More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Cla_0548 on replicon NC_012039
Organism: Campylobacter lari RM2100



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012039  Cla_0548  tRNA modification GTPase TrmE  100 
 
 		 442 aa  881    Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE1036  tRNA modification GTPase TrmE  66.29 
 
 		 442 aa  601  1e-170  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  0.788526  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_0979  tRNA modification GTPase TrmE  66.06 
 
 		 442 aa  598  1e-170  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  0.523955  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_0825  tRNA modification GTPase TrmE  66.29 
 
 		 442 aa  585  1e-166  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_0654  tRNA modification GTPase TrmE  54.72 
 
 		 466 aa  482  1e-135  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_1625  tRNA modification GTPase TrmE  57.24 
 
 		 441 aa  484  1e-135  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  0.834042  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1833  tRNA modification GTPase TrmE  57.82 
 
 		 444 aa  480  1e-134  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0555  tRNA modification GTPase TrmE  54.44 
 
 		 438 aa  446  1.0000000000000001e-124  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0526  tRNA modification GTPase TrmE  52.36 
 
 		 446 aa  427  1e-118  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_2547  tRNA modification GTPase TrmE  39.47 
 
 		 455 aa  288  1e-76  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4200  tRNA modification GTPase TrmE  37.78 
 
 		 448 aa  274  3e-72  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.0153583 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2669  tRNA modification GTPase TrmE  37.15 
 
 		 458 aa  273  3e-72  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG0876  tRNA modification GTPase TrmE  37.31 
 
 		 458 aa  273  6e-72  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  unclonable  0.000254143  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2992  tRNA modification GTPase TrmE  37.15 
 
 		 458 aa  273  6e-72  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2929  tRNA modification GTPase TrmE  37.03 
 
 		 446 aa  271  1e-71  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp3073  tRNA modification GTPase TrmE  36.87 
 
 		 446 aa  271  2e-71  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0977  tRNA modification GTPase TrmE  40.69 
 
 		 447 aa  271  2e-71  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000239803  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU3465  tRNA modification GTPase TrmE  36.13 
 
 		 456 aa  269  7e-71  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0657  tRNA modification GTPase TrmE  37.06 
 
 		 450 aa  269  8.999999999999999e-71  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4957  tRNA modification GTPase TrmE  34.42 
 
 		 459 aa  267  2.9999999999999995e-70  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.000028541  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1940  tRNA modification GTPase TrmE  36.31 
 
 		 462 aa  265  8.999999999999999e-70  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  hitchhiker  0.000114309  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_0992  tRNA modification GTPase TrmE  35.38 
 
 		 456 aa  263  4.999999999999999e-69  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  hitchhiker  0.00719085  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3441  tRNA modification GTPase TrmE  36.75 
 
 		 454 aa  262  6.999999999999999e-69  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0217  tRNA modification GTPase TrmE  36.64 
 
 		 476 aa  262  8e-69  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.0500389  normal  1 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0248  tRNA modification GTPase TrmE  36.46 
 
 		 473 aa  262  8.999999999999999e-69  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2945  tRNA modification GTPase TrmE  35.5 
 
 		 465 aa  262  8.999999999999999e-69  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.0139032  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS5337  tRNA modification GTPase TrmE  38.06 
 
 		 458 aa  261  3e-68  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_5165  tRNA modification GTPase TrmE  38.06 
 
 		 458 aa  261  3e-68  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK5181  tRNA modification GTPase TrmE  38.06 
 
 		 458 aa  260  3e-68  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.0853003  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_5734  tRNA modification GTPase TrmE  38.06 
 
 		 458 aa  261  3e-68  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_5594  tRNA modification GTPase TrmE  38.06 
 
 		 458 aa  261  3e-68  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  0.0320926 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0680  tRNA modification GTPase TrmE  38.34 
 
 		 438 aa  260  4e-68  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  unclonable  0.00000000000180906  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5635  tRNA modification GTPase TrmE  37.5 
 
 		 458 aa  259  6e-68  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A5671  tRNA modification GTPase TrmE  37.5 
 
