223 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PC1_0672 on replicon NC_012917
Organism: Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012917  PC1_0672  type II secretion system protein  100 
 
 		 319 aa  629  1e-179  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.139102  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0900  Type II secretion system F domain protein  95.61 
 
 		 319 aa  538  9.999999999999999e-153  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2047  type II secretion system protein  72.01 
 
 		 318 aa  395  1e-109  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.0677944  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0311  type II secretion system protein  57.77 
 
 		 316 aa  297  1e-79  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.563894  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0602  type II secretion system protein  37.86 
 
 		 323 aa  147  2.0000000000000003e-34  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0897257  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1125  type II secretion system protein  37.9 
 
 		 347 aa  146  6e-34  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.394553  normal  0.522315 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0424  type II secretion system protein  39.2 
 
 		 331 aa  145  8.000000000000001e-34  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.628499  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0728  type II secretion system protein  41.48 
 
 		 333 aa  145  1e-33  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.552842  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4193  type II secretion system protein  41.62 
 
 		 328 aa  142  6e-33  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0238  type II secretion system protein  35.44 
 
 		 322 aa  142  9.999999999999999e-33  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0212  component of type IV pilus  40.34 
 
 		 326 aa  141  1.9999999999999998e-32  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4481  type II secretion system protein  41.62 
 
 		 328 aa  141  1.9999999999999998e-32  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4864  type II secretion system protein  36.57 
 
 		 330 aa  140  1.9999999999999998e-32  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3795  type II secretion system protein  33.99 
 
 		 321 aa  140  3e-32  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1075  type II secretion system protein  36.82 
 
 		 335 aa  139  7.999999999999999e-32  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.137371  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3357  type II secretion system protein  31.29 
 
 		 327 aa  139  8.999999999999999e-32  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2694  type II secretion system protein  36.97 
 
 		 320 aa  138  1e-31  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5120  type II secretion system protein  34.25 
 
 		 321 aa  137  2e-31  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.229641  normal  0.108359 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4188  type II secretion system protein  36.25 
 
 		 328 aa  137  3.0000000000000003e-31  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3426  type II secretion system protein  35.71 
 
 		 314 aa  136  4e-31  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.165732  normal  0.426073 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3933  type II secretion system protein  35.71 
 
 		 314 aa  135  7.000000000000001e-31  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0787436  normal  0.204466 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1500  type II secretion system protein  39.89 
 
 		 319 aa  133  3.9999999999999996e-30  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.34697  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1124  type II secretion system protein  31.9 
 
 		 331 aa  133  5e-30  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.0315206  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2832  type II secretion system protein  39.52 
 
 		 319 aa  132  7.999999999999999e-30  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.151252  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_4002  type II secretion system protein  40.61 
 
 		 329 aa  132  9e-30  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0289268  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2454  type II secretion system protein F  35.06 
 
 		 290 aa  132  1.0000000000000001e-29  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0182293  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2052  type II secretion system protein  35.89 
 
 		 314 aa  131  2.0000000000000002e-29  Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.000269982  normal  0.0927482 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2413  type II secretion system protein  39.09 
 
 		 323 aa  130  3e-29  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3525  type II secretion system protein  40.11 
 
 		 324 aa  129  5.0000000000000004e-29  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.359223  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2365  hypothetical protein  30.79 
 
 		 324 aa  129  7.000000000000001e-29  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.195084  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0992  type II secretion system protein  31.79 
 
 		 326 aa  128  1.0000000000000001e-28  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.236675  normal  0.765371 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0386  type II secretion system protein  39.39 
 
 		 325 aa  128  1.0000000000000001e-28  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3796  type II secretion system protein  38.92 
 
 		 325 aa  127  2.0000000000000002e-28  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.472243  normal  0.57339 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2379  type II secretion system protein  40.49 
 
 		 321 aa  127  2.0000000000000002e-28  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.306938  normal  0.924554 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0296  type II secretion system protein  39.39 
 
 		 325 aa  126  5e-28  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1779  type II secretion system protein  37.5 
 
 		 324 aa  126  5e-28  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.708691  normal  0.127788 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1754  Flp pilus assembly protein TadC  30.32 
 
 		 326 aa  126  6e-28  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2485  type II secretion system protein  38 
 
 		 323 aa  124  1e-27  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.28616  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2708  type II secretion system protein  38 
 
 		 323 aa  124  1e-27  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.68845 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1107  type II secretion system protein  33.18 
 
 		 323 aa  125  1e-27  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.107682  normal  0.160043 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3718  type II secretion system protein  36.99 
 
 		 324 aa  123  3e-27  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.202594  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4205  type II secretion system protein  37.37 
 
 		 324 aa  124  3e-27  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.125721  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0806  type II secretion system protein  32.54 
 
 		 316 aa  124  3e-27  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0300  type II secretion system protein  32.81 
 
 		 323 aa  122  9e-27  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2046  putative fimbriae-related membrane protein  36.9 
 
 		 314 aa  120  1.9999999999999998e-26  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.0336894  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4619  type II secretion system protein  37.57 
 
 		 318 aa  120  1.9999999999999998e-26  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.340215 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1675  type II secretion system protein F  36.9 
 
 		 314 aa  120  1.9999999999999998e-26  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0331  type II secretion system protein F  36.9 
 
 		 314 aa  120  1.9999999999999998e-26  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  hitchhiker  0.0097112  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1878  type II secretion system protein  36.9 
 
