More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Vapar_6103 on replicon NC_012792
Organism: Variovorax paradoxus S110



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012792  Vapar_6103  histidine kinase  100 
 
 		 365 aa  724    Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1914  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  63.33 
 
 		 516 aa  362  6e-99  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.235771  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_4044  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  57.63 
 
 		 652 aa  342  5.999999999999999e-93  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.341378  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_4046  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  59.22 
 
 		 503 aa  327  2.0000000000000001e-88  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_4054  ATPase domain-containing protein  56.33 
 
 		 1756 aa  325  8.000000000000001e-88  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.892687 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4822  histidine kinase  54.42 
 
 		 588 aa  317  2e-85  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4554  periplasmic sensor Signal transduction histidine kinase  54.64 
 
 		 604 aa  316  5e-85  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2944  sensor histidine kinase  54.04 
 
 		 604 aa  290  2e-77  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.284188 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2743  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  51.48 
 
 		 604 aa  288  1e-76  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.523265  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4823  multi-sensor signal transduction histidine kinase  48.6 
 
 		 1004 aa  272  7e-72  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2605  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  48.14 
 
 		 1453 aa  271  9e-72  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1011  two component signal transduction sensor  44.79 
 
 		 737 aa  270  2.9999999999999997e-71  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.880836  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2604  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  49.17 
 
 		 1254 aa  261  1e-68  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.545668  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4133  multi-sensor signal transduction histidine kinase  48.23 
 
 		 737 aa  260  2e-68  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.952681 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4161  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  43.52 
 
 		 1295 aa  256  6e-67  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.086012  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2140  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  40.17 
 
 		 1211 aa  249  6e-65  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.382987 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0163  histidine kinase  45.21 
 
 		 497 aa  244  9.999999999999999e-64  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6696  multi-sensor signal transduction multi-kinase  44.35 
 
 		 1885 aa  227  3e-58  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0823  multi-sensor signal transduction histidine kinase  40.7 
 
 		 651 aa  219  5e-56  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0452566 
 
 
-
 
NC_006368  lpp0353  hypothetical protein  37.96 
 
 		 471 aa  194  2e-48  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0330  hypothetical protein  38.69 
 
 		 471 aa  194  2e-48  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1945  multi-sensor signal transduction multi-kinase  39.19 
 
 		 1832 aa  177  2e-43  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.0187004 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5522  histidine kinase  33.21 
 
 		 423 aa  127  4.0000000000000003e-28  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.989715  normal  0.66095 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2312  Signal transduction histidine kinase  30.15 
 
 		 389 aa  123  4e-27  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2229  sensor histidine kinase  29.8 
 
 		 389 aa  122  9.999999999999999e-27  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3031  multi-sensor signal transduction histidine kinase  30.5 
 
 		 807 aa  122  9.999999999999999e-27  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.672924  normal  1 
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1925  sensor histidine kinase  29.55 
 
 		 389 aa  120  3e-26  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.574394  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1718  sensor histidine kinase  29.55 
 
 		 389 aa  120  3e-26  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0601  sensor histidine kinase  29.55 
 
 		 389 aa  120  3e-26  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03495  Signal transduction histidine kinase  28.13 
 
 		 557 aa  118  9.999999999999999e-26  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0733  sensory box sensor histidine kinase  28.77 
 
 		 358 aa  110  4.0000000000000004e-23  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.724389  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3030  multi-sensor signal transduction histidine kinase  30.71 
 
 		 801 aa  100  3e-20  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0709  sensory box sensor histidine kinase  28.22 
 
 		 358 aa  100  5e-20  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1660  sensory box sensor histidine kinase  27.95 
 
 		 358 aa  99  1e-19  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1535  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  27.08 
 
 		 566 aa  90.9  3e-17  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_2287  histidine kinase  28.93 
 
 		 770 aa  89.4  8e-17  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.709847  normal  0.24871 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0071  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  28.62 
 
 		 392 aa  87.8  2e-16  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2945  sensor histidine kinase/response regulator  27.64 
 
 		 505 aa  87.8  3e-16  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.16803 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2742  response regulator receiver sensor signal transduction histidine kinase  27.64 
 
 		 467 aa  87.8  3e-16  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.759384  normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3487  histidine kinase  48.36 
 
 		 581 aa  87  5e-16  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.0451928  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1767  multi-sensor signal transduction histidine kinase  27.35 
 
 		 785 aa  86.3  8e-16  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  0.0937227 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1953  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  29.87 
 
 		 458 aa  85.5  0.000000000000001  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1834  multi-sensor signal transduction histidine kinase  26.71 
 
 		 681 aa  85.5  0.000000000000001  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0878  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  25.62 
 
 		 760 aa  85.9  0.000000000000001  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.210313  normal  0.808443 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2351  histidine kinase  30.24 
 
 		 399 aa  85.5  0.000000000000001  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2797  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  30.65 
 
 		 480 aa  84.7  0.000000000000002  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0716  histidine kinase  43.96 
 
 		 119 aa  84.7  0.000000000000002  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  1  normal  0.856156 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3423  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  48.31 
 
 		 581 aa  84.7  0.000000000000002  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.0671901  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02266  hypothetical protein  24.86 
 
 		 680 aa  84.3  0.000000000000003  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2296  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  26.78 
 
 		 679 aa  84  0.000000000000004  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1302  histidine kinase  30.72 
 
 		 596 aa  84  0.000000000000004  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000000000333005 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1041  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  26.32 
 