 		 458 aa  259  6e-68  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_4148  tRNA modification GTPase TrmE  36.34 
 
 		 455 aa  259  7e-68  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3560  tRNA modification GTPase TrmE  35 
 
 		 457 aa  259  7e-68  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_4024  tRNA modification GTPase TrmE  37.82 
 
 		 458 aa  258  1e-67  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_5277  tRNA modification GTPase TrmE  37.63 
 
 		 458 aa  258  2e-67  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4428  tRNA modification GTPase TrmE  35.6 
 
 		 455 aa  258  2e-67  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_4013  tRNA modification GTPase TrmE  36.74 
 
 		 456 aa  257  2e-67  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.205295  normal  0.289015 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5324  tRNA modification GTPase TrmE  37.85 
 
 		 458 aa  257  3e-67  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  0.0322996 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5611  tRNA modification GTPase TrmE  37.85 
 
 		 458 aa  257  3e-67  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.292564  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1409  tRNA modification GTPase TrmE  33.99 
 
 		 452 aa  257  4e-67  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_3324  tRNA modification GTPase TrmE  36.64 
 
 		 461 aa  257  4e-67  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_4058  tRNA modification GTPase TrmE  35.95 
 
 		 455 aa  256  5e-67  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.239105  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0681  tRNA modification GTPase TrmE  36.46 
 
 		 450 aa  256  5e-67  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.570227  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_3086  tRNA modification GTPase TrmE  36.26 
 
 		 458 aa  255  1.0000000000000001e-66  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.924716  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2365  tRNA modification GTPase TrmE  36.96 
 
 		 459 aa  255  1.0000000000000001e-66  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_2195  tRNA modification GTPase TrmE  35.73 
 
 		 475 aa  254  2.0000000000000002e-66  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3894  tRNA modification GTPase TrmE  35.46 
 
 		 456 aa  254  2.0000000000000002e-66  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2930  tRNA modification GTPase TrmE  35 
 
 		 458 aa  253  4.0000000000000004e-66  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.137366  normal  1 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_1895  tRNA modification GTPase TrmE  35.29 
 
 		 461 aa  253  4.0000000000000004e-66  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  1  hitchhiker  1.51566e-21 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4619  tRNA modification GTPase TrmE  35.65 
 
 		 455 aa  252  1e-65  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2758  tRNA modification GTPase TrmE  35.95 
 
 		 455 aa  252  1e-65  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.294935  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5742  tRNA modification GTPase TrmE  34.87 
 
 		 456 aa  250  4e-65  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.206283  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_3142  tRNA modification GTPase TrmE  36.03 
 
 		 461 aa  250  4e-65  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.108144  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_3429  tRNA modification GTPase TrmE  36.17 
 
 		 461 aa  249  7e-65  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.00000224644  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3315  tRNA modification GTPase TrmE  34.88 
 
 		 458 aa  249  7e-65  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2410  tRNA modification GTPase TrmE  37 
 
 		 448 aa  249  7e-65  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.749558  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0375  tRNA modification GTPase TrmE  38.65 
 
 		 459 aa  249  9e-65  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0002  tRNA modification GTPase TrmE  36.6 
 
 		 455 aa  249  9e-65  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3279  tRNA modification GTPase TrmE  33.48 
 
 		 458 aa  248  1e-64  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.768989 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0153  tRNA modification GTPase TrmE  36.21 
 
 		 475 aa  248  1e-64  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4292  tRNA modification GTPase TrmE  35.9 
 
 		 454 aa  248  2e-64  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.10556  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_4089  tRNA modification GTPase TrmE  35.41 
 
 		 448 aa  248  2e-64  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_1733  tRNA modification GTPase TrmE  36.24 
 
 		 452 aa  248  2e-64  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  hitchhiker  0.0000059641  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_23560  tRNA modification GTPase TrmE  35.81 
 
 		 463 aa  248  2e-64  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.690968  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4615  tRNA modification GTPase TrmE  35.9 
 
