21 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0657  tRNA modification GTPase TrmE  36.88 
 
 		 450 aa  259  8e-68  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6368  tRNA modification GTPase TrmE  36.94 
 
 		 455 aa  258  1e-67  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0005  tRNA modification GTPase TrmE  36.42 
 
 		 456 aa  258  2e-67  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.273487  hitchhiker  0.00022418 
 
 
-
 
NC_006369  lpl2929  tRNA modification GTPase TrmE  38.44 
 
 		 446 aa  257  2e-67  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5308  tRNA modification GTPase TrmE  36.42 
 
 		 456 aa  258  2e-67  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.832252  normal  0.0803697 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0645  tRNA modification GTPase TrmE  36.36 
 
 		 449 aa  256  4e-67  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4200  tRNA modification GTPase TrmE  36.12 
 
 		 448 aa  256  5e-67  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.0153583 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5443  tRNA modification GTPase TrmE  36.42 
 
 		 456 aa  256  5e-67  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004116  SAG0876  tRNA modification GTPase TrmE  35.79 
 
 		 458 aa  256  6e-67  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  unclonable  0.000254143  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_2195  tRNA modification GTPase TrmE  35.32 
 
 		 475 aa  256  7e-67  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp3073  tRNA modification GTPase TrmE  38.22 
 
 		 446 aa  255  1.0000000000000001e-66  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0153  tRNA modification GTPase TrmE  36.15 
 
 		 475 aa  254  2.0000000000000002e-66  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0008  tRNA modification GTPase TrmE  37.31 
 
 		 453 aa  253  5.000000000000001e-66  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.185087  hitchhiker  0.000721309 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_5133  tRNA modification GTPase TrmE  35.6 
 
 		 456 aa  253  7e-66  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0132  tRNA modification GTPase TrmE  38.14 
 
 		 452 aa  253  7e-66  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.849325  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_4013  tRNA modification GTPase TrmE  37.69 
 
 		 456 aa  252  8.000000000000001e-66  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.205295  normal  0.289015 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5611  tRNA modification GTPase TrmE  35.82 
 
 		 456 aa  252  9.000000000000001e-66  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0003  tRNA modification GTPase TrmE  37.36 
 
 		 457 aa  251  2e-65  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0977  tRNA modification GTPase TrmE  37.31 
 
 		 447 aa  251  2e-65  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000239803  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_04098  tRNA modification GTPase  37.15 
 
 		 462 aa  251  2e-65  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP0003  tRNA modification GTPase TrmE  34.2 
 
 		 459 aa  249  5e-65  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  hitchhiker  0.0000387737  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_5212  tRNA modification GTPase TrmE  35.98 
 
 		 456 aa  249  6e-65  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4928  tRNA modification GTPase TrmE  37.96 
 
 		 453 aa  249  7e-65  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.0035842  hitchhiker  0.00000248868 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0681  tRNA modification GTPase TrmE  36.76 
 
 		 450 aa  249  7e-65  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.570227  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0248  tRNA modification GTPase TrmE  35.62 
 
 		 473 aa  249  8e-65  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_4089  tRNA modification GTPase TrmE  36.12 
 
 		 448 aa  249  8e-65  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0569  tRNA modification GTPase TrmE  34.28 
 
 		 458 aa  248  1e-64  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0217  tRNA modification GTPase TrmE  35.55 
 
 		 476 aa  248  1e-64  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.0500389  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_4031  tRNA modification GTPase TrmE  37.17 
 
 		 453 aa  248  1e-64  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.608873  hitchhiker  0.001302 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3865  tRNA modification GTPase TrmE  38.07 
 
 		 453 aa  248  2e-64  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  unclonable  0.00000363316 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_3429  tRNA modification GTPase TrmE  34.62 
 
 		 461 aa  248  2e-64  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.00000224644  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3315  tRNA modification GTPase TrmE  35.03 
 
 		 458 aa  248  2e-64  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_2025  tRNA modification GTPase TrmE  34.77 
 
 		 473 aa  247  3e-64  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  0.208875 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0001  tRNA modification GTPase TrmE  36.82 
 
 		 453 aa  247  3e-64  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.201746  hitchhiker  0.00000000323985 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_23560  tRNA modification GTPase TrmE  33.55 
 
 		 463 aa  247  4e-64  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.690968  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_0376  tRNA modification GTPase TrmE  36.17 
 
 		 464 aa  246  4e-64  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  0.831872  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_4164  tRNA modification GTPase TrmE  33.19 
 
 		 460 aa  246  4.9999999999999997e-64  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3939  tRNA modification GTPase TrmE  36.96 
 
 		 453 aa  246  4.9999999999999997e-64  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000000114268 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3774  tRNA modification GTPase TrmE  37.25 
 
 		 466 aa  246  6.999999999999999e-64  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.0161001  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5324  tRNA modification GTPase TrmE  34.77 
 
