More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Vapar_6017 on replicon NC_012792
Organism: Variovorax paradoxus S110



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010002  Daci_5335  diguanylate cyclase  64.8 
 
 
489 aa  660    Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6017  diguanylate cyclase  100 
 
 
487 aa  994    Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.817208  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1895  diguanylate cyclase  65.57 
 
 
515 aa  642    Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.175233  normal  0.282875 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4938  diguanylate cyclase  59.45 
 
 
492 aa  576  1.0000000000000001e-163  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0911189  normal  0.262265 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1745  diguanylate cyclase  59.03 
 
 
495 aa  569  1e-161  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0113833  normal  0.32782 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1857  diguanylate cyclase  57.76 
 
 
490 aa  556  1e-157  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2462  PAS:GGDEF  57.32 
 
 
489 aa  546  1e-154  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4679  diguanylate cyclase  56.08 
 
 
490 aa  542  1e-153  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.882516  normal 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3602  diguanylate cyclase  56.08 
 
 
490 aa  542  1e-153  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.926489  normal  0.921669 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3313  diguanylate cyclase  55.14 
 
 
481 aa  538  9.999999999999999e-153  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.64418  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0867  diguanylate cyclase  56.28 
 
 
492 aa  528  1e-148  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3344  PAS sensor diguanylate cyclase  52.62 
 
 
490 aa  490  1e-137  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_2995  diguanylate cyclase  52.41 
 
 
490 aa  488  1e-136  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.894435  normal  0.267254 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3660  hypothetical protein  52.23 
 
 
491 aa  487  1e-136  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal  0.165778 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1631  diguanylate cyclase  35.69 
 
 
509 aa  259  1e-67  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.646113  normal  0.429495 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0689  putative PAS/PAC sensor protein  28.98 
 
 
836 aa  141  3e-32  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  unclonable  0.0000000235898 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0493  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  40.89 
 
 
431 aa  139  1e-31  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000431095 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0476  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  44.51 
 
 
431 aa  136  8e-31  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1656  sensory box/response regulator  43.79 
 
 
420 aa  132  2.0000000000000002e-29  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1917  response regulator receiver /GGDEF/PAS/PAC domain-containing protein  34.69 
 
 
419 aa  128  2.0000000000000002e-28  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal  0.0589316 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2187  diguanylate cyclase and metal dependent phosphohydrolase  29.34 
 
 
593 aa  127  5e-28  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal  0.1316 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0327  diguanylate cyclase  41.18 
 
 
295 aa  126  7e-28  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2483  putative PAS/PAC sensor protein  38.81 
 
 
619 aa  126  7e-28  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0538  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  39.71 
 
 
860 aa  125  1e-27  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.883741  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1892  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  38.92 
 
 
771 aa  125  2e-27  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0771  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  39.71 
 
 
880 aa  125  2e-27  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3459  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  35.29 
 
 
503 aa  125  2e-27  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1146  diguanylate cyclase and metal dependent phosphohydrolase  33.08 
 
 
909 aa  125  2e-27  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0210  diguanylate cyclase and metal dependent phosphohydrolase  43.64 
 
 
465 aa  124  5e-27  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.74546  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4005  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  43.02 
 
 
438 aa  123  6e-27  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000169909  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3210  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  44.24 
 
 
425 aa  122  9.999999999999999e-27  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.141244  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2332  diguanylate cyclase and metal dependent phosphohydrolase  40.8 
 
 
960 aa  118  1.9999999999999998e-25  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0417  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  30.67 
 
 
853 aa  119  1.9999999999999998e-25  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_2051  diguanylate cyclase  41.18 
 
 
307 aa  118  1.9999999999999998e-25  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0429  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  37.32 
 
 
431 aa  119  1.9999999999999998e-25  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.320682  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2110  diguanylate cyclase and metal dependent phosphohydrolase  36.26 
 
 
814 aa  114  4.0000000000000004e-24  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.406671  normal  0.904687 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0823  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  39.88 
 
 
755 aa  113  7.000000000000001e-24  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1796  multi-sensor hybrid histidine kinase  38.73 
 
 
1965 aa  112  1.0000000000000001e-23  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3629  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  29.27 
 
 
850 aa  112  1.0000000000000001e-23  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal  0.739626 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1899  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  39.53 
 
 
616 aa  112  2.0000000000000002e-23  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.764058  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2203  diguanylate cyclase and metal dependent phosphohydrolase  39.24 
 
 
434 aa  112  2.0000000000000002e-23  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0783  diguanylate cyclase and metal dependent phosphohydrolase  36.42 
 
 
483 aa  110  8.000000000000001e-23  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00290712 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3953  diguanylate cyclase and metal dependent phosphohydrolase  33.33 
 
 
474 aa  110  8.000000000000001e-23  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000778513 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1552  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  28.27 
 
 
971 aa  109  1e-22  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2408  diguanylate cyclase and metal dependent phosphohydrolase  40.83 
 
 
623 aa  108  2e-22  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0011  putative PAS/PAC sensor protein  29.01 
 
 
526 aa  108  3e-22  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.140902  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1469  HD-GYP domain-containing protein  36.26 
 