 		 454 aa  247  3e-64  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.394021  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1904  tRNA modification GTPase TrmE  35.13 
 
 		 472 aa  247  4e-64  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2515  tRNA modification GTPase TrmE  35.73 
 
 		 464 aa  246  6e-64  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.0000000310293  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002017  GTPase and tRNA-U34 5-formylation enzyme TrmE  35.73 
 
 		 453 aa  246  8e-64  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.0189213  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0199  tRNA modification GTPase TrmE  36.28 
 
 		 473 aa  245  9.999999999999999e-64  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A2124  tRNA modification GTPase TrmE  36.28 
 
 		 452 aa  245  9.999999999999999e-64  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A4183  tRNA modification GTPase TrmE  36.03 
 
 		 454 aa  244  1.9999999999999999e-63  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.00000380111  normal  0.0649437 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_04098  tRNA modification GTPase  35.24 
 
 		 462 aa  244  1.9999999999999999e-63  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4158  tRNA modification GTPase TrmE  35.82 
 
 		 454 aa  244  1.9999999999999999e-63  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.00000196641  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00435  tRNA modification GTPase TrmE  35.73 
 
 		 453 aa  244  3e-63  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2519  tRNA modification GTPase TrmE  35.68 
 
 		 462 aa  244  3e-63  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00190608 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_2472  tRNA modification GTPase TrmE  34.7 
 
 		 487 aa  244  3e-63  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000689916 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_4245  tRNA modification GTPase TrmE  35.82 
 
 		 454 aa  244  3e-63  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.00411948  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3557  tRNA modification GTPase TrmE  36.55 
 
 		 462 aa  243  5e-63  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_2143  tRNA modification GTPase TrmE  35.13 
 
 		 478 aa  243  6e-63  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.0104732  hitchhiker  0.000152188 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03590  tRNA modification GTPase  35.9 
 
 		 454 aa  242  7.999999999999999e-63  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03534  hypothetical protein  35.9 
 
 		 454 aa  242  7.999999999999999e-63  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.948294  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3920  tRNA modification GTPase TrmE  35.9 
 
 		 454 aa  242  7.999999999999999e-63  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.189642  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_4263  tRNA modification GTPase TrmE  34.41 
 
 		 454 aa  242  7.999999999999999e-63  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.226045  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0005  tRNA modification GTPase TrmE  35.22 
 
 		 456 aa  242  1e-62  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.273487  hitchhiker  0.00022418 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2889  tRNA modification GTPase TrmE  33.75 
 
 		 464 aa  242  1e-62  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5308  tRNA modification GTPase TrmE  35.22 
 
 		 456 aa  242  1e-62  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.832252  normal  0.0803697 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_4260  tRNA modification GTPase TrmE  35.9 
 
 		 454 aa  241  2e-62  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_52440  tRNA modification GTPase TrmE  35.08 
 
 		 455 aa  241  2e-62  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_2409  tRNA modification GTPase TrmE  36.21 
 
 		 460 aa  241  2e-62  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.605137  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5136  tRNA modification GTPase TrmE  35.9 
 
 		 454 aa  241  2e-62  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.041745  normal  0.0619684 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5443  tRNA modification GTPase TrmE  35.22 
 
 		 456 aa  241  2e-62  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4073  tRNA modification GTPase TrmE  35.9 
 
 		 454 aa  241  2e-62  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.420944  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4219  tRNA modification GTPase TrmE  35.9 
 
 		 454 aa  241  2e-62  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.99545  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_73400  tRNA modification GTPase TrmE  33.92 
 
 		 455 aa  241  2e-62  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  decreased coverage  0.000503354  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4288  tRNA modification GTPase TrmE  35.9 
 
 		 454 aa  241  2e-62  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_4148  tRNA modification GTPase TrmE  35.68 
 
 		 454 aa  241  2.9999999999999997e-62  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.421634  normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_2387  tRNA modification GTPase TrmE  35.84 
 
 		 465 aa  240  2.9999999999999997e-62  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.188748  hitchhiker  0.000106684 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>