193 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bamb_1407 on replicon NC_008390
Organism: Burkholderia ambifaria AMMD



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008390  Bamb_1407  type II secretion system protein  100 
 
 		 337 aa  662    Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1728  type II secretion system protein  66.67 
 
 		 330 aa  412  1e-114  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000109718 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1447  type II secretion system protein  67.95 
 
 		 330 aa  399  9.999999999999999e-111  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.411469  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2538  hypothetical protein  65.99 
 
 		 373 aa  393  1e-108  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1286  hypothetical protein  66.37 
 
 		 336 aa  384  1e-106  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.220204  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1946  hypothetical protein  66.37 
 
 		 336 aa  384  1e-106  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  hitchhiker  0.0000366161  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1774  type II secretion system protein  66.37 
 
 		 336 aa  384  1e-106  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.162167  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0121  hypothetical protein  66.37 
 
 		 336 aa  384  1e-106  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  hitchhiker  0.00162648  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1772  type II secretion system protein  65.59 
 
 		 340 aa  385  1e-106  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.233431  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1793  type II secretion system protein  66.37 
 
 		 336 aa  384  1e-106  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.105995  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1044  type II secretion system protein  66.37 
 
 		 336 aa  384  1e-106  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4665  Flp pilus assembly protein TadC  63.69 
 
 		 332 aa  365  1e-100  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.502777  decreased coverage  0.000679832 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1525  type II secretion system protein  62.31 
 
 		 332 aa  365  1e-100  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.623315  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1501  type II secretion system protein  62.31 
 
 		 332 aa  364  1e-99  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.0000000870782 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1045  type II secretion system protein  60.42 
 
 		 321 aa  348  9e-95  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1657  type II secretion system protein  68.85 
 
 		 336 aa  338  9.999999999999999e-92  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.374218 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2794  putative tight adherence TadC related transmembrane protein  66.79 
 
 		 337 aa  331  8e-90  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.637104  normal  0.388946 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4449  type II secretion system protein  44.88 
 
 		 319 aa  258  1e-67  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4252  type II secretion system protein  47.18 
 
 		 329 aa  257  2e-67  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.960786  normal  0.358405 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4362  type II secretion system protein  47.18 
 
 		 329 aa  257  2e-67  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.653734  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2068  type II secretion system protein  44.67 
 
 		 334 aa  256  5e-67  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.807622  normal  0.674601 
 
 
-
 
NC_003296  RS02590  putative tight adherence TadC related transmembrane protein  44.78 
 
 		 326 aa  252  5.000000000000001e-66  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5413  type II secretion system protein  44.64 
 
 		 344 aa  246  4e-64  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0382729  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3658  type II secretion system protein, transmembrane  50.59 
 
 		 369 aa  219  7e-56  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2325  type II secretion system protein  36.5 
 
 		 311 aa  163  5.0000000000000005e-39  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2322  type II secretion system protein  36.33 
 
 		 312 aa  162  6e-39  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2700  tight adherence protein TadC  36.33 
 
 		 312 aa  162  6e-39  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_55860  hypothetical protein  29.97 
 
 		 303 aa  108  2e-22  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4855  hypothetical protein  28.47 
 
 		 294 aa  103  6e-21  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4867  hypothetical protein  34.32 
 
 		 303 aa  102  7e-21  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.234691  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4395  type II secretion system protein  29.72 
 
 		 294 aa  100  2e-20  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0639  type II secretion system protein  26.32 
 
 		 323 aa  97.4  3e-19  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.297778 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1638  type II secretion system protein  33.33 
 
 		 300 aa  96.3  6e-19  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.786377  normal  0.203569 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2649  type II secretion system protein  26.49 
 
 		 323 aa  95.9  8e-19  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1107  type II secretion system protein  27.01 
 
 		 323 aa  95.9  9e-19  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.107682  normal  0.160043 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2736  type II secretion system protein  27.49 
 
 		 326 aa  94.4  2e-18  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0992  type II secretion system protein  27.27 
 
 		 326 aa  93.2  6e-18  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.236675  normal  0.765371 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3212  type II secretion system protein  28.01 
 
 		 311 aa  92  1e-17  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  0.514288 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1500  type II secretion system protein  29.59 
 
 		 319 aa  91.3  2e-17  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.34697  normal  1 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1318  type II secretion system protein  30.54 
 
 		 319 aa  90.9  3e-17  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A3093  type II secretion system protein  30.54 
 
 		 319 aa  90.9  3e-17  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2968  type II secretion system protein  30.54 
 
 		 319 aa  90.9  3e-17  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2276  hypothetical protein  30.54 
 
 		 296 aa  90.5  4e-17  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7193  putative Flp pilus assembly protein TadC  26.77 
 
 		 324 aa  90.1  5e-17  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.202721  normal  0.456008 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2352  type II secretion system protein  26.19 
 
 		 313 aa  89.7  6e-17  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.0836815  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1831  type II secretion system protein  25.35 
 
 		 304 aa  89.4  7e-17  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2365  hypothetical protein  27.75 
 
 		 324 aa  88.6  1e-16  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.195084  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2698  type II secretion system protein  27.14 
 
 		 302 aa  89  1e-16  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1159  Type II secretion system F domain protein  27.4 
 
 		 320 aa  89  1e-16  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0644  type II secretion system protein  28.74 
 
 		 296 aa  87.8  2e-16  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.807912  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2557  type II secretion system protein  24.66 
 
 		 314 aa  87.8  2e-16  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.59617  normal  0.347898 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3964  type II secretion system protein  29.41 
 