 		 458 aa  245  9e-64  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  0.0322996 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00435  tRNA modification GTPase TrmE  35.98 
 
 		 453 aa  245  9.999999999999999e-64  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_4203  tRNA modification GTPase TrmE  33.19 
 
 		 460 aa  245  9.999999999999999e-64  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3441  tRNA modification GTPase TrmE  34.42 
 
 		 454 aa  245  9.999999999999999e-64  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0002  tRNA modification GTPase TrmE  36.62 
 
 		 455 aa  245  9.999999999999999e-64  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002017  GTPase and tRNA-U34 5-formylation enzyme TrmE  35.76 
 
 		 453 aa  244  1.9999999999999999e-63  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.0189213  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3894  tRNA modification GTPase TrmE  35.01 
 
 		 456 aa  244  1.9999999999999999e-63  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0005  tRNA modification GTPase TrmE  36.96 
 
 		 453 aa  244  1.9999999999999999e-63  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.135343  hitchhiker  0.00000014804 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1783  tRNA modification GTPase TrmE  35.48 
 
 		 454 aa  243  3e-63  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.028326  normal  0.377376 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4378  tRNA modification GTPase TrmE  36.48 
 
 		 453 aa  244  3e-63  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0292979  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_4256  tRNA modification GTPase TrmE  37.42 
 
 		 453 aa  244  3e-63  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.257081  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_5277  tRNA modification GTPase TrmE  35.06 
 
 		 458 aa  243  3e-63  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2515  tRNA modification GTPase TrmE  36.06 
 
 		 464 aa  243  3.9999999999999997e-63  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.0000000310293  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4520  tRNA modification GTPase TrmE  36.48 
 
 		 453 aa  243  3.9999999999999997e-63  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.30842  hitchhiker  0.000795549 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4324  tRNA modification GTPase TrmE  36.48 
 
 		 453 aa  243  3.9999999999999997e-63  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0616134  unclonable  0.00000000000430527 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_4024  tRNA modification GTPase TrmE  34.91 
 
 		 458 aa  243  3.9999999999999997e-63  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4292  tRNA modification GTPase TrmE  36.06 
 
 		 454 aa  243  3.9999999999999997e-63  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.10556  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5611  tRNA modification GTPase TrmE  34.77 
 
 		 458 aa  243  3.9999999999999997e-63  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.292564  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS5337  tRNA modification GTPase TrmE  34.34 
 
 		 458 aa  243  7e-63  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_5165  tRNA modification GTPase TrmE  34.34 
 
 		 458 aa  243  7e-63  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_5594  tRNA modification GTPase TrmE  34.34 
 
 		 458 aa  243  7e-63  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  0.0320926 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_5734  tRNA modification GTPase TrmE  34.34 
 
 		 458 aa  243  7e-63  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A5671  tRNA modification GTPase TrmE  34.34 
 
 		 458 aa  242  7.999999999999999e-63  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK5181  tRNA modification GTPase TrmE  34.34 
 
 		 458 aa  242  9e-63  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.0853003  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0089  tRNA modification GTPase TrmE  36.06 
 
 		 455 aa  241  1e-62  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5635  tRNA modification GTPase TrmE  34.13 
 
 		 458 aa  241  1e-62  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_4001  tRNA modification GTPase TrmE  37.04 
 
 		 453 aa  242  1e-62  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.73411  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4615  tRNA modification GTPase TrmE  35.62 
 
 		 454 aa  241  1e-62  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.394021  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03489  tRNA modification GTPase TrmE  35.44 
 
 		 446 aa  241  2.9999999999999997e-62  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0100  tRNA modification GTPase TrmE  35.53 
 
 		 473 aa  241  2.9999999999999997e-62  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.651435  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3612  tRNA modification GTPase TrmE  37.39 
 
 		 455 aa  240  2.9999999999999997e-62  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA3038  tRNA modification GTPase TrmE  35.76 
 
 		 448 aa  240  4e-62  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.38062  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4379  tRNA modification GTPase TrmE  36.04 
 
 		 479 aa  240  4e-62  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.000434128  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_2373  tRNA modification GTPase TrmE  33.55 
 
 		 473 aa  239  5.999999999999999e-62  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3941  tRNA modification GTPase TrmE  34.86 
 
 		 458 aa  239  5.999999999999999e-62  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4957  tRNA modification GTPase TrmE  35.05 
 
 		 459 aa  239  6.999999999999999e-62  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.000028541  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_1908  tRNA modification GTPase TrmE  35.04 
 
 		 464 aa  239  8e-62  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.991823  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2779  tRNA modification GTPase TrmE  33.19 
 
 		 473 aa  238  1e-61  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1582  tRNA modification GTPase TrmE  35.27 
 
 		 462 aa  238  1e-61  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0199  tRNA modification GTPase TrmE  36.61 
 
 		 473 aa  238  2e-61  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>