 		 314 aa  120  1.9999999999999998e-26  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.650462  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0830  type II secretion system protein F  36.9 
 
 		 314 aa  120  1.9999999999999998e-26  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.288216  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1903  putative Flp pilus assembly protein TadC  31.96 
 
 		 326 aa  120  3e-26  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.0926452  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0552  type II secretion system protein  31.96 
 
 		 326 aa  120  3e-26  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1890  type II secretion system protein  36.9 
 
 		 314 aa  120  3e-26  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2016  type II secretion system protein  33.77 
 
 		 307 aa  119  4.9999999999999996e-26  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1517  hypothetical protein  30.74 
 
 		 320 aa  119  4.9999999999999996e-26  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.205257  normal  0.198842 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2763  type II secretion system protein  34.58 
 
 		 326 aa  119  6e-26  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.613586 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2736  type II secretion system protein  35.29 
 
 		 326 aa  119  6e-26  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1159  Type II secretion system F domain protein  35.33 
 
 		 320 aa  119  7.999999999999999e-26  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2351  type II secretion system protein  35.67 
 
 		 323 aa  119  9e-26  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.357093 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7036  putative pilus assembly protein  36.21 
 
 		 324 aa  119  9e-26  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.452255 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2911  type II secretion system protein  37.3 
 
 		 306 aa  119  9.999999999999999e-26  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.604096  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2557  type II secretion system protein  36.53 
 
 		 314 aa  115  1.0000000000000001e-24  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.59617  normal  0.347898 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1530  type II secretion system protein  36.31 
 
 		 301 aa  114  1.0000000000000001e-24  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0653  TadC protein  28.99 
 
 		 313 aa  114  2.0000000000000002e-24  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  0.179736 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2352  type II secretion system protein  37.72 
 
 		 313 aa  113  4.0000000000000004e-24  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.0836815  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1524  type II secretion system protein  29.17 
 
 		 322 aa  112  9e-24  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3492  type II secretion system protein  32.16 
 
 		 313 aa  111  1.0000000000000001e-23  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.39955  normal  0.0861426 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0793  TadC protein  30.85 
 
 		 315 aa  111  2.0000000000000002e-23  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2823  type II secretion system protein  37.72 
 
 		 306 aa  111  2.0000000000000002e-23  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3011  type II secretion system protein  33.21 
 
 		 319 aa  111  2.0000000000000002e-23  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3208  type II secretion system protein  30.29 
 
 		 302 aa  110  2.0000000000000002e-23  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.544767 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7193  putative Flp pilus assembly protein TadC  37.5 
 
 		 324 aa  109  7.000000000000001e-23  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.202721  normal  0.456008 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3964  type II secretion system protein  37.08 
 
 		 314 aa  109  7.000000000000001e-23  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.273183 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A3093  type II secretion system protein  36.99 
 
 		 319 aa  108  8.000000000000001e-23  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2276  hypothetical protein  37.57 
 
 		 296 aa  108  1e-22  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1318  type II secretion system protein  36.42 
 
 		 319 aa  107  2e-22  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0639  type II secretion system protein  30.21 
 
 		 323 aa  107  2e-22  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.297778 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1053  type II secretion system protein  29.8 
 
 		 302 aa  108  2e-22  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2968  type II secretion system protein  36.42 
 
 		 319 aa  107  2e-22  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2649  type II secretion system protein  33.93 
 
 		 323 aa  106  6e-22  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5490  type II secretion system protein  37.5 
 
 		 324 aa  105  8e-22  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6776  type II secretion system protein  37.5 
 
 		 324 aa  105  8e-22  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.710361  normal  0.399772 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6364  type II secretion system protein  37.5 
 
 		 324 aa  105  9e-22  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1916  type II secretion system protein  35.16 
 
 		 312 aa  105  9e-22  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.141806  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2021  type II secretion system protein  32.37 
 
 		 320 aa  103  3e-21  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.477325  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6300  type II secretion system protein  37.5 
 
 		 323 aa  101  2e-20  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.923016 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2698  type II secretion system protein  30.36 
 
 		 302 aa  101  2e-20  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002651  type II/IV secretion system protein TadC associated with Flp pilus assembly  29.69 
 
 		 313 aa  100  5e-20  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1831  type II secretion system protein  28.45 
 
 		 304 aa  100  5e-20  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3212  type II secretion system protein  29.76 
 
 		 311 aa  99.8  6e-20  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  0.514288 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2364  putative putative tight adherence TadC-like transmembrane protein  31.15 
 
 		 321 aa  99  8e-20  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.00226483  normal  0.0303282 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0801  type II secretion system protein  34.73 
 
 		 312 aa  99  9e-20  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3118  type II secretion system protein  31.15 
 
 		 304 aa  99  9e-20  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.803425  n/a   
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6004  type II secretion system protein  36.31 
 
 		 324 aa  99  1e-19  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0374  type II secretion system protein F  29.21 
 
 		 292 aa  96.3  7e-19  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.249846  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5326  type II secretion system protein  38.32 
 
 		 323 aa  96.3  7e-19  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.0355396 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0586  type II secretion system protein  34.52 
 
 		 320 aa  95.9  9e-19  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.180812  normal  0.546922 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06191  hypothetical protein  31.19 
 
 		 280 aa  94.4  2e-18  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1850  type II secretion system protein  32.62 
 
 		 307 aa  92.4  8e-18  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0102974  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2118  type II secretion system protein  26.72 
 
 		 310 aa  91.7  1e-17  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.128736  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>