 		 530 aa  83.2  0.000000000000006  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.622945  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0719  Signal transduction histidine kinase sensor  26.54 
 
 		 785 aa  82.8  0.000000000000008  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  decreased coverage  0.00268576  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3408  histidine kinase  37.85 
 
 		 573 aa  82.8  0.000000000000008  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  decreased coverage  0.0068838  normal  0.336005 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1057  histidine kinase  29.03 
 
 		 673 aa  82.8  0.000000000000008  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  0.0263803 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3342  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  46.61 
 
 		 581 aa  82.8  0.000000000000008  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.0336288  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0775  sensor histidine kinase  28.39 
 
 		 674 aa  82.8  0.000000000000009  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1403  signal transduction protein, histidine kinase  23.4 
 
 		 675 aa  82.8  0.000000000000009  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2270  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  26.94 
 
 		 661 aa  82.4  0.00000000000001  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5550  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  27.44 
 
 		 803 aa  82.4  0.00000000000001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.0835247 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4555  response regulator receiver Signal transduction histidine kinase  26.79 
 
 		 467 aa  81.3  0.00000000000002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1567  sensory transduction histidine kinase  34.55 
 
 		 855 aa  81.6  0.00000000000002  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.853487  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0218  multi-sensor hybrid histidine kinase  34.55 
 
 		 855 aa  82  0.00000000000002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.227193  normal  0.9118 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2923  histidine kinase  29.78 
 
 		 598 aa  81.6  0.00000000000002  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_6110  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  30.07 
 
 		 513 aa  81.3  0.00000000000002  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0621826 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2469  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  36.31 
 
 		 901 aa  81.6  0.00000000000002  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3581  histidine kinase  28.91 
 
 		 739 aa  80.9  0.00000000000003  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.1112  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4645  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  28.19 
 
 		 644 aa  80.5  0.00000000000004  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.224961  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0638  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  28.62 
 
 		 373 aa  80.5  0.00000000000004  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3526  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  29.06 
 
 		 584 aa  80.1  0.00000000000005  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0714  C4-dicarboxylate transport sensor protein ATPase subunit  25.55 
 
 		 594 aa  80.1  0.00000000000006  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4191  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  38.52 
 
 		 476 aa  79.7  0.00000000000008  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  unclonable  0.00000000558631  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0126  sensor histidine kinase  26.06 
 
 		 708 aa  79.3  0.0000000000001  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.000118135  normal  0.929624 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2115  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  29.09 
 
 		 604 aa  79.3  0.0000000000001  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.00123104  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_4092  histidine kinase  32.31 
 
 		 706 aa  79  0.0000000000001  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4155  response regulator receiver sensor signal transduction histidine kinase  23.28 
 
 		 440 aa  79.3  0.0000000000001  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.50715  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0016  signal transduction histidine kinase, nitrogen specific, NtrB  34.25 
 
 		 679 aa  79.3  0.0000000000001  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.225702  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1016  sensor protein ZraS  34.3 
 
 		 450 aa  79  0.0000000000001  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.0625472  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4315  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  32.26 
 
 		 717 aa  78.2  0.0000000000002  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00270553  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0672  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  29.75 
 
 		 373 aa  78.6  0.0000000000002  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2449  putative two-component sensor  27.99 
 
 		 305 aa  78.2  0.0000000000002  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4160  signal transduction histidine kinase, nitrogen specific, NtrB  38.85 
 
 		 516 aa  77.8  0.0000000000002  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2334  histidine kinase  27.44 
 
 		 587 aa  77.4  0.0000000000003  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.0000483532  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0089  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  32.2 
 
 		 705 aa  77.8  0.0000000000003  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0206322  normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2081  histidine kinase  29.43 
 
 		 597 aa  77  0.0000000000004  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0777  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  28.21 
 
 		 748 aa  77.4  0.0000000000004  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2097  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  37.07 
 
 		 398 aa  77.4  0.0000000000004  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.827775  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0619  histidine kinase  25.78 
 
 		 313 aa  77  0.0000000000004  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4885  PAS/PAC sensor Signal transduction histidine kinase  24.28 
 
 		 971 aa  76.6  0.0000000000005  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  decreased coverage  0.00047345  hitchhiker  0.00891826 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0142  histidine kinase  41.59 
 
 		 614 aa  76.6  0.0000000000006  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0672  histidine kinase  28.65 
 
 		 373 aa  76.6  0.0000000000006  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003502  signal transduction histidine kinase  24.18 
 
 		 659 aa  76.6  0.0000000000006  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1854  histidine kinase  31.09 
 
 		 578 aa  76.6  0.0000000000006  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0828  multi-sensor signal transduction histidine kinase  31.12 
 
 		 567 aa  76.6  0.0000000000006  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0084  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  31.72 
 
 		 717 aa  76.3  0.0000000000007  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0273141  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0886  GAF sensor hybrid histidine kinase  28.18 
 
 		 842 aa  76.3  0.0000000000007  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00435524 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4260  histidine kinase  31.72 
 
 		 717 aa  76.3  0.0000000000007  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.0000203667  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2369  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  25.53 
 
 		 1146 aa  76.3  0.0000000000007  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4455  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  31.72 
 
 		 717 aa  76.3  0.0000000000007  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.243225  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3976  response regulator receiver Signal transduction histidine kinase  25.33 
 
 		 431 aa  76.3  0.0000000000008  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.0119459  decreased coverage  0.00202838 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>