 
803 aa  108  3e-22  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0410  diguanylate cyclase  36.98 
 
 
516 aa  106  8e-22  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1840  metal dependent phosphohydrolase  30.16 
 
 
540 aa  105  2e-21  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0780  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  36.63 
 
 
520 aa  105  2e-21  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.0195559  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1211  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  39.77 
 
 
587 aa  104  3e-21  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal  0.0242812 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_4265  diguanylate cyclase and metal dependent phosphohydrolase  27.78 
 
 
539 aa  104  4e-21  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0966  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  29.51 
 
 
1059 aa  103  5e-21  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.216873 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2450  diguanylate cyclase and metal dependent phosphohydrolase  25.98 
 
 
617 aa  103  6e-21  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0138  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  37.29 
 
 
1338 aa  103  6e-21  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2443  diguanylate cyclase and metal dependent phosphohydrolase  36.14 
 
 
912 aa  103  7e-21  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU3356  GGDEF domain/HAMP domain-containing protein  40.65 
 
 
533 aa  102  1e-20  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.204674  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2883  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  30.45 
 
 
849 aa  102  1e-20  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.483333  normal 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5652  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  32.63 
 
 
1061 aa  102  2e-20  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2227  diguanylate cyclase  26.23 
 
 
803 aa  102  2e-20  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2264  diguanylate cyclase and metal dependent phosphohydrolase  34.94 
 
 
719 aa  101  3e-20  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00000689674  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_60870  motility regulator  25.61 
 
 
1415 aa  100  4e-20  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.739569  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3263  GGDEF domain-containing protein  37.76 
 
 
823 aa  100  5e-20  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.505272  normal  0.0188665 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2636  diguanylate cyclase  31.94 
 
 
220 aa  100  6e-20  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.128146  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5242  motility regulator  25.61 
 
 
1410 aa  100  7e-20  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.435118  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2161  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  37.56 
 
 
818 aa  99.8  9e-20  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.376785  normal  0.0371729 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1650  sensory box protein  27.07 
 
 
819 aa  99.4  1e-19  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  decreased coverage  0.00487383  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1593  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  37.08 
 
 
706 aa  99.4  1e-19  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2519  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  38.95 
 
 
901 aa  99.4  1e-19  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2442  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  30.85 
 
 
348 aa  99.4  1e-19  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0392  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  31.72 
 
 
888 aa  98.6  2e-19  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.301142  normal  0.0507788 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5207  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  27.63 
 
 
822 aa  99  2e-19  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.097356 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1908  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  38.29 
 
 
519 aa  98.6  2e-19  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.11693  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3125  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  37.64 
 
 
823 aa  98.6  2e-19  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.655002 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3807  diguanylate cyclase  40 
 
 
510 aa  98.6  2e-19  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.417307 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4649  diguanylate cyclase  40 
 
 
510 aa  99  2e-19  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0996  sensory box protein  35.76 
 
 
599 aa  98.6  2e-19  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.133788  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2333  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  35.43 
 
 
578 aa  98.6  2e-19  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0859  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  39.16 
 
 
809 aa  99  2e-19  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1694  diguanylate cyclase and metal dependent phosphohydrolase  30.28 
 
 
579 aa  98.6  2e-19  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3714  diguanylate cyclase  40 
 
 
510 aa  99  2e-19  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.28391  normal  0.0412955 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1993  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  39.88 
 
 
1034 aa  98.6  2e-19  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.717773  normal  0.933886 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3185  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  32.34 
 
 
482 aa  98.2  3e-19  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1783  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  40.12 
 
 
821 aa  98.2  3e-19  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5615  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  32.99 
 
 
1059 aa  98.2  3e-19  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.635734  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2503  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  25.47 
 
 
805 aa  97.4  4e-19  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.080516  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1864  putative diguanylate cyclase  29.7 
 
 
882 aa  97.8  4e-19  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.327534  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS00808  hypothetical protein  37.5 
 
 
578 aa  97.4  5e-19  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2041  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  34.54 
 
 
317 aa  97.4  5e-19  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3173  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  37.67 
 
 
696 aa  97.4  5e-19  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    decreased coverage  0.000648957 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0383  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  36.32 
 
 
746 aa  97.4  5e-19  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2067  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  34.54 
 
 
317 aa  97.4  5e-19  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0493  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  31.67 
 
 
710 aa  97.1  6e-19  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.405196  hitchhiker  0.000791154 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3902  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  30.56 
 
 
990 aa  97.1  6e-19  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1166  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  37.5 
 
 
780 aa  97.1  7e-19  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2223  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  36.26 
 
 
725 aa  96.7  8e-19  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.847933  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1231  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  34.2 
 
 
613 aa  96.7  8e-19  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2134  diguanylate cyclase  37.95 
 
 
313 aa  96.7  9e-19  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.298927 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01090  sensory box/GGDEF family protein  31.66 
 
 
333 aa  96.3  1e-18  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0160657  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0078  GGDEF domain-containing protein  34.73 
 
 
565 aa  96.3  1e-18  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>