 		 314 aa  87.4  3e-16  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.273183 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0653  TadC protein  24.66 
 
 		 313 aa  85.5  0.000000000000001  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  0.179736 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6004  type II secretion system protein  30.36 
 
 		 324 aa  85.5  0.000000000000001  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1524  type II secretion system protein  24.2 
 
 		 322 aa  85.5  0.000000000000001  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002651  type II/IV secretion system protein TadC associated with Flp pilus assembly  24.34 
 
 		 313 aa  84.7  0.000000000000002  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1916  type II secretion system protein  28.74 
 
 		 312 aa  85.1  0.000000000000002  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.141806  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3011  type II secretion system protein  29.26 
 
 		 319 aa  85.1  0.000000000000002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0650  putative tight adherence TadC-related transmembrane protein  28.99 
 
 		 315 aa  84.3  0.000000000000003  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.640477  normal  0.167986 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1124  type II secretion system protein  26.18 
 
 		 331 aa  84  0.000000000000003  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.0315206  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2158  type II secretion system protein  31.71 
 
 		 312 aa  84  0.000000000000003  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.507846  normal  0.0329173 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3208  type II secretion system protein  26.57 
 
 		 302 aa  83.6  0.000000000000005  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.544767 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4619  type II secretion system protein  28.65 
 
 		 318 aa  82.8  0.000000000000007  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.340215 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0543  type II secretion system protein  28.05 
 
 		 313 aa  82.4  0.000000000000009  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0603407  normal  1 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5490  type II secretion system protein  29.17 
 
 		 324 aa  82.8  0.000000000000009  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6300  type II secretion system protein  29.76 
 
 		 323 aa  82.4  0.000000000000009  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.923016 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6776  type II secretion system protein  29.17 
 
 		 324 aa  82.8  0.000000000000009  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.710361  normal  0.399772 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6364  type II secretion system protein  29.17 
 
 		 324 aa  82.8  0.000000000000009  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4864  type II secretion system protein  26.52 
 
 		 330 aa  82.8  0.000000000000009  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1813  type II secretion system protein  24.89 
 
 		 426 aa  82.4  0.000000000000009  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  decreased coverage  0.00328504  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0844  type II secretion system protein  26.32 
 
 		 295 aa  82  0.00000000000001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0793  TadC protein  27.89 
 
 		 315 aa  82  0.00000000000001  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2763  type II secretion system protein  26.52 
 
 		 326 aa  81.6  0.00000000000002  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.613586 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1053  type II secretion system protein  25.85 
 
 		 302 aa  80.1  0.00000000000004  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0586  type II secretion system protein  28.16 
 
 		 320 aa  80.1  0.00000000000005  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.180812  normal  0.546922 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2021  type II secretion system protein  26.38 
 
 		 320 aa  80.1  0.00000000000005  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.477325  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1903  putative Flp pilus assembly protein TadC  29.09 
 
 		 326 aa  79.7  0.00000000000006  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.0926452  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2641  type II secretion system protein  29.59 
 
 		 291 aa  78.6  0.0000000000001  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0552  type II secretion system protein  28.48 
 
 		 326 aa  78.6  0.0000000000002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1661  type II secretion system protein  26.94 
 
 		 297 aa  77  0.0000000000004  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.146099  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2351  type II secretion system protein  26.88 
 
 		 323 aa  77  0.0000000000004  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.357093 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1754  Flp pilus assembly protein TadC  23.45 
 
 		 326 aa  76.6  0.0000000000005  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1075  type II secretion system protein  25.13 
 
 		 335 aa  76.6  0.0000000000005  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.137371  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0424  type II secretion system protein  23.83 
 
 		 331 aa  76.6  0.0000000000005  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.628499  normal  1 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0806  type II secretion system protein  21.97 
 
 		 316 aa  76.3  0.0000000000007  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0300  type II secretion system protein  27.88 
 
 		 323 aa  76.3  0.0000000000007  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0672  type II secretion system protein  24.14 
 
 		 319 aa  76.3  0.0000000000007  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.139102  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0801  type II secretion system protein  22.83 
 
 		 312 aa  75.1  0.000000000001  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0900  Type II secretion system F domain protein  24.14 
 
 		 319 aa  75.5  0.000000000001  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4193  type II secretion system protein  27.06 
 
 		 328 aa  75.5  0.000000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2364  putative putative tight adherence TadC-like transmembrane protein  24.5 
 
 		 321 aa  74.7  0.000000000002  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.00226483  normal  0.0303282 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4481  type II secretion system protein  25.29 
 
 		 328 aa  73.6  0.000000000005  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1125  type II secretion system protein  26.32 
 
 		 347 aa  73.2  0.000000000006  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.394553  normal  0.522315 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1530  type II secretion system protein  26.67 
 
 		 301 aa  73.2  0.000000000006  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_4002  type II secretion system protein  24.44 
 
 		 329 aa  73.2  0.000000000007  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0289268  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1276  type II secretion system protein  25.43 
 
 		 311 aa  72.8  0.000000000007  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1399  type II secretion system protein  29.34 
 
 		 299 aa  72.8  0.000000000007  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.0535811  hitchhiker  0.000124146 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0728  type II secretion system protein  24.89 
 
 		 333 aa  72.8  0.000000000007  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.552842  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4188  type II secretion system protein  23.75 
 
 		 328 aa  72.8  0.000000000008  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3118  type II secretion system protein  27.61 
 
 		 304 aa  72  0.00000000001  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.803425  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>